unused/appletgui/RotatableCanvas.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)\r
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors\r
   4  * \r
   5  * This file is part of Jalview.\r
   6  * \r
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3\r
  10  * of the License, or (at your option) any later version.\r
  11  *  \r
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
  16  * \r
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.\r
  20  */\r
  21 package jalview.appletgui;\r
  22 \r
  23 import jalview.api.RotatableCanvasI;\r
  24 import jalview.datamodel.SequenceGroup;\r
  25 import jalview.datamodel.SequenceI;\r
  26 import jalview.datamodel.SequencePoint;\r
  27 import jalview.math.RotatableMatrix;\r
  28 import jalview.util.Format;\r
  29 import jalview.util.MessageManager;\r
  30 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;\r
  31 \r
  32 import java.awt.Color;\r
  33 import java.awt.Dimension;\r
  34 import java.awt.Font;\r
  35 import java.awt.Graphics;\r
  36 import java.awt.Image;\r
  37 import javax.swing.JPanel;\r
  38 import java.awt.event.KeyEvent;\r
  39 import java.awt.event.KeyListener;\r
  40 import java.awt.event.MouseEvent;\r
  41 import java.awt.event.MouseListener;\r
  42 import java.awt.event.MouseMotionListener;\r
  43 import java.util.Vector;\r
  44 \r
  45 public class RotatableCanvas extends JPanel implements MouseListener,\r
  46         MouseMotionListener, KeyListener, RotatableCanvasI\r
  47 {\r
  48   RotatableMatrix idmat = new RotatableMatrix(3, 3);\r
  49 \r
  50   RotatableMatrix objmat = new RotatableMatrix(3, 3);\r
  51 \r
  52   RotatableMatrix rotmat = new RotatableMatrix(3, 3);\r
  53 \r
  54   String tooltip;\r
  55 \r
  56   int toolx, tooly;\r
  57 \r
  58   // RubberbandRectangle rubberband;\r
  59 \r
  60   boolean drawAxes = true;\r
  61 \r
  62   int omx = 0;\r
  63 \r
  64   int mx = 0;\r
  65 \r
  66   int omy = 0;\r
  67 \r
  68   int my = 0;\r
  69 \r
  70   Image img;\r
  71 \r
  72   Graphics ig;\r
  73 \r
  74   Dimension prefsize;\r
  75 \r
  76   float centre[] = new float[3];\r
  77 \r
  78   float width[] = new float[3];\r
  79 \r
  80   float max[] = new float[3];\r
  81 \r
  82   float min[] = new float[3];\r
  83 \r
  84   float maxwidth;\r
  85 \r
  86   float scale;\r
  87 \r
  88   int npoint;\r
  89 \r
  90   Vector points;\r
  91 \r
  92   float[][] orig;\r
  93 \r
  94   float[][] axes;\r
  95 \r
  96   int startx;\r
  97 \r
  98   int starty;\r
  99 \r
 100   int lastx;\r
 101 \r
 102   int lasty;\r
 103 \r
 104   int rectx1;\r
 105 \r
 106   int recty1;\r
 107 \r
 108   int rectx2;\r
 109 \r
 110   int recty2;\r
 111 \r
 112   float scalefactor = 1;\r
 113 \r
 114   AlignmentViewport av;\r
 115 \r
 116   boolean showLabels = false;\r
 117 \r
 118   public RotatableCanvas(AlignmentViewport av)\r
 119   {\r
 120     this.av = av;\r
 121   }\r
 122 \r
 123   public void showLabels(boolean b)\r
 124   {\r
 125     showLabels = b;\r
 126     repaint();\r
 127   }\r
 128 \r
 129   public void setPoints(Vector points, int npoint)\r
 130   {\r
 131     this.points = points;\r
 132     this.npoint = npoint;\r
 133     PaintRefresher.Register(this, av.getSequenceSetId());\r
 134 \r
 135     prefsize = getPreferredSize();\r
 136     orig = new float[npoint][3];\r
 137 \r
 138     for (int i = 0; i < npoint; i++)\r
 139     {\r
 140       SequencePoint sp = (SequencePoint) points.elementAt(i);\r
 141       for (int j = 0; j < 3; j++)\r
 142       {\r
 143         orig[i][j] = sp.coord[j];\r
 144       }\r
 145     }\r
 146     // Initialize the matrices to identity\r
 147 \r
 148     for (int i = 0; i < 3; i++)\r
 149     {\r
 150       for (int j = 0; j < 3; j++)\r
 151       {\r
 152         if (i != j)\r
 153         {\r
 154           idmat.addElement(i, j, 0);\r
 155           objmat.addElement(i, j, 0);\r
 156           rotmat.addElement(i, j, 0);\r
 157         }\r
 158         else\r
 159         {\r
 160           idmat.addElement(i, j, 0);\r
 161           objmat.addElement(i, j, 0);\r
 162           rotmat.addElement(i, j, 0);\r
 163         }\r
 164       }\r
 165     }\r
 166 \r
 167     axes = new float[3][3];\r
 168     initAxes();\r
 169 \r
 170     findCentre();\r
 171     findWidth();\r
 172 \r
 173     scale = findScale();\r
 174 \r
 175     // System.out.println("Scale factor = " + scale);\r
 176 \r
 177     addMouseListener(this);\r
 178     addKeyListener(this);\r
 179     // if (getParent() != null) {\r
 180     // getParent().addKeyListener(this);\r
 181     // }\r
 182     addMouseMotionListener(this);\r
 183 \r
 184     // Add rubberband\r
 185     // rubberband = new RubberbandRectangle(this);\r
 186     // rubberband.setActive(true);\r
 187     // rubberband.addListener(this);\r
 188   }\r
 189 \r
 190   /*\r
 191    * public boolean handleSequenceSelectionEvent(SequenceSelectionEvent evt) {\r
 192    * redrawneeded = true; repaint(); return true; }\r
 193    * \r
 194    * public void removeNotify() { controller.removeListener(this);\r
 195    * super.removeNotify(); }\r
 196    */\r
 197 \r
 198   public void initAxes()\r
 199   {\r
 200     for (int i = 0; i < 3; i++)\r
 201     {\r
 202       for (int j = 0; j < 3; j++)\r
 203       {\r
 204         if (i != j)\r
 205         {\r
 206           axes[i][j] = 0;\r
 207         }\r
 208         else\r
 209         {\r
 210           axes[i][j] = 1;\r
 211         }\r
 212       }\r
 213     }\r
 214   }\r
 215 \r
 216   public void findWidth()\r
 217   {\r
 218     max = new float[3];\r
 219     min = new float[3];\r
 220 \r
 221     max[0] = (float) -1e30;\r
 222     max[1] = (float) -1e30;\r
 223     max[2] = (float) -1e30;\r
 224 \r
 225     min[0] = (float) 1e30;\r
 226     min[1] = (float) 1e30;\r
 227     min[2] = (float) 1e30;\r
 228 \r
 229     for (int i = 0; i < 3; i++)\r
 230     {\r
 231       for (int j = 0; j < npoint; j++)\r
 232       {\r
 233         SequencePoint sp = (SequencePoint) points.elementAt(j);\r
 234         if (sp.coord[i] >= max[i])\r
 235         {\r
 236           max[i] = sp.coord[i];\r
 237         }\r
 238         if (sp.coord[i] <= min[i])\r
 239         {\r
 240           min[i] = sp.coord[i];\r
 241         }\r
 242       }\r
 243     }\r
 244 \r
 245     // System.out.println("xmax " + max[0] + " min " + min[0]);\r
 246     // System.out.println("ymax " + max[1] + " min " + min[1]);\r
 247     // System.out.println("zmax " + max[2] + " min " + min[2]);\r
 248 \r
 249     width[0] = Math.abs(max[0] - min[0]);\r
 250     width[1] = Math.abs(max[1] - min[1]);\r
 251     width[2] = Math.abs(max[2] - min[2]);\r
 252 \r
 253     maxwidth = width[0];\r
 254 \r
 255     if (width[1] > width[0])\r
 256     {\r
 257       maxwidth = width[1];\r
 258     }\r
 259     if (width[2] > width[1])\r
 260     {\r
 261       maxwidth = width[2];\r
 262     }\r
 263 \r
 264     // System.out.println("Maxwidth = " + maxwidth);\r
 265   }\r
 266 \r
 267   public float findScale()\r
 268   {\r
 269     int dim, width, height;\r
 270     if (getSize().width != 0)\r
 271     {\r
 272       width = getSize().width;\r
 273       height = getSize().height;\r
 274     }\r
 275     else\r
 276     {\r
 277       width = prefsize.width;\r
 278       height = prefsize.height;\r
 279     }\r
 280 \r
 281     if (width < height)\r
 282     {\r
 283       dim = width;\r
 284     }\r
 285     else\r
 286     {\r
 287       dim = height;\r
 288     }\r
 289 \r
 290     return dim * scalefactor / (2 * maxwidth);\r
 291   }\r
 292 \r
 293   public void findCentre()\r
 294   {\r
 295     // Find centre coordinate\r
 296     findWidth();\r
 297 \r
 298     centre[0] = (max[0] + min[0]) / 2;\r
 299     centre[1] = (max[1] + min[1]) / 2;\r
 300     centre[2] = (max[2] + min[2]) / 2;\r
 301 \r
 302     // System.out.println("Centre x " + centre[0]);\r
 303     // System.out.println("Centre y " + centre[1]);\r
 304     // System.out.println("Centre z " + centre[2]);\r
 305   }\r
 306 \r
 307   public Dimension getPreferredSize()\r
 308   {\r
 309     if (prefsize != null)\r
 310     {\r
 311       return prefsize;\r
 312     }\r
 313     else\r
 314     {\r
 315       return new Dimension(400, 400);\r
 316     }\r
 317   }\r
 318 \r
 319   public Dimension getMinimumSize()\r
 320   {\r
 321     return getPreferredSize();\r
 322   }\r
 323 \r
 324   public void update(Graphics g)\r
 325   {\r
 326     paint(g);\r
 327   }\r
 328 \r
 329   public void paint(Graphics g)\r
 330   {\r
 331     if (points == null)\r
 332     {\r
 333       g.setFont(new Font("Verdana", Font.PLAIN, 18));\r
 334       g.drawString(MessageManager.getString("label.calculating_pca")\r
 335               + "....", 20, getSize().height / 2);\r
 336     }\r
 337     else\r
 338     {\r
 339 \r
 340       // Only create the image at the beginning -\r
 341       if ((img == null) || (prefsize.width != getSize().width)\r
 342               || (prefsize.height != getSize().height))\r
 343       {\r
 344         prefsize.width = getSize().width;\r
 345         prefsize.height = getSize().height;\r
 346 \r
 347         scale = findScale();\r
 348 \r
 349         // System.out.println("New scale = " + scale);\r
 350         img = createImage(getSize().width, getSize().height);\r
 351         ig = img.getGraphics();\r
 352 \r
 353       }\r
 354 \r
 355       drawBackground(ig, Color.black);\r
 356       drawScene(ig);\r
 357       if (drawAxes == true)\r
 358       {\r
 359         drawAxes(ig);\r
 360       }\r
 361 \r
 362       if (tooltip != null)\r
 363       {\r
 364         ig.setColor(Color.red);\r
 365         ig.drawString(tooltip, toolx, tooly);\r
 366       }\r
 367 \r
 368       g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 369     }\r
 370   }\r
 371 \r
 372   public void drawAxes(Graphics g)\r
 373   {\r
 374 \r
 375     g.setColor(Color.yellow);\r
 376     for (int i = 0; i < 3; i++)\r
 377     {\r
 378       g.drawLine(getSize().width / 2, getSize().height / 2,\r
 379               (int) (axes[i][0] * scale * max[0] + getSize().width / 2),\r
 380               (int) (axes[i][1] * scale * max[1] + getSize().height / 2));\r
 381     }\r
 382   }\r
 383 \r
 384   public void drawBackground(Graphics g, Color col)\r
 385   {\r
 386     g.setColor(col);\r
 387     g.fillRect(0, 0, prefsize.width, prefsize.height);\r
 388   }\r
 389 \r
 390   public void drawScene(Graphics g)\r
 391   {\r
 392     // boolean darker = false;\r
 393 \r
 394     int halfwidth = getSize().width / 2;\r
 395     int halfheight = getSize().height / 2;\r
 396 \r
 397     for (int i = 0; i < npoint; i++)\r
 398     {\r
 399       SequencePoint sp = (SequencePoint) points.elementAt(i);\r
 400       int x = (int) ((sp.coord[0] - centre[0]) * scale) + halfwidth;\r
 401       int y = (int) ((sp.coord[1] - centre[1]) * scale)\r
 402               + halfheight;\r
 403       float z = sp.coord[1] - centre[2];\r
 404 \r
 405       if (av.getSequenceColour(sp.sequence) == Color.black)\r
 406       {\r
 407         g.setColor(Color.white);\r
 408       }\r
 409       else\r
 410       {\r
 411         g.setColor(av.getSequenceColour(sp.sequence));\r
 412       }\r
 413 \r
 414       if (av.getSelectionGroup() != null)\r
 415       {\r
 416         if (av.getSelectionGroup().getSequences(null)\r
 417                 .contains(((SequencePoint) points.elementAt(i)).sequence))\r
 418         {\r
 419           g.setColor(Color.gray);\r
 420         }\r
 421       }\r
 422       if (z < 0)\r
 423       {\r
 424         g.setColor(g.getColor().darker());\r
 425       }\r
 426 \r
 427       g.fillRect(x - 3, y - 3, 6, 6);\r
 428       if (showLabels)\r
 429       {\r
 430         g.setColor(Color.red);\r
 431         g.drawString(\r
 432                 ((SequencePoint) points.elementAt(i)).sequence.getName(),\r
 433                 x - 3, y - 4);\r
 434       }\r
 435     }\r
 436   }\r
 437 \r
 438   public Dimension minimumsize()\r
 439   {\r
 440     return prefsize;\r
 441   }\r
 442 \r
 443   public Dimension preferredsize()\r
 444   {\r
 445     return prefsize;\r
 446   }\r
 447 \r
 448   public void keyTyped(KeyEvent evt)\r
 449   {\r
 450   }\r
 451 \r
 452   public void keyReleased(KeyEvent evt)\r
 453   {\r
 454   }\r
 455 \r
 456   public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
 457   {\r
 458     if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_UP)\r
 459     {\r
 460       scalefactor = (float) (scalefactor * 1.1);\r
 461       scale = findScale();\r
 462     }\r
 463     else if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DOWN)\r
 464     {\r
 465       scalefactor = (float) (scalefactor * 0.9);\r
 466       scale = findScale();\r
 467     }\r
 468     else if (evt.getKeyChar() == 's')\r
 469     {\r
 470       System.err.println("DEBUG: Rectangle selection"); // log.debug\r
 471       if (rectx2 != -1 && recty2 != -1)\r
 472       {\r
 473         rectSelect(rectx1, recty1, rectx2, recty2);\r
 474 \r
 475       }\r
 476     }\r
 477     repaint();\r
 478   }\r
 479 \r
 480   public void printPoints()\r
 481   {\r
 482     for (int i = 0; i < npoint; i++)\r
 483     {\r
 484       SequencePoint sp = (SequencePoint) points.elementAt(i);\r
 485       Format.printLong(System.out, "%5d ", i);\r
 486       for (int j = 0; j < 3; j++)\r
 487       {\r
 488         Format.printDouble(System.out, "%13.3f  ", sp.coord[j]);\r
 489       }\r
 490       System.out.println();\r
 491     }\r
 492   }\r
 493 \r
 494   public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
 495   {\r
 496   }\r
 497 \r
 498   public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
 499   {\r
 500   }\r
 501 \r
 502   public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
 503   {\r
 504   }\r
 505 \r
 506   public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 507   {\r
 508   }\r
 509 \r
 510   public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 511   {\r
 512     int x = evt.getX();\r
 513     int y = evt.getY();\r
 514 \r
 515     mx = x;\r
 516     my = y;\r
 517 \r
 518     omx = mx;\r
 519     omy = my;\r
 520 \r
 521     startx = x;\r
 522     starty = y;\r
 523 \r
 524     rectx1 = x;\r
 525     recty1 = y;\r
 526 \r
 527     rectx2 = -1;\r
 528     recty2 = -1;\r
 529 \r
 530     SequenceI found = findPoint(x, y);\r
 531 \r
 532     if (found != null)\r
 533     {\r
 534       // TODO: applet PCA is not associatable with multi-panels - only parent\r
 535       // view\r
 536       if (av.getSelectionGroup() != null)\r
 537       {\r
 538         av.getSelectionGroup().addOrRemove(found, true);\r
 539         av.getSelectionGroup().setEndRes(av.getAlignment().getWidth() - 1);\r
 540       }\r
 541       else\r
 542       {\r
 543         av.setSelectionGroup(new SequenceGroup());\r
 544         av.getSelectionGroup().addOrRemove(found, true);\r
 545         av.getSelectionGroup().setEndRes(av.getAlignment().getWidth() - 1);\r
 546 \r
 547       }\r
 548       PaintRefresher.Refresh(this, av.getSequenceSetId());\r
 549       av.sendSelection();\r
 550     }\r
 551     repaint();\r
 552   }\r
 553 \r
 554   public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 555   {\r
 556     SequenceI found = findPoint(evt.getX(), evt.getY());\r
 557     if (found == null)\r
 558     {\r
 559       tooltip = null;\r
 560     }\r
 561     else\r
 562     {\r
 563       tooltip = found.getName();\r
 564       toolx = evt.getX();\r
 565       tooly = evt.getY();\r
 566     }\r
 567     repaint();\r
 568   }\r
 569 \r
 570   public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 571   {\r
 572     mx = evt.getX();\r
 573     my = evt.getY();\r
 574 \r
 575     rotmat.setIdentity();\r
 576 \r
 577     rotmat.rotate(my - omy, 'x');\r
 578     rotmat.rotate(mx - omx, 'y');\r
 579 \r
 580     for (int i = 0; i < npoint; i++)\r
 581     {\r
 582       SequencePoint sp = (SequencePoint) points.elementAt(i);\r
 583       sp.coord[0] -= centre[0];\r
 584       sp.coord[1] -= centre[1];\r
 585       sp.coord[2] -= centre[2];\r
 586 \r
 587       // Now apply the rotation matrix\r
 588       sp.coord = rotmat.vectorMultiply(sp.coord);\r
 589 \r
 590       // Now translate back again\r
 591       sp.coord[0] += centre[0];\r
 592       sp.coord[1] += centre[1];\r
 593       sp.coord[2] += centre[2];\r
 594     }\r
 595 \r
 596     for (int i = 0; i < 3; i++)\r
 597     {\r
 598       axes[i] = rotmat.vectorMultiply(axes[i]);\r
 599     }\r
 600     omx = mx;\r
 601     omy = my;\r
 602 \r
 603     paint(this.getGraphics());\r
 604   }\r
 605 \r
 606   public void rectSelect(int x1, int y1, int x2, int y2)\r
 607   {\r
 608     // boolean changedSel = false;\r
 609     for (int i = 0; i < npoint; i++)\r
 610     {\r
 611       SequencePoint sp = (SequencePoint) points.elementAt(i);\r
 612       int tmp1 = (int) ((sp.coord[0] - centre[0]) * scale + getSize().width / 2.0);\r
 613       int tmp2 = (int) ((sp.coord[1] - centre[1]) * scale + getSize().height / 2.0);\r
 614 \r
 615       if (tmp1 > x1 && tmp1 < x2 && tmp2 > y1 && tmp2 < y2)\r
 616       {\r
 617         if (av != null)\r
 618         {\r
 619           if (!av.getSelectionGroup().getSequences(null)\r
 620                   .contains(sp.sequence))\r
 621           {\r
 622             av.getSelectionGroup().addSequence(sp.sequence, true);\r
 623           }\r
 624         }\r
 625       }\r
 626     }\r
 627   }\r
 628 \r
 629   public SequenceI findPoint(int x, int y)\r
 630   {\r
 631 \r
 632     int halfwidth = getSize().width / 2;\r
 633     int halfheight = getSize().height / 2;\r
 634 \r
 635     int found = -1;\r
 636 \r
 637     for (int i = 0; i < npoint; i++)\r
 638     {\r
 639 \r
 640       SequencePoint sp = (SequencePoint) points.elementAt(i);\r
 641       int px = (int) ((sp.coord[0] - centre[0]) * scale)\r
 642               + halfwidth;\r
 643       int py = (int) ((sp.coord[1] - centre[1]) * scale)\r
 644               + halfheight;\r
 645 \r
 646       if (Math.abs(px - x) < 3 && Math.abs(py - y) < 3)\r
 647       {\r
 648         found = i;\r
 649       }\r
 650     }\r
 651     if (found != -1)\r
 652     {\r
 653       return ((SequencePoint) points.elementAt(found)).sequence;\r
 654     }\r
 655     else\r
 656     {\r
 657       return null;\r
 658     }\r
 659   }\r
 660 \r
 661 }\r