unused/appletgui/ExtJmol.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)\r
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors\r
   4  * \r
   5  * This file is part of Jalview.\r
   6  * \r
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3\r
  10  * of the License, or (at your option) any later version.\r
  11  *  \r
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
  16  * \r
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.\r
  20  */\r
  21 package jalview.appletgui;\r
  22 \r
  23 import jalview.api.AlignmentViewPanel;\r
  24 import jalview.api.FeatureRenderer;\r
  25 import jalview.api.SequenceRenderer;\r
  26 import jalview.datamodel.PDBEntry;\r
  27 import jalview.datamodel.SequenceI;\r
  28 import jalview.ext.jmol.JalviewJmolBinding;\r
  29 \r
  30 import java.awt.Container;\r
  31 import java.util.ArrayList;\r
  32 import java.util.List;\r
  33 import java.util.Map;\r
  34 import java.util.Vector;\r
  35 \r
  36 import org.jmol.api.JmolAppConsoleInterface;\r
  37 import org.jmol.java.BS;\r
  38 import org.jmol.viewer.Viewer;\r
  39 \r
  40 /**\r
  41  * bind an alignment view to an external Jmol instance.\r
  42  * \r
  43  * @author JimP\r
  44  * \r
  45  */\r
  46 public class ExtJmol extends JalviewJmolBinding\r
  47 {\r
  48 \r
  49   private AlignmentPanel ap;\r
  50 \r
  51   protected ExtJmol(jalview.appletgui.AlignFrame alframe,\r
  52           PDBEntry[] pdbentry, SequenceI[][] seq, String[][] chains,\r
  53           String protocol)\r
  54   {\r
  55     super(alframe.alignPanel.getStructureSelectionManager(), pdbentry, seq,\r
  56             chains, protocol);\r
  57   }\r
  58 \r
  59   public ExtJmol(Viewer viewer, AlignmentPanel alignPanel,\r
  60           SequenceI[][] seqs)\r
  61   {\r
  62     super(alignPanel.getStructureSelectionManager(), seqs, viewer);\r
  63     ap = alignPanel;\r
  64     notifyFileLoaded(null, null, null, null, 0);\r
  65   }\r
  66 \r
  67   private void notifyFileLoaded(Object object, Object object2, Object object3,\r
  68                         Object object4, int i) {\r
  69                 // TODO Auto-generated method stub\r
  70                 \r
  71         }\r
  72 \r
  73         public void updateColours(Object source)\r
  74   {\r
  75 \r
  76     // TODO Auto-generated method stub\r
  77 \r
  78   }\r
  79 \r
  80   public void showUrl(String arg0)\r
  81   {\r
  82     showUrl(arg0, "jmol");\r
  83   }\r
  84 \r
  85   @Override\r
  86   public FeatureRenderer getFeatureRenderer(AlignmentViewPanel alignment)\r
  87   {\r
  88     AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel) alignment;\r
  89     if (ap.av.isShowSequenceFeatures())\r
  90     {\r
  91       return ap.getFeatureRenderer();\r
  92     }\r
  93     else\r
  94     {\r
  95       return null;\r
  96     }\r
  97   }\r
  98 \r
  99   @Override\r
 100   public SequenceRenderer getSequenceRenderer(AlignmentViewPanel alignment)\r
 101   {\r
 102     return ((AlignmentPanel) alignment).getSequenceRenderer();\r
 103   }\r
 104 \r
 105   @Override\r
 106   public void notifyScriptTermination(String strStatus, int msWalltime)\r
 107   {\r
 108     // ignore\r
 109   }\r
 110 \r
 111   @Override\r
 112   public void sendConsoleEcho(String strEcho)\r
 113   {\r
 114     // ignore\r
 115   }\r
 116 \r
 117   @Override\r
 118   public void sendConsoleMessage(String strStatus)\r
 119   {\r
 120     // ignore\r
 121   }\r
 122 \r
 123   @Override\r
 124   public void showUrl(String url, String target)\r
 125   {\r
 126     ap.alignFrame.showURL(url, target);\r
 127   }\r
 128 \r
 129   @Override\r
 130   public void refreshGUI()\r
 131   {\r
 132     // ignore\r
 133   }\r
 134 \r
 135   public void selectionChanged(BS arg0)\r
 136   {\r
 137     System.out.println(arg0);\r
 138   }\r
 139 \r
 140   @Override\r
 141   public void refreshPdbEntries()\r
 142   {\r
 143     List<PDBEntry> pdbe = new ArrayList<PDBEntry>();\r
 144     List<String> fileids = new ArrayList<String>();\r
 145     SequenceI[] sq = ap.av.getAlignment().getSequencesArray();\r
 146     for (int s = 0; s < sq.length; s++)\r
 147     {\r
 148       Vector<PDBEntry> pdbids = sq[s].getPDBId();\r
 149       if (pdbids != null)\r
 150       {\r
 151         for (int pe = 0, peSize = pdbids.size(); pe < peSize; pe++)\r
 152         {\r
 153           PDBEntry pentry = pdbids.elementAt(pe);\r
 154           if (!fileids.contains(pentry.getId()))\r
 155           {\r
 156             pdbe.add(pentry);\r
 157           }\r
 158           else\r
 159           {\r
 160             fileids.add(pentry.getId());\r
 161           }\r
 162         }\r
 163       }\r
 164     }\r
 165     PDBEntry[] newEntries = new PDBEntry[pdbe.size()];\r
 166     for (int pe = 0; pe < pdbe.size(); pe++)\r
 167     {\r
 168       newEntries[pe] = pdbe.get(pe);\r
 169     }\r
 170     setPdbentry(newEntries);\r
 171   }\r
 172 \r
 173   @Override\r
 174   public void showConsole(boolean show)\r
 175   {\r
 176     // This never gets called because we haven't overriden the associated Jmol's\r
 177     // console\r
 178     System.err\r
 179             .println("WARNING: unexpected call to ExtJmol's showConsole method. (showConsole="\r
 180                     + show);\r
 181   }\r
 182 \r
 183   @Override\r
 184   protected JmolAppConsoleInterface createJmolConsole(\r
 185           Container consolePanel, String buttonsToShow)\r
 186   {\r
 187     // TODO Auto-generated method stub\r
 188     return null;\r
 189   }\r
 190 \r
 191   @Override\r
 192   protected void releaseUIResources()\r
 193   {\r
 194     ap = null;\r
 195     closeConsole();\r
 196 \r
 197   }\r
 198 \r
 199   @Override\r
 200   public void releaseReferences(Object svl)\r
 201   {\r
 202     // TODO Auto-generated method stub\r
 203 \r
 204   }\r
 205 \r
 206   @Override\r
 207   public Map<String, Object> getJSpecViewProperty(String arg0)\r
 208   {\r
 209     // TODO Auto-generated method stub\r
 210     return null;\r
 211   }\r
 212 \r
 213 }\r