unused/appletgui/IdPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)\r
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors\r
   4  * \r
   5  * This file is part of Jalview.\r
   6  * \r
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3\r
  10  * of the License, or (at your option) any later version.\r
  11  *  \r
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
  16  * \r
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.\r
  20  */\r
  21 package jalview.appletgui;\r
  22 \r
  23 import jalview.datamodel.Sequence;\r
  24 import jalview.datamodel.SequenceFeature;\r
  25 import jalview.datamodel.SequenceGroup;\r
  26 import jalview.datamodel.SequenceI;\r
  27 import jalview.util.UrlLink;\r
  28 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;\r
  29 \r
  30 import java.awt.BorderLayout;\r
  31 import java.awt.Panel;\r
  32 import java.awt.event.InputEvent;\r
  33 import java.awt.event.MouseEvent;\r
  34 import java.awt.event.MouseListener;\r
  35 import java.awt.event.MouseMotionListener;\r
  36 import java.util.List;\r
  37 import java.util.Vector;\r
  38 \r
  39 public class IdPanel extends Panel implements MouseListener,\r
  40         MouseMotionListener\r
  41 {\r
  42 \r
  43   protected IdCanvas idCanvas;\r
  44 \r
  45   protected AlignmentViewport av;\r
  46 \r
  47   protected AlignmentPanel alignPanel;\r
  48 \r
  49   ScrollThread scrollThread = null;\r
  50 \r
  51   int lastid = -1;\r
  52 \r
  53   boolean mouseDragging = false;\r
  54 \r
  55   java.util.Vector links = new java.util.Vector();\r
  56 \r
  57   public IdPanel(AlignViewport av, AlignmentPanel parent)\r
  58   {\r
  59     this.av = av;\r
  60     alignPanel = parent;\r
  61     idCanvas = new IdCanvas(av);\r
  62     setLayout(new BorderLayout());\r
  63     add(idCanvas, BorderLayout.CENTER);\r
  64     idCanvas.addMouseListener(this);\r
  65     idCanvas.addMouseMotionListener(this);\r
  66 \r
  67     String label, url;\r
  68     // TODO: add in group link parameter\r
  69     if (av.applet != null)\r
  70     {\r
  71       for (int i = 1; i < 10; i++)\r
  72       {\r
  73         label = av.applet.getParameter("linkLabel_" + i);\r
  74         url = av.applet.getParameter("linkURL_" + i);\r
  75 \r
  76         if (label != null && url != null)\r
  77         {\r
  78           links.addElement(label + "|" + url);\r
  79         }\r
  80 \r
  81       }\r
  82     }\r
  83     {\r
  84       // upgrade old SRS link\r
  85       int srsPos = links\r
  86               .indexOf("SRS|http://srs.ebi.ac.uk/srsbin/cgi-bin/wgetz?-newId+(([uniprot-all:$SEQUENCE_ID$]))+-view+SwissEntry");\r
  87       if (srsPos > -1)\r
  88       {\r
  89         links.setElementAt(\r
  90                 "EMBL-EBI Search|http://www.ebi.ac.uk/ebisearch/search.ebi?db=allebi&query=$SEQUENCE_ID$",\r
  91                 srsPos);\r
  92       }\r
  93     }\r
  94     if (links.size() < 1)\r
  95     {\r
  96       links = new java.util.Vector();\r
  97       links.addElement("EMBL-EBI Search|http://www.ebi.ac.uk/ebisearch/search.ebi?db=allebi&query=$SEQUENCE_ID$");\r
  98     }\r
  99   }\r
 100 \r
 101   Tooltip tooltip;\r
 102 \r
 103   public void mouseMoved(MouseEvent e)\r
 104   {\r
 105     int seq = alignPanel.seqPanel.findSeq(e);\r
 106 \r
 107     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 108 \r
 109     // look for non-pos features\r
 110     StringBuffer tooltiptext = new StringBuffer();\r
 111     if (sequence != null)\r
 112     {\r
 113       if (sequence.getDescription() != null)\r
 114       {\r
 115         tooltiptext.append(sequence.getDescription());\r
 116         tooltiptext.append("\n");\r
 117       }\r
 118 \r
 119       SequenceFeature sf[] = sequence.getSequenceFeatures();\r
 120       for (int sl = 0; sf != null && sl < sf.length; sl++)\r
 121       {\r
 122         if (sf[sl].begin == sf[sl].end && sf[sl].begin == 0)\r
 123         {\r
 124           boolean nl = false;\r
 125           if (sf[sl].getFeatureGroup() != null)\r
 126           {\r
 127             tooltiptext.append(sf[sl].getFeatureGroup());\r
 128             nl = true;\r
 129           }\r
 130           ;\r
 131           if (sf[sl].getType() != null)\r
 132           {\r
 133             tooltiptext.append(" ");\r
 134             tooltiptext.append(sf[sl].getType());\r
 135             nl = true;\r
 136           }\r
 137           ;\r
 138           if (sf[sl].getDescription() != null)\r
 139           {\r
 140             tooltiptext.append(" ");\r
 141             tooltiptext.append(sf[sl].getDescription());\r
 142             nl = true;\r
 143           }\r
 144           ;\r
 145           if (sf[sl].getScore() != Float.NaN && sf[sl].getScore() != 0f)\r
 146           {\r
 147             tooltiptext.append(" Score = ");\r
 148             tooltiptext.append(sf[sl].getScore());\r
 149             nl = true;\r
 150           }\r
 151           ;\r
 152           if (sf[sl].getStatus() != null && sf[sl].getStatus().length() > 0)\r
 153           {\r
 154             tooltiptext.append(" (");\r
 155             tooltiptext.append(sf[sl].getStatus());\r
 156             tooltiptext.append(")");\r
 157             nl = true;\r
 158           }\r
 159           ;\r
 160           if (nl)\r
 161           {\r
 162             tooltiptext.append("\n");\r
 163           }\r
 164         }\r
 165       }\r
 166     }\r
 167     if (tooltiptext.length() == 0)\r
 168     {\r
 169       // nothing to display - so clear tooltip if one is visible\r
 170       if (tooltip != null)\r
 171       {\r
 172         tooltip.setVisible(false);\r
 173       }\r
 174       tooltip = null;\r
 175       tooltiptext = null;\r
 176       return;\r
 177     }\r
 178     if (tooltip == null)\r
 179     {\r
 180       tooltip = new Tooltip(sequence.getDisplayId(true) + "\n"\r
 181               + tooltiptext.toString(), idCanvas);\r
 182     }\r
 183     else\r
 184     {\r
 185       tooltip.setTip(sequence.getDisplayId(true) + "\n"\r
 186               + tooltiptext.toString());\r
 187     }\r
 188     tooltiptext = null;\r
 189   }\r
 190 \r
 191   public void mouseDragged(MouseEvent e)\r
 192   {\r
 193     mouseDragging = true;\r
 194 \r
 195     int seq = Math.max(0, alignPanel.seqPanel.findSeq(e));\r
 196 \r
 197     if (seq < lastid)\r
 198     {\r
 199       selectSeqs(lastid - 1, seq);\r
 200     }\r
 201     else if (seq > lastid)\r
 202     {\r
 203       selectSeqs(lastid + 1, seq);\r
 204     }\r
 205 \r
 206     lastid = seq;\r
 207     alignPanel.paintAlignment(false);\r
 208   }\r
 209 \r
 210   public void mouseClicked(MouseEvent e)\r
 211   {\r
 212     if (e.getClickCount() < 2)\r
 213     {\r
 214       return;\r
 215     }\r
 216 \r
 217     // DEFAULT LINK IS FIRST IN THE LINK LIST\r
 218     int seq = alignPanel.seqPanel.findSeq(e);\r
 219     SequenceI sq = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 220     if (sq == null)\r
 221     {\r
 222       return;\r
 223     }\r
 224     String id = sq.getName();\r
 225 \r
 226     String target = null;\r
 227     String url = null;\r
 228     int i = 0;\r
 229     while (url == null && i < links.size())\r
 230     {\r
 231       // DEFAULT LINK IS FIRST IN THE LINK LIST\r
 232       // BUT IF ITS A REGEX AND DOES NOT MATCH THE NEXT ONE WILL BE TRIED\r
 233       url = links.elementAt(i++).toString();\r
 234       UrlLink urlLink = null;\r
 235       try\r
 236       {\r
 237         urlLink = new UrlLink(url);\r
 238         target = urlLink.getTarget();\r
 239       } catch (Exception foo)\r
 240       {\r
 241         System.err.println("Exception for URLLink '" + url + "'");\r
 242         foo.printStackTrace();\r
 243         url = null;\r
 244         continue;\r
 245       }\r
 246       ;\r
 247       if (!urlLink.isValid())\r
 248       {\r
 249         System.err.println(urlLink.getInvalidMessage());\r
 250         url = null;\r
 251         continue;\r
 252       }\r
 253 \r
 254       String urls[] = urlLink.makeUrls(id, true);\r
 255       if (urls == null || urls[0] == null || urls[0].length() < 1)\r
 256       {\r
 257         url = null;\r
 258         continue;\r
 259       }\r
 260       // just take first URL made from regex\r
 261       url = urls[1];\r
 262     }\r
 263     try\r
 264     {\r
 265 \r
 266       alignPanel.alignFrame.showURL(url, target);\r
 267     } catch (Exception ex)\r
 268     {\r
 269       ex.printStackTrace();\r
 270     }\r
 271   }\r
 272 \r
 273   public void mouseEntered(MouseEvent e)\r
 274   {\r
 275     if (scrollThread != null)\r
 276     {\r
 277       scrollThread.running = false;\r
 278     }\r
 279   }\r
 280 \r
 281   public void mouseExited(MouseEvent e)\r
 282   {\r
 283     if (av.getWrapAlignment())\r
 284     {\r
 285       return;\r
 286     }\r
 287 \r
 288     if (mouseDragging && e.getY() < 0 && av.getStartSeq() > 0)\r
 289     {\r
 290       scrollThread = new ScrollThread(true);\r
 291     }\r
 292 \r
 293     if (mouseDragging && e.getY() >= getSize().height\r
 294             && av.getAlignment().getHeight() > av.getEndSeq())\r
 295     {\r
 296       scrollThread = new ScrollThread(false);\r
 297     }\r
 298   }\r
 299 \r
 300   public void mousePressed(MouseEvent e)\r
 301   {\r
 302     if (e.getClickCount() > 1)\r
 303     {\r
 304       return;\r
 305     }\r
 306 \r
 307     int y = e.getY();\r
 308     if (av.getWrapAlignment())\r
 309     {\r
 310       y -= 2 * av.getCharHeight();\r
 311     }\r
 312 \r
 313     int seq = alignPanel.seqPanel.findSeq(e);\r
 314 \r
 315     if ((e.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) == InputEvent.BUTTON3_MASK)\r
 316     {\r
 317       Sequence sq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 318 \r
 319       // build a new links menu based on the current links + any non-positional\r
 320       // features\r
 321       Vector nlinks = new Vector();\r
 322       for (int l = 0, lSize = links.size(); l < lSize; l++)\r
 323       {\r
 324         nlinks.addElement(links.elementAt(l));\r
 325       }\r
 326       SequenceFeature sf[] = sq == null ? null : sq.getSequenceFeatures();\r
 327       for (int sl = 0; sf != null && sl < sf.length; sl++)\r
 328       {\r
 329         if (sf[sl].begin == sf[sl].end && sf[sl].begin == 0)\r
 330         {\r
 331           if (sf[sl].links != null && sf[sl].links.size() > 0)\r
 332           {\r
 333             for (int l = 0, lSize = sf[sl].links.size(); l < lSize; l++)\r
 334             {\r
 335               nlinks.addElement(sf[sl].links.elementAt(l));\r
 336             }\r
 337           }\r
 338         }\r
 339       }\r
 340 \r
 341       APopupMenu popup = new APopupMenu(alignPanel, sq, nlinks);\r
 342       this.add(popup);\r
 343       popup.show(this, e.getX(), e.getY());\r
 344       return;\r
 345     }\r
 346 \r
 347     if ((av.getSelectionGroup() == null)\r
 348             || ((!e.isControlDown() && !e.isShiftDown()) && av\r
 349                     .getSelectionGroup() != null))\r
 350     {\r
 351       av.setSelectionGroup(new SequenceGroup());\r
 352       av.getSelectionGroup().setStartRes(0);\r
 353       av.getSelectionGroup().setEndRes(av.getAlignment().getWidth() - 1);\r
 354     }\r
 355 \r
 356     if (e.isShiftDown() && lastid != -1)\r
 357     {\r
 358       selectSeqs(lastid, seq);\r
 359     }\r
 360     else\r
 361     {\r
 362       selectSeq(seq);\r
 363     }\r
 364 \r
 365     alignPanel.paintAlignment(false);\r
 366   }\r
 367 \r
 368   void selectSeq(int seq)\r
 369   {\r
 370     lastid = seq;\r
 371     SequenceI pickedSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 372     av.getSelectionGroup().addOrRemove(pickedSeq, true);\r
 373   }\r
 374 \r
 375   void selectSeqs(int start, int end)\r
 376   {\r
 377 \r
 378     lastid = start;\r
 379 \r
 380     if (end >= av.getAlignment().getHeight())\r
 381     {\r
 382       end = av.getAlignment().getHeight() - 1;\r
 383     }\r
 384 \r
 385     if (end < start)\r
 386     {\r
 387       int tmp = start;\r
 388       start = end;\r
 389       end = tmp;\r
 390       lastid = end;\r
 391     }\r
 392     if (av.getSelectionGroup() == null)\r
 393     {\r
 394       av.setSelectionGroup(new SequenceGroup());\r
 395     }\r
 396     for (int i = start; i <= end; i++)\r
 397     {\r
 398       av.getSelectionGroup().addSequence(\r
 399               av.getAlignment().getSequenceAt(i), i == end);\r
 400     }\r
 401 \r
 402   }\r
 403 \r
 404   public void mouseReleased(MouseEvent e)\r
 405   {\r
 406     if (scrollThread != null)\r
 407     {\r
 408       scrollThread.running = false;\r
 409     }\r
 410 \r
 411     if (av.getSelectionGroup() != null)\r
 412     {\r
 413       av.getSelectionGroup().recalcConservation();\r
 414     }\r
 415 \r
 416     mouseDragging = false;\r
 417     PaintRefresher.Refresh(this, av.getSequenceSetId());\r
 418     // always send selection message when mouse is released\r
 419     av.sendSelection();\r
 420   }\r
 421 \r
 422   public void highlightSearchResults(List<SequenceI> list)\r
 423   {\r
 424     idCanvas.setHighlighted(list);\r
 425 \r
 426     if (list == null)\r
 427     {\r
 428       return;\r
 429     }\r
 430 \r
 431     int index = av.getAlignment().findIndex(list.get(0));\r
 432 \r
 433     // do we need to scroll the panel?\r
 434     if (av.getStartSeq() > index || av.getEndSeq() < index)\r
 435     {\r
 436       alignPanel.setScrollValues(av.getStartRes(), index);\r
 437     }\r
 438   }\r
 439 \r
 440   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
 441   class ScrollThread extends Thread\r
 442   {\r
 443     boolean running = false;\r
 444 \r
 445     boolean up = true;\r
 446 \r
 447     public ScrollThread(boolean up)\r
 448     {\r
 449       this.up = up;\r
 450       start();\r
 451     }\r
 452 \r
 453     public void stopScrolling()\r
 454     {\r
 455       running = false;\r
 456     }\r
 457 \r
 458     public void run()\r
 459     {\r
 460       running = true;\r
 461       while (running)\r
 462       {\r
 463         if (alignPanel.scrollUp(up))\r
 464         {\r
 465           // scroll was ok, so add new sequence to selection\r
 466           int seq = av.getStartSeq();\r
 467           if (!up)\r
 468           {\r
 469             seq = av.getEndSeq();\r
 470           }\r
 471 \r
 472           if (seq < lastid)\r
 473           {\r
 474             selectSeqs(lastid - 1, seq);\r
 475           }\r
 476           else if (seq > lastid && seq < av.getAlignment().getHeight())\r
 477           {\r
 478             selectSeqs(lastid + 1, seq);\r
 479           }\r
 480 \r
 481           lastid = seq;\r
 482         }\r
 483         else\r
 484         {\r
 485           running = false;\r
 486         }\r
 487 \r
 488         alignPanel.paintAlignment(true);\r
 489         try\r
 490         {\r
 491           Thread.sleep(100);\r
 492         } catch (Exception ex)\r
 493         {\r
 494         }\r
 495       }\r
 496     }\r
 497   }\r
 498 }\r