test/jalview/structure/StructureMappingTest.java

   1 package jalview.structure;
   2
   3 import static org.testng.Assert.assertEquals;
   4 import static org.testng.Assert.assertTrue;
   5
   6 import java.util.HashMap;
   7 import java.util.List;
   8
   9 import org.testng.annotations.Test;
  10
  11 public class StructureMappingTest
  12 {
  13   @Test(groups = "Functional")
  14   public void testgetPDBResNumRanges()
  15   {
  16     HashMap<Integer, int[]> map = new HashMap<Integer, int[]>();
  17
  18     StructureMapping mapping = new StructureMapping(null, null, null, null,
  19             map, null);
  20
  21     List<int[]> ranges = mapping.getPDBResNumRanges(1, 2);
  22     assertTrue(ranges.isEmpty());
  23
  24     map.put(1, new int[] { 12, 20 }); // 1 maps to 12
  25     ranges = mapping.getPDBResNumRanges(2, 3);
  26     assertTrue(ranges.isEmpty());
  27     ranges = mapping.getPDBResNumRanges(1, 2);
  28     assertEquals(ranges.size(), 1);
  29     assertEquals(ranges.get(0)[0], 12);
  30     assertEquals(ranges.get(0)[1], 12);
  31
  32     map.put(2, new int[] { 13, 20 }); // 2 maps to 13
  33     ranges = mapping.getPDBResNumRanges(1, 2);
  34     assertEquals(ranges.size(), 1);
  35     assertEquals(ranges.get(0)[0], 12);
  36     assertEquals(ranges.get(0)[1], 13);
  37
  38     map.put(3, new int[] { 15, 20 }); // 3 maps to 15 - break
  39     ranges = mapping.getPDBResNumRanges(1, 5);
  40     assertEquals(ranges.size(), 2);
  41     assertEquals(ranges.get(0)[0], 12);
  42     assertEquals(ranges.get(0)[1], 13);
  43     assertEquals(ranges.get(1)[0], 15);
  44     assertEquals(ranges.get(1)[1], 15);
  45   }
  46 }