testsrc/compbio/data/sequence/FastaSequenceGeneratorTester.java

   1 /* Copyright (c) 2009 Peter Troshin\r
   2  *  \r
   3  *  JAva Bioinformatics Analysis Web Services (JABAWS) @version: 1.0     \r
   4  * \r
   5  *  This library is free software; you can redistribute it and/or modify it under the terms of the\r
   6  *  Apache License version 2 as published by the Apache Software Foundation\r
   7  * \r
   8  *  This library is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY WARRANTY; without\r
   9  *  even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the Apache \r
  10  *  License for more details.\r
  11  * \r
  12  *  A copy of the license is in apache_license.txt. It is also available here:\r
  13  * @see: http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0.txt\r
  14  * \r
  15  * Any republication or derived work distributed in source code form\r
  16  * must include this copyright and license notice.\r
  17  */\r
  18 \r
  19 package compbio.data.sequence;\r
  20 \r
  21 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;\r
  22 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;\r
  23 \r
  24 import java.util.List;\r
  25 \r
  26 import org.testng.annotations.Test;\r
  27 \r
  28 public class FastaSequenceGeneratorTester {\r
  29 \r
  30         @Test()\r
  31         public void testProteinSequenceGeneration() {\r
  32                 FastaSequenceGenerator fs = new FastaSequenceGenerator(\r
  33                                 FastaSequenceGenerator.SeqType.PROTEIN, 100);\r
  34                 assertEquals(100, fs.generateFasta(100).size());\r
  35 \r
  36                 fs = new FastaSequenceGenerator(FastaSequenceGenerator.SeqType.DNA, 50);\r
  37                 List<FastaSequence> flist = fs.generateFasta(100);\r
  38                 assertEquals(50, flist.size());\r
  39                 for (FastaSequence s : flist) {\r
  40                         assertTrue(s.getLength() >= 50);\r
  41                 }\r
  42 \r
  43         }\r
  44 }\r