+<?xml version="1.0" encoding="US-ASCII" standalone="yes"?>\r
+<runnerConfig>\r
+ <runnerClassName>compbio.runner.predictors.Jpred</runnerClassName>\r
+\r
+ <options>\r
+ <name>Prediction without PSI-BLAST hits</name>\r
+ <description>\r
+ Toggle allowing Jpred to make predictions even when there are no\r
+ PSI-BLAST hits.\r
+ </description>\r
+ <optionNames>-pred-nohits</optionNames>\r
+ <furtherDetails>prog_docs/jpred.txt</furtherDetails>\r
+ </options>\r
+\r
+ <prmSeparator> </prmSeparator>\r
+\r
+ <parameters isRequired="false">\r
+ <name>UNIREF database</name>\r
+ <description>\r
+ Path to UNIREF database for PSI-BLAST querying\r
+ </description>\r
+ <optionNames>-dbpath</optionNames>\r
+ <furtherDetails>prog_docs/jpred.txt</furtherDetails>\r
+ <defaultValue>.</defaultValue>\r
+ </parameters>\r
+\r
+ <parameters isRequired="true">\r
+ <name>UNIREF database name</name>\r
+ <description>\r
+ Number of (combined guide tree/HMM) iterations\r
+ </description>\r
+ <optionNames>-dbname</optionNames>\r
+ <furtherDetails>prog_docs/jpred.txt</furtherDetails>\r
+ <defaultValue>ported_db</defaultValue>\r
+ <possibleValues>uniref90</possibleValues>\r
+ <possibleValues>ported_db</possibleValues>\r
+ <possibleValues>cluster</possibleValues>\r
+<!--\r
+experimental development databases:\r
+ <possibleValues>training</possibleValues>\r
+ <possibleValues>swall</possibleValues>\r
+ <possibleValues>uniprot</possibleValues>\r
+ <possibleValues>uniref50</possibleValues>\r
+-->\r
+ </parameters>\r
+\r
+ <parameters isRequired="false">\r
+ <name>Number of CPUs</name>\r
+ <description>\r
+ Number of CPU used by jpred.pl. Maximum value is 8\r
+ </description>\r
+ <optionNames>-ncpu</optionNames>\r
+ <furtherDetails>prog_docs/jpred.txt</furtherDetails>\r
+ <defaultValue>1</defaultValue>\r
+ <validValue>\r
+ <type>Integer</type>\r
+ <min>1</min>\r
+ <max>8</max>\r
+ </validValue>\r
+ </parameters>\r
+\r
+ <parameters isRequired="false">\r
+ <name>PSI-BLAST output file</name>\r
+ <description>\r
+ Path to a PSI-BLAST output file\r
+ </description>\r
+ <optionNames>-psi</optionNames>\r
+ <furtherDetails>prog_docs/jpred.txt</furtherDetails>\r
+ <defaultValue></defaultValue>\r
+ </parameters>\r
+</runnerConfig>\r