unused/appletgui/IdCanvas.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)\r
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors\r
   4  * \r
   5  * This file is part of Jalview.\r
   6  * \r
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3\r
  10  * of the License, or (at your option) any later version.\r
  11  *  \r
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
  16  * \r
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.\r
  20  */\r
  21 package jalview.appletgui;\r
  22 \r
  23 import jalview.datamodel.SequenceI;\r
  24 \r
  25 import java.awt.Color;\r
  26 import java.awt.Font;\r
  27 import java.awt.Graphics;\r
  28 import java.awt.Image;\r
  29 import javax.swing.JPanel;\r
  30 import java.util.List;\r
  31 \r
  32 public class IdCanvas extends JPanel\r
  33 {\r
  34   protected AlignViewport av;\r
  35 \r
  36   protected boolean showScores = true;\r
  37 \r
  38   protected int maxIdLength = -1;\r
  39 \r
  40   protected String maxIdStr = null;\r
  41 \r
  42   Image image;\r
  43 \r
  44   Graphics gg;\r
  45 \r
  46   int imgHeight = 0;\r
  47 \r
  48   boolean fastPaint = false;\r
  49 \r
  50   List<SequenceI> searchResults;\r
  51 \r
  52   public IdCanvas(AlignViewport av)\r
  53   {\r
  54     setLayout(null);\r
  55     this.av = av;\r
  56     PaintRefresher.Register(this, av.getSequenceSetId());\r
  57   }\r
  58 \r
  59   public void drawIdString(Graphics gg, boolean hiddenRows, SequenceI s,\r
  60           int i, int starty,\r
  61           int ypos)\r
  62   {\r
  63     int charHeight = av.getCharHeight();\r
  64 \r
  65     if (searchResults != null && searchResults.contains(s))\r
  66     {\r
  67       gg.setColor(Color.black);\r
  68       gg.fillRect(0, ((i - starty) * charHeight) + ypos, getSize().width,\r
  69               charHeight);\r
  70       gg.setColor(Color.white);\r
  71     }\r
  72     else if (av.getSelectionGroup() != null\r
  73             && av.getSelectionGroup().getSequences(null).contains(s))\r
  74     {\r
  75       gg.setColor(Color.lightGray);\r
  76       gg.fillRect(0, ((i - starty) * charHeight) + ypos, getSize().width,\r
  77               charHeight);\r
  78       gg.setColor(Color.white);\r
  79     }\r
  80     else\r
  81     {\r
  82       gg.setColor(av.getSequenceColour(s));\r
  83       gg.fillRect(0, ((i - starty) * charHeight) + ypos, getSize().width,\r
  84               charHeight);\r
  85       gg.setColor(Color.black);\r
  86     }\r
  87 \r
  88     gg.drawString(s.getDisplayId(av.getShowJVSuffix()), 0,\r
  89             ((i - starty) * charHeight) + ypos + charHeight\r
  90                     - (charHeight / 5));\r
  91 \r
  92     if (hiddenRows)\r
  93     {\r
  94       drawMarker(i, starty, ypos);\r
  95     }\r
  96 \r
  97   }\r
  98 \r
  99   public void fastPaint(int vertical)\r
 100   {\r
 101     if (gg == null)\r
 102     {\r
 103       repaint();\r
 104       return;\r
 105     }\r
 106 \r
 107     gg.copyArea(0, 0, getSize().width, imgHeight, 0,\r
 108             -vertical * av.getCharHeight());\r
 109 \r
 110     int ss = av.startSeq, es = av.endSeq, transY = 0;\r
 111     if (vertical > 0) // scroll down\r
 112     {\r
 113       ss = es - vertical;\r
 114       if (ss < av.startSeq) // ie scrolling too fast, more than a page at a time\r
 115       {\r
 116         ss = av.startSeq;\r
 117       }\r
 118       else\r
 119       {\r
 120         transY = imgHeight - vertical * av.getCharHeight();\r
 121       }\r
 122     }\r
 123     else if (vertical < 0)\r
 124     {\r
 125       es = ss - vertical;\r
 126       if (es > av.endSeq)\r
 127       {\r
 128         es = av.endSeq;\r
 129       }\r
 130     }\r
 131 \r
 132     gg.translate(0, transY);\r
 133 \r
 134     drawIds(ss, es);\r
 135 \r
 136     gg.translate(0, -transY);\r
 137 \r
 138     fastPaint = true;\r
 139     repaint();\r
 140   }\r
 141 \r
 142   public void update(Graphics g)\r
 143   {\r
 144     paint(g);\r
 145   }\r
 146 \r
 147   public void paint(Graphics g)\r
 148   {\r
 149     if (getSize().height < 0 || getSize().width < 0)\r
 150     {\r
 151       return;\r
 152     }\r
 153     if (fastPaint)\r
 154     {\r
 155       fastPaint = false;\r
 156       g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
 157       return;\r
 158     }\r
 159 \r
 160     imgHeight = getSize().height;\r
 161     imgHeight -= imgHeight % av.getCharHeight();\r
 162 \r
 163     if (imgHeight < 1)\r
 164     {\r
 165       return;\r
 166     }\r
 167 \r
 168     if (image == null || imgHeight != image.getHeight(this))\r
 169     {\r
 170       image = createImage(getSize().width, imgHeight);\r
 171       gg = image.getGraphics();\r
 172       gg.setFont(av.getFont());\r
 173     }\r
 174 \r
 175     // Fill in the background\r
 176     gg.setColor(Color.white);\r
 177     Font italic = new Font(av.getFont().getName(), Font.ITALIC, av\r
 178             .getFont().getSize());\r
 179     gg.setFont(italic);\r
 180 \r
 181     gg.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);\r
 182     drawIds(av.startSeq, av.endSeq);\r
 183     g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
 184   }\r
 185 \r
 186   /**\r
 187    * local copy of av.getCharHeight set at top of drawIds\r
 188    */\r
 189   private int avcharHeight;\r
 190   void drawIds(int starty, int endy)\r
 191   {\r
 192     // hardwired italic IDs in applet currently\r
 193     Font italic = new Font(av.getFont().getName(), Font.ITALIC, av\r
 194             .getFont().getSize());\r
 195     // temp variable for speed\r
 196     avcharHeight = av.getCharHeight();\r
 197 \r
 198     gg.setFont(italic);\r
 199 \r
 200     Color currentColor = Color.white;\r
 201     Color currentTextColor = Color.black;\r
 202 \r
 203     final boolean doHiddenCheck = av.isDisplayReferenceSeq()\r
 204             || av.hasHiddenRows(), hiddenRows = av.hasHiddenRows()\r
 205             && av.getShowHiddenMarkers();\r
 206 \r
 207     if (av.getWrapAlignment())\r
 208     {\r
 209       int maxwidth = av.getAlignment().getWidth();\r
 210       int alheight = av.getAlignment().getHeight();\r
 211 \r
 212       if (av.hasHiddenColumns())\r
 213       {\r
 214         maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;\r
 215       }\r
 216 \r
 217       int annotationHeight = 0;\r
 218       AnnotationLabels labels = null;\r
 219 \r
 220       if (av.isShowAnnotation())\r
 221       {\r
 222         AnnotationPanel ap = new AnnotationPanel(av);\r
 223         annotationHeight = ap.adjustPanelHeight();\r
 224         labels = new AnnotationLabels(av);\r
 225       }\r
 226       int hgap = avcharHeight;\r
 227       if (av.getScaleAboveWrapped())\r
 228       {\r
 229         hgap += avcharHeight;\r
 230       }\r
 231 \r
 232       int cHeight = alheight * avcharHeight + hgap + annotationHeight;\r
 233 \r
 234       int rowSize = av.getEndRes() - av.getStartRes();\r
 235       // Draw the rest of the panels\r
 236       for (int ypos = hgap, row = av.startRes; (ypos <= getSize().height)\r
 237               && (row < maxwidth); ypos += cHeight, row += rowSize)\r
 238       {\r
 239         for (int i = starty; i < alheight; i++)\r
 240         {\r
 241 \r
 242           SequenceI s = av.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
 243           gg.setFont(italic);\r
 244           if (doHiddenCheck)\r
 245           {\r
 246             setHiddenFont(s);\r
 247           }\r
 248           drawIdString(gg, hiddenRows, s, i, 0, ypos);\r
 249         }\r
 250 \r
 251         if (labels != null)\r
 252         {\r
 253           gg.translate(0, ypos + (alheight * avcharHeight));\r
 254           labels.drawComponent(gg, getSize().width);\r
 255           gg.translate(0, -ypos - (alheight * avcharHeight));\r
 256         }\r
 257 \r
 258       }\r
 259     }\r
 260     else\r
 261     {\r
 262       // Now draw the id strings\r
 263       SequenceI seq;\r
 264       for (int i = starty; i < endy; i++)\r
 265       {\r
 266 \r
 267         seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
 268         if (seq == null)\r
 269         {\r
 270           continue;\r
 271         }\r
 272         gg.setFont(italic);\r
 273         // boolean isrep=false;\r
 274         if (doHiddenCheck)\r
 275         {\r
 276           // isrep =\r
 277           setHiddenFont(seq);\r
 278         }\r
 279 \r
 280         // Selected sequence colours\r
 281         if ((searchResults != null) && searchResults.contains(seq))\r
 282         {\r
 283           currentColor = Color.black;\r
 284           currentTextColor = Color.white;\r
 285         }\r
 286         else if ((av.getSelectionGroup() != null)\r
 287                 && av.getSelectionGroup().getSequences(null).contains(seq))\r
 288         {\r
 289           currentColor = Color.lightGray;\r
 290           currentTextColor = Color.black;\r
 291         }\r
 292         else\r
 293         {\r
 294           currentColor = av.getSequenceColour(seq);\r
 295           currentTextColor = Color.black;\r
 296         }\r
 297 \r
 298         gg.setColor(currentColor);\r
 299         // TODO: isrep could be used to highlight the representative in a\r
 300         // different way\r
 301         gg.fillRect(0, (i - starty) * avcharHeight, getSize().width,\r
 302                 avcharHeight);\r
 303         gg.setColor(currentTextColor);\r
 304 \r
 305         gg.drawString(seq.getDisplayId(av.getShowJVSuffix()), 0,\r
 306                 (((i - starty) * avcharHeight) + avcharHeight)\r
 307                         - (avcharHeight / 5));\r
 308 \r
 309         if (hiddenRows)\r
 310         {\r
 311           drawMarker(i, starty, 0);\r
 312         }\r
 313       }\r
 314     }\r
 315   }\r
 316 \r
 317   public void setHighlighted(List<SequenceI> list)\r
 318   {\r
 319     searchResults = list;\r
 320     repaint();\r
 321   }\r
 322 \r
 323   void drawMarker(int i, int starty, int yoffset)\r
 324   {\r
 325     SequenceI[] hseqs = av.getAlignment().getHiddenSequences().hiddenSequences;\r
 326     // Use this method here instead of calling hiddenSeq adjust\r
 327     // 3 times.\r
 328     int hSize = hseqs.length;\r
 329 \r
 330     int hiddenIndex = i;\r
 331     int lastIndex = i - 1;\r
 332     int nextIndex = i + 1;\r
 333 \r
 334     for (int j = 0; j < hSize; j++)\r
 335     {\r
 336       if (hseqs[j] != null)\r
 337       {\r
 338         if (j - 1 < hiddenIndex)\r
 339         {\r
 340           hiddenIndex++;\r
 341         }\r
 342         if (j - 1 < lastIndex)\r
 343         {\r
 344           lastIndex++;\r
 345         }\r
 346         if (j - 1 < nextIndex)\r
 347         {\r
 348           nextIndex++;\r
 349         }\r
 350       }\r
 351     }\r
 352 \r
 353     boolean below = (hiddenIndex > lastIndex + 1);\r
 354     boolean above = (nextIndex > hiddenIndex + 1);\r
 355 \r
 356     gg.setColor(Color.blue);\r
 357     if (below)\r
 358     {\r
 359       gg.fillPolygon(new int[]\r
 360       { getSize().width - avcharHeight, getSize().width - avcharHeight,\r
 361           getSize().width }, new int[]\r
 362       { (i - starty) * avcharHeight + yoffset,\r
 363           (i - starty) * avcharHeight + yoffset + avcharHeight / 4,\r
 364           (i - starty) * avcharHeight + yoffset }, 3);\r
 365     }\r
 366     if (above)\r
 367     {\r
 368       gg.fillPolygon(new int[]\r
 369       { getSize().width - avcharHeight, getSize().width - avcharHeight,\r
 370           getSize().width }, new int[]\r
 371       { (i - starty + 1) * avcharHeight + yoffset,\r
 372           (i - starty + 1) * avcharHeight + yoffset - avcharHeight / 4,\r
 373           (i - starty + 1) * avcharHeight + yoffset }, 3);\r
 374 \r
 375     }\r
 376   }\r
 377 \r
 378   boolean setHiddenFont(SequenceI seq)\r
 379   {\r
 380     Font bold = new Font(av.getFont().getName(), Font.BOLD, av.getFont()\r
 381             .getSize());\r
 382 \r
 383     if (av.isHiddenRepSequence(seq))\r
 384     {\r
 385       gg.setFont(bold);\r
 386       return true;\r
 387     }\r
 388     return false;\r
 389   }\r
 390 }\r