unused/appletgui/FeatureSettings.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)\r
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors\r
   4  * \r
   5  * This file is part of Jalview.\r
   6  * \r
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3\r
  10  * of the License, or (at your option) any later version.\r
  11  *  \r
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
  16  * \r
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.\r
  20  */\r
  21 package jalview.appletgui;\r
  22 \r
  23 import jalview.api.FeatureSettingsControllerI;\r
  24 import jalview.bin.JalviewLite;\r
  25 import jalview.datamodel.AlignmentI;\r
  26 import jalview.datamodel.SequenceFeature;\r
  27 import jalview.schemes.AnnotationColourGradient;\r
  28 import jalview.schemes.GraduatedColor;\r
  29 import jalview.util.MessageManager;\r
  30 \r
  31 import java.awt.BorderLayout;\r
  32 import javax.swing.JButton;\r
  33 import javax.swing.JCheckBox;\r
  34 import java.awt.Color;\r
  35 import java.awt.Component;\r
  36 import java.awt.Dimension;\r
  37 import java.awt.Font;\r
  38 import java.awt.FontMetrics;\r
  39 import javax.swing.JFrame;\r
  40 import java.awt.Graphics;\r
  41 import java.awt.GridLayout;\r
  42 import java.awt.Image;\r
  43 import javax.swing.JLabel;\r
  44 import javax.swing.JMenuItem;\r
  45 import javax.swing.JPanel;\r
  46 import javax.swing.JPopupMenu;\r
  47 import javax.swing.JScrollPane;\r
  48 import javax.swing.JScrollBar;\r
  49 import java.awt.event.ActionEvent;\r
  50 import java.awt.event.ActionListener;\r
  51 import java.awt.event.AdjustmentEvent;\r
  52 import java.awt.event.AdjustmentListener;\r
  53 import java.awt.event.InputEvent;\r
  54 import java.awt.event.ItemEvent;\r
  55 import java.awt.event.ItemListener;\r
  56 import java.awt.event.MouseEvent;\r
  57 import java.awt.event.MouseListener;\r
  58 import java.awt.event.MouseMotionListener;\r
  59 import java.awt.event.WindowAdapter;\r
  60 import java.awt.event.WindowEvent;\r
  61 import java.util.Enumeration;\r
  62 import java.util.Hashtable;\r
  63 import java.util.List;\r
  64 import java.util.Vector;\r
  65 \r
  66 public class FeatureSettings extends JPanel implements ItemListener,\r
  67         MouseListener, MouseMotionListener, ActionListener,\r
  68         AdjustmentListener, FeatureSettingsControllerI\r
  69 {\r
  70   FeatureRenderer fr;\r
  71 \r
  72   AlignmentPanel ap;\r
  73 \r
  74   AlignViewport av;\r
  75 \r
  76   JFrame frame;\r
  77 \r
  78   JPanel groupPanel;\r
  79 \r
  80   JPanel featurePanel = new JPanel();\r
  81 \r
  82   JScrollPane scrollPane;\r
  83 \r
  84   Image linkImage;\r
  85 \r
  86   JScrollBar transparency;\r
  87 \r
  88   public FeatureSettings(final AlignmentPanel ap)\r
  89   {\r
  90     this.ap = ap;\r
  91     this.av = ap.av;\r
  92     ap.av.featureSettings = this;\r
  93     fr = ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer();\r
  94 \r
  95     transparency = new JScrollBar(JScrollBar.HORIZONTAL,\r
  96             100 - (int) (fr.getTransparency() * 100), 1, 1, 100);\r
  97 \r
  98     if (fr.isTransparencyAvailable())\r
  99     {\r
 100       transparency.addAdjustmentListener(this);\r
 101     }\r
 102     else\r
 103     {\r
 104       transparency.setEnabled(false);\r
 105     }\r
 106 \r
 107     java.net.URL url = getClass().getResource("/images/link.gif");\r
 108     if (url != null)\r
 109     {\r
 110       linkImage = java.awt.Toolkit.getDefaultToolkit().getImage(url);\r
 111     }\r
 112 \r
 113     if (av.isShowSequenceFeatures() || !fr.hasRenderOrder())\r
 114     {\r
 115       fr.findAllFeatures(true); // was default - now true to make all visible\r
 116     }\r
 117 \r
 118     discoverAllFeatureData();\r
 119 \r
 120     this.setLayout(new BorderLayout());\r
 121     scrollPane = new JScrollPane();\r
 122     scrollPane.add(featurePanel);\r
 123     if (fr.getAllFeatureColours()!=null && fr.getAllFeatureColours().size()>0)\r
 124     {\r
 125       add(scrollPane, BorderLayout.CENTER);\r
 126     }\r
 127 \r
 128     JButton invert = new JButton("Invert Selection");\r
 129     invert.addActionListener(this);\r
 130 \r
 131     JPanel lowerPanel = new JPanel(new GridLayout(2, 1, 5, 10));\r
 132     lowerPanel.add(invert);\r
 133 \r
 134     JPanel tPanel = new JPanel(new BorderLayout());\r
 135  \r
 136     if (fr.isTransparencyAvailable())\r
 137     {\r
 138       tPanel.add(transparency, BorderLayout.CENTER);\r
 139       tPanel.add(new JLabel("Transparency"), BorderLayout.EAST);\r
 140     }\r
 141     else\r
 142     {\r
 143       tPanel.add(\r
 144               new JLabel("Transparency not available in this web browser"),\r
 145               BorderLayout.CENTER);\r
 146     }\r
 147 \r
 148     lowerPanel.add(tPanel, BorderLayout.SOUTH);\r
 149 \r
 150     add(lowerPanel, BorderLayout.SOUTH);\r
 151 \r
 152     if (groupPanel != null)\r
 153     {\r
 154       groupPanel\r
 155               .setLayout(new GridLayout(\r
 156                       (fr.getFeatureGroupsSize()) / 4 + 1,\r
 157                       4)); // JBPNote - this was scaled on number of visible groups. seems broken\r
 158       groupPanel.validate();\r
 159 \r
 160       add(groupPanel, BorderLayout.NORTH);\r
 161     }\r
 162     frame = new JFrame();\r
 163     frame.add(this);\r
 164     final FeatureSettings me = this;\r
 165     frame.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
 166     {\r
 167       public void windowClosing(WindowEvent e)\r
 168       {\r
 169         if (me.av.featureSettings == me)\r
 170         {\r
 171           me.av.featureSettings = null;\r
 172           me.ap = null;\r
 173           me.av = null;\r
 174         }\r
 175       }\r
 176     });\r
 177     int height = featurePanel.getComponentCount() * 50 + 60;\r
 178 \r
 179     height = Math.max(200, height);\r
 180     height = Math.min(400, height);\r
 181     int width = 300;\r
 182     JalviewLite.addFrame(frame,\r
 183             MessageManager.getString("label.feature_settings"), width,\r
 184             height);\r
 185   }\r
 186 \r
 187   public void paint(Graphics g)\r
 188   {\r
 189     g.setColor(Color.black);\r
 190     g.drawString(MessageManager\r
 191             .getString("label.no_features_added_to_this_alignment"), 10, 20);\r
 192     g.drawString(MessageManager\r
 193             .getString("label.features_can_be_added_from_searches_1"), 10,\r
 194             40);\r
 195     g.drawString(MessageManager\r
 196             .getString("label.features_can_be_added_from_searches_2"), 10,\r
 197             60);\r
 198   }\r
 199 \r
 200   protected void popupSort(final MyCheckbox check, final Hashtable minmax,\r
 201           int x, int y)\r
 202   {\r
 203     final String type = check.type;\r
 204     final Object typeCol = fr.getFeatureStyle(type);\r
 205     JPopupMenu men = new JPopupMenu(MessageManager.formatMessage(\r
 206             "label.settings_for_type", new String[]\r
 207             { type }));\r
 208     JMenuItem scr = new JMenuItem(\r
 209             MessageManager.getString("label.sort_by_score"));\r
 210     men.add(scr);\r
 211     final FeatureSettings me = this;\r
 212     scr.addActionListener(new ActionListener()\r
 213     {\r
 214 \r
 215       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 216       {\r
 217         me.ap.alignFrame.avc.sortAlignmentByFeatureScore(new String[]\r
 218         { type });\r
 219       }\r
 220 \r
 221     });\r
 222     JMenuItem dens = new JMenuItem(\r
 223             MessageManager.getString("label.sort_by_density"));\r
 224     dens.addActionListener(new ActionListener()\r
 225     {\r
 226 \r
 227       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 228       {\r
 229         me.ap.alignFrame.avc.sortAlignmentByFeatureDensity(new String[]\r
 230         { type });\r
 231       }\r
 232 \r
 233     });\r
 234     men.add(dens);\r
 235     if (minmax != null)\r
 236     {\r
 237       final Object typeMinMax = minmax.get(type);\r
 238       /*\r
 239        * final java.awt.CheckboxMenuItem chb = new\r
 240        * java.awt.CheckboxMenuItem("Vary Height"); // this is broken at the\r
 241        * moment chb.setState(minmax.get(type) != null);\r
 242        * chb.addActionListener(new ActionListener() {\r
 243        * \r
 244        * public void actionPerformed(ActionEvent e) {\r
 245        * chb.setState(chb.isSelected()); if (chb.isSelected()) { minmax.put(type,\r
 246        * null); } else { minmax.put(type, typeMinMax); } }\r
 247        * \r
 248        * }); men.add(chb);\r
 249        */\r
 250       if (typeMinMax != null && ((float[][]) typeMinMax)[0] != null)\r
 251       {\r
 252         // graduated colourschemes for those where minmax exists for the\r
 253         // positional features\r
 254         JMenuItem mxcol = new JMenuItem(\r
 255                 (typeCol instanceof Color) ? "Graduated Colour"\r
 256                         : "Single Colour");\r
 257         men.add(mxcol);\r
 258         mxcol.addActionListener(new ActionListener()\r
 259         {\r
 260 \r
 261           public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 262           {\r
 263             if (typeCol instanceof Color)\r
 264             {\r
 265               new FeatureColourChooser(me, type);\r
 266               // write back the current colour object to update the table\r
 267               check.updateColor(fr.getFeatureStyle(type));\r
 268             }\r
 269             else\r
 270             {\r
 271               new UserDefinedColours(me, check.type,\r
 272                       ((GraduatedColor) typeCol));\r
 273             }\r
 274           }\r
 275 \r
 276         });\r
 277       }\r
 278     }\r
 279     this.featurePanel.add(men);\r
 280     men.show(this.featurePanel, x, y);\r
 281   }\r
 282 \r
 283   @Override\r
 284   public void discoverAllFeatureData()\r
 285   {\r
 286     if (fr.getAllFeatureColours()!=null && fr.getAllFeatureColours().size()>0)\r
 287     {\r
 288       rebuildGroups();\r
 289 \r
 290     }\r
 291     resetTable(false);\r
 292   }\r
 293 \r
 294   /**\r
 295    * rebuilds the group panel\r
 296    */\r
 297   public void rebuildGroups()\r
 298   {\r
 299     boolean rdrw = false;\r
 300     if (groupPanel == null)\r
 301     {\r
 302       groupPanel = new JPanel();\r
 303     }\r
 304     else\r
 305     {\r
 306       rdrw = true;\r
 307       groupPanel.removeAll();\r
 308     }\r
 309     // TODO: JAL-964 - smoothly incorporate new group entries if panel already\r
 310     // displayed and new groups present\r
 311     for (String group:fr.getFeatureGroups())\r
 312     {\r
 313       boolean vis = fr.checkGroupVisibility(group, false);\r
 314       JCheckBox check = new MyCheckbox(group, vis,\r
 315               (fr.featureLinks != null && fr.featureLinks\r
 316                       .containsKey(group)));\r
 317       check.addMouseListener(this);\r
 318       check.setFont(new Font("Serif", Font.BOLD, 12));\r
 319       check.addItemListener(groupItemListener);\r
 320       // note - visibility seems to correlate with displayed. ???wtf ??\r
 321       check.setVisible(vis);\r
 322       groupPanel.add(check);\r
 323     }\r
 324     if (rdrw)\r
 325     {\r
 326       groupPanel.validate();\r
 327     }\r
 328   }\r
 329   // This routine adds and removes checkboxes depending on\r
 330   // Group selection states\r
 331   void resetTable(boolean groupsChanged)\r
 332   {\r
 333     SequenceFeature[] tmpfeatures;\r
 334     String group = null, type;\r
 335     Vector visibleChecks = new Vector();\r
 336     AlignmentI alignment = av.getAlignment();\r
 337     for (int i = 0; i < alignment.getHeight(); i++)\r
 338     {\r
 339       if (alignment.getSequenceAt(i).getSequenceFeatures() == null)\r
 340       {\r
 341         continue;\r
 342       }\r
 343 \r
 344       tmpfeatures = alignment.getSequenceAt(i).getSequenceFeatures();\r
 345       int index = 0;\r
 346       while (index < tmpfeatures.length)\r
 347       {\r
 348         group = tmpfeatures[index].featureGroup;\r
 349 \r
 350         if (group == null || fr.checkGroupVisibility(group, true))\r
 351         {\r
 352           type = tmpfeatures[index].getType();\r
 353           if (!visibleChecks.contains(type))\r
 354           {\r
 355             visibleChecks.addElement(type);\r
 356           }\r
 357         }\r
 358         index++;\r
 359       }\r
 360     }\r
 361 \r
 362     Component[] comps;\r
 363     int cSize = featurePanel.getComponentCount();\r
 364     MyCheckbox check;\r
 365     // This will remove any checkboxes which shouldn't be\r
 366     // visible\r
 367     for (int i = 0; i < cSize; i++)\r
 368     {\r
 369       comps = featurePanel.getComponents();\r
 370       check = (MyCheckbox) comps[i];\r
 371       if (!visibleChecks.contains(check.type))\r
 372       {\r
 373         featurePanel.remove(i);\r
 374         cSize--;\r
 375         i--;\r
 376       }\r
 377     }\r
 378 \r
 379     if (fr.getRenderOrder() != null)\r
 380     {\r
 381       // First add the checks in the previous render order,\r
 382       // in case the window has been closed and reopened\r
 383       List<String> rol = fr.getRenderOrder();\r
 384       for (int ro = rol.size() - 1; ro > -1; ro--)\r
 385       {\r
 386         String item = rol.get(ro);\r
 387 \r
 388         if (!visibleChecks.contains(item))\r
 389         {\r
 390           continue;\r
 391         }\r
 392 \r
 393         visibleChecks.removeElement(item);\r
 394 \r
 395         addCheck(false, item);\r
 396       }\r
 397     }\r
 398 \r
 399     // now add checkboxes which should be visible,\r
 400     // if they have not already been added\r
 401     Enumeration en = visibleChecks.elements();\r
 402 \r
 403     while (en.hasMoreElements())\r
 404     {\r
 405       addCheck(groupsChanged, en.nextElement().toString());\r
 406     }\r
 407 \r
 408     featurePanel.setLayout(new GridLayout(featurePanel.getComponentCount(),\r
 409             1, 10, 5));\r
 410     featurePanel.validate();\r
 411 \r
 412     if (scrollPane != null)\r
 413     {\r
 414       scrollPane.validate();\r
 415     }\r
 416 \r
 417     itemStateChanged(null);\r
 418   }\r
 419 \r
 420   /**\r
 421    * update the checklist of feature types with the given type\r
 422    * \r
 423    * @param groupsChanged\r
 424    *          true means if the type is not in the display list then it will be\r
 425    *          added and displayed\r
 426    * @param type\r
 427    *          feature type to be checked for in the list.\r
 428    */\r
 429   void addCheck(boolean groupsChanged, String type)\r
 430   {\r
 431     boolean addCheck;\r
 432     Component[] comps = featurePanel.getComponents();\r
 433     MyCheckbox check;\r
 434     addCheck = true;\r
 435     for (int i = 0; i < featurePanel.getComponentCount(); i++)\r
 436     {\r
 437       check = (MyCheckbox) comps[i];\r
 438       if (check.type.equals(type))\r
 439       {\r
 440         addCheck = false;\r
 441         break;\r
 442       }\r
 443     }\r
 444 \r
 445     if (addCheck)\r
 446     {\r
 447       boolean selected = false;\r
 448       if (groupsChanged || av.getFeaturesDisplayed().isVisible(type))\r
 449       {\r
 450         selected = true;\r
 451       }\r
 452 \r
 453       check = new MyCheckbox(\r
 454               type,\r
 455               selected,\r
 456               (fr.featureLinks != null && fr.featureLinks.containsKey(type)),\r
 457               fr.getFeatureStyle(type));\r
 458 \r
 459       check.addMouseListener(this);\r
 460       check.addMouseMotionListener(this);\r
 461       check.addItemListener(this);\r
 462       if (groupsChanged)\r
 463       {\r
 464         // add at beginning of stack.\r
 465         featurePanel.add(check, 0);\r
 466       }\r
 467       else\r
 468       {\r
 469         // add at end of stack.\r
 470         featurePanel.add(check);\r
 471       }\r
 472     }\r
 473   }\r
 474 \r
 475   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 476   {\r
 477     for (int i = 0; i < featurePanel.getComponentCount(); i++)\r
 478     {\r
 479       JCheckBox check = (JCheckBox) featurePanel.getComponent(i);\r
 480       check.setSelected(!check.isSelected());\r
 481     }\r
 482     selectionChanged();\r
 483   }\r
 484 \r
 485   private ItemListener groupItemListener = new ItemListener() {\r
 486     public void itemStateChanged(ItemEvent evt) {\r
 487       JCheckBox source = (JCheckBox) evt.getSource();\r
 488       fr.setGroupVisibility(source.getLabel(),\r
 489               source.isSelected());\r
 490       ap.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 491       if (ap.overviewPanel != null)\r
 492       {\r
 493         ap.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 494       }\r
 495       resetTable(true);\r
 496       return;\r
 497     };\r
 498   };\r
 499   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)\r
 500   {\r
 501     selectionChanged();\r
 502   }\r
 503 \r
 504   void selectionChanged()\r
 505   {\r
 506     Component[] comps = featurePanel.getComponents();\r
 507     int cSize = comps.length;\r
 508 \r
 509     Object[][] tmp = new Object[cSize][3];\r
 510     int tmpSize = 0;\r
 511     for (int i = 0; i < cSize; i++)\r
 512     {\r
 513       MyCheckbox check = (MyCheckbox) comps[i];\r
 514       tmp[tmpSize][0] = check.type;\r
 515       tmp[tmpSize][1] = fr.getFeatureStyle(check.type);\r
 516       tmp[tmpSize][2] = new Boolean(check.isSelected());\r
 517       tmpSize++;\r
 518     }\r
 519 \r
 520     Object[][] data = new Object[tmpSize][3];\r
 521     System.arraycopy(tmp, 0, data, 0, tmpSize);\r
 522 \r
 523     fr.setFeaturePriority(data);\r
 524 \r
 525     ap.paintAlignment(true);\r
 526   }\r
 527 \r
 528   MyCheckbox selectedCheck;\r
 529 \r
 530   boolean dragging = false;\r
 531 \r
 532   public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 533   {\r
 534 \r
 535     selectedCheck = (MyCheckbox) evt.getSource();\r
 536 \r
 537     if (fr.featureLinks != null\r
 538             && fr.featureLinks.containsKey(selectedCheck.type))\r
 539     {\r
 540       if (evt.getX() > selectedCheck.stringWidth + 20)\r
 541       {\r
 542         evt.consume();\r
 543       }\r
 544     }\r
 545 \r
 546   }\r
 547 \r
 548   public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 549   {\r
 550     if (((Component) evt.getSource()).getParent() != featurePanel)\r
 551     {\r
 552       return;\r
 553     }\r
 554     dragging = true;\r
 555   }\r
 556 \r
 557   public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 558   {\r
 559     if (((Component) evt.getSource()).getParent() != featurePanel)\r
 560     {\r
 561       return;\r
 562     }\r
 563 \r
 564     Component comp = null;\r
 565     JCheckBox target = null;\r
 566 \r
 567     int height = evt.getY() + evt.getComponent().getLocation().y;\r
 568 \r
 569     if (height > featurePanel.getSize().height)\r
 570     {\r
 571 \r
 572       comp = featurePanel\r
 573               .getComponent(featurePanel.getComponentCount() - 1);\r
 574     }\r
 575     else if (height < 0)\r
 576     {\r
 577       comp = featurePanel.getComponent(0);\r
 578     }\r
 579     else\r
 580     {\r
 581       comp = featurePanel.getComponentAt(evt.getX(), evt.getY()\r
 582               + evt.getComponent().getLocation().y);\r
 583     }\r
 584 \r
 585     if (comp != null && comp instanceof JCheckBox)\r
 586     {\r
 587       target = (JCheckBox) comp;\r
 588     }\r
 589 \r
 590     if (selectedCheck != null && target != null && selectedCheck != target)\r
 591     {\r
 592       int targetIndex = -1;\r
 593       for (int i = 0; i < featurePanel.getComponentCount(); i++)\r
 594       {\r
 595         if (target == featurePanel.getComponent(i))\r
 596         {\r
 597           targetIndex = i;\r
 598           break;\r
 599         }\r
 600       }\r
 601 \r
 602       featurePanel.remove(selectedCheck);\r
 603       featurePanel.add(selectedCheck, targetIndex);\r
 604       featurePanel.validate();\r
 605       itemStateChanged(null);\r
 606     }\r
 607   }\r
 608 \r
 609   public void setUserColour(String feature, Object originalColour)\r
 610   {\r
 611     if (originalColour instanceof Color\r
 612             || originalColour instanceof GraduatedColor)\r
 613     {\r
 614       fr.setColour(feature, originalColour);\r
 615     }\r
 616     else\r
 617     {\r
 618       throw new Error(MessageManager.getString("error.implementation_error_unsupported_feature_colour_object"));\r
 619     }\r
 620     refreshTable();\r
 621   }\r
 622 \r
 623   public void refreshTable()\r
 624   {\r
 625     featurePanel.removeAll();\r
 626     resetTable(false);\r
 627     ap.paintAlignment(true);\r
 628   }\r
 629 \r
 630   public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
 631   {\r
 632   }\r
 633 \r
 634   public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
 635   {\r
 636   }\r
 637 \r
 638   public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
 639   {\r
 640     MyCheckbox check = (MyCheckbox) evt.getSource();\r
 641     if ((evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) != 0)\r
 642     {\r
 643       this.popupSort(check, fr.getMinMax(), evt.getX(), evt.getY());\r
 644     }\r
 645     if (fr.featureLinks != null && fr.featureLinks.containsKey(check.type))\r
 646     {\r
 647       if (evt.getX() > check.stringWidth + 20)\r
 648       {\r
 649         evt.consume();\r
 650         String link = fr.featureLinks.get(check.type).toString();\r
 651         ap.alignFrame.showURL(link.substring(link.indexOf("|") + 1),\r
 652                 link.substring(0, link.indexOf("|")));\r
 653       }\r
 654     }\r
 655 \r
 656     if (check.getParent() != featurePanel)\r
 657     {\r
 658       return;\r
 659     }\r
 660 \r
 661     if (evt.getClickCount() > 1)\r
 662     {\r
 663       Object fcol = fr.getFeatureStyle(check.type);\r
 664       if (fcol instanceof Color)\r
 665       {\r
 666         new UserDefinedColours(this, check.type, (Color) fcol);\r
 667       }\r
 668       else\r
 669       {\r
 670         new FeatureColourChooser(this, check.type);\r
 671         // write back the current colour object to update the table\r
 672         check.updateColor(fr.getFeatureStyle(check.type));\r
 673       }\r
 674     }\r
 675   }\r
 676 \r
 677   public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 678   {\r
 679   }\r
 680 \r
 681   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
 682   {\r
 683     fr.setTransparency((100 - transparency.getValue()) / 100f);\r
 684     ap.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 685 \r
 686   }\r
 687 \r
 688   class MyCheckbox extends JCheckBox\r
 689   {\r
 690     public String type;\r
 691 \r
 692     public int stringWidth;\r
 693 \r
 694     boolean hasLink;\r
 695 \r
 696     GraduatedColor gcol;\r
 697 \r
 698     Color col;\r
 699 \r
 700     public void updateColor(Object newcol)\r
 701     {\r
 702       if (newcol instanceof Color)\r
 703       {\r
 704         col = (Color) newcol;\r
 705         gcol = null;\r
 706       }\r
 707       else if (newcol instanceof GraduatedColor)\r
 708       {\r
 709         gcol = (GraduatedColor) newcol;\r
 710         col = null;\r
 711       }\r
 712       else\r
 713       {\r
 714         throw new Error(MessageManager.getString("error.invalid_colour_for_mycheckbox"));\r
 715       }\r
 716       if (col != null)\r
 717       {\r
 718         setBackground(col);\r
 719       }\r
 720       else\r
 721       {\r
 722         String vlabel = type;\r
 723         if (gcol.getThreshType() != AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD)\r
 724         {\r
 725           vlabel += " "\r
 726                   + ((gcol.getThreshType() == AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD) ? "(>)"\r
 727                           : "(<)");\r
 728         }\r
 729         if (gcol.isColourByLabel())\r
 730         {\r
 731           setBackground(Color.white);\r
 732           vlabel += " (by Label)";\r
 733         }\r
 734         else\r
 735         {\r
 736           setBackground(gcol.getMinColor());\r
 737         }\r
 738         this.setLabel(vlabel);\r
 739       }\r
 740       repaint();\r
 741     }\r
 742 \r
 743     public MyCheckbox(String label, boolean checked, boolean haslink)\r
 744     {\r
 745       super(label, checked);\r
 746       type = label;\r
 747       FontMetrics fm = av.nullFrame.getFontMetrics(av.nullFrame.getFont());\r
 748       stringWidth = fm.stringWidth(label);\r
 749       this.hasLink = haslink;\r
 750     }\r
 751 \r
 752     public MyCheckbox(String type, boolean selected, boolean b,\r
 753             Object featureStyle)\r
 754     {\r
 755       this(type, selected, b);\r
 756       updateColor(featureStyle);\r
 757     }\r
 758 \r
 759     public void paint(Graphics g)\r
 760     {\r
 761       Dimension d = getSize();\r
 762       if (gcol != null)\r
 763       {\r
 764         if (gcol.isColourByLabel())\r
 765         {\r
 766           g.setColor(Color.white);\r
 767           g.fillRect(d.width / 2, 0, d.width / 2, d.height);\r
 768           /*\r
 769            * g.setColor(Color.black); Font f=g.getFont().deriveFont(9);\r
 770            * g.setFont(f);\r
 771            * \r
 772            * // g.setFont(g.getFont().deriveFont( //\r
 773            * AffineTransform.getScaleInstance( //\r
 774            * width/g.getFontMetrics().stringWidth("Label"), //\r
 775            * height/g.getFontMetrics().getHeight()))); g.drawString("Label",\r
 776            * width/2, 0);\r
 777            */\r
 778 \r
 779         }\r
 780         else\r
 781         {\r
 782           Color maxCol = gcol.getMaxColor();\r
 783           g.setColor(maxCol);\r
 784           g.fillRect(d.width / 2, 0, d.width / 2, d.height);\r
 785 \r
 786         }\r
 787       }\r
 788 \r
 789       if (hasLink)\r
 790       {\r
 791         g.drawImage(linkImage, stringWidth + 25,\r
 792                 (getSize().height - linkImage.getHeight(this)) / 2, this);\r
 793       }\r
 794     }\r
 795   }\r
 796 \r
 797 }\r