test/jalview/util/DBRefUtilsTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
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   4  *
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  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.util;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertFalse;
  25 import static org.testng.AssertJUnit.assertNull;
  26 import static org.testng.AssertJUnit.assertSame;
  27 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  28
  29 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  30 import jalview.datamodel.DBRefSource;
  31 import jalview.datamodel.Mapping;
  32 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  33 import jalview.datamodel.Sequence;
  34 import jalview.datamodel.SequenceI;
  35
  36 import java.util.List;
  37
  38 import org.testng.annotations.Test;
  39
  40 public class DBRefUtilsTest
  41 {
  42
  43   /**
  44    * Test the method that selects DBRefEntry items whose source is in a supplied
  45    * list
  46    */
  47   @Test(groups = { "Functional" })
  48   public void testSelectRefs()
  49   {
  50     assertNull(DBRefUtils.selectRefs(null, null));
  51     assertNull(DBRefUtils.selectRefs(null, DBRefSource.CODINGDBS));
  52
  53     DBRefEntry ref1 = new DBRefEntry("EMBL", "1.2", "A12345");
  54     DBRefEntry ref2 = new DBRefEntry("UNIPROT", "1.2", "A12346");
  55     // Source is converted to upper-case by this constructor!
  56     DBRefEntry ref3 = new DBRefEntry("Uniprot", "1.2", "A12347");
  57     DBRefEntry[] dbrefs = new DBRefEntry[] { ref1, ref2, ref3 };
  58     String[] sources = new String[] { "EMBL", "UNIPROT" };
  59
  60     DBRefEntry[] selected = DBRefUtils.selectRefs(dbrefs, sources);
  61     assertEquals(3, selected.length);
  62     assertSame(ref1, selected[0]);
  63     assertSame(ref2, selected[1]);
  64     assertSame(ref3, selected[2]);
  65
  66     sources = new String[] { "EMBL" };
  67     selected = DBRefUtils.selectRefs(dbrefs, sources);
  68     assertEquals(1, selected.length);
  69     assertSame(ref1, selected[0]);
  70
  71     sources = new String[] { "UNIPROT" };
  72     selected = DBRefUtils.selectRefs(dbrefs, sources);
  73     assertEquals(2, selected.length);
  74     assertSame(ref2, selected[0]);
  75     assertSame(ref3, selected[1]);
  76
  77     // case insensitive
  78     sources = new String[] { "Uniprot" };
  79     selected = DBRefUtils.selectRefs(dbrefs, sources);
  80     assertEquals(2, selected.length);
  81     assertSame(ref2, selected[0]);
  82     assertSame(ref3, selected[1]);
  83
  84     sources = new String[] { "EMBLCDS" };
  85     selected = DBRefUtils.selectRefs(dbrefs, sources);
  86     assertNull(selected);
  87   }
  88
  89   /**
  90    * Test the method that converts (currently three) database names to a
  91    * canonical name (not case-sensitive)
  92    */
  93   @Test(groups = { "Functional" })
  94   public void testGetCanonicalName()
  95   {
  96     assertNull(DBRefUtils.getCanonicalName(null));
  97     assertEquals("", DBRefUtils.getCanonicalName(""));
  98     assertEquals("PDB", DBRefUtils.getCanonicalName("pdb"));
  99     assertEquals("PDB", DBRefUtils.getCanonicalName("Pdb"));
 100     assertEquals("UNIPROT",
 101             DBRefUtils.getCanonicalName("uniprotkb/swiss-prot"));
 102     assertEquals("UNIPROT", DBRefUtils.getCanonicalName("uniprotkb/trembl"));
 103     assertEquals("UNIPROT",
 104             DBRefUtils.getCanonicalName("UNIPROTKB/SWISS-PROT"));
 105     assertEquals("UNIPROT", DBRefUtils.getCanonicalName("UNIPROTKB/TREMBL"));
 106     assertEquals("UNIPROTKB/SWISS-CHEESE",
 107             DBRefUtils.getCanonicalName("UNIPROTKB/SWISS-CHEESE"));
 108     assertEquals("ENSEMBL", DBRefUtils.getCanonicalName("Ensembl"));
 109
 110     // these are not 'known' to Jalview
 111     assertEquals("PFAM", DBRefUtils.getCanonicalName("PFAM"));
 112     assertEquals("pfam", DBRefUtils.getCanonicalName("pfam"));
 113
 114   }
 115
 116   @Test(groups = { "Functional" })
 117   public void testIsDasCoordinateSystem()
 118   {
 119     assertFalse(DBRefUtils.isDasCoordinateSystem(null, null));
 120     assertFalse(DBRefUtils.isDasCoordinateSystem("pdbresnum", null));
 121     assertFalse(DBRefUtils.isDasCoordinateSystem(null, new DBRefEntry(
 122             "PDB", "v1", "a1")));
 123
 124     assertTrue(DBRefUtils.isDasCoordinateSystem("pdbresnum",
 125             new DBRefEntry("PDB", "v1", "a1")));
 126     assertTrue(DBRefUtils.isDasCoordinateSystem("PDBRESNUM",
 127             new DBRefEntry("PDB", "v1", "a1")));
 128     // "pdb" is converted to upper-case in DBRefEntry constructor
 129     assertTrue(DBRefUtils.isDasCoordinateSystem("pdbresnum",
 130             new DBRefEntry("pdb", "v1", "a1")));
 131     assertFalse(DBRefUtils.isDasCoordinateSystem("pdb", new DBRefEntry(
 132             "pdb", "v1", "a1")));
 133
 134     assertTrue(DBRefUtils.isDasCoordinateSystem("UNIPROT", new DBRefEntry(
 135             "Uniprot", "v1", "a1")));
 136     assertTrue(DBRefUtils.isDasCoordinateSystem("Uniprot", new DBRefEntry(
 137             "UNIPROT", "v1", "a1")));
 138     assertFalse(DBRefUtils.isDasCoordinateSystem("UNIPROTKB",
 139             new DBRefEntry("pdb", "v1", "a1")));
 140
 141     assertTrue(DBRefUtils.isDasCoordinateSystem("EMBL", new DBRefEntry(
 142             "EMBL", "v1", "a1")));
 143     assertTrue(DBRefUtils.isDasCoordinateSystem("embl", new DBRefEntry(
 144             "embl", "v1", "a1")));
 145   }
 146
 147   /**
 148    * Test 'parsing' a DBRef - non PDB case
 149    */
 150   @Test(groups = { "Functional" })
 151   public void testParseToDbRef()
 152   {
 153     SequenceI seq = new Sequence("Seq1", "ABCD");
 154     DBRefEntry ref = DBRefUtils.parseToDbRef(seq, "EMBL", "1.2", "a7890");
 155     DBRefEntry[] refs = seq.getDBRefs();
 156     assertEquals(1, refs.length);
 157     assertSame(ref, refs[0]);
 158     assertEquals("EMBL", ref.getSource());
 159     assertEquals("1.2", ref.getVersion());
 160     assertEquals("a7890", ref.getAccessionId());
 161     assertTrue(seq.getAllPDBEntries().isEmpty());
 162   }
 163
 164   /**
 165    * Test 'parsing' a DBRef - Stockholm PDB format
 166    */
 167   @Test(groups = { "Functional" })
 168   public void testParseToDbRef_PDB()
 169   {
 170     SequenceI seq = new Sequence("Seq1", "ABCD");
 171     DBRefEntry ref = DBRefUtils.parseToDbRef(seq, "pdb", "1.2",
 172             "1WRI A; 7-80;");
 173     // TODO: correct PDBEntry and PDB DBRef accessions need to be generated for
 174     // PDB ref in Stockholm
 175
 176     DBRefEntry[] refs = seq.getDBRefs();
 177     assertEquals(1, refs.length);
 178     assertSame(ref, refs[0]);
 179     assertEquals("PDB", ref.getSource());
 180     assertEquals("1.2", ref.getVersion());
 181     // DBRef id is pdbId + chain code
 182     assertEquals("1WRIA", ref.getAccessionId());
 183     assertEquals(1, seq.getAllPDBEntries().size());
 184     PDBEntry pdbRef = seq.getAllPDBEntries().get(0);
 185     assertEquals("1WRI", pdbRef.getId());
 186     assertNull(pdbRef.getFile());
 187     assertEquals("A", pdbRef.getChainCode());
 188     assertEquals("PDB", pdbRef.getType());
 189   }
 190
 191   /**
 192    * Test the method that searches for matches references - case when we are
 193    * matching a reference with no mappings
 194    */
 195   @Test(groups = { "Functional" })
 196   public void testSearchRefs_noMapping()
 197   {
 198     DBRefEntry target = new DBRefEntry("EMBL", "2", "A1234");
 199
 200     DBRefEntry ref1 = new DBRefEntry("EMBL", "1", "A1234"); // matches
 201     // constructor changes embl to EMBL
 202     DBRefEntry ref2 = new DBRefEntry("embl", "1", "A1234"); // matches
 203     // constructor does not upper-case accession id
 204     DBRefEntry ref3 = new DBRefEntry("EMBL", "1", "a1234"); // no match
 205     DBRefEntry ref4 = new DBRefEntry("EMBLCDS", "1", "A1234"); // no match
 206     // ref5 matches although it has a mapping - ignored
 207     DBRefEntry ref5 = new DBRefEntry("EMBL", "1", "A1234");
 208     ref5.setMap(new Mapping(new MapList(new int[] { 1, 1 }, new int[] { 1,
 209         1 }, 1, 1)));
 210
 211     List<DBRefEntry> matches = DBRefUtils.searchRefs(new DBRefEntry[] {
 212         ref1, ref2, ref3, ref4, ref5 }, target);
 213     assertEquals(3, matches.size());
 214     assertSame(ref1, matches.get(0));
 215     assertSame(ref2, matches.get(1));
 216     assertSame(ref5, matches.get(2));
 217   }
 218
 219   /**
 220    * Test the method that searches for matches references - case when we are
 221    * matching a reference with a mapping
 222    */
 223   @Test(groups = { "Functional" })
 224   public void testSearchRefs_withMapping()
 225   {
 226     DBRefEntry target = new DBRefEntry("EMBL", "2", "A1234");
 227     final Mapping map1 = new Mapping(new MapList(new int[] { 1, 1 },
 228             new int[] { 1, 1 }, 1, 1));
 229     target.setMap(map1);
 230
 231     // these all match target iff mappings match
 232     DBRefEntry ref1 = new DBRefEntry("EMBL", "1", "A1234"); // no map: matches
 233     DBRefEntry ref2 = new DBRefEntry("EMBL", "1", "A1234"); // =map: matches
 234     final Mapping map2 = new Mapping(new MapList(new int[] { 1, 1 },
 235             new int[] { 1, 1 }, 1, 1));
 236     ref2.setMap(map2);
 237
 238     // different map: no match
 239     DBRefEntry ref3 = new DBRefEntry("EMBL", "1", "A1234");
 240     final Mapping map3 = new Mapping(new MapList(new int[] { 1, 1 },
 241             new int[] { 1, 1 }, 2, 2));
 242     ref3.setMap(map3);
 243
 244     List<DBRefEntry> matches = DBRefUtils.searchRefs(new DBRefEntry[] {
 245         ref1, ref2, ref3 }, target);
 246     assertEquals(2, matches.size());
 247     assertSame(ref1, matches.get(0));
 248     assertSame(ref2, matches.get(1));
 249   }
 250
 251   /**
 252    * Test the method that searches for matching references based on accession id
 253    * only
 254    */
 255   @Test(groups = { "Functional" })
 256   public void testSearchRefs_accessionid()
 257   {
 258
 259     DBRefEntry ref1 = new DBRefEntry("Uniprot", "1", "A1234"); // matches
 260     DBRefEntry ref2 = new DBRefEntry("embl", "1", "A1234"); // matches
 261     // constructor does not upper-case accession id
 262     DBRefEntry ref3 = new DBRefEntry("EMBL", "1", "a1234"); // no match
 263     DBRefEntry ref4 = new DBRefEntry("EMBLCDS", "1", "A1235"); // no match
 264     // ref5 matches although it has a mapping - ignored
 265     DBRefEntry ref5 = new DBRefEntry("EMBL", "1", "A1234");
 266     ref5.setMap(new Mapping(new MapList(new int[] { 1, 1 }, new int[] { 1,
 267         1 }, 1, 1)));
 268
 269     DBRefEntry[] dbrefs = new DBRefEntry[] { ref1, ref2, ref3, ref4, ref5 };
 270     List<DBRefEntry> matches = DBRefUtils.searchRefs(dbrefs, "A1234");
 271     assertEquals(3, matches.size());
 272     assertSame(ref1, matches.get(0));
 273     assertSame(ref2, matches.get(1));
 274     assertSame(ref5, matches.get(2));
 275   }
 276
 277   /**
 278    * Test the method that searches for matches references - case when we are
 279    * matching a reference with null (any) accession id
 280    */
 281   @Test(groups = { "Functional" })
 282   public void testSearchRefs_wildcardAccessionid()
 283   {
 284     DBRefEntry target = new DBRefEntry("EMBL", "2", null);
 285
 286     DBRefEntry ref1 = new DBRefEntry("EMBL", "1", "A1234"); // matches
 287     // constructor changes embl to EMBL
 288     DBRefEntry ref2 = new DBRefEntry("embl", "1", "A1235"); // matches
 289     // constructor does not upper-case accession id
 290     DBRefEntry ref3 = new DBRefEntry("EMBL", "1", "A1236"); // matches
 291     DBRefEntry ref4 = new DBRefEntry("EMBLCDS", "1", "A1234"); // no match
 292     // ref5 matches although it has a mapping - ignored
 293     DBRefEntry ref5 = new DBRefEntry("EMBL", "1", "A1237");
 294     ref5.setMap(new Mapping(new MapList(new int[] { 1, 1 }, new int[] { 1,
 295         1 }, 1, 1)));
 296
 297     List<DBRefEntry> matches = DBRefUtils.searchRefs(new DBRefEntry[] {
 298         ref1, ref2, ref3, ref4, ref5 }, target);
 299     assertEquals(4, matches.size());
 300     assertSame(ref1, matches.get(0));
 301     assertSame(ref2, matches.get(1));
 302     assertSame(ref3, matches.get(2));
 303     assertSame(ref5, matches.get(3));
 304   }
 305 }