package jalview.ext.forester.io;

import jalview.ext.archaeopteryx.AptxInit;
import jalview.gui.AlignViewport;
//import jalview.ext.treeviewer.ExternalTreeParserI;
import jalview.gui.Desktop;
import jalview.gui.JvOptionPane;
import jalview.io.DataSourceType;
import jalview.io.NewickFile;
import jalview.util.MessageManager;

import java.io.File;
import java.io.IOException;

import org.forester.util.ForesterUtil;

public class TreeParser // implements ExternalTreeParserI<MainFrame>
{
  private final String filePath;

  private final File file;

  public TreeParser(final String treeFilePath)
  {
    final String possibleError = ForesterUtil.isReadableFile(treeFilePath);
    if (possibleError != null)
    {
      JvOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop, possibleError,
              MessageManager.getString("label.problem_reading_tree_file"),
              JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);

    }
    filePath = treeFilePath;
    file = new File(filePath);

  }

  public TreeParser(final File treeFile) throws IOException
  {
    final String possibleError = ForesterUtil.isReadableFile(treeFile);
    if (possibleError != null)
    {
      JvOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop, possibleError,
              MessageManager.getString("label.problem_reading_tree_file"),
              JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);

    }
    file = treeFile;
    filePath = file.getCanonicalPath();
  }

  public void loadTree(AlignViewport viewport)
  {

    NewickFile fin = null; // old tree
      try
      {
        AptxInit.createInstanceFromFile(filePath, viewport);

        fin = new NewickFile(filePath, DataSourceType.FILE);
        viewport.setCurrentTree(viewport.getAlignPanel().alignFrame
                .showNewickTree(fin, filePath).getTree());

      } catch (Exception ex)
      {
        JvOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop, ex.getMessage(),
                MessageManager.getString("label.problem_reading_tree_file"),
                JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
        ex.printStackTrace();
      }
      if (fin != null && fin.hasWarningMessage())
      {
        JvOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop,
                fin.getWarningMessage(),
                MessageManager
                        .getString("label.possible_problem_with_tree_file"),
                JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
      }
    }
  }


//
// @Override
// public MainFrame loadTreeFile(AlignmentViewport viewport)
// {
// String[] AptxArgs = new String[] { "-c",
// "_aptx_jalview_configuration_file", filePath };
// MainFrame aptx = Archaeopteryx.main(AptxArgs);
//
// LoadedTreeAssociation bindAptxNodes = new LoadedTreeAssociation(
// viewport.getAlignment().getSequencesArray(),
// aptx.getMainPanel().getCurrentTreePanel().getPhylogeny());
//
// bindAptxNodes.associateLeavesToSequences();
//
// new JalviewBinding(aptx, viewport, bindAptxNodes.getAlignmentWithNodes(),
// bindAptxNodes.getNodesWithAlignment());
//
// AptxInit.bindFrameToJalview(aptx);
//
// return aptx;
//
//
// }
// //
// void readPhylogeniesFromURL() {
// URL url = null;
// Phylogeny[] phys = null;
// final String message = "Please enter a complete URL, for example
// \"http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S15480?format=nexus\"";
// final String url_string = JOptionPane
// .showInputDialog( this,
// message,
// "Use URL/webservice to obtain a phylogeny",
// JOptionPane.QUESTION_MESSAGE );
// boolean nhx_or_nexus = false;
// if ( ( url_string != null ) && ( url_string.length() > 0 ) ) {
// try {
// url = new URL( url_string );
// PhylogenyParser parser = null;
// if ( url.getHost().toLowerCase().indexOf( "tolweb" ) >= 0 ) {
// parser = new TolParser();
// }
// else {
// parser = ParserUtils
// .createParserDependingOnUrlContents( url,
// getConfiguration().isValidatePhyloXmlAgainstSchema() );
// }
// if ( parser instanceof NexusPhylogeniesParser ) {
// nhx_or_nexus = true;
// }
// else if ( parser instanceof NHXParser ) {
// nhx_or_nexus = true;
// }
// if ( _mainpanel.getCurrentTreePanel() != null ) {
// _mainpanel.getCurrentTreePanel().setWaitCursor();
// }
// else {
// _mainpanel.setWaitCursor();
// }
// final PhylogenyFactory factory =
// ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
// phys = factory.create( url.openStream(), parser );
// }
// catch ( final MalformedURLException e ) {
// JOptionPane.showMessageDialog( this,
// "Malformed URL: " + url + "\n" + e.getLocalizedMessage(),
// "Malformed URL",
// JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
// }
// catch ( final IOException e ) {
// JOptionPane.showMessageDialog( this,
// "Could not read from " + url + "\n"
// + ForesterUtil.wordWrap( e.getLocalizedMessage(), 80 ),
// "Failed to read URL",
// JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
// }
// catch ( final Exception e ) {
// JOptionPane.showMessageDialog( this,
// ForesterUtil.wordWrap( e.getLocalizedMessage(), 80 ),
// "Unexpected Exception",
// JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
// }
// finally {
// if ( _mainpanel.getCurrentTreePanel() != null ) {
// _mainpanel.getCurrentTreePanel().setArrowCursor();
// }
// else {
// _mainpanel.setArrowCursor();
// }
// }
// if ( ( phys != null ) && ( phys.length > 0 ) ) {
// if ( nhx_or_nexus &&
// getOptions().isInternalNumberAreConfidenceForNhParsing() ) {
// for( final Phylogeny phy : phys ) {
// PhylogenyMethods.transferInternalNodeNamesToConfidence( phy, "" );
// }
// }
// AptxUtil.addPhylogeniesToTabs( phys,
// new File( url.getFile() ).getName(),
// new File( url.getFile() ).toString(),
// getConfiguration(),
// getMainPanel() );
// _mainpanel.getControlPanel().showWhole();
// }
// }
// activateSaveAllIfNeeded();
// System.gc();
// }
//
// }
//
//
//
//
//
//