git://source.jalview.org / jalview.git / commitdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | patch | inline | side by side (from parent 1: 4c5be72)
added cursorMode feature page and rearranged keystrokes documentation.
authorjprocter <Jim Procter>
Thu, 6 Apr 2006 17:02:12 +0000 (17:02 +0000)
committerjprocter <Jim Procter>
Thu, 6 Apr 2006 17:02:12 +0000 (17:02 +0000)
help/help.jhm patch | blob | history
help/html/features/cursorMode.html [new file with mode: 0755] patch | blob
help/html/keys.html patch | blob | history
help/html/whatsNew.html patch | blob | history

diff --git a/help/help.jhm b/help/help.jhm
index 21e28ad..2a479e9 100755 (executable)
--- a/help/help.jhm
+++ b/help/help.jhm
@@ -7,6 +7,7 @@
    <mapID target="release" url="html/releases.html"/>\r
    <mapID target="alannotation" url="html/features/annotation.html"/>\r
    <mapID target="keys" url="html/keys.html"/>\r
+   <mapID target="cursor" url="html/features/cursorMode.html"/>\r
    \r
    <mapID target="webservice" url="html/webServices/index.html"/>\r
    <mapID target="clustal" url="html/webServices/clustalw.html"/>\r
diff --git a/help/html/features/cursorMode.html b/help/html/features/cursorMode.html
new file mode 100755 (executable)
index 0000000..5172cfa
--- /dev/null
+++ b/help/html/features/cursorMode.html
@@ -0,0 +1,53 @@
+<html>
+<head>
+<title>Cursor Mode</title>
+</head>
+<body>
+<p><strong>Cursor Mode</strong></p>
+<p>Cursor mode is a new feature in Jalview 2.08, and allows more
+precise selection and editing of alignments through the use of the
+keyboard for both navigation and the input of editing and selection commands.</p>
+<p><em>F2</em> Toggles between normal and cursor editing modes. When
+in cursor mode, a black cursor appears in the residue area of the
+alignment, and any mouse clicks on that area will move the cursor to
+that position (this means that the region selection menu is
+unavailable in cursor mode).</p>
+<p><b>Navigation</b>
+<ul>
+  <li>Cursor keys - Move cursor around the alignment.</li>
+</ul>
+<ul>
+  <li>S - Type a number x then press 'S' to jump to sequence x.</li>
+</ul>
+<ul>
+  <li>C - Type a number x then press 'C' to jump to column x.</li>
+</ul>
+<ul>
+  <li>P - Type a number x then press 'P' to jump to position x in current sequence.</li>
+</ul>
+<ul>
+  <li>65,82&lt;return&gt; - Quick jump to column 65, sequence 82</li>
+</ul>
+</p>
+<p><b>Defining Regions</b>
+<ul>
+  <li>Q - Define the top left corner of the selection area</li>
+</ul>
+<ul>
+  <li>M - Define the bottom right corner of the selection area<br>
+  </li>
+</ul>
+<p><b>Editing The Alignment</b>
+<ul>
+  <li>Space - Insert a gap at the cursor position. <br>
+    To insert 12 spaces at the current cursor, type 12 before pressing Space.<br>
+    To group insert, hold control or shift together with space.</li>
+</ul>
+<ul>
+  <li>Delete - Delete a gap at the cursor position.<br>
+    To delete 12 spaces at the current cursor, type 12 before pressing Delete.<br>
+    To group delete, hold down control or shift together with Delete.</li>
+</ul>
+</p>
+</body>
+</html>
diff --git a/help/html/keys.html b/help/html/keys.html
index 1b0339c..33651d6 100755 (executable)
--- a/help/html/keys.html
+++ b/help/html/keys.html
@@ -2,52 +2,64 @@
 <head><title>Key Strokes</title></head>\r
 <body>\r
 <p><strong>Key Strokes</strong></p>\r
-<p>Jalview recognises the following keystrokes.</p>\r
-<p>Escape - Clears the current selection region, highlighted columns and highlghted \r
-  residues</p>\r
-<p>Control 'A' - Selects all sequences in the alignment.</p>\r
-<p>Control 'C' - Copies the selected region, in Fasta format (Not applet, as no \r
-  clipboard is available)</p>\r
-<p>Control 'V' - Pastes the selected file (Can be external to Jalview) to a new \r
-  alignment window.</p>\r
-<p>Control 'X' - Cuts the selected region from the alignment window.</p>\r
-<p>Control 'Z' - Undoes the last sequence edit. </p>\r
-<p>Control 'F' - Launches the search window. </p>\r
-<p>Up Arrow - Moves selected sequence(s) up the alignment</p>\r
-<p>Down Arrow - Moves selected sequence(s) down the alignment.</p>\r
-<p>F1 - Show Help Documentation</p>\r
-<p>F2 - Toggle Cursor mode on / off</p>\r
-<p>With Cursor mode on....</p>\r
-<ul>\r
-  <li>Cursor keys - Move cursor around the alignment.</li>\r
-</ul>\r
-<ul>\r
-  <li>Space - Insert a gap at the cursor position. <br>\r
-    To insert 12 spaces at the current cursor, type 12 before pressing Space.<br>\r
-    To group insert, hold control or shift together with space.</li>\r
-</ul>\r
-<ul>\r
-  <li>Delete - Delete a gap at the cursor position.<br>\r
-    To delete 12 spaces at the current cursor, type 12 before pressing Delete.<br>\r
-    To group delete, hold down control or shift together with Delete.</li>\r
-</ul>\r
-<ul>\r
-  <li>S - Type a number x then press 'S' to jump to sequence x.</li>\r
-</ul>\r
-<ul>\r
-  <li>C - Type a number x then press 'C' to jump to column x.</li>\r
-</ul>\r
-<ul>\r
-  <li>P - Type a number x then press 'P' to jump to position x in current sequence.</li>\r
-</ul>\r
-<ul>\r
-  <li>Q - Define the top left corner of the selection area</li>\r
-</ul>\r
-<ul>\r
-  <li>M - Define the bottom right corner of the selection area<br>\r
-  </li>\r
-  <li>65,82&lt;return&gt; - Quick jump to column 65, sequence 82</li>\r
-</ul>\r
+<p>\r
+Jalview responds a number of key strokes, and has two distinct modes of\r
+keyboard operation. The <em>F2</em> key switches between 'Normal' and\r
+<a href="features/cursorMode.html">'Cursor'</a> mode operation.\r
+</p>\r
+<table border="1">\r
+<tr>\r
+<td><strong>Key</strong></td><td><strong>Which Mode</strong></td><td><strong>Action</strong></td>\r
+</tr>\r
+<!--<tr>\r
+<td><strong>Escape</strong></td><td>Both</td>\r
+<td>The Panic button.</td></tr>\r
+<tr> -->\r
+<td><strong>\r
+Escape</strong></td><td>Normal</td>\r
+<td>Clears the current selection region,\r
+highlighted columns and highlghted residues.\r
+</td></tr><tr>\r
+<td><strong>Escape</strong></td><td>Cursor</td>\r
+As in normal mode, but also cancels any partially entered commands</td>\r
+</tr>\r
+<tr>\r
+<td><strong><em>F1</em></strong></td><td>Both</td>Show Help Documentation</td></tr>\r
+<tr>\r
+<td><strong><em>F2</em></strong></td><td></td><td>Toggle Cursor mode on / off</td>\r
+</tr>\r
+<tr>\r
+<td><strong>Control 'Z'</strong></td><td>Both</td><td>Undoes the last sequence edit</td>\r
+</tr>\r
+<tr>\r
+<td><strong>Up Arrow</strong></td><td>Normal</td>Moves selected sequence(s) up the\r
+alignment</td></tr>\r
+<tr>\r
+<td><strong>Down Arrow</strong></td><td>Normal</td>Moves selected sequence(s) down the\r
+alignment.</td></tr>\r
+<tr>\r
+<td><strong>Control 'A'</strong></td><td>Both</td><td>Selects all sequences in the alignment</td>\r
+</tr>\r
+<tr>\r
+<td><strong>Control 'C'</strong></td><td>Both</td><td>Copies the selected region into\r
+the clipboard as a Fasta format file<br><em>nb. not available in applet, as no clipboard is available</em></td>\r
+</tr>\r
+<tr><td><strong>Control 'V'</strong></td><td>Both</td>Pastes the contents of the clipboard\r
+to a new \r
+  alignment window. (same as the Alignment Window menu Edit->Paste\r
+  command)<br><em>nb. if the paste is from a Jalview alignment, any\r
+  sequence and alignment annotations will also be copied over.</em></td>\r
+</tr>\r
+<tr>\r
+<td><strong>Control 'X'</strong></td><td>Both</td><td>Cuts the (fully) selected\r
+sequences from the alignment.<!-- not yet in this version \r
+This will not happen if only some\r
+columns are selected, you should use the <a href="features/regionHiding.html">Hide Regions feature</a> instead.--></td>\r
+</tr>\r
+<tr>\r
+<td><strong>Control 'F'</strong></td><td>Both</td><td>Launches the search\r
+window</td></tr>\r
+</table>\r
 <p>&nbsp;</p>\r
 <p>&nbsp;</p>\r
 </body>\r
diff --git a/help/html/whatsNew.html b/help/html/whatsNew.html
index 8c28564..7fa9806 100755 (executable)
--- a/help/html/whatsNew.html
+++ b/help/html/whatsNew.html
@@ -5,7 +5,7 @@
 <p>Jalview Version 2.08</p>\r
 <p> <a href="editing/index.html">Editing</a> can be locked to the selection area. \r
   Any edits made within the locked area do not affect the rest of the alignment.</p>\r
-<p> Keyboard editing - press F2 to toggle cursor mode On / Off. For a full list \r
+<p> Keyboard editing - press F2 to toggle <a href="features/cursorMode.html">cursor mode</a> On / Off. For a full list \r
   of keyboard controls, look <a href="keys.html">here</a>.</p>\r
 <p> <a href="features/search.html">Create sequence features from searches</a>. \r
   Previously results from searches were added as alignment positions, which was \r