rebult for castor-1.1(vamsas version)
[vamsas.git] / src / uk / ac / vamsas / objects / core / Provenance.java
index 4eb591d..3477b22 100644 (file)
@@ -1,6 +1,6 @@
 /*
  * This class was automatically generated with 
- * <a href="http://www.castor.org">Castor 0.9.9M2</a>, using an XML
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
  * Schema.
  * $Id$
  */
@@ -11,17 +11,8 @@ package uk.ac.vamsas.objects.core;
  //- Imported classes and packages -/
 //---------------------------------/
 
-import java.io.IOException;
-import java.io.Reader;
-import java.io.Serializable;
-import java.io.Writer;
-import java.util.Enumeration;
-import java.util.Vector;
-import org.exolab.castor.xml.MarshalException;
 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
-import org.exolab.castor.xml.ValidationException;
-import org.xml.sax.ContentHandler;
 
 /**
  * Class Provenance.
@@ -38,7 +29,7 @@ implements java.io.Serializable
     //--------------------------/
 
     /**
-     * Field _entryList
+     * Field _entryList.
      */
     private java.util.Vector _entryList;
 
@@ -47,11 +38,10 @@ implements java.io.Serializable
      //- Constructors -/
     //----------------/
 
-    public Provenance() 
-     {
+    public Provenance() {
         super();
-        _entryList = new Vector();
-    } //-- uk.ac.vamsas.objects.core.Provenance()
+        this._entryList = new java.util.Vector();
+    }
 
 
       //-----------/
@@ -59,52 +49,52 @@ implements java.io.Serializable
     //-----------/
 
     /**
-     * Method addEntry
-     * 
      * 
      * 
      * @param vEntry
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
+     * given is outside the bounds of the collection
      */
-    public void addEntry(uk.ac.vamsas.objects.core.Entry vEntry)
-        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-    {
-        _entryList.addElement(vEntry);
-    } //-- void addEntry(uk.ac.vamsas.objects.core.Entry) 
+    public void addEntry(
+            final uk.ac.vamsas.objects.core.Entry vEntry)
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
+        this._entryList.addElement(vEntry);
+    }
 
     /**
-     * Method addEntry
-     * 
      * 
      * 
      * @param index
      * @param vEntry
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
+     * given is outside the bounds of the collection
      */
-    public void addEntry(int index, uk.ac.vamsas.objects.core.Entry vEntry)
-        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-    {
-        _entryList.insertElementAt(vEntry, index);
-    } //-- void addEntry(int, uk.ac.vamsas.objects.core.Entry) 
+    public void addEntry(
+            final int index,
+            final uk.ac.vamsas.objects.core.Entry vEntry)
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
+        this._entryList.add(index, vEntry);
+    }
 
     /**
-     * Method enumerateEntry
-     * 
+     * Method enumerateEntry.
      * 
-     * 
-     * @return Enumeration
+     * @return an Enumeration over all
+     * uk.ac.vamsas.objects.core.Entry elements
      */
-    public java.util.Enumeration enumerateEntry()
-    {
-        return _entryList.elements();
-    } //-- java.util.Enumeration enumerateEntry() 
+    public java.util.Enumeration enumerateEntry(
+    ) {
+        return this._entryList.elements();
+    }
 
     /**
-     * Note: hashCode() has not been overriden
+     * Overrides the java.lang.Object.equals method.
      * 
      * @param obj
-     * @return boolean
+     * @return true if the objects are equal.
      */
-    public boolean equals(java.lang.Object obj)
-    {
+    public boolean equals(
+            final java.lang.Object obj) {
         if ( this == obj )
             return true;
         
@@ -124,183 +114,251 @@ implements java.io.Serializable
             return true;
         }
         return false;
-    } //-- boolean equals(java.lang.Object) 
+    }
 
     /**
-     * Method getEntry
-     * 
-     * 
+     * Method getEntry.
      * 
      * @param index
-     * @return Entry
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
+     * given is outside the bounds of the collection
+     * @return the value of the uk.ac.vamsas.objects.core.Entry at
+     * the given index
      */
-    public uk.ac.vamsas.objects.core.Entry getEntry(int index)
-        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-    {
-        //-- check bounds for index
-        if ((index < 0) || (index > _entryList.size())) {
-            throw new IndexOutOfBoundsException("getEntry: Index value '"+index+"' not in range [0.."+_entryList.size()+ "]");
+    public uk.ac.vamsas.objects.core.Entry getEntry(
+            final int index)
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
+        // check bounds for index
+        if (index < 0 || index >= this._entryList.size()) {
+            throw new IndexOutOfBoundsException("getEntry: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._entryList.size() - 1) + "]");
         }
         
-        return (uk.ac.vamsas.objects.core.Entry) _entryList.elementAt(index);
-    } //-- uk.ac.vamsas.objects.core.Entry getEntry(int) 
+        return (uk.ac.vamsas.objects.core.Entry) _entryList.get(index);
+    }
 
     /**
-     * Method getEntry
+     * Method getEntry.Returns the contents of the collection in an
+     * Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents are
+     * changing in another thread, we pass a 0-length Array of the
+     * correct type into the API call.  This way we <i>know</i>
+     * that the Array returned is of exactly the correct length.
      * 
-     * 
-     * 
-     * @return Entry
+     * @return this collection as an Array
      */
-    public uk.ac.vamsas.objects.core.Entry[] getEntry()
-    {
-        int size = _entryList.size();
-        uk.ac.vamsas.objects.core.Entry[] mArray = new uk.ac.vamsas.objects.core.Entry[size];
-        for (int index = 0; index < size; index++) {
-            mArray[index] = (uk.ac.vamsas.objects.core.Entry) _entryList.elementAt(index);
-        }
-        return mArray;
-    } //-- uk.ac.vamsas.objects.core.Entry[] getEntry() 
+    public uk.ac.vamsas.objects.core.Entry[] getEntry(
+    ) {
+        uk.ac.vamsas.objects.core.Entry[] array = new uk.ac.vamsas.objects.core.Entry[0];
+        return (uk.ac.vamsas.objects.core.Entry[]) this._entryList.toArray(array);
+    }
 
     /**
-     * Method getEntryCount
-     * 
-     * 
+     * Method getEntryAsReference.Returns a reference to
+     * '_entryList'. No type checking is performed on any
+     * modifications to the Vector.
      * 
-     * @return int
+     * @return a reference to the Vector backing this class
      */
-    public int getEntryCount()
-    {
-        return _entryList.size();
-    } //-- int getEntryCount() 
+    public java.util.Vector getEntryAsReference(
+    ) {
+        return this._entryList;
+    }
 
     /**
-     * Method isValid
+     * Method getEntryCount.
      * 
+     * @return the size of this collection
+     */
+    public int getEntryCount(
+    ) {
+        return this._entryList.size();
+    }
+
+    /**
+     * Overrides the java.lang.Object.hashCode method.
+     * <p>
+     * The following steps came from <b>Effective Java Programming
+     * Language Guide</b> by Joshua Bloch, Chapter 3
      * 
+     * @return a hash code value for the object.
+     */
+    public int hashCode(
+    ) {
+        int result = super.hashCode();
+        
+        long tmp;
+        if (_entryList != null) {
+           result = 37 * result + _entryList.hashCode();
+        }
+        
+        return result;
+    }
+
+    /**
+     * Method isValid.
      * 
-     * @return boolean
+     * @return true if this object is valid according to the schema
      */
-    public boolean isValid()
-    {
+    public boolean isValid(
+    ) {
         try {
             validate();
-        }
-        catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {
+        } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {
             return false;
         }
         return true;
-    } //-- boolean isValid() 
+    }
 
     /**
-     * Method marshal
-     * 
      * 
      * 
      * @param out
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
      */
-    public void marshal(java.io.Writer out)
-        throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException
-    {
-        
+    public void marshal(
+            final java.io.Writer out)
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
         Marshaller.marshal(this, out);
-    } //-- void marshal(java.io.Writer) 
+    }
 
     /**
-     * Method marshal
-     * 
      * 
      * 
      * @param handler
+     * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during
+     * marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
      */
-    public void marshal(org.xml.sax.ContentHandler handler)
-        throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException
-    {
-        
+    public void marshal(
+            final org.xml.sax.ContentHandler handler)
+    throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
         Marshaller.marshal(this, handler);
-    } //-- void marshal(org.xml.sax.ContentHandler) 
+    }
 
     /**
-     * Method removeAllEntry
-     * 
      */
-    public void removeAllEntry()
-    {
-        _entryList.removeAllElements();
-    } //-- void removeAllEntry() 
+    public void removeAllEntry(
+    ) {
+        this._entryList.clear();
+    }
 
     /**
-     * Method removeEntry
-     * 
+     * Method removeEntry.
      * 
+     * @param vEntry
+     * @return true if the object was removed from the collection.
+     */
+    public boolean removeEntry(
+            final uk.ac.vamsas.objects.core.Entry vEntry) {
+        boolean removed = _entryList.remove(vEntry);
+        return removed;
+    }
+
+    /**
+     * Method removeEntryAt.
      * 
      * @param index
-     * @return Entry
+     * @return the element removed from the collection
      */
-    public uk.ac.vamsas.objects.core.Entry removeEntry(int index)
-    {
-        java.lang.Object obj = _entryList.elementAt(index);
-        _entryList.removeElementAt(index);
+    public uk.ac.vamsas.objects.core.Entry removeEntryAt(
+            final int index) {
+        java.lang.Object obj = this._entryList.remove(index);
         return (uk.ac.vamsas.objects.core.Entry) obj;
-    } //-- uk.ac.vamsas.objects.core.Entry removeEntry(int) 
+    }
 
     /**
-     * Method setEntry
-     * 
      * 
      * 
      * @param index
      * @param vEntry
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
+     * given is outside the bounds of the collection
      */
-    public void setEntry(int index, uk.ac.vamsas.objects.core.Entry vEntry)
-        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-    {
-        //-- check bounds for index
-        if ((index < 0) || (index > _entryList.size())) {
-            throw new IndexOutOfBoundsException("setEntry: Index value '"+index+"' not in range [0.."+_entryList.size()+ "]");
+    public void setEntry(
+            final int index,
+            final uk.ac.vamsas.objects.core.Entry vEntry)
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
+        // check bounds for index
+        if (index < 0 || index >= this._entryList.size()) {
+            throw new IndexOutOfBoundsException("setEntry: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._entryList.size() - 1) + "]");
         }
-        _entryList.setElementAt(vEntry, index);
-    } //-- void setEntry(int, uk.ac.vamsas.objects.core.Entry) 
+        
+        this._entryList.set(index, vEntry);
+    }
 
     /**
-     * Method setEntry
      * 
      * 
-     * 
-     * @param entryArray
+     * @param vEntryArray
      */
-    public void setEntry(uk.ac.vamsas.objects.core.Entry[] entryArray)
-    {
+    public void setEntry(
+            final uk.ac.vamsas.objects.core.Entry[] vEntryArray) {
         //-- copy array
-        _entryList.removeAllElements();
-        for (int i = 0; i < entryArray.length; i++) {
-            _entryList.addElement(entryArray[i]);
+        _entryList.clear();
+        
+        for (int i = 0; i < vEntryArray.length; i++) {
+                this._entryList.add(vEntryArray[i]);
         }
-    } //-- void setEntry(uk.ac.vamsas.objects.core.Entry) 
+    }
 
     /**
-     * Method unmarshal
+     * Sets the value of '_entryList' by copying the given Vector.
+     * All elements will be checked for type safety.
      * 
+     * @param vEntryList the Vector to copy.
+     */
+    public void setEntry(
+            final java.util.Vector vEntryList) {
+        // copy vector
+        this._entryList.clear();
+        
+        this._entryList.addAll(vEntryList);
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of '_entryList' by setting it to the given
+     * Vector. No type checking is performed.
+     * @deprecated
      * 
+     * @param entryVector the Vector to set.
+     */
+    public void setEntryAsReference(
+            final java.util.Vector entryVector) {
+        this._entryList = entryVector;
+    }
+
+    /**
+     * Method unmarshal.
      * 
      * @param reader
-     * @return Provenance
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     * @return the unmarshaled uk.ac.vamsas.objects.core.Provenance
      */
-    public static uk.ac.vamsas.objects.core.Provenance unmarshal(java.io.Reader reader)
-        throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException
-    {
+    public static uk.ac.vamsas.objects.core.Provenance unmarshal(
+            final java.io.Reader reader)
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
         return (uk.ac.vamsas.objects.core.Provenance) Unmarshaller.unmarshal(uk.ac.vamsas.objects.core.Provenance.class, reader);
-    } //-- uk.ac.vamsas.objects.core.Provenance unmarshal(java.io.Reader) 
+    }
 
     /**
-     * Method validate
      * 
+     * 
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
      */
-    public void validate()
-        throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-    {
+    public void validate(
+    )
+    throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {
         org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
         validator.validate(this);
-    } //-- void validate() 
+    }
 
 }