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summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | patch | inline | side by side (from parent 1: 5950335)
JAL-3808 example exonerate cdna2genome and coding2genome test data and test
authorJim Procter <jprocter@issues.jalview.org>
Wed, 3 Feb 2021 16:33:22 +0000 (16:33 +0000)
committerJim Procter <jprocter@issues.jalview.org>
Wed, 3 Feb 2021 16:49:37 +0000 (16:49 +0000)
examples/testdata/test_cdna2genome_showquerygff.gff2 [new file with mode: 0644] patch | blob
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+>CDS|ENST00000398721/1-183 DEFB133-201
+ATGAAGATTCACGTCTTTCTCTTTGTTTTATTTTTCTTTCTGGTCCCCATTGCCACCAGGGTGAAATGTGCC
+GTGAAAGACACCTATAGTTGCTTTATCATGAGAGGCAAATGTCGACATGAGTGTCATGATTTTGAAAAACCA
+ATTGGTTTCTGCACAAAACTAAATGCCAACTGTTATATG
diff --git a/examples/testdata/test_coding2genome_showtargetgff.gff2 b/examples/testdata/test_coding2genome_showtargetgff.gff2
new file mode 100644 (file)
index 0000000..ebb3422
--- /dev/null
+++ b/examples/testdata/test_coding2genome_showtargetgff.gff2
@@ -0,0 +1,82 @@
+##gff-version 2
+##source-version exonerate:coding2genome 2.4.0
+##date 2021-02-03
+##type DNA
+#
+#
+# seqname source feature start end score strand frame attributes
+#
+ENSG00000214643/1-4245 exonerate:coding2genome gene    822     4162    322     +       .       gene_id 0 ; sequence CDS|ENST00000398721/1-183 ; gene_orientation + ; identity 100.00 ; similarity 100.00
+ENSG00000214643/1-4245 exonerate:coding2genome cds     822     880     .       +       .       
+ENSG00000214643/1-4245 exonerate:coding2genome exon    822     880     .       +       .       insertions 0 ; deletions 0 ; identity 100.00 ; similarity 100.00
+ENSG00000214643/1-4245 exonerate:coding2genome splice5 881     882     .       +       .       intron_id 1 ; splice_site "GT"
+ENSG00000214643/1-4245 exonerate:coding2genome intron  881     4038    .       +       .       intron_id 1
+ENSG00000214643/1-4245 exonerate:coding2genome splice3 4037    4038    .       +       .       intron_id 0 ; splice_site "AC"
+ENSG00000214643/1-4245 exonerate:coding2genome cds     4039    4162    .       +       .       
+ENSG00000214643/1-4245 exonerate:coding2genome exon    4039    4162    .       +       .       insertions 0 ; deletions 0 ; identity 100.00 ; similarity 100.00
+ENSG00000214643/1-4245 exonerate:coding2genome similarity      822     4162    322     +       .       alignment_id 0 ; Query CDS|ENST00000398721/1-183 ; Align 822 1 57 ; Align 4040 61 123
+##FASTA
+>ENSG00000214643/1-4245 chromosome:GRCh38:6:49946021:49950265:-1
+CTCCTGCCTCAGCCTCTGGGAGTAGCTGGGACTACAGGGGCCCGCCACCACGCCCGGATAATTTTTTTCTAT
+TTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCGTGTTAGCCGGGACGGTCTTAATCTCCTGACCTAGTTATCCGCCAGC
+CTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGAATTACGGGTGTGAGTATATTGCTTTTTAAATTCACTAGTTTATTCATTAT
+GTATAGCTATTTAAAAAAGAGAAAAACTGTCCTGGCTAACACGGTGAAACCCCGTTTCTACTAAAAATACAA
+AAAATTAGCCGGCCTGGTGGCGGGTGCCTGTAGTACCACCTACTCTGGAGGCTGAGGCAGGAGAATGGCGTG
+AACCCGGGAGGCAGAGCTTGCAGTGAGTCGCGATCGCGCCACTGAACTCCAGCCTGGGTGACAGAACGAGAC
+TCCGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAACTAAATCAAAAG
+CAAAGATTAAATTCTCATGCTTCTACTTTTCAGACCTTCAATAGGAGATTCTCAGTGGCATGCACTTCCTAG
+ACAACCAGTTATTAAAAAGATAATTATATACTATGGATATCATAACCCTTTATATCCCAAGATAAAAGAAAA
+GTAATGTCCTGCATTTTTGCCCCAGGCACTGCTAAACAGGAGTGTTAACTTTTGATAAACCCCAGTTTCTAA
+ATTCGTACAACTGCATGGAGAGAAGTATAAAAAGATGTGCTCTCCACCTTTCTCTTATTCAAACACTGCAGA
+GCTGCTAATTCGGCTGACTGTCTTCAATCATGAAGATTCACGTCTTTCTCTTTGTTTTATTTTTCTTTCTGG
+TCCCCATTGCCACCAGGTAAAATGTAAATATTGAGAGGGTAAAATATCTTTCTGGAGAGTTGCATTTTGGTC
+GATGTCAACTGGAGACACAAGAGTGACCAGATTGTTAAGAGAGTGGTTGGTTACGGTCCCAAGAGTAAATCA
+CAAATAAAGGACTGTGGTCTTACTAAACAGTAAGGCTCCGGGTGAGTCATATTATTGTATGAGACAATTTAA
+AGGCCTTGATTAAATGACTACAGGCTGGTTGTCCAGACTGACTACTTGGATAGAATATTAAAGTATAACCAT
+CTGGATCCTTGAGACATTGATGGGCACTGTGTAGTAGAGTAACAGTTGGTTTTTCAGTAACCTCATGATAGG
+TTTGGTTATATTATGTCACAAGGTTTACTTTGAGAAAAACACAAAATGGTGTTTTCAACTGATTAAGAATTG
+AGAACTTCAGTGGCTGTATTACCTCAGGTCCAATTACATAGCAATTAATACTAACCAGATAATTAAATGAGT
+ATAAACTTTGGAATAATTGATACCTGGGTTCAGATTTGGCTTTTGCCATGTATTGGCTATGCAAATCTATCA
+GGTTATTTACACTCATTCAGCATCAATTTCCTCATTTGCGAATTAAATACAGTAATTAAGTCTATCTGTAGT
+ATTATGACGATTAATGATATTTAAATATACAAAATGCCCAACATAAAGTATAATACACATCAGATTCATCTT
+AAATAGTATTATAATTACTTTTACATTGTATTAAAACACCTTAAAAAGCAAGTAACATCTAGAAATCTCATC
+GAGAAACTCTTTCTTGACAACTATTGCAGGAAACAGGGGAGGTAATATTTACCATGTTGGATTTCACATACT
+TAAACTGTGTACCCTCATTTGTAAACTTTCATTGTACACACTACTATTAGATTAGATCAATAGCCAAAGGAA
+GTATCTTGATGGAGATCATCGAAAGAGCTGTTTTAACACATTTCAGGGTACTTATGATAGGAAAAGTATTTT
+TCTTATTTATGTAAAGACCCTGTAAACAATCATTTTACACACACCCAAGAAAATAATTCCACTCACCTTAAG
+AAAATAAAACAAACAAAAAAATAATAACTATAGGGCATTCTGATTTAGGAGTGGTCTAGAACTGCAAGAGTT
+TCCTCTTTGAAGTCCAACTTCATTCCTTAGCAGCACAGATGAGACCAAGGAAGTCTAGCTCTAACAATAAGT
+CTGGCTGTGAGTAAACTCAAACATCTAAGTATTTTGGATAAAAGACTCAAATCATTTTAATTGTTTTATAAT
+TCAAGTAAAATATGTCAGATGATAATTTTGAGGATTGTTATTTTATTACATCATTCTAAACTCAAGACTAAT
+GGAATTACAATCAGGGTTTGTTTTTACTAAAACCATATGGGGGTGATCTTAAAATAAAGAAGACTTATTTAG
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+TGCTTTGGGAAAAAAGGTGAAAATTTTCATGACATTTTCAGTTTCATTATAAACCCAAGAGACATTATGAAT
+GTATGTGCATAGATTCATCTAAAAATTGAGAAATTTGTGATTCCTTCTTGTACATAAATAAATTTTTATGTT
+ATACATAGCTGTTATCTAGAGAGAAGCTGTTTGTTGTTTTTGTTACTAGTGGAAAAATGCTAATTTACAATT
+CCCACTTAAATAATGCTATTCTTTTTTTAATACTAGTGTTTGACAGCTGTCATCTTCTATTATTTGTAAATT
+CCAATTAAGTCAACATACATGCTTCACACCCATCATGTAGGACAGTGTAATCTGAGGATGCATTTTTAAGCT
+GGCAAGATAATGCTTTTTCCCTCTGGCATCAAAGGCAATAAATAGCATCTCTCTAGATAATACAAATAAAGA
+GATATCTATCATTAATTTATACAGTGAAAAAGCATATCTCGTTGCCTAAAATATTTGGCAAAAAATTCAAAA
+TAATATGTTCAATTTTTTCCTAAAATGTCTAGTTACTCCAAGTAACAGTAAGACTGTATGCTAACATAACTT
+CACTGAAAGCAGATGACATGAATTGGGTTATCAGTACCTTTGACTCCATCTCAGTTGGATCCTATATGTTGA
+GCACCTAGAGAAAGAGCACCTTTCACATACCTTTGTCACTGATATTTGATAATTTACCATTACATTTAATGC
+TTTAACTTTGGGCGTCTTCCTCCTTATGTGACCTTTCTAAAAATTTAAACATTTTGTGAAGAGATGAAACAT
+TAAGTCTTATGGCCAGATGTAGATGAGTTCATCAGCTGGTATATGCTATGATGATGCAATCCTGAGAACTTT
+ATAAAGGAGAAGACTCTGAAACAAGGAAACATACGGAGATGCTGAGAGATACTACCTCTTTCTCTTTGAACT
+TAAGGCTTGTCATTCATGACAACACTCATCCCCCCAGCAAACCAGGCTCCTGCCTAGGCTCAAATCTTTGTG
+AATATTCAAAGAACCTCTCTTATCCCAGTATCTGCTAGGGTTTTTTTCACTCTTCTAATAAAAGAGATTTAT
+AAAAAATATTCGAGCAAGATAGCAATTGAAGCAACATTAATGAATCTTCCCATTTTAAATCCTGAAACCAAA
+AATGTTTAAATGTTTAATTTTTTTTTTGAAATTGGAGAAAAAAGCCTTTGGGAGGTGATGGGATCATAGATA
+TTTGTATATGCCCAAATTCATCATTTGTACACATTAAATATGTGCAGTTCTTTTTATAGCAACTATACCTCA
+ATAAAGTTGTTTTTTTAAAAAAATCATGTTAGGTGGGTAGTAGGTAAGTAGCCATAGAAATATGTGGTGTTC
+ATTCCAGAACTACTTGAAATCTAACAATTTTTATTTAGAAATTCTCAGGGAAAACTAAGCTTTAACAACTAG
+TGGATCAAGCCAGAAGTTGGAGAGGAAACTGAGAATGAAACAGAAAGTATCACAGAACAATCATCACCAGAA
+AAATACAAAACAAATGACTTCCCAAATCCCTACCCCAGAATGCAAGGGCTATACTTATTTTCACATTGACAA
+CTGATTTATCCCAAGGTGGGACCTTAAGACACTTATAGTGACTCAATGGTTTATGTGCTTTCTTTTTCCCCT
+TTTAACAGTGAAATGTGCCGTGAAAGACACCTATAGTTGCTTTATCATGAGAGGCAAATGTCGACATGAGTG
+TCATGATTTTGAAAAACCAATTGGTTTCTGCACAAAACTAAATGCCAACTGTTATATGTAGAAGTTTGAAAT
+AAAAATCAGCATCCCTCAAAAGTAAAGCACAGTGAGTACAAGGATTAGTAATAAAAGAAACTGAATTAC
+>CDS|ENST00000398721/1-183 DEFB133-201
+ATGAAGATTCACGTCTTTCTCTTTGTTTTATTTTTCTTTCTGGTCCCCATTGCCACCAGGGTGAAATGTGCC
+GTGAAAGACACCTATAGTTGCTTTATCATGAGAGGCAAATGTCGACATGAGTGTCATGATTTTGAAAAACCA
+ATTGGTTTCTGCACAAAACTAAATGCCAACTGTTATATG
diff --git a/test/jalview/io/FeaturesFileTest.java b/test/jalview/io/FeaturesFileTest.java
index b753e94..0975750 100644 (file)
--- a/test/jalview/io/FeaturesFileTest.java
+++ b/test/jalview/io/FeaturesFileTest.java
@@ -242,6 +242,48 @@ public class FeaturesFileTest
     assertEquals(2f, sf.getScore(), 0.001f);
   }
 
+  @Test(groups = { "Functional" })
+  public void testImportGFF2ExonerateCDSAndCoding2Genome()
+          throws IOException
+  {
+    /*
+     * test assumes sequence 1 in imported alignment is a 
+     * transcript shorter and aligned to exons on locus (sequence 0)
+     * 
+     * exonerate script was - where mode was query or target
+     * exonerate --showvulgar false --showalignment false --show${mode}gff ... > test_${mode}.gff2
+     * echo '##FASTA' >> test_${mode}.gff2
+     * cat example_Locus.fa example_CDS.fa >> test_${mode}.gff2  
+     * [ then edit out stuff before gff-version-2 header and the end of exonerate lines after the gff dump ]
+     */
+    String[][] testFiles = new String[][] {
+        { "test_cdna2genome_showquerygff.gff2",
+            "test_cdna2genome_showtargetgff.gff2" },
+        { "test_coding2genome_showquerygff.gff2",
+            "test_coding2genome_showtargetgff.gff2" } };
+
+    for (String[] testfilepair : testFiles)
+    {
+      FormatAdapter fa = new FormatAdapter();
+      AlignmentI al = fa.readFile("examples/testdata/" + testfilepair[0],
+              DataSourceType.FILE, FileFormat.Features);
+      
+      assertEquals(2, al.getHeight());
+      // check there are gaps in sequence 1
+      assertTrue(al.getSequenceAt(1).getSequenceAsString().contains(""+al.getGapCharacter()));
+      assertTrue(al.isAligned());
+      
+      AlignmentI al2 = fa.readFile("examples/testdata/" + testfilepair[1],
+              DataSourceType.FILE, FileFormat.Features);
+      
+      assertEquals(2, al2.getHeight());
+      assertTrue(al2.isAligned());
+      // check sequence 1 is identical for alignment imported from both query and target gff
+      assertEquals(al.getSequenceAt(1).getSequenceAsString(),
+              al2.getSequenceAt(1).getSequenceAsString());
+    }
+  }
+  
   public static AlignmentI readAlignmentFile(File f) throws IOException
   {
     System.out.println("Reading file: " + f);