reprioritising TODOs and LATERs and fixing documentation typos.
authorjprocter <jprocter@compbio.dundee.ac.uk>
Tue, 14 Mar 2006 17:59:32 +0000 (17:59 +0000)
committerjprocter <jprocter@compbio.dundee.ac.uk>
Tue, 14 Mar 2006 17:59:32 +0000 (17:59 +0000)
git-svn-id: https://svn.lifesci.dundee.ac.uk/svn/repository/trunk@176 be28352e-c001-0410-b1a7-c7978e42abec

src/org/vamsas/client/ClientDocument.java
src/org/vamsas/client/Events.java
src/org/vamsas/client/IClient.java
src/org/vamsas/client/simpleclient/ClientDocument.java
src/org/vamsas/client/simpleclient/EventGeneratorThread.java
src/org/vamsas/client/simpleclient/SimpleClient.java
src/org/vamsas/client/simpleclient/VamsasSession.java

index 177539d..0dbdcfd 100644 (file)
@@ -36,8 +36,8 @@ public abstract class ClientDocument implements IClientDocument {
         unregistered.__vorba = vorbafactory;
     else
       if (unregistered.__vorba!=vorbafactory) {
-        // TODO: LATER: decide if this is allowed - it isn't for the moment.
-        log.error("Attempt to overwrite info in a registered vorba object! - Implementation fix needed.");
+        // LATER: decide if this is allowed - it isn't for the moment.
+        log.error("Attempt to overwrite info in a registered vorba object (under a different IVorgaIdFactory) ! - Implementation fix needed.");
         return null;
       } else {
         // probably didn't need to call registerObject.
index babd39c..8f6b69d 100644 (file)
@@ -16,8 +16,8 @@ public class Events {
   /**
    * Generated when a new vamsas document is created (perhaps from some existing
    * Vamsas data) so an application may do its own data space initialization.
-   * TODO: decide if this is called when an app is connected to a stored
-   * session...
+   * Raised for a new application connecting to a vamsas document 
+   * which contains no existing data for that application.
    */
   public static final String DOCUMENT_CREATE = "org.vamsas.client.events.documentCreateEvent";
 
@@ -54,7 +54,7 @@ public class Events {
    * Generated by Vorba stub for the sole remaining client, after the penultimate 
    * client makes a call to finalizeClient(). It is only raised if the session has been modifies since the 
    * last call to storeDocument() by any application.
-   * TODO: LATER: copies of a document should be on a per-user basis for multi-user sessions. 
+   * LATER: copies of a document should be on a per-user basis for multi-user sessions. 
    *  Sequence is as follows : 1. All other vamsas clients have
    * called finalizeClient() 2. Final living client monitors closures, and
    * realises that it is last. 3. Final client generates event to prompt
index a8d122e..51367c9 100644 (file)
@@ -13,8 +13,8 @@ import java.io.IOException;
  * created by an IClientFactory instance for a particular session, 
  * user, and application handle.
  * (it's VORBA, not CORBA!)
- * TODO: add exceptions for timeouts raised when there are problems accessing session data (because another application is hogging it).
- * TODO: LATER: think about situations when two applications both want a ClientDocument at the same time - can one have read-only access (and be told that another is about to update)
+ * LATER: add exceptions for timeouts raised when there are problems accessing session data (because another application is hogging it).
+ * LATER: think about situations when two applications both want a ClientDocument at the same time - can one have read-only access (and be told that another is about to update)
  */
 
 public interface IClient {
@@ -22,9 +22,9 @@ public interface IClient {
   /**
    * Self-documenting/describing info for the application to present 
    * to the user.
-   * TODO: formalise this for describing VAMSAS system, a particular 
+   * LATER: formalise this for describing VAMSAS system, a particular 
    * Vorba client agent, and a particular session.
-   * @returns string like VamsasClient v.1.1.1 (GPL) and whatever
+   * @return string like VamsasClient v.1.1.1 (GPL) and whatever
    */
   public String getAbout();
   
@@ -61,7 +61,7 @@ public interface IClient {
      * 'RequestToCloseDocument' events from the Vorba 
      * agent in the latter case and so prompt the user 
      * to save the session locally.
-     * TODO: pick a better name ?
+     * LATER: pick a better name ?
      */
     public void finalizeClient();
     /**
@@ -97,7 +97,7 @@ public interface IClient {
      * Any application may call importDocument to merge a stored
      * vamsasDocument into the current session.
      * Note: use a IClientFactory's implementation to make sessions out of vamsas documnts
-     * TODO: LATER: VAMSAS: The IClient implementation will handle all ID 'relocations'
+     * LATER: VAMSAS: The IClient implementation will handle all ID 'relocations'
      * @param location
      */
     public void importDocument(java.io.File location);
@@ -107,7 +107,7 @@ public interface IClient {
      * values for EventChain.
      * The EventChain value is passed as the 
      * propertyName in the java.bean.PropertyChangeEvent
-     * TODO: extend class to form own vamsas Event/Listener model.
+     * LATER: extend class to form own vamsas Event/Listener model.
      * @param EventChain Name of event. Blank/null registers handler for all events.
      * @param evt - event handler function.
      */
@@ -125,7 +125,7 @@ public interface IClient {
      * Exceptions are raised for any failures. Any stateful calls to the session prior to
      * this will result in an implicit call to joinSession - if that results in an exception
      * then the VamsasClient should raise an Error.
-     * TODO: create VAMSAS exception hierarchy (in a language agnostic manner)
+     * LATER: create VAMSAS exception hierarchy (in a language agnostic manner)
      */
     public void joinSession() throws Exception;
 }
index 7394188..a6bb78c 100644 (file)
@@ -127,7 +127,7 @@ public class ClientDocument extends org.vamsas.client.ClientDocument implements
           // easy - just check if anything has changed and do provenance
           object oldversion = getObject(newroots[i].getVorbaId());
           if (oldversion instanceof VAMSAS) {
-            // TODO: appropriate merging behaviour when two clients have
+            // LATER: appropriate merging behaviour when two clients have
             // modified the same registered object independently
             if (newroots[i].get__last_hash() != newroots[i].hashCode()) {
               // client has modified this object since last retrieval.
index a643ae1..2a1db1f 100644 (file)
@@ -180,13 +180,14 @@ public class EventGeneratorThread extends Thread implements Runnable {
    * Call blocks whilst other apps do any appData finalizing
    * and then returns (after locking the vamsasDocument in the session)
    * @return Lock for session.vamArchive 
+   * @param STORE_WAIT indicates how lock the call will block for when nothing appears to be happening to the session.
    */
   protected Lock want_to_store() {
     log.debug("Waiting for other apps to do FinalizeApp handling.");
     try {
       session.addStoreDocumentRequest(client.getClientHandle(), client.getUserHandle());
     } catch (Exception e) {
-      log.warn("Whilst writing StoreDocumentRequest for ("+client.getClientHandle().getClientUrn()+" "+client.getUserHandle(),
+      log.warn("Whilst writing StoreDocumentRequest for "+client.getClientHandle().getClientUrn()+" "+client.getUserHandle(),
           e);
       log.info("trying to continue.");
     }
index 2f8103b..43779dd 100644 (file)
@@ -92,7 +92,7 @@ public class SimpleClient implements IClient {
 
   /*
    * (non-Javadoc)
-   * TODO: LATER: check that build substitution variables are correct
+   * LATER: check that build substitution variables are correct
    * @see org.vamsas.client.IClient#getAbout()
    */
   public String getAbout() {
@@ -195,10 +195,11 @@ public class SimpleClient implements IClient {
     
     VamsasArchive va = null;
     try {
+      // TODO: bail out if it takes too long to get the lock ?
       va = _session.getVamsasDocument();
     }
     catch (IOException e) {
-      throw new IOException("Failed to get kock on session document");
+      throw new IOException("Failed to get lock on session document");
     }
     VamsasDocument doc=null;
     IdFactory vorba = null;
index 0750903..1424ee8 100644 (file)
@@ -205,7 +205,7 @@ public class VamsasSession {
     log.debug("Transferring vamsas data from "+archive+" to session:"+vamArchive.sessionFile);
     SessionFile xtantdoc = new SessionFile(archive);
     vamArchive.updateFrom(null, xtantdoc);
-    // TODO: LATER: decide if session archive provenance should be updated to reflect access.
+    // LATER: decide if session archive provenance should be updated to reflect access.
     // TODO: soon! do a proper import objects from external file 
     log.debug("Transfer complete.");
   }