av.getRanges().setStartEndSeq(0, 3);
String s = "";
- s += " SC1 " + av.getRanges();
+ s += " SC1 " + av.getRanges().getVisibleAlignmentHeight() + " "
+ + av.getRanges();
av.setShowAnnotation(false);
s += " SC2 " + av.getRanges();
av.setScaleAboveWrapped(true);