test/jalview/ws/rest/ShmmrRSBSService.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.rest;
  22
  23 import static org.junit.Assert.assertNotNull;
  24 import static org.junit.Assert.assertTrue;
  25
  26 import java.util.Map;
  27
  28 import org.junit.Test;
  29
  30 import jalview.gui.AlignFrame;
  31 import jalview.util.StringUtils;
  32
  33 /**
  34  * @author jimp
  35  *
  36  */
  37 public class ShmmrRSBSService
  38 {
  39
  40   @Test
  41   public void testShmmrService()
  42   {
  43
  44     assertTrue(
  45             "Test Rsd Exchange using using default Shmmr service failed.",
  46             testRsdExchange("Test using default Shmmr service",
  47                     RestClient.makeShmmrRestClient().service));
  48   }
  49
  50   @Test
  51   public void testShmmrServiceDataprep() throws Exception
  52   {
  53     RestClient _rc = RestClient.makeShmmrRestClient();
  54     assertNotNull(_rc);
  55     AlignFrame alf = new jalview.io.FileLoader(false)
  56             .LoadFileWaitTillLoaded("examples/testdata/smad.fa",
  57                     jalview.io.FormatAdapter.FILE);
  58     assertNotNull("Couldn't find test data.", alf);
  59     alf.loadJalviewDataFile("examples/testdata/smad_groups.jva",
  60             jalview.io.FormatAdapter.FILE, null, null);
  61     assertTrue(
  62             "Couldn't load the test data's annotation file (should be 5 groups but found "
  63                     + alf.getViewport().getAlignment().getGroups().size()
  64                     + ").", alf.getViewport().getAlignment().getGroups()
  65                     .size() == 5);
  66
  67     RestClient rc = new RestClient(_rc.service, alf, true);
  68
  69     assertNotNull("Couldn't creat RestClient job.", rc);
  70     jalview.bin.Cache.initLogger();
  71     RestJob rjb = new RestJob(0, new RestJobThread(rc),
  72             rc.av.getAlignment(), null);
  73     rjb.setAlignmentForInputs(rc.service.getInputParams().values(),
  74             rc.av.getAlignment());
  75     for (Map.Entry<String, InputType> e : rc.service.getInputParams()
  76             .entrySet())
  77     {
  78       System.out.println("For Input '" + e.getKey() + ":\n"
  79               + e.getValue().formatForInput(rjb).getContentLength());
  80     }
  81   }
  82
  83   private static boolean testRsdExchange(String desc, String servicestring)
  84   {
  85     try
  86     {
  87       RestServiceDescription newService = new RestServiceDescription(
  88               servicestring);
  89       if (!newService.isValid())
  90       {
  91         throw new Error("Failed to create service from '" + servicestring
  92                 + "'.\n" + newService.getInvalidMessage());
  93       }
  94       return testRsdExchange(desc, newService);
  95     } catch (Throwable x)
  96     {
  97       System.err.println("Failed for service (" + desc + "): "
  98               + servicestring);
  99       x.printStackTrace();
 100       return false;
 101     }
 102   }
 103
 104   private static boolean testRsdExchange(String desc,
 105           RestServiceDescription service)
 106   {
 107     try
 108     {
 109       String fromservicetostring = service.toString();
 110       RestServiceDescription newService = new RestServiceDescription(
 111               fromservicetostring);
 112       if (!newService.isValid())
 113       {
 114         throw new Error("Failed to create service from '"
 115                 + fromservicetostring + "'.\n"
 116                 + newService.getInvalidMessage());
 117       }
 118
 119       if (!service.equals(newService))
 120       {
 121         System.err.println("Failed for service (" + desc + ").");
 122         System.err.println("Original service and parsed service differ.");
 123         System.err.println("Original: " + fromservicetostring);
 124         System.err.println("Parsed  : " + newService.toString());
 125         return false;
 126       }
 127     } catch (Throwable x)
 128     {
 129       System.err.println("Failed for service (" + desc + "): "
 130               + service.toString());
 131       x.printStackTrace();
 132       return false;
 133     }
 134     return true;
 135   }
 136
 137 }