test/jalview/ws/sifts/SiftsClientTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.sifts;
  22
  23 import static org.testng.Assert.assertEquals;
  24 import static org.testng.Assert.assertTrue;
  25
  26 import jalview.api.DBRefEntryI;
  27 import jalview.bin.Cache;
  28 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  29 import jalview.datamodel.DBRefSource;
  30 import jalview.datamodel.Sequence;
  31 import jalview.datamodel.SequenceI;
  32 import jalview.gui.JvOptionPane;
  33 import jalview.io.DataSourceType;
  34 import jalview.structure.StructureMapping;
  35 import jalview.xml.binding.sifts.Entry.Entity;
  36
  37 import java.io.File;
  38 import java.io.IOException;
  39 import java.util.ArrayList;
  40 import java.util.HashMap;
  41 import java.util.Iterator;
  42 import java.util.Map;
  43
  44 import org.testng.Assert;
  45 import org.testng.FileAssert;
  46 import org.testng.annotations.AfterTest;
  47 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  48 import org.testng.annotations.BeforeTest;
  49 import org.testng.annotations.Test;
  50
  51 import mc_view.Atom;
  52 import mc_view.PDBfile;
  53
  54 public class SiftsClientTest
  55 {
  56
  57   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  58   public void setUpJvOptionPane()
  59   {
  60     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  61     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  62   }
  63
  64   public static final String DEFAULT_SIFTS_DOWNLOAD_DIR = System
  65           .getProperty("user.home") + File.separatorChar
  66           + ".sifts_downloads" + File.separatorChar;
  67
  68   private String testPDBId = "1a70";
  69
  70   private SiftsClient siftsClient = null;
  71
  72   SequenceI testSeq = new Sequence("P00221",
  73           "MAAT..TTTMMG..MATTFVPKPQAPPMMAALPSNTGR..SLFGLKT.GSR..GGRMTMA"
  74                   + "AYKVTLVTPTGNVEFQCPDDVYILDAAEEEGIDLPYSCRAGSCSSCAGKLKTGSLNQDD"
  75                   + "QSFLDDDQIDEGWVLTCAAYPVSDVTIETHKEEELTA.",
  76           1, 147);
  77
  78   int u = SiftsClient.UNASSIGNED;
  79
  80   HashMap<Integer, int[]> expectedMapping = new HashMap<Integer, int[]>();
  81
  82   @BeforeTest(alwaysRun = true)
  83   public void populateExpectedMapping() throws SiftsException
  84   {
  85     expectedMapping.put(51, new int[] { 1, 2, 1 });
  86     expectedMapping.put(52, new int[] { 2, 7, 2 });
  87     expectedMapping.put(53, new int[] { 3, 12, 3 });
  88     expectedMapping.put(54, new int[] { 4, 24, 4 });
  89     expectedMapping.put(55, new int[] { 5, 33, 5 });
  90     expectedMapping.put(56, new int[] { 6, 40, 6 });
  91     expectedMapping.put(57, new int[] { 7, 47, 7 });
  92     expectedMapping.put(58, new int[] { 8, 55, 8 });
  93     expectedMapping.put(59, new int[] { 9, 62, 9 });
  94     expectedMapping.put(60, new int[] { 10, 69, 10 });
  95     expectedMapping.put(61, new int[] { 11, 76, 11 });
  96     expectedMapping.put(62, new int[] { 12, 83, 12 });
  97     expectedMapping.put(63, new int[] { 13, 87, 13 });
  98     expectedMapping.put(64, new int[] { 14, 95, 14 });
  99     expectedMapping.put(65, new int[] { 15, 102, 15 });
 100     expectedMapping.put(66, new int[] { 16, 111, 16 });
 101     expectedMapping.put(67, new int[] { 17, 122, 17 });
 102     expectedMapping.put(68, new int[] { 18, 131, 18 });
 103     expectedMapping.put(69, new int[] { 19, 137, 19 });
 104     expectedMapping.put(70, new int[] { 20, 144, 20 });
 105     expectedMapping.put(71, new int[] { 21, 152, 21 });
 106     expectedMapping.put(72, new int[] { 22, 160, 22 });
 107     expectedMapping.put(73, new int[] { 23, 167, 23 });
 108     expectedMapping.put(74, new int[] { 24, 179, 24 });
 109     expectedMapping.put(75, new int[] { 25, 187, 25 });
 110     expectedMapping.put(76, new int[] { 26, 195, 26 });
 111     expectedMapping.put(77, new int[] { 27, 203, 27 });
 112     expectedMapping.put(78, new int[] { 28, 208, 28 });
 113     expectedMapping.put(79, new int[] { 29, 213, 29 });
 114     expectedMapping.put(80, new int[] { 30, 222, 30 });
 115     expectedMapping.put(81, new int[] { 31, 231, 31 });
 116     expectedMapping.put(82, new int[] { 32, 240, 32 });
 117     expectedMapping.put(83, new int[] { 33, 244, 33 });
 118     expectedMapping.put(84, new int[] { 34, 252, 34 });
 119     expectedMapping.put(85, new int[] { 35, 260, 35 });
 120     expectedMapping.put(86, new int[] { 36, 268, 36 });
 121     expectedMapping.put(87, new int[] { 37, 275, 37 });
 122     expectedMapping.put(88, new int[] { 38, 287, 38 });
 123     expectedMapping.put(89, new int[] { 39, 293, 39 });
 124     expectedMapping.put(90, new int[] { 40, 299, 40 });
 125     expectedMapping.put(91, new int[] { 41, 310, 41 });
 126     expectedMapping.put(92, new int[] { 42, 315, 42 });
 127     expectedMapping.put(93, new int[] { 43, 319, 43 });
 128     expectedMapping.put(94, new int[] { 44, 325, 44 });
 129     expectedMapping.put(95, new int[] { 45, 331, 45 });
 130     expectedMapping.put(96, new int[] { 46, 337, 46 });
 131     expectedMapping.put(97, new int[] { 47, 343, 47 });
 132     expectedMapping.put(98, new int[] { 48, 349, 48 });
 133     expectedMapping.put(99, new int[] { 49, 354, 49 });
 134     expectedMapping.put(100, new int[] { 50, 358, 50 });
 135     expectedMapping.put(101, new int[] { 51, 367, 51 });
 136     expectedMapping.put(102, new int[] { 52, 375, 52 });
 137     expectedMapping.put(103, new int[] { 53, 384, 53 });
 138     expectedMapping.put(104, new int[] { 54, 391, 54 });
 139     expectedMapping.put(105, new int[] { 55, 395, 55 });
 140     expectedMapping.put(106, new int[] { 56, 401, 56 });
 141     expectedMapping.put(107, new int[] { 57, 409, 57 });
 142     expectedMapping.put(108, new int[] { 58, 417, 58 });
 143     expectedMapping.put(109, new int[] { 59, 426, 59 });
 144     expectedMapping.put(110, new int[] { 60, 434, 60 });
 145     expectedMapping.put(111, new int[] { 61, 442, 61 });
 146     expectedMapping.put(112, new int[] { 62, 451, 62 });
 147     expectedMapping.put(113, new int[] { 63, 457, 63 });
 148     expectedMapping.put(114, new int[] { 64, 468, 64 });
 149     expectedMapping.put(115, new int[] { 65, 476, 65 });
 150     expectedMapping.put(116, new int[] { 66, 484, 66 });
 151     expectedMapping.put(117, new int[] { 67, 492, 67 });
 152     expectedMapping.put(118, new int[] { 68, 500, 68 });
 153     expectedMapping.put(119, new int[] { 69, 509, 69 });
 154     expectedMapping.put(120, new int[] { 70, 517, 70 });
 155     expectedMapping.put(121, new int[] { 71, 525, 71 });
 156     expectedMapping.put(122, new int[] { 72, 534, 72 });
 157     expectedMapping.put(123, new int[] { 73, 538, 73 });
 158     expectedMapping.put(124, new int[] { 74, 552, 74 });
 159     expectedMapping.put(125, new int[] { 75, 559, 75 });
 160     expectedMapping.put(126, new int[] { 76, 567, 76 });
 161     expectedMapping.put(127, new int[] { 77, 574, 77 });
 162     expectedMapping.put(128, new int[] { 78, 580, 78 });
 163     expectedMapping.put(129, new int[] { 79, 585, 79 });
 164     expectedMapping.put(130, new int[] { 80, 590, 80 });
 165     expectedMapping.put(131, new int[] { 81, 602, 81 });
 166     expectedMapping.put(132, new int[] { 82, 609, 82 });
 167     expectedMapping.put(133, new int[] { 83, 616, 83 });
 168     expectedMapping.put(134, new int[] { 84, 622, 84 });
 169     expectedMapping.put(135, new int[] { 85, 630, 85 });
 170     expectedMapping.put(136, new int[] { 86, 637, 86 });
 171     expectedMapping.put(137, new int[] { 87, 644, 87 });
 172     expectedMapping.put(138, new int[] { 88, 652, 88 });
 173     expectedMapping.put(139, new int[] { 89, 661, 89 });
 174     expectedMapping.put(140, new int[] { 90, 668, 90 });
 175     expectedMapping.put(141, new int[] { 91, 678, 91 });
 176     expectedMapping.put(142, new int[] { 92, 687, 92 });
 177     expectedMapping.put(143, new int[] { 93, 696, 93 });
 178     expectedMapping.put(144, new int[] { 94, 705, 94 });
 179     expectedMapping.put(145, new int[] { 95, 714, 95 });
 180     expectedMapping.put(146, new int[] { 96, 722, 96 });
 181     expectedMapping.put(147, new int[] { 97, 729, 97 });
 182   }
 183
 184   @BeforeTest(alwaysRun = true)
 185   public void setUpSiftsClient() throws SiftsException, IOException
 186   {
 187     // read test props before manipulating config
 188     Cache.loadProperties("test/jalview/io/testProps.jvprops");
 189     // SIFTs entries are updated weekly - so use saved SIFTs file to enforce
 190     // test reproducibility
 191     new SiftsSettings();
 192     SiftsSettings.setSiftDownloadDirectory(jalview.bin.Cache
 193             .getDefault("sifts_download_dir", DEFAULT_SIFTS_DOWNLOAD_DIR));
 194     SiftsSettings.setMapWithSifts(true);
 195     SiftsSettings.setCacheThresholdInDays("2");
 196     SiftsSettings.setFailSafePIDThreshold("70");
 197     PDBfile pdbFile;
 198
 199     pdbFile = new PDBfile(false, false, false,
 200             "test/jalview/io/" + testPDBId + ".pdb", DataSourceType.FILE);
 201     // TODO: this uses a network connection - we should mock the sifts testPDBId.xml.gz
 202     siftsClient = new SiftsClient(pdbFile);
 203   }
 204
 205   @AfterTest(alwaysRun = true)
 206   public void cleanUpSiftsClient()
 207   {
 208     siftsClient = null;
 209   }
 210
 211   @Test(groups= {"Functional"})
 212   public void testSIFTsDownloadURL() {
 213     String expectedUrl = "https://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/msd/sifts/split_xml/xy/1xyz.sifts.xml.gz";
 214     Assert.assertEquals(SiftsClient.getDownloadUrlFor("1xyz.sifts.xml.gz"), expectedUrl);
 215   }
 216
 217   @Test(groups = { "Network" })
 218   public void getSIFTsFileTest() throws SiftsException, IOException
 219   {
 220     File siftsFile;
 221     siftsFile = SiftsClient.downloadSiftsFile(testPDBId);
 222     FileAssert.assertFile(siftsFile);
 223     long t1 = siftsFile.lastModified();
 224
 225     // re-read file should be returned from cache
 226     siftsFile = SiftsClient.getSiftsFile(testPDBId);
 227     FileAssert.assertFile(siftsFile);
 228     long t2 = siftsFile.lastModified();
 229     assertEquals(t1, t2);
 230
 231     /*
 232      * force fetch by having 0 expiry of cache
 233      * also wait one second, because file timestamp does not
 234      * give millisecond resolution :-(
 235      */
 236     synchronized (this)
 237     {
 238       try
 239       {
 240         wait(1000);
 241       } catch (InterruptedException e)
 242       {
 243       }
 244     }
 245     SiftsSettings.setCacheThresholdInDays("0");
 246     siftsFile = SiftsClient.getSiftsFile(testPDBId);
 247     FileAssert.assertFile(siftsFile);
 248     long t3 = siftsFile.lastModified();
 249     assertTrue(t3 > t2, "file timestamp unchanged at " + t3);
 250
 251     SiftsSettings.setCacheThresholdInDays("2");
 252   }
 253
 254   @Test(groups = { "Network" })
 255   public void downloadSiftsFileTest() throws SiftsException, IOException
 256   {
 257     // Assert that file isn't yet downloaded - if already downloaded, assert it
 258     // is deleted
 259     Assert.assertTrue(SiftsClient.deleteSiftsFileByPDBId(testPDBId));
 260     File siftsFile;
 261     siftsFile = SiftsClient.downloadSiftsFile(testPDBId);
 262     FileAssert.assertFile(siftsFile);
 263     SiftsClient.downloadSiftsFile(testPDBId);
 264   }
 265
 266   @Test(groups = { "Network" })
 267   public void getAllMappingAccessionTest()
 268   {
 269     Assert.assertNotNull(siftsClient);
 270     Assert.assertNotNull(siftsClient.getAllMappingAccession());
 271     Assert.assertTrue(siftsClient.getAllMappingAccession().size() > 1);
 272   }
 273
 274   @Test(groups = { "Network" })
 275   public void getGreedyMappingTest()
 276   {
 277     Assert.assertNotNull(siftsClient);
 278     Assert.assertNotNull(testSeq);
 279     Assert.assertNotNull(expectedMapping);
 280
 281     // TODO delete when auto-fetching of DBRefEntry is implemented
 282     DBRefEntry dbRef = new DBRefEntry("uniprot", "", "P00221");
 283     testSeq.addDBRef(dbRef);
 284     // testSeq.setSourceDBRef(dbRef);
 285
 286     try
 287     {
 288       HashMap<Integer, int[]> actualMapping = siftsClient
 289               .getGreedyMapping("A", testSeq, null);
 290       Assert.assertEquals(testSeq.getStart(), 1);
 291       Assert.assertEquals(testSeq.getEnd(), 147);
 292       // Can't do Assert.assertEquals(actualMapping, expectedMapping);
 293       // because this fails in our version of TestNG
 294       Assert.assertEquals(actualMapping.size(), expectedMapping.size());
 295       Iterator<Map.Entry<Integer, int[]>> it = expectedMapping.entrySet()
 296               .iterator();
 297       while (it.hasNext())
 298       {
 299         Map.Entry<Integer, int[]> pair = it.next();
 300         Assert.assertTrue(actualMapping.containsKey(pair.getKey()));
 301         Assert.assertEquals(actualMapping.get(pair.getKey()),
 302                 pair.getValue());
 303       }
 304
 305     } catch (Exception e)
 306     {
 307       e.printStackTrace();
 308       Assert.fail("Exception thrown while generating mapping...");
 309     }
 310   }
 311
 312   @Test(groups = { "Network" })
 313   private void getAtomIndexTest()
 314   {
 315     ArrayList<Atom> atoms = new ArrayList<Atom>();
 316     Atom atom = new Atom(u, u, u);
 317     atom.resNumber = 43;
 318     atom.atomIndex = 7;
 319     atoms.add(atom);
 320     int actualAtomIndex = siftsClient.getAtomIndex(1, atoms);
 321     Assert.assertEquals(actualAtomIndex, siftsClient.UNASSIGNED);
 322     actualAtomIndex = siftsClient.getAtomIndex(43, atoms);
 323     Assert.assertEquals(actualAtomIndex, 7);
 324   }
 325
 326   @Test(
 327     groups =
 328     { "Network" },
 329     expectedExceptions = IllegalArgumentException.class)
 330   private void getAtomIndexNullTest()
 331   {
 332     siftsClient.getAtomIndex(1, null);
 333   }
 334
 335   @Test(groups = { "Network" })
 336   private void padWithGapsTest()
 337   {
 338
 339   }
 340
 341   @Test(groups = { "Network" }, expectedExceptions = SiftsException.class)
 342   private void populateAtomPositionsNullTest1()
 343           throws IllegalArgumentException, SiftsException
 344   {
 345     siftsClient.populateAtomPositions(null, null);
 346   }
 347
 348   @Test(groups = { "Network" }, expectedExceptions = SiftsException.class)
 349   private void populateAtomPositionsNullTest2()
 350           throws IllegalArgumentException, SiftsException
 351   {
 352     siftsClient.populateAtomPositions("A", null);
 353   }
 354
 355   @Test(groups = { "Network" })
 356   public void getValidSourceDBRefTest() throws SiftsException
 357   {
 358     DBRefEntryI actualValidSrcDBRef = siftsClient
 359             .getValidSourceDBRef(testSeq);
 360     DBRefEntryI expectedDBRef = new DBRefEntry();
 361     expectedDBRef.setSource(DBRefSource.UNIPROT);
 362     expectedDBRef.setAccessionId("P00221");
 363     expectedDBRef.setVersion("");
 364     Assert.assertEquals(actualValidSrcDBRef, expectedDBRef);
 365   }
 366
 367   @Test(groups = { "Network" }, expectedExceptions = SiftsException.class)
 368   public void getValidSourceDBRefExceptionTest() throws SiftsException
 369   {
 370     SequenceI invalidTestSeq = new Sequence("testSeq", "ABCDEFGH");
 371     siftsClient.getValidSourceDBRef(invalidTestSeq);
 372   }
 373
 374   @Test(groups = { "Network" }, expectedExceptions = SiftsException.class)
 375   public void getValidSourceDBRefExceptionXTest() throws SiftsException
 376   {
 377     SequenceI invalidTestSeq = new Sequence("testSeq", "ABCDEFGH");
 378     DBRefEntry invalidDBRef = new DBRefEntry();
 379     invalidDBRef.setAccessionId("BLAR"); // note no version is set, so also invalid
 380     invalidTestSeq.addDBRef(invalidDBRef);
 381     siftsClient.getValidSourceDBRef(invalidTestSeq);
 382   }
 383
 384   @Test(groups = { "Network" })
 385   public void isValidDBRefEntryTest()
 386   {
 387     DBRefEntryI validDBRef = new DBRefEntry();
 388     validDBRef.setSource(DBRefSource.UNIPROT);
 389     validDBRef.setAccessionId("P00221");
 390     validDBRef.setVersion("");
 391     Assert.assertTrue(siftsClient.isValidDBRefEntry(validDBRef));
 392   }
 393
 394   @Test(groups = { "Network" })
 395   public void getSiftsStructureMappingTest() throws SiftsException
 396   {
 397     Assert.assertTrue(SiftsSettings.isMapWithSifts());
 398     StructureMapping strucMapping = siftsClient
 399             .getSiftsStructureMapping(testSeq, testPDBId, "A");
 400     String expectedMappingOutput = "\nSequence ⟷ Structure mapping details\n"
 401             + "Method: SIFTS\n\n" + "P00221 :  51 - 147 Maps to \n"
 402             + "1A70|A :  1 - 97\n\n"
 403             + "P00221 AAYKVTLVTPTGNVEFQCPDDVYILDAAEEEGIDLPYSCRAGSCSSCAGKLKTGSLNQDDQSFLD\n"
 404             + "       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||\n"
 405             + "1A70|A AAYKVTLVTPTGNVEFQCPDDVYILDAAEEEGIDLPYSCRAGSCSSCAGKLKTGSLNQDDQSFLD\n\n"
 406
 407             + "P00221 DDQIDEGWVLTCAAYPVSDVTIETHKEEELTA\n"
 408             + "       |||||||||||||||||||||||||| |||||\n"
 409             + "1A70|A DDQIDEGWVLTCAAYPVSDVTIETHKKEELTA\n\n" +
 410
 411             "Length of alignment = 97\n" + "Percentage ID = 98.97\n";
 412
 413     Assert.assertEquals(strucMapping.getMappingDetailsOutput(),
 414             expectedMappingOutput);
 415
 416     // Can't do Assert.assertEquals(strucMapping.getMapping(), expectedMapping);
 417     // because this fails in our version of TestNG
 418     Assert.assertEquals(strucMapping.getMapping().size(),
 419             expectedMapping.size());
 420     Iterator<Map.Entry<Integer, int[]>> it = expectedMapping.entrySet()
 421             .iterator();
 422     while (it.hasNext())
 423     {
 424       Map.Entry<Integer, int[]> pair = it.next();
 425       Assert.assertTrue(
 426               strucMapping.getMapping().containsKey(pair.getKey()));
 427       Assert.assertEquals(strucMapping.getMapping().get(pair.getKey()),
 428               pair.getValue());
 429     }
 430   }
 431
 432   @Test(groups = { "Network" })
 433   public void getEntityCountTest()
 434   {
 435     int actualEntityCount = siftsClient.getEntityCount();
 436     System.out.println("actual entity count : " + actualEntityCount);
 437     Assert.assertEquals(actualEntityCount, 1);
 438   }
 439
 440   @Test(groups = { "Network" })
 441   public void getDbAccessionIdTest()
 442   {
 443     String actualDbAccId = siftsClient.getDbAccessionId();
 444     System.out.println("Actual Db Accession Id: " + actualDbAccId);
 445     Assert.assertEquals(actualDbAccId, "1a70");
 446   }
 447
 448   @Test(groups = { "Network" })
 449   public void getDbCoordSysTest()
 450   {
 451     String actualDbCoordSys = siftsClient.getDbCoordSys();
 452     System.out.println("Actual DbCoordSys: " + actualDbCoordSys);
 453     Assert.assertEquals(actualDbCoordSys, "PDBe");
 454   }
 455
 456   @Test(groups = { "Network" })
 457   public void getDbSourceTest()
 458   {
 459     String actualDbSource = siftsClient.getDbSource();
 460     System.out.println("Actual DbSource: " + actualDbSource);
 461     Assert.assertEquals(actualDbSource, "PDBe");
 462   }
 463
 464   @Test(groups = { "Network" })
 465   public void getDbVersionTest()
 466   {
 467     String actualDbVersion = siftsClient.getDbVersion();
 468     System.out.println("Actual DbVersion: " + actualDbVersion);
 469     Assert.assertEquals(actualDbVersion, "2.0");
 470   }
 471
 472   @Test(groups = { "Network" })
 473   public void getEntityByMostOptimalMatchedIdTest1()
 474           throws IOException, SiftsException
 475   {
 476     SiftsClient siftsClientX = null;
 477     PDBfile pdbFile;
 478     pdbFile = new PDBfile(false, false, false,
 479             "test/jalview/io/2nq2" + ".pdb", DataSourceType.FILE);
 480     siftsClientX = new SiftsClient(pdbFile);
 481     Entity entityA = siftsClientX.getEntityByMostOptimalMatchedId("A");
 482     Assert.assertEquals(entityA.getEntityId(), "A");
 483     Entity entityB = siftsClientX.getEntityByMostOptimalMatchedId("B");
 484     Assert.assertEquals(entityB.getEntityId(), "C");
 485     Entity entityC = siftsClientX.getEntityByMostOptimalMatchedId("C");
 486     Assert.assertEquals(entityC.getEntityId(), "B");
 487     Entity entityD = siftsClientX.getEntityByMostOptimalMatchedId("D");
 488     Assert.assertEquals(entityD.getEntityId(), "D");
 489
 490   }
 491
 492   @Test(groups = { "Network" })
 493   public void getEntityByMostOptimalMatchedIdTest2()
 494           throws IOException, SiftsException
 495   {
 496     // This test is for a SIFTS file in which entity A should map to chain P for
 497     // the given PDB Id. All the other chains shouldn't be mapped as there are
 498     // no SIFTS entity records for them.
 499     SiftsClient siftsClientX = null;
 500     PDBfile pdbFile;
 501     pdbFile = new PDBfile(false, false, false, "test/jalview/io/3ucu.cif",
 502             DataSourceType.FILE);
 503     siftsClientX = new SiftsClient(pdbFile);
 504     Entity entityA = siftsClientX.getEntityByMostOptimalMatchedId("P");
 505     Entity entityP = siftsClientX.getEntityByMostOptimalMatchedId("A");
 506     Entity entityR = siftsClientX.getEntityByMostOptimalMatchedId("R");
 507     Assert.assertEquals(entityA.getEntityId(), "A");
 508     Assert.assertNotEquals(entityR, "A");
 509     Assert.assertNotEquals(entityP, "A");
 510     Assert.assertNotEquals(entityR, "R");
 511     Assert.assertNotEquals(entityP, "P");
 512     Assert.assertNull(entityR);
 513     Assert.assertNull(entityP);
 514
 515   }
 516
 517   @Test(groups = { "Network" })
 518   public void getLeadingIntegerFromString()
 519   {
 520     Assert.assertEquals(SiftsClient.getLeadingIntegerValue("1234abcd", -1),
 521             1234);
 522     Assert.assertEquals(SiftsClient.getLeadingIntegerValue("1234", -1),
 523             1234);
 524     Assert.assertEquals(SiftsClient.getLeadingIntegerValue("abcd", -1), -1);
 525     Assert.assertEquals(SiftsClient.getLeadingIntegerValue("abcd1234", -1),
 526             -1);
 527     Assert.assertEquals(SiftsClient.getLeadingIntegerValue("None", -1), -1);
 528     Assert.assertEquals(SiftsClient.getLeadingIntegerValue("Null", -1), -1);
 529   }
 530 }