refactored org to uk

[vamsas.git] / src / org / vamsas / objects / core / RangeType.java

diff --git a/src/org/vamsas/objects/core/RangeType.java b/src/org/vamsas/objects/core/RangeType.java
index c0d6571..4a5e0a8 100644 (file)
--- a/src/org/vamsas/objects/core/RangeType.java
+++ b/src/org/vamsas/objects/core/RangeType.java
@@ -31,7 +31,7 @@ import org.exolab.castor.xml.ValidationException;
  * \r
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
-public abstract class RangeType extends org.vamsas.client.Vobject \r
+public abstract class RangeType extends uk.ac.vamsas.clientnt.Vobject \r
 implements java.io.Serializable\r
 {\r
 \r
@@ -67,7 +67,7 @@ implements java.io.Serializable
         super();\r
         _posList = new Vector();\r
         _segList = new Vector();\r
-    } //-- org.vamsas.objects.core.RangeType()\r
+    } //-- uk.ac.vamsas.objects.core.RangeType()\r
 \r
 \r
       //-----------/\r
@@ -81,11 +81,11 @@ implements java.io.Serializable
      * \r
      * @param vPos\r
      */\r
-    public void addPos(org.vamsas.objects.core.Pos vPos)\r
+    public void addPos(uk.ac.vamsas.objects.core.Pos vPos)\r
         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
     {\r
         _posList.addElement(vPos);\r
-    } //-- void addPos(org.vamsas.objects.core.Pos) \r
+    } //-- void addPos(uk.ac.vamsas.objects.core.Pos) \r
 \r
     /**\r
      * Method addPos\r
@@ -95,11 +95,11 @@ implements java.io.Serializable
      * @param index\r
      * @param vPos\r
      */\r
-    public void addPos(int index, org.vamsas.objects.core.Pos vPos)\r
+    public void addPos(int index, uk.ac.vamsas.objects.core.Pos vPos)\r
         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
     {\r
         _posList.insertElementAt(vPos, index);\r
-    } //-- void addPos(int, org.vamsas.objects.core.Pos) \r
+    } //-- void addPos(int, uk.ac.vamsas.objects.core.Pos) \r
 \r
     /**\r
      * Method addSeg\r
@@ -108,11 +108,11 @@ implements java.io.Serializable
      * \r
      * @param vSeg\r
      */\r
-    public void addSeg(org.vamsas.objects.core.Seg vSeg)\r
+    public void addSeg(uk.ac.vamsas.objects.core.Seg vSeg)\r
         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
     {\r
         _segList.addElement(vSeg);\r
-    } //-- void addSeg(org.vamsas.objects.core.Seg) \r
+    } //-- void addSeg(uk.ac.vamsas.objects.core.Seg) \r
 \r
     /**\r
      * Method addSeg\r
@@ -122,11 +122,11 @@ implements java.io.Serializable
      * @param index\r
      * @param vSeg\r
      */\r
-    public void addSeg(int index, org.vamsas.objects.core.Seg vSeg)\r
+    public void addSeg(int index, uk.ac.vamsas.objects.core.Seg vSeg)\r
         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
     {\r
         _segList.insertElementAt(vSeg, index);\r
-    } //-- void addSeg(int, org.vamsas.objects.core.Seg) \r
+    } //-- void addSeg(int, uk.ac.vamsas.objects.core.Seg) \r
 \r
     /**\r
      * Method enumeratePos\r
@@ -216,7 +216,7 @@ implements java.io.Serializable
      * @param index\r
      * @return Pos\r
      */\r
-    public org.vamsas.objects.core.Pos getPos(int index)\r
+    public uk.ac.vamsas.objects.core.Pos getPos(int index)\r
         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
     {\r
         //-- check bounds for index\r
@@ -224,8 +224,8 @@ implements java.io.Serializable
             throw new IndexOutOfBoundsException("getPos: Index value '"+index+"' not in range [0.."+_posList.size()+ "]");\r
         }\r
         \r
-        return (org.vamsas.objects.core.Pos) _posList.elementAt(index);\r
-    } //-- org.vamsas.objects.core.Pos getPos(int) \r
+        return (uk.ac.vamsas.objects.core.Pos) _posList.elementAt(index);\r
+    } //-- uk.ac.vamsas.objects.core.Pos getPos(int) \r
 \r
     /**\r
      * Method getPos\r
@@ -234,15 +234,15 @@ implements java.io.Serializable
      * \r
      * @return Pos\r
      */\r
-    public org.vamsas.objects.core.Pos[] getPos()\r
+    public uk.ac.vamsas.objects.core.Pos[] getPos()\r
     {\r
         int size = _posList.size();\r
-        org.vamsas.objects.core.Pos[] mArray = new org.vamsas.objects.core.Pos[size];\r
+        uk.ac.vamsas.objects.core.Pos[] mArray = new uk.ac.vamsas.objects.core.Pos[size];\r
         for (int index = 0; index < size; index++) {\r
-            mArray[index] = (org.vamsas.objects.core.Pos) _posList.elementAt(index);\r
+            mArray[index] = (uk.ac.vamsas.objects.core.Pos) _posList.elementAt(index);\r
         }\r
         return mArray;\r
-    } //-- org.vamsas.objects.core.Pos[] getPos() \r
+    } //-- uk.ac.vamsas.objects.core.Pos[] getPos() \r
 \r
     /**\r
      * Method getPosCount\r
@@ -264,7 +264,7 @@ implements java.io.Serializable
      * @param index\r
      * @return Seg\r
      */\r
-    public org.vamsas.objects.core.Seg getSeg(int index)\r
+    public uk.ac.vamsas.objects.core.Seg getSeg(int index)\r
         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
     {\r
         //-- check bounds for index\r
@@ -272,8 +272,8 @@ implements java.io.Serializable
             throw new IndexOutOfBoundsException("getSeg: Index value '"+index+"' not in range [0.."+_segList.size()+ "]");\r
         }\r
         \r
-        return (org.vamsas.objects.core.Seg) _segList.elementAt(index);\r
-    } //-- org.vamsas.objects.core.Seg getSeg(int) \r
+        return (uk.ac.vamsas.objects.core.Seg) _segList.elementAt(index);\r
+    } //-- uk.ac.vamsas.objects.core.Seg getSeg(int) \r
 \r
     /**\r
      * Method getSeg\r
@@ -282,15 +282,15 @@ implements java.io.Serializable
      * \r
      * @return Seg\r
      */\r
-    public org.vamsas.objects.core.Seg[] getSeg()\r
+    public uk.ac.vamsas.objects.core.Seg[] getSeg()\r
     {\r
         int size = _segList.size();\r
-        org.vamsas.objects.core.Seg[] mArray = new org.vamsas.objects.core.Seg[size];\r
+        uk.ac.vamsas.objects.core.Seg[] mArray = new uk.ac.vamsas.objects.core.Seg[size];\r
         for (int index = 0; index < size; index++) {\r
-            mArray[index] = (org.vamsas.objects.core.Seg) _segList.elementAt(index);\r
+            mArray[index] = (uk.ac.vamsas.objects.core.Seg) _segList.elementAt(index);\r
         }\r
         return mArray;\r
-    } //-- org.vamsas.objects.core.Seg[] getSeg() \r
+    } //-- uk.ac.vamsas.objects.core.Seg[] getSeg() \r
 \r
     /**\r
      * Method getSegCount\r
@@ -348,12 +348,12 @@ implements java.io.Serializable
      * @param index\r
      * @return Pos\r
      */\r
-    public org.vamsas.objects.core.Pos removePos(int index)\r
+    public uk.ac.vamsas.objects.core.Pos removePos(int index)\r
     {\r
         java.lang.Object obj = _posList.elementAt(index);\r
         _posList.removeElementAt(index);\r
-        return (org.vamsas.objects.core.Pos) obj;\r
-    } //-- org.vamsas.objects.core.Pos removePos(int) \r
+        return (uk.ac.vamsas.objects.core.Pos) obj;\r
+    } //-- uk.ac.vamsas.objects.core.Pos removePos(int) \r
 \r
     /**\r
      * Method removeSeg\r
@@ -363,12 +363,12 @@ implements java.io.Serializable
      * @param index\r
      * @return Seg\r
      */\r
-    public org.vamsas.objects.core.Seg removeSeg(int index)\r
+    public uk.ac.vamsas.objects.core.Seg removeSeg(int index)\r
     {\r
         java.lang.Object obj = _segList.elementAt(index);\r
         _segList.removeElementAt(index);\r
-        return (org.vamsas.objects.core.Seg) obj;\r
-    } //-- org.vamsas.objects.core.Seg removeSeg(int) \r
+        return (uk.ac.vamsas.objects.core.Seg) obj;\r
+    } //-- uk.ac.vamsas.objects.core.Seg removeSeg(int) \r
 \r
     /**\r
      * Method setPos\r
@@ -378,7 +378,7 @@ implements java.io.Serializable
      * @param index\r
      * @param vPos\r
      */\r
-    public void setPos(int index, org.vamsas.objects.core.Pos vPos)\r
+    public void setPos(int index, uk.ac.vamsas.objects.core.Pos vPos)\r
         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
     {\r
         //-- check bounds for index\r
@@ -386,7 +386,7 @@ implements java.io.Serializable
             throw new IndexOutOfBoundsException("setPos: Index value '"+index+"' not in range [0.."+_posList.size()+ "]");\r
         }\r
         _posList.setElementAt(vPos, index);\r
-    } //-- void setPos(int, org.vamsas.objects.core.Pos) \r
+    } //-- void setPos(int, uk.ac.vamsas.objects.core.Pos) \r
 \r
     /**\r
      * Method setPos\r
@@ -395,14 +395,14 @@ implements java.io.Serializable
      * \r
      * @param posArray\r
      */\r
-    public void setPos(org.vamsas.objects.core.Pos[] posArray)\r
+    public void setPos(uk.ac.vamsas.objects.core.Pos[] posArray)\r
     {\r
         //-- copy array\r
         _posList.removeAllElements();\r
         for (int i = 0; i < posArray.length; i++) {\r
             _posList.addElement(posArray[i]);\r
         }\r
-    } //-- void setPos(org.vamsas.objects.core.Pos) \r
+    } //-- void setPos(uk.ac.vamsas.objects.core.Pos) \r
 \r
     /**\r
      * Method setSeg\r
@@ -412,7 +412,7 @@ implements java.io.Serializable
      * @param index\r
      * @param vSeg\r
      */\r
-    public void setSeg(int index, org.vamsas.objects.core.Seg vSeg)\r
+    public void setSeg(int index, uk.ac.vamsas.objects.core.Seg vSeg)\r
         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
     {\r
         //-- check bounds for index\r
@@ -420,7 +420,7 @@ implements java.io.Serializable
             throw new IndexOutOfBoundsException("setSeg: Index value '"+index+"' not in range [0.."+_segList.size()+ "]");\r
         }\r
         _segList.setElementAt(vSeg, index);\r
-    } //-- void setSeg(int, org.vamsas.objects.core.Seg) \r
+    } //-- void setSeg(int, uk.ac.vamsas.objects.core.Seg) \r
 \r
     /**\r
      * Method setSeg\r
@@ -429,14 +429,14 @@ implements java.io.Serializable
      * \r
      * @param segArray\r
      */\r
-    public void setSeg(org.vamsas.objects.core.Seg[] segArray)\r
+    public void setSeg(uk.ac.vamsas.objects.core.Seg[] segArray)\r
     {\r
         //-- copy array\r
         _segList.removeAllElements();\r
         for (int i = 0; i < segArray.length; i++) {\r
             _segList.addElement(segArray[i]);\r
         }\r
-    } //-- void setSeg(org.vamsas.objects.core.Seg) \r
+    } //-- void setSeg(uk.ac.vamsas.objects.core.Seg) \r
 \r
     /**\r
      * Method validate\r