unused/appletgui/AnnotationLabels.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)\r
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors\r
   4  * \r
   5  * This file is part of Jalview.\r
   6  * \r
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3\r
  10  * of the License, or (at your option) any later version.\r
  11  *  \r
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
  16  * \r
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.\r
  20  */\r
  21 package jalview.appletgui;\r
  22 \r
  23 import jalview.analysis.AlignmentUtils;\r
  24 import jalview.bin.JalviewLite;\r
  25 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;\r
  26 import jalview.datamodel.Annotation;\r
  27 import jalview.datamodel.SequenceGroup;\r
  28 import jalview.datamodel.SequenceI;\r
  29 import jalview.util.MessageManager;\r
  30 import jalview.util.ParseHtmlBodyAndLinks;\r
  31 \r
  32 import java.awt.Color;\r
  33 import java.awt.Dimension;\r
  34 import java.awt.FlowLayout;\r
  35 import java.awt.FontMetrics;\r
  36 import java.awt.Graphics;\r
  37 import java.awt.Image;\r
  38 import java.awt.event.ActionEvent;\r
  39 import java.awt.event.ActionListener;\r
  40 import java.awt.event.InputEvent;\r
  41 import java.awt.event.ItemEvent;\r
  42 import java.awt.event.ItemListener;\r
  43 import java.awt.event.MouseEvent;\r
  44 import java.awt.event.MouseListener;\r
  45 import java.awt.event.MouseMotionListener;\r
  46 import java.util.Arrays;\r
  47 import java.util.Collections;\r
  48 import java.util.Vector;\r
  49 \r
  50 import javax.swing.JCheckBox;\r
  51 import javax.swing.JCheckBoxMenuItem;\r
  52 import javax.swing.JFrame;\r
  53 import javax.swing.JMenuItem;\r
  54 import javax.swing.JPanel;\r
  55 import javax.swing.JPopupMenu;\r
  56 \r
  57 public class AnnotationLabels extends JPanel implements ActionListener,\r
  58         MouseListener, MouseMotionListener\r
  59 {\r
  60   Image image;\r
  61 \r
  62   boolean active = false;\r
  63 \r
  64   AlignmentPanel ap;\r
  65 \r
  66   AlignViewport av;\r
  67 \r
  68   boolean resizing = false;\r
  69 \r
  70   int oldY, mouseX;\r
  71 \r
  72   static String ADDNEW = "Add New Row";\r
  73 \r
  74   static String EDITNAME = "Edit Label/Description";\r
  75 \r
  76   static String HIDE = "Hide This Row";\r
  77 \r
  78   static String SHOWALL = "Show All Hidden Rows";\r
  79 \r
  80   static String OUTPUT_TEXT = "Show Values In Textbox";\r
  81 \r
  82   static String COPYCONS_SEQ = "Copy Consensus Sequence";\r
  83 \r
  84   int scrollOffset = 0;\r
  85 \r
  86   int selectedRow = -1;\r
  87 \r
  88   Tooltip tooltip;\r
  89 \r
  90   private boolean hasHiddenRows;\r
  91 \r
  92   public AnnotationLabels(AlignmentPanel ap)\r
  93   {\r
  94     this.ap = ap;\r
  95     this.av = ap.av;\r
  96     setLayout(null);\r
  97 \r
  98     /**\r
  99      * this retrieves the adjustable height glyph from resources. we don't use\r
 100      * it at the moment. java.net.URL url =\r
 101      * getClass().getResource("/images/idwidth.gif"); Image temp = null;\r
 102      * \r
 103      * if (url != null) { temp =\r
 104      * java.awt.Toolkit.getDefaultToolkit().createImage(url); }\r
 105      * \r
 106      * try { MediaTracker mt = new MediaTracker(this); mt.addImage(temp, 0);\r
 107      * mt.waitForID(0); } catch (Exception ex) { }\r
 108      * \r
 109      * BufferedImage bi = new BufferedImage(temp.getHeight(this),\r
 110      * temp.getWidth(this), BufferedImage.TYPE_INT_RGB); Graphics2D g =\r
 111      * (Graphics2D) bi.getGraphics(); g.rotate(Math.toRadians(90));\r
 112      * g.drawImage(temp, 0, -bi.getWidth(this), this); image = (Image) bi;\r
 113      */\r
 114     addMouseListener(this);\r
 115     addMouseMotionListener(this);\r
 116   }\r
 117 \r
 118   public AnnotationLabels(AlignViewport av)\r
 119   {\r
 120     this.av = av;\r
 121   }\r
 122 \r
 123   public void setScrollOffset(int y, boolean repaint)\r
 124   {\r
 125     scrollOffset = y;\r
 126     if (repaint)\r
 127     {\r
 128       repaint();\r
 129     }\r
 130   }\r
 131 \r
 132   /**\r
 133    * \r
 134    * @param y\r
 135    * @return -2 if no rows are visible at all, -1 if no visible rows were\r
 136    *         selected\r
 137    */\r
 138   int getSelectedRow(int y)\r
 139   {\r
 140     int row = -2;\r
 141     AlignmentAnnotation[] aa = ap.av.getAlignment()\r
 142             .getAlignmentAnnotation();\r
 143 \r
 144     if (aa == null)\r
 145     {\r
 146       return row;\r
 147     }\r
 148     int height = 0;\r
 149     for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 150     {\r
 151       row = -1;\r
 152       if (!aa[i].visible)\r
 153       {\r
 154         continue;\r
 155       }\r
 156       height += aa[i].height;\r
 157       if (y < height)\r
 158       {\r
 159         row = i;\r
 160         break;\r
 161       }\r
 162     }\r
 163 \r
 164     return row;\r
 165   }\r
 166 \r
 167   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 168   {\r
 169     AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();\r
 170 \r
 171     if (evt.getActionCommand().equals(ADDNEW))\r
 172     {\r
 173       AlignmentAnnotation newAnnotation = new AlignmentAnnotation("", null,\r
 174               new Annotation[ap.av.getAlignment().getWidth()]);\r
 175 \r
 176       if (!editLabelDescription(newAnnotation))\r
 177       {\r
 178         return;\r
 179       }\r
 180 \r
 181       ap.av.getAlignment().addAnnotation(newAnnotation);\r
 182       ap.av.getAlignment().setAnnotationIndex(newAnnotation, 0);\r
 183     }\r
 184     else if (evt.getActionCommand().equals(EDITNAME))\r
 185     {\r
 186       editLabelDescription(aa[selectedRow]);\r
 187     }\r
 188     else if (evt.getActionCommand().equals(HIDE))\r
 189     {\r
 190       aa[selectedRow].visible = false;\r
 191     }\r
 192     else if (evt.getActionCommand().equals(SHOWALL))\r
 193     {\r
 194       for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 195       {\r
 196         aa[i].visible = (aa[i].annotations == null) ? false : true;\r
 197       }\r
 198     }\r
 199     else if (evt.getActionCommand().equals(OUTPUT_TEXT))\r
 200     {\r
 201       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false,\r
 202               ap.alignFrame);\r
 203       JFrame frame = new JFrame();\r
 204       frame.add(cap);\r
 205       JalviewLite.addFrame(frame, ap.alignFrame.getTitle()\r
 206               + " - " + aa[selectedRow].label, 500, 100);\r
 207       cap.setText(aa[selectedRow].toString());\r
 208     }\r
 209     else if (evt.getActionCommand().equals(COPYCONS_SEQ))\r
 210     {\r
 211       SequenceI cons = av.getConsensusSeq();\r
 212       if (cons != null)\r
 213       {\r
 214         copy_annotseqtoclipboard(cons);\r
 215       }\r
 216 \r
 217     }\r
 218     refresh();\r
 219   }\r
 220 \r
 221   /**\r
 222    * Adjust size and repaint\r
 223    */\r
 224   protected void refresh()\r
 225   {\r
 226     ap.annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 227     setSize(getSize().width, ap.annotationPanel.getSize().height);\r
 228     ap.validate();\r
 229     ap.paintAlignment(true);\r
 230   }\r
 231 \r
 232   boolean editLabelDescription(AlignmentAnnotation annotation)\r
 233   {\r
 234     JCheckBox padGaps = new JCheckBox("Fill Empty Gaps With \""\r
 235             + ap.av.getGapCharacter() + "\"", annotation.padGaps);\r
 236 \r
 237     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(annotation.label,\r
 238             annotation.description, "      Annotation Label",\r
 239             "Annotation Description", ap.alignFrame,\r
 240             "Edit Annotation Name / Description", 500, 180, false);\r
 241 \r
 242     JPanel empty = new JPanel(new FlowLayout());\r
 243     empty.add(padGaps);\r
 244     dialog.add(empty);\r
 245     dialog.pack();\r
 246 \r
 247     dialog.setVisible(true);\r
 248 \r
 249     if (dialog.accept)\r
 250     {\r
 251       annotation.label = dialog.getName();\r
 252       annotation.description = dialog.getDescription();\r
 253       annotation.setPadGaps(padGaps.isSelected(), av.getGapCharacter());\r
 254       repaint();\r
 255       return true;\r
 256     }\r
 257     else\r
 258     {\r
 259       return false;\r
 260     }\r
 261 \r
 262   }\r
 263 \r
 264   boolean resizePanel = false;\r
 265 \r
 266   public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 267   {\r
 268     resizePanel = evt.getY() < 10 && evt.getX() < 14;\r
 269     int row = getSelectedRow(evt.getY() + scrollOffset);\r
 270 \r
 271     if (row > -1)\r
 272     {\r
 273       ParseHtmlBodyAndLinks phb = new ParseHtmlBodyAndLinks(\r
 274               av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[row]\r
 275                       .getDescription(true),\r
 276               true, "\n");\r
 277       if (tooltip == null)\r
 278       {\r
 279         tooltip = new Tooltip(phb.getNonHtmlContent(), this);\r
 280       }\r
 281       else\r
 282       {\r
 283         tooltip.setTip(phb.getNonHtmlContent());\r
 284       }\r
 285     }\r
 286     else if (tooltip != null)\r
 287     {\r
 288       tooltip.setTip("");\r
 289     }\r
 290   }\r
 291 \r
 292   /**\r
 293    * curent drag position\r
 294    */\r
 295   MouseEvent dragEvent = null;\r
 296 \r
 297   /**\r
 298    * flag to indicate drag events should be ignored\r
 299    */\r
 300   private boolean dragCancelled = false;\r
 301 \r
 302   /**\r
 303    * clear any drag events in progress\r
 304    */\r
 305   public void cancelDrag()\r
 306   {\r
 307     dragEvent = null;\r
 308     dragCancelled = true;\r
 309   }\r
 310 \r
 311   public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 312   {\r
 313     if (dragCancelled)\r
 314     {\r
 315       return;\r
 316     }\r
 317     ;\r
 318     dragEvent = evt;\r
 319 \r
 320     if (resizePanel)\r
 321     {\r
 322       Dimension d = ap.annotationPanelHolder.getSize(), e = ap.annotationSpaceFillerHolder\r
 323               .getSize(), f = ap.seqPanelHolder.getSize();\r
 324       int dif = evt.getY() - oldY;\r
 325 \r
 326       dif /= ap.av.getCharHeight();\r
 327       dif *= ap.av.getCharHeight();\r
 328 \r
 329       if ((d.height - dif) > 20 && (f.height + dif) > 20)\r
 330       {\r
 331         ap.annotationPanel.setSize(d.width, d.height - dif);\r
 332         setSize(new Dimension(e.width, d.height - dif));\r
 333         ap.annotationSpaceFillerHolder.setSize(new Dimension(e.width,\r
 334                 d.height - dif));\r
 335         ap.annotationPanelHolder.setSize(new Dimension(d.width, d.height\r
 336                 - dif));\r
 337         ap.apvscroll.setValues(ap.apvscroll.getValue(), d.height - dif, 0,\r
 338                 av.calcPanelHeight());\r
 339         f.height += dif;\r
 340         ap.seqPanelHolder.setPreferredSize(f);\r
 341         ap.setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 342         ap.validate();\r
 343         // ap.paintAlignment(true);\r
 344         ap.addNotify();\r
 345       }\r
 346 \r
 347     }\r
 348     else\r
 349     {\r
 350       int diff;\r
 351       if ((diff = 6 - evt.getY()) > 0)\r
 352       {\r
 353         // nudge scroll up\r
 354         ap.apvscroll.setValue(ap.apvscroll.getValue() - diff);\r
 355         ap.adjustmentValueChanged(null);\r
 356 \r
 357       }\r
 358       else if ((0 < (diff = 6\r
 359               - ap.annotationSpaceFillerHolder.getSize().height\r
 360               + evt.getY())))\r
 361       {\r
 362         // nudge scroll down\r
 363         ap.apvscroll.setValue(ap.apvscroll.getValue() + diff);\r
 364         ap.adjustmentValueChanged(null);\r
 365       }\r
 366       repaint();\r
 367     }\r
 368   }\r
 369 \r
 370   public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
 371   {\r
 372   }\r
 373 \r
 374   public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 375   {\r
 376     if (!resizePanel && !dragCancelled)\r
 377     {\r
 378       int start = selectedRow;\r
 379 \r
 380       int end = getSelectedRow(evt.getY() + scrollOffset);\r
 381 \r
 382       if (start > -1 && start != end)\r
 383       {\r
 384         // Swap these annotations\r
 385         AlignmentAnnotation startAA = ap.av.getAlignment()\r
 386                 .getAlignmentAnnotation()[start];\r
 387         if (end == -1)\r
 388         {\r
 389           end = ap.av.getAlignment().getAlignmentAnnotation().length - 1;\r
 390         }\r
 391         AlignmentAnnotation endAA = ap.av.getAlignment()\r
 392                 .getAlignmentAnnotation()[end];\r
 393 \r
 394         ap.av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[end] = startAA;\r
 395         ap.av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[start] = endAA;\r
 396       }\r
 397     }\r
 398     resizePanel = false;\r
 399     dragEvent = null;\r
 400     dragCancelled = false;\r
 401     repaint();\r
 402     ap.annotationPanel.repaint();\r
 403   }\r
 404 \r
 405   public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
 406   {\r
 407     if (evt.getY() < 10 && evt.getX() < 14)\r
 408     {\r
 409       resizePanel = true;\r
 410       repaint();\r
 411     }\r
 412   }\r
 413 \r
 414   public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
 415   {\r
 416     dragCancelled = false;\r
 417 \r
 418     if (dragEvent == null)\r
 419     {\r
 420       resizePanel = false;\r
 421     }\r
 422     else\r
 423     {\r
 424       if (!resizePanel)\r
 425       {\r
 426         dragEvent = null;\r
 427       }\r
 428     }\r
 429     repaint();\r
 430   }\r
 431 \r
 432   public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 433   {\r
 434     oldY = evt.getY();\r
 435     if (resizePanel)\r
 436     {\r
 437       return;\r
 438     }\r
 439     dragCancelled = false;\r
 440     // todo: move below to mouseClicked ?\r
 441     selectedRow = getSelectedRow(evt.getY() + scrollOffset);\r
 442 \r
 443     AlignmentAnnotation[] aa = ap.av.getAlignment()\r
 444             .getAlignmentAnnotation();\r
 445 \r
 446     // DETECT RIGHT MOUSE BUTTON IN AWT\r
 447     if ((evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) == InputEvent.BUTTON3_MASK)\r
 448     {\r
 449 \r
 450       JPopupMenu popup = new JPopupMenu(\r
 451               MessageManager.getString("label.annotations"));\r
 452 \r
 453       JMenuItem item = new JMenuItem(ADDNEW);\r
 454       item.addActionListener(this);\r
 455       popup.add(item);\r
 456       if (selectedRow < 0)\r
 457       {\r
 458         // this never happens at moment: - see comment on JAL-563\r
 459         if (hasHiddenRows)\r
 460         {\r
 461           item = new JMenuItem(SHOWALL);\r
 462           item.addActionListener(this);\r
 463           popup.add(item);\r
 464         }\r
 465         this.add(popup);\r
 466         popup.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 467         return;\r
 468       }\r
 469       // add the rest if there are actually rows to show\r
 470       item = new JMenuItem(EDITNAME);\r
 471       item.addActionListener(this);\r
 472       popup.add(item);\r
 473       item = new JMenuItem(HIDE);\r
 474       item.addActionListener(this);\r
 475       popup.add(item);\r
 476 \r
 477       /*\r
 478        * Hide all <label>:\r
 479        */\r
 480       if (selectedRow < aa.length)\r
 481       {\r
 482         if (aa[selectedRow].sequenceRef != null)\r
 483         {\r
 484           final String label = aa[selectedRow].label;\r
 485           JMenuItem hideType = new JMenuItem(\r
 486                   MessageManager.getString("label.hide_all") + " " + label);\r
 487           hideType.addActionListener(new ActionListener()\r
 488           {\r
 489             @Override\r
 490             public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 491             {\r
 492               AlignmentUtils.showOrHideSequenceAnnotations(\r
 493                       ap.av.getAlignment(), Collections.singleton(label),\r
 494                       null, false, false);\r
 495               refresh();\r
 496             }\r
 497           });\r
 498           popup.add(hideType);\r
 499         }\r
 500       }\r
 501 \r
 502       if (hasHiddenRows)\r
 503       {\r
 504         item = new JMenuItem(SHOWALL);\r
 505         item.addActionListener(this);\r
 506         popup.add(item);\r
 507       }\r
 508       this.add(popup);\r
 509       item = new JMenuItem(OUTPUT_TEXT);\r
 510       item.addActionListener(this);\r
 511       popup.add(item);\r
 512       if (selectedRow < aa.length)\r
 513       {\r
 514         if (aa[selectedRow].autoCalculated)\r
 515         {\r
 516           if (aa[selectedRow].label.indexOf("Consensus") > -1)\r
 517           {\r
 518             popup.addSeparator();\r
 519             final JCheckBoxMenuItem cbmi = new JCheckBoxMenuItem(\r
 520                     MessageManager.getString("label.ignore_gaps_consensus"),\r
 521                     (aa[selectedRow].groupRef != null) ? aa[selectedRow].groupRef\r
 522                             .getIgnoreGapsConsensus() : ap.av\r
 523                             .isIgnoreGapsConsensus());\r
 524             final AlignmentAnnotation aaa = aa[selectedRow];\r
 525             cbmi.addItemListener(new ItemListener()\r
 526             {\r
 527               public void itemStateChanged(ItemEvent e)\r
 528               {\r
 529                 if (aaa.groupRef != null)\r
 530                 {\r
 531                   // TODO: pass on reference to ap so the view can be updated.\r
 532                   aaa.groupRef.setIgnoreGapsConsensus(cbmi.getState());\r
 533                 }\r
 534                 else\r
 535                 {\r
 536                   ap.av.setIgnoreGapsConsensus(cbmi.getState(), ap);\r
 537                 }\r
 538                 ap.paintAlignment(true);\r
 539               }\r
 540             });\r
 541             popup.add(cbmi);\r
 542             if (aaa.groupRef != null)\r
 543             {\r
 544               final JCheckBoxMenuItem chist = new JCheckBoxMenuItem(\r
 545                       MessageManager.getString("label.show_group_histogram"),\r
 546                       aa[selectedRow].groupRef.isShowConsensusHistogram());\r
 547               chist.addItemListener(new ItemListener()\r
 548               {\r
 549                 public void itemStateChanged(ItemEvent e)\r
 550                 {\r
 551                   // TODO: pass on reference\r
 552                   // to ap\r
 553                   // so the\r
 554                   // view\r
 555                   // can be\r
 556                   // updated.\r
 557                   aaa.groupRef.setShowConsensusHistogram(chist.getState());\r
 558                   ap.repaint();\r
 559                   // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());\r
 560                 }\r
 561               });\r
 562               popup.add(chist);\r
 563               final JCheckBoxMenuItem cprofl = new JCheckBoxMenuItem(\r
 564                       MessageManager.getString("label.show_group_logo"),\r
 565                       aa[selectedRow].groupRef.isShowSequenceLogo());\r
 566               cprofl.addItemListener(new ItemListener()\r
 567               {\r
 568                 public void itemStateChanged(ItemEvent e)\r
 569                 {\r
 570                   // TODO: pass on reference\r
 571                   // to ap\r
 572                   // so the\r
 573                   // view\r
 574                   // can be\r
 575                   // updated.\r
 576                   aaa.groupRef.setshowSequenceLogo(cprofl.getState());\r
 577                   ap.repaint();\r
 578                   // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());\r
 579                 }\r
 580               });\r
 581 \r
 582               popup.add(cprofl);\r
 583               final JCheckBoxMenuItem cprofn = new JCheckBoxMenuItem(\r
 584                       MessageManager.getString("label.normalise_group_logo"),\r
 585                       aa[selectedRow].groupRef.isNormaliseSequenceLogo());\r
 586               cprofn.addItemListener(new ItemListener()\r
 587               {\r
 588                 public void itemStateChanged(ItemEvent e)\r
 589                 {\r
 590                   // TODO: pass on reference\r
 591                   // to ap\r
 592                   // so the\r
 593                   // view\r
 594                   // can be\r
 595                   // updated.\r
 596                   aaa.groupRef.setshowSequenceLogo(true);\r
 597                   aaa.groupRef.setNormaliseSequenceLogo(cprofn.getState());\r
 598                   ap.repaint();\r
 599                   // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());\r
 600                 }\r
 601               });\r
 602               popup.add(cprofn);\r
 603             }\r
 604             else\r
 605             {\r
 606               final JCheckBoxMenuItem chist = new JCheckBoxMenuItem(\r
 607                       MessageManager.getString("label.show_histogram"), av.isShowConsensusHistogram());\r
 608               chist.addItemListener(new ItemListener()\r
 609               {\r
 610                 public void itemStateChanged(ItemEvent e)\r
 611                 {\r
 612                   // TODO: pass on reference\r
 613                   // to ap\r
 614                   // so the\r
 615                   // view\r
 616                   // can be\r
 617                   // updated.\r
 618                   av.setShowConsensusHistogram(chist.getState());\r
 619                   ap.alignFrame.showConsensusHistogram.setState(chist\r
 620                           .getState()); // TODO: implement\r
 621                                         // ap.updateGUI()/alignFrame.updateGUI\r
 622                                         // for applet\r
 623                   ap.repaint();\r
 624                   // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());\r
 625                 }\r
 626               });\r
 627               popup.add(chist);\r
 628               final JCheckBoxMenuItem cprof = new JCheckBoxMenuItem(\r
 629                       MessageManager.getString("label.show_logo"), av.isShowSequenceLogo());\r
 630               cprof.addItemListener(new ItemListener()\r
 631               {\r
 632                 public void itemStateChanged(ItemEvent e)\r
 633                 {\r
 634                   // TODO: pass on reference\r
 635                   // to ap\r
 636                   // so the\r
 637                   // view\r
 638                   // can be\r
 639                   // updated.\r
 640                   av.setShowSequenceLogo(cprof.getState());\r
 641                   ap.alignFrame.showSequenceLogo.setState(cprof.getState()); // TODO:\r
 642                                                                              // implement\r
 643                                                                              // ap.updateGUI()/alignFrame.updateGUI\r
 644                                                                              // for\r
 645                                                                              // applet\r
 646                   ap.repaint();\r
 647                   // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());\r
 648                 }\r
 649               });\r
 650               popup.add(cprof);\r
 651               final JCheckBoxMenuItem cprofn = new JCheckBoxMenuItem(\r
 652                       MessageManager.getString("label.normalise_logo"), av.isNormaliseSequenceLogo());\r
 653               cprofn.addItemListener(new ItemListener()\r
 654               {\r
 655                 public void itemStateChanged(ItemEvent e)\r
 656                 {\r
 657                   // TODO: pass on reference\r
 658                   // to ap\r
 659                   // so the\r
 660                   // view\r
 661                   // can be\r
 662                   // updated.\r
 663                   av.setShowSequenceLogo(true);\r
 664                   ap.alignFrame.normSequenceLogo.setState(cprofn.getState()); // TODO:\r
 665                                                                               // implement\r
 666                                                                               // ap.updateGUI()/alignFrame.updateGUI\r
 667                                                                               // for\r
 668                                                                               // applet\r
 669                   av.setNormaliseSequenceLogo(cprofn.getState());\r
 670                   ap.repaint();\r
 671                   // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());\r
 672                 }\r
 673               });\r
 674               popup.add(cprofn);\r
 675             }\r
 676 \r
 677             item = new JMenuItem(COPYCONS_SEQ);\r
 678             item.addActionListener(this);\r
 679             popup.add(item);\r
 680           }\r
 681         }\r
 682       }\r
 683       popup.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 684     }\r
 685     else\r
 686     {\r
 687       // selection action.\r
 688       if (selectedRow > -1 && selectedRow < aa.length)\r
 689       {\r
 690         if (aa[selectedRow].groupRef != null)\r
 691         {\r
 692           if (evt.getClickCount() >= 2)\r
 693           {\r
 694             // todo: make the ap scroll to the selection - not necessary, first\r
 695             // click highlights/scrolls, second selects\r
 696             ap.seqPanel.ap.idPanel.highlightSearchResults(null);\r
 697             ap.av.setSelectionGroup(// new SequenceGroup(\r
 698             aa[selectedRow].groupRef); // );\r
 699             ap.av.sendSelection();\r
 700             ap.paintAlignment(false);\r
 701             PaintRefresher.Refresh(ap, ap.av.getSequenceSetId());\r
 702           }\r
 703           else\r
 704           {\r
 705             ap.seqPanel.ap.idPanel\r
 706                     .highlightSearchResults(aa[selectedRow].groupRef\r
 707                             .getSequences(null));\r
 708           }\r
 709           return;\r
 710         }\r
 711         else if (aa[selectedRow].sequenceRef != null)\r
 712         {\r
 713           if (evt.getClickCount() == 1)\r
 714           {\r
 715             ap.seqPanel.ap.idPanel.highlightSearchResults(Arrays\r
 716                     .asList(new SequenceI[]\r
 717                     { aa[selectedRow].sequenceRef }));\r
 718           }\r
 719           else if (evt.getClickCount() >= 2)\r
 720           {\r
 721             ap.seqPanel.ap.idPanel.highlightSearchResults(null);\r
 722             SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 723             if (sg!=null)\r
 724             {\r
 725               // we make a copy rather than edit the current selection if no modifiers pressed\r
 726               // see Enhancement JAL-1557\r
 727               if (!(evt.isControlDown() || evt.isShiftDown()))\r
 728               {\r
 729                 sg = new SequenceGroup(sg);\r
 730                 sg.clear();\r
 731                 sg.addSequence(aa[selectedRow].sequenceRef, false);\r
 732               } else {\r
 733                 if (evt.isControlDown())\r
 734                 {\r
 735                   sg.addOrRemove(aa[selectedRow].sequenceRef, true);\r
 736                 } else {\r
 737                   // notionally, we should also add intermediate sequences from last added sequence ?\r
 738                   sg.addSequence(aa[selectedRow].sequenceRef, true);\r
 739                 }\r
 740               }\r
 741             } else {\r
 742               sg = new SequenceGroup();\r
 743               sg.setStartRes(0);\r
 744               sg.setEndRes(ap.av.getAlignment().getWidth()-1);\r
 745               sg.addSequence(aa[selectedRow].sequenceRef, false);\r
 746             }\r
 747             ap.av.setSelectionGroup(sg);\r
 748             ap.paintAlignment(false);\r
 749             PaintRefresher.Refresh(ap, ap.av.getSequenceSetId());\r
 750             ap.av.sendSelection();\r
 751           }\r
 752 \r
 753         }\r
 754       }\r
 755 \r
 756     }\r
 757   }\r
 758 \r
 759   /**\r
 760    * DOCUMENT ME!\r
 761    * \r
 762    * @param e\r
 763    *          DOCUMENT ME!\r
 764    */\r
 765   protected void copy_annotseqtoclipboard(SequenceI sq)\r
 766   {\r
 767     if (sq == null || sq.getLength() < 1)\r
 768     {\r
 769       return;\r
 770     }\r
 771     AlignFrame.copiedSequences = new StringBuffer();\r
 772     AlignFrame.copiedSequences.append(sq.getName() + "\t"\r
 773             + sq.getStart() + "\t" + sq.getEnd() + "\t"\r
 774             + sq.getSequenceAsString() + "\n");\r
 775     if (av.hasHiddenColumns())\r
 776     {\r
 777       AlignFrame.copiedHiddenColumns = new Vector();\r
 778       for (int[] region : av.getColumnSelection().getHiddenColumns())\r
 779       {\r
 780         AlignFrame.copiedHiddenColumns\r
 781                 .addElement(new int[]\r
 782                 { region[0], region[1] });\r
 783       }\r
 784     }\r
 785   }\r
 786 \r
 787   public void update(Graphics g)\r
 788   {\r
 789     paint(g);\r
 790   }\r
 791 \r
 792   public void paint(Graphics g)\r
 793   {\r
 794     int w = getSize().width;\r
 795     int h = getSize().height;\r
 796     if (image == null || w != image.getWidth(this)\r
 797             || h != image.getHeight(this))\r
 798     {\r
 799       image = createImage(w, ap.annotationPanel.getSize().height);\r
 800     }\r
 801 \r
 802     drawComponent(image.getGraphics(), w);\r
 803     g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
 804   }\r
 805 \r
 806   public void drawComponent(Graphics g, int width)\r
 807   {\r
 808     g.setFont(av.getFont());\r
 809     FontMetrics fm = g.getFontMetrics(av.getFont());\r
 810     g.setColor(Color.white);\r
 811     g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);\r
 812 \r
 813     g.translate(0, -scrollOffset);\r
 814     g.setColor(Color.black);\r
 815 \r
 816     AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();\r
 817     int y = 0, fy = g.getFont().getSize();\r
 818     int x = 0, offset;\r
 819 \r
 820     if (aa != null)\r
 821     {\r
 822       hasHiddenRows = false;\r
 823       for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 824       {\r
 825         if (!aa[i].visible)\r
 826         {\r
 827           hasHiddenRows = true;\r
 828           continue;\r
 829         }\r
 830 \r
 831         x = width - fm.stringWidth(aa[i].label) - 3;\r
 832 \r
 833         y += aa[i].height;\r
 834         offset = -(aa[i].height - fy) / 2;\r
 835 \r
 836         g.drawString(aa[i].label, x, y + offset);\r
 837       }\r
 838     }\r
 839     g.translate(0, +scrollOffset);\r
 840     if (resizePanel)\r
 841     {\r
 842       g.setColor(Color.red);\r
 843       g.setPaintMode();\r
 844       g.drawLine(2, 8, 5, 2);\r
 845       g.drawLine(5, 2, 8, 8);\r
 846     }\r
 847     else if (!dragCancelled && dragEvent != null && aa != null)\r
 848     {\r
 849       g.setColor(Color.lightGray);\r
 850       g.drawString(aa[selectedRow].label, dragEvent.getX(),\r
 851               dragEvent.getY());\r
 852     }\r
 853 \r
 854     if (!av.getWrapAlignment() && ((aa == null) || (aa.length < 1)))\r
 855     {\r
 856       g.setColor(Color.black);\r
 857       g.drawString(MessageManager.getString("label.right_click"), 2, 8);\r
 858       g.drawString(MessageManager.getString("label.to_add_annotation"), 2,\r
 859               18);\r
 860     }\r
 861   }\r
 862 }\r