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JAL-4298 Update help docs to reflect Groovy changes improvement/JAL-3783_upgrade_to_groovy-4
authorBen Soares <b.soares@dundee.ac.uk>
Fri, 20 Oct 2023 17:17:04 +0000 (18:17 +0100)
committerBen Soares <b.soares@dundee.ac.uk>
Fri, 20 Oct 2023 17:17:04 +0000 (18:17 +0100)
examples/groovy/parseproperties.groovy patch | blob | history
help/help/html/features/groovy.html patch | blob | history
help/help/html/groovy/featuresCounter.html patch | blob | history
resources/lang/Messages.properties patch | blob | history

diff --git a/examples/groovy/parseproperties.groovy b/examples/groovy/parseproperties.groovy
index 322d5e2..ceec6d2 100644 (file)
--- a/examples/groovy/parseproperties.groovy
+++ b/examples/groovy/parseproperties.groovy
@@ -23,8 +23,7 @@ import jalview.datamodel.*;
 import jalview.gui.AlignFrame;
 import jalview.gui.AlignViewport;
 
 import jalview.gui.AlignFrame;
 import jalview.gui.AlignViewport;
 
-def af = Jalview.getAlignFrames();
-def al = af[0].viewport.alignment;
+def al = Jalview.getCurrentAlignFrame().viewport.alignment;
 ParseProperties pp = new ParseProperties(al);
 pp.getScoresFromDescription("Score", "ScanPS Raw Score", "([-0-9.+]+)", true);
 def sqs = al.getSequenceAt(0);
 ParseProperties pp = new ParseProperties(al);
 pp.getScoresFromDescription("Score", "ScanPS Raw Score", "([-0-9.+]+)", true);
 def sqs = al.getSequenceAt(0);
diff --git a/help/help/html/features/groovy.html b/help/help/html/features/groovy.html
index cb0b10c..6b5c4c0 100644 (file)
--- a/help/help/html/features/groovy.html
+++ b/help/help/html/features/groovy.html
@@ -20,11 +20,11 @@
  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  -->
 <head>
  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  -->
 <head>
-<title>Groovy Shell</title>
+<title>Groovy Console</title>
 </head>
 <body>
   <p>
 </head>
 <body>
   <p>
-    <strong>The Groovy Shell</strong>
+    <strong>The Groovy Console</strong>
   </p>
   <p>
     Groovy (<a href="http://www.groovy-lang.org/">www.groovy-lang.org</a>)
   </p>
   <p>
     Groovy (<a href="http://www.groovy-lang.org/">www.groovy-lang.org</a>)
@@ -41,8 +41,8 @@
     short pause, you should then see the <a
       href="https://groovy-lang.org/groovyconsole.html">Groovy
       Console</a> appear. This allows you to interactively execute Groovy
     short pause, you should then see the <a
       href="https://groovy-lang.org/groovyconsole.html">Groovy
       Console</a> appear. This allows you to interactively execute Groovy
-    scripts whilst Jalview is running. We've also provided a <strong>Calculations&#8594;Execute
-      Groovy Script</strong> button so you can execute the currently loaded
+    scripts whilst Jalview is running. We've also provided a <strong>Calculations&#8594;Run
+      Groovy Console Script</strong> button so you can execute the currently loaded
     groovy script whilst viewing an alignment.
   </p>
   <p>
     groovy script whilst viewing an alignment.
   </p>
   <p>
@@ -63,31 +63,36 @@
     we recommend you also take a look at Jalview's source, since all the
     public methods of the jalview class hierarchy can be called from
     Groovy scripts. In addition, the following objects are also defined:
     we recommend you also take a look at Jalview's source, since all the
     public methods of the jalview class hierarchy can be called from
     Groovy scripts. In addition, the following objects are also defined:
+  </p>
 
 
-
-  
   <ul>
   <ul>
-    <li><strong>Jalview</strong> - this is bound to <code>jalview.bin.Jalview</code>.<br />Useful
-      methods include:
+    <li><strong>Jalview</strong> - this is bound to <code>jalview.bin.groovy.JalviewObject</code> providing access to the following useful
+      methods:
       <ul>
         <li>Jalview.getAlignFrames() - returns a list of
           jalview.gui.AlignFrame objects</li>
         <li>Jalview.getCurrentAlignFrame() - returns the alignment
       <ul>
         <li>Jalview.getAlignFrames() - returns a list of
           jalview.gui.AlignFrame objects</li>
         <li>Jalview.getCurrentAlignFrame() - returns the alignment
-          window which is currently being looked at by the user</li>
+          window which has most recently been in focus.  If you change focus to another alignment window then re-running <code>Jalview.getCurrentAlignFrame()</code> will return the new <code>AlignFrame</code>.</li>
       </ul></li>
       </ul></li>
-    <li><strong>currentAlFrame</strong> - this is only defined when
-      running a Groovy script via the --groovy command line argument. It
-      returns the first alignment window created after acting on the
-      other arguments passed on the command line.</li>
+    <li><strong>currentAlFrame</strong> When used on the command line this refers to the current opened alignment.
+    <br/>
+    When used from the Groovy Console, it refers to the alignment that was in focus when the Groovy Console was opened.
+    <br/>
+    When a Groovy Console script is run from <em>Calculate</em>-&gt;<em>Run Groovy Console Script</em>, <code>currentAlFrame</code> us updated to that alignment.</li>
   </ul>
   <p>
   </ul>
   <p>
+    If you specify a <code>--groovy</code> argument before an <code>--open</code> argument
+    then you should ensure your script doesn't refer to <code>currentAlFrame</code>.
+  <p>
+
+  <p>
     <em>A simple script</em><br />
   <ul>
     <li>Getting the title, alignment and first sequence from the
       current alignFrame<br> <pre>
     <em>A simple script</em><br />
   <ul>
     <li>Getting the title, alignment and first sequence from the
       current alignFrame<br> <pre>
-def alf = Jalview.getAlignFrames();
-print alf[0].getTitle();
-def alignment = alf[0].viewport.alignment;
+def al = Jalview.getCurrentAlignFrame();
+print al.getTitle();
+def alignment = al.viewport.alignment;
 def seq = alignment.getSequenceAt(0);
 </pre>
     </li>
 def seq = alignment.getSequenceAt(0);
 </pre>
     </li>
diff --git a/help/help/html/groovy/featuresCounter.html b/help/help/html/groovy/featuresCounter.html
index bd7144e..494dd3e 100644 (file)
--- a/help/help/html/groovy/featuresCounter.html
+++ b/help/help/html/groovy/featuresCounter.html
@@ -36,7 +36,7 @@
     <li>Copy and paste it into the groovy script console</li>
     <li>Load the example Feredoxin project (the one that opens by
       default when you first launched Jalview)</li>
     <li>Copy and paste it into the groovy script console</li>
     <li>Load the example Feredoxin project (the one that opens by
       default when you first launched Jalview)</li>
-    <li>Select <strong>Calculations&#8594;Execute Groovy
+    <li>Select <strong>Calculations&#8594;Run Groovy Console
         Script</strong> from the alignment window's menu bar to run the script on
       the current view.
     </li>
         Script</strong> from the alignment window's menu bar to run the script on
       the current view.
     </li>
diff --git a/resources/lang/Messages.properties b/resources/lang/Messages.properties
index 70eeb95..129dd54 100644 (file)
--- a/resources/lang/Messages.properties
+++ b/resources/lang/Messages.properties
@@ -1246,8 +1246,8 @@ label.mapping_method = Sequence \u27f7 Structure mapping method
 status.cancelled_image_export_operation = Cancelled {0} export operation
 info.error_creating_file = Error creating {0} file
 exception.outofmemory_loading_mmcif_file = Out of memory loading mmCIF File
 status.cancelled_image_export_operation = Cancelled {0} export operation
 info.error_creating_file = Error creating {0} file
 exception.outofmemory_loading_mmcif_file = Out of memory loading mmCIF File
-label.run_groovy = Run Groovy console script
-label.run_groovy_tip = Run the script in the Groovy console over this alignment
+label.run_groovy = Run Groovy Console Script
+label.run_groovy_tip = Run the script in the Groovy Console over this alignment
 label.couldnt_run_groovy_script = Failed to run Groovy script
 label.uniprot_sequence_fetcher = UniProt Sequence Fetcher
 action.next_page= >> 
 label.couldnt_run_groovy_script = Failed to run Groovy script
 label.uniprot_sequence_fetcher = UniProt Sequence Fetcher
 action.next_page= >>