refactored uri type to a link element and replaced type references with element refer...
authorjprocter <jprocter@compbio.dundee.ac.uk>
Mon, 22 May 2006 16:29:12 +0000 (16:29 +0000)
committerjprocter <jprocter@compbio.dundee.ac.uk>
Mon, 22 May 2006 16:29:12 +0000 (16:29 +0000)
git-svn-id: https://svn.lifesci.dundee.ac.uk/svn/repository/trunk@226 be28352e-c001-0410-b1a7-c7978e42abec

src/org/vamsas/objects/core/Link.java
src/org/vamsas/objects/core/LinkDescriptor.java
src/org/vamsas/objects/core/RangeAnnotation.java
src/org/vamsas/objects/core/RangeAnnotationDescriptor.java

index 44ea986..9d798ee 100644 (file)
@@ -26,11 +26,26 @@ import org.xml.sax.ContentHandler;
  * 
  * @version $Revision$ $Date$
  */
-public class Link extends Uri 
+public class Link extends org.vamsas.client.Vobject 
 implements java.io.Serializable
 {
 
 
+      //--------------------------/
+     //- Class/Member Variables -/
+    //--------------------------/
+
+    /**
+     * internal content storage
+     */
+    private java.lang.String _content = "";
+
+    /**
+     * The URI
+     */
+    private java.lang.String _href;
+
+
       //----------------/
      //- Constructors -/
     //----------------/
@@ -38,6 +53,7 @@ implements java.io.Serializable
     public Link() 
      {
         super();
+        setContent("");
     } //-- org.vamsas.objects.core.Link()
 
 
@@ -62,12 +78,50 @@ implements java.io.Serializable
         if (obj instanceof Link) {
         
             Link temp = (Link)obj;
+            if (this._content != null) {
+                if (temp._content == null) return false;
+                else if (!(this._content.equals(temp._content))) 
+                    return false;
+            }
+            else if (temp._content != null)
+                return false;
+            if (this._href != null) {
+                if (temp._href == null) return false;
+                else if (!(this._href.equals(temp._href))) 
+                    return false;
+            }
+            else if (temp._href != null)
+                return false;
             return true;
         }
         return false;
     } //-- boolean equals(java.lang.Object) 
 
     /**
+     * Returns the value of field 'content'. The field 'content'
+     * has the following description: internal content storage
+     * 
+     * @return String
+     * @return the value of field 'content'.
+     */
+    public java.lang.String getContent()
+    {
+        return this._content;
+    } //-- java.lang.String getContent() 
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'href'. The field 'href' has the
+     * following description: The URI
+     * 
+     * @return String
+     * @return the value of field 'href'.
+     */
+    public java.lang.String getHref()
+    {
+        return this._href;
+    } //-- java.lang.String getHref() 
+
+    /**
      * Method isValid
      * 
      * 
@@ -114,6 +168,28 @@ implements java.io.Serializable
     } //-- void marshal(org.xml.sax.ContentHandler) 
 
     /**
+     * Sets the value of field 'content'. The field 'content' has
+     * the following description: internal content storage
+     * 
+     * @param content the value of field 'content'.
+     */
+    public void setContent(java.lang.String content)
+    {
+        this._content = content;
+    } //-- void setContent(java.lang.String) 
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'href'. The field 'href' has the
+     * following description: The URI
+     * 
+     * @param href the value of field 'href'.
+     */
+    public void setHref(java.lang.String href)
+    {
+        this._href = href;
+    } //-- void setHref(java.lang.String) 
+
+    /**
      * Method unmarshal
      * 
      * 
index b0924b3..a778c21 100644 (file)
@@ -21,7 +21,7 @@ import org.exolab.castor.xml.validators.*;
  * 
  * @version $Revision$ $Date$
  */
-public class LinkDescriptor extends UriDescriptor {
+public class LinkDescriptor extends org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl {
 
 
       //--------------------------/
@@ -56,9 +56,84 @@ public class LinkDescriptor extends UriDescriptor {
     public LinkDescriptor() 
      {
         super();
-        setExtendsWithoutFlatten(new UriDescriptor());
         nsURI = "http://www.vamsas.org";
         xmlName = "link";
+        org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl  desc           = null;
+        org.exolab.castor.mapping.FieldHandler             handler        = null;
+        org.exolab.castor.xml.FieldValidator               fieldValidator = null;
+        //-- _content
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_content", "PCDATA", org.exolab.castor.xml.NodeType.Text);
+        desc.setImmutable(true);
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) 
+                throws IllegalStateException
+            {
+                Link target = (Link) object;
+                return target.getContent();
+            }
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) 
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
+            {
+                try {
+                    Link target = (Link) object;
+                    target.setContent( (java.lang.String) value);
+                }
+                catch (java.lang.Exception ex) {
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());
+                }
+            }
+            public java.lang.Object newInstance( java.lang.Object parent ) {
+                return null;
+            }
+        };
+        desc.setHandler(handler);
+        addFieldDescriptor(desc);
+        
+        //-- validation code for: _content
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
+        { //-- local scope
+            StringValidator typeValidator = new StringValidator();
+            typeValidator.setWhiteSpace("preserve");
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);
+        }
+        desc.setValidator(fieldValidator);
+        //-- initialize attribute descriptors
+        
+        //-- _href
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_href", "href", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) 
+                throws IllegalStateException
+            {
+                Link target = (Link) object;
+                return target.getHref();
+            }
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) 
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
+            {
+                try {
+                    Link target = (Link) object;
+                    target.setHref( (java.lang.String) value);
+                }
+                catch (java.lang.Exception ex) {
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());
+                }
+            }
+            public java.lang.Object newInstance( java.lang.Object parent ) {
+                return new java.lang.String();
+            }
+        };
+        desc.setHandler(handler);
+        desc.setMultivalued(false);
+        addFieldDescriptor(desc);
+        
+        //-- validation code for: _href
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
+        { //-- local scope
+        }
+        desc.setValidator(fieldValidator);
+        //-- initialize element descriptors
+        
     } //-- org.vamsas.objects.core.LinkDescriptor()
 
 
@@ -87,7 +162,7 @@ public class LinkDescriptor extends UriDescriptor {
      */
     public org.exolab.castor.mapping.ClassDescriptor getExtends()
     {
-        return super.getExtends();
+        return null;
     } //-- org.exolab.castor.mapping.ClassDescriptor getExtends() 
 
     /**
@@ -99,8 +174,6 @@ public class LinkDescriptor extends UriDescriptor {
      */
     public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity()
     {
-        if (identity == null)
-            return super.getIdentity();
         return identity;
     } //-- org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity() 
 
index 355b974..57d7cc5 100644 (file)
@@ -117,9 +117,9 @@ implements java.io.Serializable
     private java.util.Vector _scoreList;
 
     /**
-     * Field _urlList
+     * Field _linkList
      */
-    private java.util.Vector _urlList;
+    private java.util.Vector _linkList;
 
     /**
      * Note:These are mutable so an application
@@ -139,7 +139,7 @@ implements java.io.Serializable
         setGroup("");
         _annotationElementList = new Vector();
         _scoreList = new Vector();
-        _urlList = new Vector();
+        _linkList = new Vector();
         _propertyList = new Vector();
     } //-- org.vamsas.objects.core.RangeAnnotation()
 
@@ -176,6 +176,33 @@ implements java.io.Serializable
     } //-- void addAnnotationElement(int, org.vamsas.objects.core.AnnotationElement) 
 
     /**
+     * Method addLink
+     * 
+     * 
+     * 
+     * @param vLink
+     */
+    public void addLink(org.vamsas.objects.core.Link vLink)
+        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
+    {
+        _linkList.addElement(vLink);
+    } //-- void addLink(org.vamsas.objects.core.Link) 
+
+    /**
+     * Method addLink
+     * 
+     * 
+     * 
+     * @param index
+     * @param vLink
+     */
+    public void addLink(int index, org.vamsas.objects.core.Link vLink)
+        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
+    {
+        _linkList.insertElementAt(vLink, index);
+    } //-- void addLink(int, org.vamsas.objects.core.Link) 
+
+    /**
      * Method addProperty
      * 
      * 
@@ -230,33 +257,6 @@ implements java.io.Serializable
     } //-- void addScore(int, org.vamsas.objects.core.Score) 
 
     /**
-     * Method addUrl
-     * 
-     * 
-     * 
-     * @param vUrl
-     */
-    public void addUrl(org.vamsas.objects.core.Url vUrl)
-        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-    {
-        _urlList.addElement(vUrl);
-    } //-- void addUrl(org.vamsas.objects.core.Url) 
-
-    /**
-     * Method addUrl
-     * 
-     * 
-     * 
-     * @param index
-     * @param vUrl
-     */
-    public void addUrl(int index, org.vamsas.objects.core.Url vUrl)
-        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-    {
-        _urlList.insertElementAt(vUrl, index);
-    } //-- void addUrl(int, org.vamsas.objects.core.Url) 
-
-    /**
      * Method deleteModifiable
      * 
      */
@@ -278,40 +278,40 @@ implements java.io.Serializable
     } //-- java.util.Enumeration enumerateAnnotationElement() 
 
     /**
-     * Method enumerateProperty
+     * Method enumerateLink
      * 
      * 
      * 
      * @return Enumeration
      */
-    public java.util.Enumeration enumerateProperty()
+    public java.util.Enumeration enumerateLink()
     {
-        return _propertyList.elements();
-    } //-- java.util.Enumeration enumerateProperty() 
+        return _linkList.elements();
+    } //-- java.util.Enumeration enumerateLink() 
 
     /**
-     * Method enumerateScore
+     * Method enumerateProperty
      * 
      * 
      * 
      * @return Enumeration
      */
-    public java.util.Enumeration enumerateScore()
+    public java.util.Enumeration enumerateProperty()
     {
-        return _scoreList.elements();
-    } //-- java.util.Enumeration enumerateScore() 
+        return _propertyList.elements();
+    } //-- java.util.Enumeration enumerateProperty() 
 
     /**
-     * Method enumerateUrl
+     * Method enumerateScore
      * 
      * 
      * 
      * @return Enumeration
      */
-    public java.util.Enumeration enumerateUrl()
+    public java.util.Enumeration enumerateScore()
     {
-        return _urlList.elements();
-    } //-- java.util.Enumeration enumerateUrl() 
+        return _scoreList.elements();
+    } //-- java.util.Enumeration enumerateScore() 
 
     /**
      * Note: hashCode() has not been overriden
@@ -390,12 +390,12 @@ implements java.io.Serializable
             }
             else if (temp._scoreList != null)
                 return false;
-            if (this._urlList != null) {
-                if (temp._urlList == null) return false;
-                else if (!(this._urlList.equals(temp._urlList))) 
+            if (this._linkList != null) {
+                if (temp._linkList == null) return false;
+                else if (!(this._linkList.equals(temp._linkList))) 
                     return false;
             }
-            else if (temp._urlList != null)
+            else if (temp._linkList != null)
                 return false;
             if (this._propertyList != null) {
                 if (temp._propertyList == null) return false;
@@ -516,6 +516,54 @@ implements java.io.Serializable
     } //-- java.lang.String getLabel() 
 
     /**
+     * Method getLink
+     * 
+     * 
+     * 
+     * @param index
+     * @return Link
+     */
+    public org.vamsas.objects.core.Link getLink(int index)
+        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
+    {
+        //-- check bounds for index
+        if ((index < 0) || (index > _linkList.size())) {
+            throw new IndexOutOfBoundsException("getLink: Index value '"+index+"' not in range [0.."+_linkList.size()+ "]");
+        }
+        
+        return (org.vamsas.objects.core.Link) _linkList.elementAt(index);
+    } //-- org.vamsas.objects.core.Link getLink(int) 
+
+    /**
+     * Method getLink
+     * 
+     * 
+     * 
+     * @return Link
+     */
+    public org.vamsas.objects.core.Link[] getLink()
+    {
+        int size = _linkList.size();
+        org.vamsas.objects.core.Link[] mArray = new org.vamsas.objects.core.Link[size];
+        for (int index = 0; index < size; index++) {
+            mArray[index] = (org.vamsas.objects.core.Link) _linkList.elementAt(index);
+        }
+        return mArray;
+    } //-- org.vamsas.objects.core.Link[] getLink() 
+
+    /**
+     * Method getLinkCount
+     * 
+     * 
+     * 
+     * @return int
+     */
+    public int getLinkCount()
+    {
+        return _linkList.size();
+    } //-- int getLinkCount() 
+
+    /**
      * Returns the value of field 'modifiable'. The field
      * 'modifiable' has the following description: objects with
      * modifiable=false will not be
@@ -663,54 +711,6 @@ implements java.io.Serializable
     } //-- java.lang.String getType() 
 
     /**
-     * Method getUrl
-     * 
-     * 
-     * 
-     * @param index
-     * @return Url
-     */
-    public org.vamsas.objects.core.Url getUrl(int index)
-        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-    {
-        //-- check bounds for index
-        if ((index < 0) || (index > _urlList.size())) {
-            throw new IndexOutOfBoundsException("getUrl: Index value '"+index+"' not in range [0.."+_urlList.size()+ "]");
-        }
-        
-        return (org.vamsas.objects.core.Url) _urlList.elementAt(index);
-    } //-- org.vamsas.objects.core.Url getUrl(int) 
-
-    /**
-     * Method getUrl
-     * 
-     * 
-     * 
-     * @return Url
-     */
-    public org.vamsas.objects.core.Url[] getUrl()
-    {
-        int size = _urlList.size();
-        org.vamsas.objects.core.Url[] mArray = new org.vamsas.objects.core.Url[size];
-        for (int index = 0; index < size; index++) {
-            mArray[index] = (org.vamsas.objects.core.Url) _urlList.elementAt(index);
-        }
-        return mArray;
-    } //-- org.vamsas.objects.core.Url[] getUrl() 
-
-    /**
-     * Method getUrlCount
-     * 
-     * 
-     * 
-     * @return int
-     */
-    public int getUrlCount()
-    {
-        return _urlList.size();
-    } //-- int getUrlCount() 
-
-    /**
      * Method hasModifiable
      * 
      * 
@@ -778,6 +778,15 @@ implements java.io.Serializable
     } //-- void removeAllAnnotationElement() 
 
     /**
+     * Method removeAllLink
+     * 
+     */
+    public void removeAllLink()
+    {
+        _linkList.removeAllElements();
+    } //-- void removeAllLink() 
+
+    /**
      * Method removeAllProperty
      * 
      */
@@ -796,15 +805,6 @@ implements java.io.Serializable
     } //-- void removeAllScore() 
 
     /**
-     * Method removeAllUrl
-     * 
-     */
-    public void removeAllUrl()
-    {
-        _urlList.removeAllElements();
-    } //-- void removeAllUrl() 
-
-    /**
      * Method removeAnnotationElement
      * 
      * 
@@ -820,6 +820,21 @@ implements java.io.Serializable
     } //-- org.vamsas.objects.core.AnnotationElement removeAnnotationElement(int) 
 
     /**
+     * Method removeLink
+     * 
+     * 
+     * 
+     * @param index
+     * @return Link
+     */
+    public org.vamsas.objects.core.Link removeLink(int index)
+    {
+        java.lang.Object obj = _linkList.elementAt(index);
+        _linkList.removeElementAt(index);
+        return (org.vamsas.objects.core.Link) obj;
+    } //-- org.vamsas.objects.core.Link removeLink(int) 
+
+    /**
      * Method removeProperty
      * 
      * 
@@ -850,21 +865,6 @@ implements java.io.Serializable
     } //-- org.vamsas.objects.core.Score removeScore(int) 
 
     /**
-     * Method removeUrl
-     * 
-     * 
-     * 
-     * @param index
-     * @return Url
-     */
-    public org.vamsas.objects.core.Url removeUrl(int index)
-    {
-        java.lang.Object obj = _urlList.elementAt(index);
-        _urlList.removeElementAt(index);
-        return (org.vamsas.objects.core.Url) obj;
-    } //-- org.vamsas.objects.core.Url removeUrl(int) 
-
-    /**
      * Method setAnnotationElement
      * 
      * 
@@ -953,6 +953,40 @@ implements java.io.Serializable
     } //-- void setLabel(java.lang.String) 
 
     /**
+     * Method setLink
+     * 
+     * 
+     * 
+     * @param index
+     * @param vLink
+     */
+    public void setLink(int index, org.vamsas.objects.core.Link vLink)
+        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
+    {
+        //-- check bounds for index
+        if ((index < 0) || (index > _linkList.size())) {
+            throw new IndexOutOfBoundsException("setLink: Index value '"+index+"' not in range [0.."+_linkList.size()+ "]");
+        }
+        _linkList.setElementAt(vLink, index);
+    } //-- void setLink(int, org.vamsas.objects.core.Link) 
+
+    /**
+     * Method setLink
+     * 
+     * 
+     * 
+     * @param linkArray
+     */
+    public void setLink(org.vamsas.objects.core.Link[] linkArray)
+    {
+        //-- copy array
+        _linkList.removeAllElements();
+        for (int i = 0; i < linkArray.length; i++) {
+            _linkList.addElement(linkArray[i]);
+        }
+    } //-- void setLink(org.vamsas.objects.core.Link) 
+
+    /**
      * Sets the value of field 'modifiable'. The field 'modifiable'
      * has the following description: objects with modifiable=false
      * will not be
@@ -1070,40 +1104,6 @@ implements java.io.Serializable
     } //-- void setType(java.lang.String) 
 
     /**
-     * Method setUrl
-     * 
-     * 
-     * 
-     * @param index
-     * @param vUrl
-     */
-    public void setUrl(int index, org.vamsas.objects.core.Url vUrl)
-        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-    {
-        //-- check bounds for index
-        if ((index < 0) || (index > _urlList.size())) {
-            throw new IndexOutOfBoundsException("setUrl: Index value '"+index+"' not in range [0.."+_urlList.size()+ "]");
-        }
-        _urlList.setElementAt(vUrl, index);
-    } //-- void setUrl(int, org.vamsas.objects.core.Url) 
-
-    /**
-     * Method setUrl
-     * 
-     * 
-     * 
-     * @param urlArray
-     */
-    public void setUrl(org.vamsas.objects.core.Url[] urlArray)
-    {
-        //-- copy array
-        _urlList.removeAllElements();
-        for (int i = 0; i < urlArray.length; i++) {
-            _urlList.addElement(urlArray[i]);
-        }
-    } //-- void setUrl(org.vamsas.objects.core.Url) 
-
-    /**
      * Method unmarshal
      * 
      * 
index c9a5a7d..cb4ea4b 100644 (file)
@@ -405,28 +405,28 @@ public class RangeAnnotationDescriptor extends org.vamsas.objects.core.RangeType
         { //-- local scope
         }
         desc.setValidator(fieldValidator);
-        //-- _urlList
-        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(org.vamsas.objects.core.Url.class, "_urlList", "url", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);
+        //-- _linkList
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(org.vamsas.objects.core.Link.class, "_linkList", "link", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);
         handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {
             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) 
                 throws IllegalStateException
             {
                 RangeAnnotation target = (RangeAnnotation) object;
-                return target.getUrl();
+                return target.getLink();
             }
             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) 
                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
             {
                 try {
                     RangeAnnotation target = (RangeAnnotation) object;
-                    target.addUrl( (org.vamsas.objects.core.Url) value);
+                    target.addLink( (org.vamsas.objects.core.Link) value);
                 }
                 catch (java.lang.Exception ex) {
                     throw new IllegalStateException(ex.toString());
                 }
             }
             public java.lang.Object newInstance( java.lang.Object parent ) {
-                return new org.vamsas.objects.core.Url();
+                return new org.vamsas.objects.core.Link();
             }
         };
         desc.setHandler(handler);
@@ -434,7 +434,7 @@ public class RangeAnnotationDescriptor extends org.vamsas.objects.core.RangeType
         desc.setMultivalued(true);
         addFieldDescriptor(desc);
         
-        //-- validation code for: _urlList
+        //-- validation code for: _linkList
         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
         fieldValidator.setMinOccurs(0);
         { //-- local scope