2.06
authoramwaterhouse <Andrew Waterhouse>
Wed, 28 Sep 2005 15:08:50 +0000 (15:08 +0000)
committeramwaterhouse <Andrew Waterhouse>
Wed, 28 Sep 2005 15:08:50 +0000 (15:08 +0000)
help/html/whatsNew.html

index f4da5b5..d66c14c 100755 (executable)
 <p>If you were familiar with the original Jalview, here is a list of important\r
   features you should know about the current development:</p>\r
 <ul>\r
-  <li>Editing sequences is no longer the default when mouse clicking the alignment. \r
-    Instead, mouse clicking on the alignment creates a &quot;selection region&quot; \r
+  <li>Editing sequences is no longer the default when mouse clicking the alignment.\r
+    Instead, mouse clicking on the alignment creates a &quot;selection region&quot;\r
     which may be full sequences or groups of residues.</li>\r
-  <li>To insert or edit the gaps in one sequence in alignment, the &quot;Shift&quot; \r
+  <li>To insert or edit the gaps in one sequence in alignment, the &quot;Shift&quot;\r
     key must be held down when dragging the mouse.</li>\r
-  <li>To insert or edit gaps for a group of sequences, the &quot;Alt&quot; key \r
+  <li>To insert or edit gaps for a group of sequences, the &quot;Alt&quot; key\r
     (or in X windows the &quot;Control&quot; key) must be held down.</li>\r
-  <li>Selecting colour schemes in the colour menu either sets just the &quot;background&quot; \r
-    colourscheme for the alignment, or - when the tickbox &quot;Apply colour to \r
-    all groups&quot; is ticked, applies the scheme to the background and all groups \r
+  <li>Selecting colour schemes in the colour menu either sets just the &quot;background&quot;\r
+    colourscheme for the alignment, or - when the tickbox &quot;Apply colour to\r
+    all groups&quot; is ticked, applies the scheme to the background and all groups\r
     defined on the alignment.</li>\r
-  <li>Use the right mouse button (apple and click on the Mac) whilst the pointer \r
-    is within the selection area to access the &quot;define&quot; region menu \r
-    to define a new region, give it a name, and change its colourscheme and display \r
+  <li>Use the right mouse button (apple and click on the Mac) whilst the pointer\r
+    is within the selection area to access the &quot;define&quot; region menu\r
+    to define a new region, give it a name, and change its colourscheme and display\r
     properties.</li>\r
   <li>Conservation is automatically updated whenever the alignment is edited</li>\r
   <li>There is no &quot;quick draw&quot; option</li>\r
   <li>Edits can be undone, and redone!</li>\r
 </ul>\r
 <table border="1">\r
-  <tr> \r
+  <tr>\r
     <td><div align="center"><em><strong>Release</strong></em></div></td>\r
     <td><div align="center"><em><strong>New Features</strong></em></div></td>\r
     <td><div align="center"><em><strong>Issues Resolved</strong></em></div></td>\r
   </tr>\r
   <tr>\r
+    <td><div align="center"><strong>2.06</strong><br>\r
+        28/9/05</div></td>\r
+    <td><ul>\r
+        <li>View annotations in wrapped mode</li>\r
+        <li>More options for PCA viewer</li>\r
+      </ul></td>\r
+    <td><ul>\r
+        <li>GUI bugs resolved</li>\r
+        <li>Runs with -nodisplay from command line</li>\r
+      </ul></td>\r
+  </tr>\r
+  <tr>\r
     <td><div align="center"><strong>2.05b</strong><br>\r
         15/9/05</div></td>\r
     <td><ul>\r
@@ -50,7 +62,7 @@
         <li>Several GUI bugs resolved</li>\r
       </ul></td>\r
   </tr>\r
-  <tr> \r
+  <tr>\r
     <td><div align="center"><strong>2.05</strong><br>\r
         30/8/05</div></td>\r
     <td><ul>\r
@@ -60,7 +72,7 @@
         <li>Several GUI bugs resolved</li>\r
       </ul></td>\r
   </tr>\r
-  <tr> \r
+  <tr>\r
     <td><div align="center"><strong>2.04</strong><br>\r
         24/8/05</div></td>\r
     <td><ul>\r
@@ -71,7 +83,7 @@
         <li>Improved loading of Jalview files</li>\r
       </ul></td>\r
   </tr>\r
-  <tr> \r
+  <tr>\r
     <td> <div align="center"><strong>2.03</strong><br>\r
         18/8/05</div></td>\r
     <td><ul>\r
@@ -87,7 +99,7 @@
         <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>\r
       </ul></td>\r
   </tr>\r
-  <tr> \r
+  <tr>\r
     <td> <div align="center"><strong>2.02</strong><br>\r
         18/7/05</div></td>\r
     <td>&nbsp;</td>\r
         <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains alignment order.</li>\r
       </ul></td>\r
   </tr>\r
-  <tr> \r
+  <tr>\r
     <td><div align="center"><strong>2.01</strong><br>\r
         12/7/05</div></td>\r
     <td><ul>\r
         <li>FileChooser sorts columns.</li>\r
         <li>Can remove groups one by one.</li>\r
         <li>Filechooser icons installed.</li>\r
-        <li>Finder ignores return character when searching. Return key will initiate \r
+        <li>Finder ignores return character when searching. Return key will initiate\r
           a search.<br>\r
         </li>\r
       </ul></td>\r
   </tr>\r
-  <tr> \r
+  <tr>\r
     <td> <div align="center"><strong>2.0</strong><br>\r
         20/6/05</div></td>\r
     <td ><ul>\r