X-Git-Url: http://source.jalview.org/gitweb/?a=blobdiff_plain;f=examples%2Ftestdata%2Fphyre2results%2F56da5616b4559c93%2Faligs%2Fd1jq4a_.18.alig.html;fp=examples%2Ftestdata%2Fphyre2results%2F56da5616b4559c93%2Faligs%2Fd1jq4a_.18.alig.html;h=9f9bfac9456121f66f0d8103214a0c9b9e08c04a;hb=42ca4613b0a07bab7c27a61b11acafdc9a3c27d1;hp=0000000000000000000000000000000000000000;hpb=f1ad88cc8d9b26244086e5c24b73fb80b0ff0a38;p=jalview.git diff --git a/examples/testdata/phyre2results/56da5616b4559c93/aligs/d1jq4a_.18.alig.html b/examples/testdata/phyre2results/56da5616b4559c93/aligs/d1jq4a_.18.alig.html new file mode 100644 index 0000000..9f9bfac --- /dev/null +++ b/examples/testdata/phyre2results/56da5616b4559c93/aligs/d1jq4a_.18.alig.html @@ -0,0 +1,258 @@ +
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  | Insertion relative to template | +
  | Deletion relative to template |
  | Catalytic residue from the CSA |
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Detailed help on interpreting your alignment |
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Predicted Secondary structure |   | +. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Query Sequence |   | +M | A | S | Y | K | V | K | L | I | T | P | D | G | . | +P | I | E | F | D | C | P | D | N | V | Y | I | L | D | Q | A | E | E | A | G | H | D | L | P | Y | S | C | R | A | G | S | C | S | S | C | A | G | K | I | A | G | G | A | V | D | Q |
Template Sequence |   | +Q | R | V | H | T | I | T | A | V | T | E | D | G | E | S | L | R | F | E | C | R | S | D | E | D | V | I | T | A | A | L | R | Q | N | I | F | L | M | S | S | C | R | E | G | G | C | A | T | C | K | A | L | C | S | E | G | D | Y | D | L |
Template Known Secondary structure |   | +T | T | T | S | T | T | S | S | S | B | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Template Predicted Secondary structure |   | +||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  |   | +2 | . | . | . | . | . | . | . | 10 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 20 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 30 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 40 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 50 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 60 | . |
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  |   | +106 | . | . | . | + | + | 110 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 120 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 130 | . | . | . | . | . | . | . | . | |||||||||||||||||||||||||
Predicted Secondary structure |   | +. | . | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Query Sequence |   | +T | D | G | N | . | +. | +F | L | D | D | D | Q | L | E | E | G | W | V | L | T | C | V | A | Y | P | Q | S | D | V | T | I | E | T | H | K | |||||||||||||||||||||||||
Template Sequence |   | +K | G | C | S | V | Q | A | L | P | P | E | E | E | E | E | G | L | V | L | L | C | R | T | Y | P | K | T | D | L | E | I | E | L | P | Y | |||||||||||||||||||||||||
Template Known Secondary structure |   | +S | T | T | T | S | B | T | T | T | S | S | S | S | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Template Predicted Secondary structure |   | +||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  |   | +62 | . | . | . | . | . | . | . | 70 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 80 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 90 | . | . | . | . | . | . | |||||||||||||||||||||||||
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Download: | Text version | +FASTA pairwise alignment | +3D Model in PDB format |
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Kelley LA et al. Nature Protocols +10, 845-858 (2015) + [paper] + [Citation + link] | |||||||||
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