test/jalview/ws/PDBSequenceFetcherTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws;
  22
  23 import static org.testng.Assert.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  25
  26 import jalview.bin.Cache;
  27 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  28 import jalview.datamodel.SequenceI;
  29 import jalview.gui.JvOptionPane;
  30 import jalview.structure.StructureImportSettings;
  31 import jalview.structure.StructureImportSettings.StructureParser;
  32 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;
  33
  34 import java.util.Arrays;
  35 import java.util.List;
  36
  37 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  38 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
  39 import org.testng.annotations.Test;
  40
  41 public class PDBSequenceFetcherTest
  42 {
  43
  44   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  45   public void setUpJvOptionPane()
  46   {
  47     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  48     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  49   }
  50
  51   SequenceFetcher sf;
  52
  53   @BeforeMethod(alwaysRun = true)
  54   public void setUp() throws Exception
  55   {
  56     Cache.loadProperties("test/jalview/io/testProps.jvprops");
  57     // ensure 'add annotation from structure' is selected
  58     Cache.applicationProperties.setProperty("STRUCT_FROM_PDB",
  59             Boolean.TRUE.toString());
  60     Cache.applicationProperties.setProperty("ADD_SS_ANN",
  61             Boolean.TRUE.toString());
  62
  63     sf = new SequenceFetcher(false);
  64   }
  65
  66   /**
  67    * Test that RNA structure can be added by a call to the RNAML service.
  68    *
  69    * Note this test depends on http://arn-ibmc.in2p3.fr/api/compute/2d which is
  70    * not always reliable.
  71    *
  72    * @throws Exception
  73    */
  74   @Test(groups = { "Network" }, enabled = true)
  75   public void testRnaSeqRetrieve() throws Exception
  76   {
  77     Cache.applicationProperties.setProperty("PDB_DOWNLOAD_FORMAT", "PDB");
  78     List<DbSourceProxy> sps = sf.getSourceProxy("PDB");
  79     AlignmentI response = sps.get(0).getSequenceRecords("2GIS");
  80     assertTrue(response != null);
  81     assertTrue(response.getHeight() == 1);
  82     for (SequenceI sq : response.getSequences())
  83     {
  84       assertTrue("No annotation transfered to sequence.",
  85               sq.getAnnotation().length > 0);
  86       assertTrue("No PDBEntry on sequence.",
  87               sq.getAllPDBEntries().size() > 0);
  88       assertTrue(
  89               "No RNA annotation on sequence, possibly http://arn-ibmc.in2p3.fr/api/compute/2d not available?",
  90               sq.getRNA() != null);
  91     }
  92   }
  93
  94   @Test(groups = { "Network" }, enabled = true)
  95   public void testPdbSeqRetrieve() throws Exception
  96   {
  97     StructureImportSettings.setDefaultStructureFileFormat("PDB");
  98     StructureImportSettings
  99             .setDefaultPDBFileParser(StructureParser.JALVIEW_PARSER);
 100
 101     testRetrieveProteinSeqFromPDB();
 102   }
 103
 104   @Test(groups = { "Network" }, enabled = true)
 105   public void testmmCifSeqRetrieve() throws Exception
 106   {
 107     StructureImportSettings.setDefaultStructureFileFormat("mmCIF");
 108     testRetrieveProteinSeqFromPDB();
 109   }
 110
 111   private class TestRetrieveObject
 112   {
 113     String id;
 114
 115     int expectedHeight;
 116
 117     public TestRetrieveObject(String id, int expectedHeight)
 118     {
 119       super();
 120       this.id = id;
 121       this.expectedHeight = expectedHeight;
 122     }
 123
 124   }
 125
 126   private List<TestRetrieveObject> toRetrieve = Arrays.asList(
 127           new TestRetrieveObject("1QIP", 4),
 128           new TestRetrieveObject("4IM2", 1));
 129
 130   private void testRetrieveProteinSeqFromPDB() throws Exception
 131   {
 132     List<DbSourceProxy> sps = sf.getSourceProxy("PDB");
 133     for (TestRetrieveObject str : toRetrieve)
 134     {
 135       AlignmentI response = sps.get(0).getSequenceRecords(str.id);
 136       assertTrue("No aligment for " + str.id, response != null);
 137       assertEquals(response.getHeight(), str.expectedHeight,
 138               "Number of chains for " + str.id);
 139       for (SequenceI sq : response.getSequences())
 140       {
 141         assertTrue("No annotation transfered to sequence " + sq.getName(),
 142                 sq.getAnnotation().length > 0);
 143         assertTrue("No PDBEntry on sequence " + sq.getName(),
 144                 sq.getAllPDBEntries().size() > 0);
 145         org.testng.Assert.assertEquals(sq.getEnd() - sq.getStart() + 1,
 146                 sq.getLength(),
 147                 "Sequence start/end doesn't match number of residues in sequence for "
 148                         + sq.getName());
 149       }
 150     }
 151   }
 152 }