website/docs/_sources/docker.rst.txt

   1 Docker Container
   2 ================
   3
   4 An alternative to running the JABAWS Virtual Appliance (VA) or the JABAWS Web Application aRchive (WAR) in your local machine, is to use `Docker`_ to handle all the requirements to deploy JABAWS in Tomcat. We provide a `Dockerfile`_, which Docker uses to build an exact image of the required system, (i.e. Apache Tomcat server with the JABAWS WAR deployed).
   5
   6 ------------
   7
   8 .. _docker_installing:
   9
  10 Installing Docker
  11 -----------------
  12
  13 In order to run JABAWS using `Docker`_, you need docker installed and running in your system. Installation instructions are provided in the `Docker documentation pages`_.
  14
  15 ------------
  16
  17 .. _jabaws_docker:
  18
  19 Running JABAWS with Docker
  20 --------------------------
  21
  22 Once you have docker installed and running in your machine:
  23
  24 .. code:: bash
  25
  26       docker build -t jabaws:2.2 http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws22/archive/docker/Dockerfile
  27
  28 This will download the required Docker contexts (Tomcat, etc.) and setup JABAWS. Once the setup is finished you can run the JABAWS container with:
  29
  30
  31 .. code:: bash
  32
  33       docker run --rm -it -p 8080:8080 jabaws:2.2
  34
  35 This will launch Tomcat and deploy JABAWS. By accessing ``localhost:8080/jabaws/`` you can verify whether the JABAWS is running properly.
  36 You can then use your Docker JABAWS container to power your analysis using `Jalview`_ or the `JABAWS CLI`_.
  37
  38
  39 ------------
  40
  41 .. links
  42 .. _Docker: https://www.docker.com/
  43 .. _Docker documentation pages: https://docs.docker.com/engine/installation/
  44 .. _JABAWS Virtual Appliance (VA): va.html
  45 .. _JABAWS Web Application aRchive (WAR): war.html
  46 .. _Dockerfile: http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws22/archive/docker/Dockerfile
  47 .. _Jalview: getting_started.html#jalview-and-the-jabaws-public-server
  48 .. _JABAWS CLI: getting_started.html#command-line-client-cli