To export page
authoramwaterhouse <Andrew Waterhouse>
Mon, 10 Apr 2006 14:53:10 +0000 (14:53 +0000)
committeramwaterhouse <Andrew Waterhouse>
Mon, 10 Apr 2006 14:53:10 +0000 (14:53 +0000)
help/html/menus/alignmentMenu.html
help/html/menus/alwfile.html

index ae22018..70a2591 100755 (executable)
@@ -4,39 +4,39 @@
 <body>\r
 <p><strong>Alignment Window Menus</strong></p>\r
 <ul>\r
-  <li><strong>File</strong> \r
+  <li><strong>File</strong>\r
     <ul>\r
       <li><strong>Fetch Sequence</strong><br>\r
-        <em>Shows a dialog window in which you can select known ids from Uniprot, \r
-        EMBL, EMBLCDS or PDB database using Web Services provided by the European \r
-        Bioinformatics Institute. See <a href="../features/seqfetch.html">Sequence \r
+        <em>Shows a dialog window in which you can select known ids from Uniprot,\r
+        EMBL, EMBLCDS or PDB database using Web Services provided by the European\r
+        Bioinformatics Institute. See <a href="../features/seqfetch.html">Sequence\r
         Fetcher</a></em>.</li>\r
       <li><strong>Save As<br>\r
-        </strong><em>Save the alignment to local file. A file selection window \r
-        will open, use the &quot;Files of type:&quot; selection box to determine \r
+        </strong><em>Save the alignment to local file. A file selection window\r
+        will open, use the &quot;Files of type:&quot; selection box to determine\r
         which <a href="../io/index.html">alignment format</a> to save as.</em></li>\r
       <li><strong>Export</strong> <em><br>\r
-        Creates an alignment graphic with the current annotation, alignment background \r
+        Creates an alignment graphic with the current annotation, alignment background\r
         colours and group colours. If the alignment is <a\r
-      href="../features/wrap.html">wrapped</a>, the output will also be wrapped \r
-        and will have the same visible residue width as the open alignment. </em> \r
+      href="../features/wrap.html">wrapped</a>, the output will also be wrapped\r
+        and will have the same visible residue width as the open alignment. </em>\r
         <ul>\r
           <li><strong>HTML<br>\r
-            </strong><em>Create a <a href="../io/index.html#export">web page</a> \r
+            </strong><em>Create a <a href="../io/export.html">web page</a>\r
             from your alignment.</em></li>\r
           <li><strong>EPS<br>\r
-            </strong><em>Create an <a href="../io/index.html#export">Encapsulated \r
+            </strong><em>Create an <a href="../io/export.html">Encapsulated\r
             Postscript</a> file from your alignment.</em></li>\r
           <li><strong>PNG<br>\r
-            </strong><em>Create a <a href="../io/index.html#export">Portable Network \r
+            </strong><em>Create a <a href="../io/export.html">Portable Network\r
             Graphics</a> file from your alignment.</em></li>\r
         </ul>\r
       </li>\r
       <li><strong>Output to Textbox<br>\r
-        </strong><em>The alignment will be displayed in plain text in a new window \r
-        which you can &quot;Copy and Paste&quot; using the pull down menu, or \r
+        </strong><em>The alignment will be displayed in plain text in a new window\r
+        which you can &quot;Copy and Paste&quot; using the pull down menu, or\r
         your standard operating system copy and paste keys. <br>\r
-        Select the format of the text by selecting one of the following menu items.</em> \r
+        Select the format of the text by selecting one of the following menu items.</em>\r
         <ul>\r
           <li><strong>FASTA</strong> <em></em></li>\r
           <li><strong>MSF</strong></li>\r
         </ul>\r
       </li>\r
       <li><strong>Print<br>\r
-        </strong><em>Jalview will print the alignment using the current fonts \r
-        and colours of your alignment. If the alignment has annotations visible, \r
-        these will be printed below the alignment. If the alignment is wrapped \r
-        the number of residues per line of your alignment will depend on the paper \r
+        </strong><em>Jalview will print the alignment using the current fonts\r
+        and colours of your alignment. If the alignment has annotations visible,\r
+        these will be printed below the alignment. If the alignment is wrapped\r
+        the number of residues per line of your alignment will depend on the paper\r
         width or your alignment window width, whichever is the smaller. </em></li>\r
       <li><strong>Load Associated Tree<br>\r
         </strong><em>Jalview can <a\r
-      href="../calculations/treeviewer.html">view trees</a> stored in the Newick \r
-        file format, and associate them with the alignment. Note: the ids of the \r
+      href="../calculations/treeviewer.html">view trees</a> stored in the Newick\r
+        file format, and associate them with the alignment. Note: the ids of the\r
         tree file and your alignment MUST be the same.</em></li>\r
       <li><strong>Load Features / Annotations<br>\r
-        </strong><em>Load files describing precalculated <a href="../features/featuresFormat.html">sequence \r
-        features</a> or <a href="../features/annotationsFormat.html">alignment \r
+        </strong><em>Load files describing precalculated <a href="../features/featuresFormat.html">sequence\r
+        features</a> or <a href="../features/annotationsFormat.html">alignment\r
         annotations</a>.</em></li>\r
       <li><strong>Close<br>\r
-        </strong><em>Close the alignment window. Make sure you have saved your \r
-        alignment before you close - either as a Jalview project or by using the \r
+        </strong><em>Close the alignment window. Make sure you have saved your\r
+        alignment before you close - either as a Jalview project or by using the\r
         <strong>Save As</strong> menu.<br>\r
         </em></li>\r
     </ul>\r
   </li>\r
-  <li><strong>Edit</strong> \r
+  <li><strong>Edit</strong>\r
     <ul>\r
       <li><strong>Undo</strong><em><br>\r
-        This will undo any edits you make to the alignment. This applies to insertion \r
-        or deletion of gaps, cutting residues or sequences from the alignment \r
-        or pasting sequences to the current alignment or sorting the alignment. \r
-        <strong>NOTE:</strong> It DOES NOT undo colour changes, adjustments to \r
+        This will undo any edits you make to the alignment. This applies to insertion\r
+        or deletion of gaps, cutting residues or sequences from the alignment\r
+        or pasting sequences to the current alignment or sorting the alignment.\r
+        <strong>NOTE:</strong> It DOES NOT undo colour changes, adjustments to\r
         group sizes, or changes to the annotation panel. </em></li>\r
       <li><strong>Redo<br>\r
         </strong><em>Any actions which you undo can be redone using redo. </em></li>\r
       <li><strong>Cut<br>\r
-        </strong><em>This will make a copy of the currently selected residues \r
-        before removing them from your alignment. Click on a sequence name if \r
+        </strong><em>This will make a copy of the currently selected residues\r
+        before removing them from your alignment. Click on a sequence name if\r
         you wish to select a whole sequence. <br>\r
         Use &lt;CTRL&gt; and X (&lt;APPLE&gt; and X on MacOSX) to cut.</em></li>\r
       <li><strong>Copy</strong><br>\r
-        <em>Copies the currently selected residues to the system clipboard - you \r
-        can also do this by pressing &lt;CTRL&gt; and C (&lt;APPLE&gt; and C on \r
+        <em>Copies the currently selected residues to the system clipboard - you\r
+        can also do this by pressing &lt;CTRL&gt; and C (&lt;APPLE&gt; and C on\r
         MacOSX). <br>\r
-        If you try to paste the clipboard contents to a text editor, you will \r
+        If you try to paste the clipboard contents to a text editor, you will\r
         see the format of the copied residues FASTA.</em></li>\r
-      <li><strong>Paste </strong> \r
+      <li><strong>Paste </strong>\r
         <ul>\r
           <li><strong>To New Alignment<br>\r
-            </strong><em>A new alignment window will be created from sequences \r
+            </strong><em>A new alignment window will be created from sequences\r
             previously copied or cut to the system clipboard. <br>\r
             Use &lt;CTRL&gt; and V(&lt;APPLE&gt; and V on MacOSX) to paste.</em></li>\r
           <li><strong>Add To This Alignment<br>\r
-            </strong><em>Copied sequences from another alignment window can be \r
+            </strong><em>Copied sequences from another alignment window can be\r
             added to the current Jalview alignment. </em></li>\r
         </ul>\r
       </li>\r
       <li><strong>Delete<br>\r
-        </strong><em>This will delete the currently selected residues without \r
-        copying them to the clipboard. Like the other edit operations, this can \r
+        </strong><em>This will delete the currently selected residues without\r
+        copying them to the clipboard. Like the other edit operations, this can\r
         be undone with <strong>Undo</strong>.</em></li>\r
       <li><strong>Select All<br>\r
-        </strong><em>Selects all the sequences and residues in the alignment. \r
+        </strong><em>Selects all the sequences and residues in the alignment.\r
         <br>\r
         Use &lt;CTRL&gt; and A (&lt;APPLE&gt; and A on a MacOSX) to select all.</em></li>\r
       <li><strong>Deselect All<br>\r
-        </strong><em>Removes the current selection box (red dashed box) from the \r
-        alignment window. All selected sequences, residues and marked columns \r
+        </strong><em>Removes the current selection box (red dashed box) from the\r
+        alignment window. All selected sequences, residues and marked columns\r
         will be deselected. </em><em> <br>\r
         Use &lt;ESCAPE&gt; to deselect all.</em></li>\r
       <li><strong>Invert Selection<br>\r
-        </strong><em>Any sequence ids currently not selected will replace the \r
+        </strong><em>Any sequence ids currently not selected will replace the\r
         current selection. </em></li>\r
       <li><strong>Undefine Groups<br>\r
         </strong><em>The alignment will be reset with no defined groups.<br>\r
         <strong>WARNING</strong>: This cannot be undone.</em></li>\r
       <li><strong>Remove Left<br>\r
-        </strong><em>If the alignment has marked columns, the alignment will be \r
-        trimmed to the left of the leftmost marked column. To mark a column, mouse \r
-        click the scale bar above the alignment. Click again to unmark a column, \r
+        </strong><em>If the alignment has marked columns, the alignment will be\r
+        trimmed to the left of the leftmost marked column. To mark a column, mouse\r
+        click the scale bar above the alignment. Click again to unmark a column,\r
         or select &quot;Deselect All&quot; to deselect all columns.</em></li>\r
       <li><strong>Remove Right<br>\r
-        </strong><em>If the alignment has marked columns, the alignment will be \r
-        trimmed to the left of the leftmost marked column. To mark a column, mouse \r
-        click the scale bar above the alignment. Click again to unmark a column, \r
+        </strong><em>If the alignment has marked columns, the alignment will be\r
+        trimmed to the left of the leftmost marked column. To mark a column, mouse\r
+        click the scale bar above the alignment. Click again to unmark a column,\r
         or select &quot;Deselect All&quot; to deselect all columns.</em></li>\r
       <li><strong>Remove Empty Columns<br>\r
-        </strong><em>All columns which only contain gap characters (&quot;-&quot;, \r
+        </strong><em>All columns which only contain gap characters (&quot;-&quot;,\r
         &quot;.&quot;) will be deleted.<br>\r
-        You may set the default gap character in <a href="../features/preferences.html">preferences</a>. \r
+        You may set the default gap character in <a href="../features/preferences.html">preferences</a>.\r
         </em></li>\r
       <li><strong>Remove All Gaps</strong><br>\r
-        <em>Gap characters (&quot;-&quot;, &quot;.&quot;) will be deleted from \r
-        the selected area of the alignment. If no selection is made, ALL the gaps \r
+        <em>Gap characters (&quot;-&quot;, &quot;.&quot;) will be deleted from\r
+        the selected area of the alignment. If no selection is made, ALL the gaps\r
         in the alignment will be removed.<br>\r
-        You may set the default gap character in <a href="../features/preferences.html">preferences</a>. \r
+        You may set the default gap character in <a href="../features/preferences.html">preferences</a>.\r
         </em> </li>\r
       <li><strong>Remove Redundancy<br>\r
-        </strong><em>Selecting this option brings up a window asking you to select \r
-        a threshold. If the percentage identity between any two sequences (under \r
-        the current alignment) exceeds this value then one of the sequences (the \r
-        shorter) is discarded. Press the &quot;Apply&quot; button to remove redundant \r
+        </strong><em>Selecting this option brings up a window asking you to select\r
+        a threshold. If the percentage identity between any two sequences (under\r
+        the current alignment) exceeds this value then one of the sequences (the\r
+        shorter) is discarded. Press the &quot;Apply&quot; button to remove redundant\r
         sequences. The &quot;Undo&quot; button will undo the last redundancy deletion.</em></li>\r
   <li><strong>Pad Gaps<br>\r
     </strong><em>When selected, the alignment will be kept at minimal\r
     This switch is useful when making a tree using unaligned\r
     sequences and when working with alignment analysis programs which\r
     require 'properly aligned sequences' to be all the same length.<br>\r
-    You may set the default for <strong>Pad Gaps</strong> in the <a href="../features/preferences.html">preferences</a>. \r
+    You may set the default for <strong>Pad Gaps</strong> in the <a href="../features/preferences.html">preferences</a>.\r
     </em></li>\r
         </em><br>\r
       </li>\r
     </ul>\r
   </li>\r
-  <li><strong>Search</strong> \r
+  <li><strong>Search</strong>\r
     <ul>\r
       <li><strong>Find<br>\r
-        </strong><em>Select this to <a href="../features/search.html">search</a> \r
+        </strong><em>Select this to <a href="../features/search.html">search</a>\r
         for residues, sequence name or residue position within the\r
-        alignment and create new sequence features from the queries. \r
+        alignment and create new sequence features from the queries.\r
         <br>\r
         </em></li>\r
     </ul>\r
   </li>\r
-  <li><strong>View</strong> \r
+  <li><strong>View</strong>\r
     <ul>\r
       <li><strong>Font<br>\r
-        </strong><em>Change the font of the display from the &quot;Choose Font&quot; \r
+        </strong><em>Change the font of the display from the &quot;Choose Font&quot;\r
         dialog box, which is shown when this item is selected. </em></li>\r
       <li><strong>Smooth Fonts</strong><em><br>\r
-      If selected, the alignment will be drawn with anti-aliasing on which looks \r
+      If selected, the alignment will be drawn with anti-aliasing on which looks\r
       better, but performace is reduced.\r
       </em></li>\r
       <li><strong>Wrap<br>\r
-        </strong><em>When ticked, the alignment display is &quot;<a href="../features/wrap.html">wrapped</a>&quot; \r
-        to the width of the alignment window. This is useful if your alignment \r
+        </strong><em>When ticked, the alignment display is &quot;<a href="../features/wrap.html">wrapped</a>&quot;\r
+        to the width of the alignment window. This is useful if your alignment\r
         has only a few sequences to view its full width at once.<br>\r
-        Options are available to show the residue numbering at the start and/or \r
-        end of an alignment as well as showing the alignment position above each \r
+        Options are available to show the residue numbering at the start and/or\r
+        end of an alignment as well as showing the alignment position above each\r
         sequence row. <br>\r
-        <strong>NOTE</strong>: When in wrapped alignment view, the alignment cannot \r
+        <strong>NOTE</strong>: When in wrapped alignment view, the alignment cannot\r
         be edited or have regions selected on it. </em></li>\r
       <li><strong>Show Full Sequence ID<br>\r
-        </strong><em>If this box is selected the sequence name will have the start \r
+        </strong><em>If this box is selected the sequence name will have the start\r
         and end position of the sequence appended to the name, in the format NAME/START-END</em></li>\r
       <li><strong>Boxes</strong><em><br>\r
-        If this is selected the background of a residue will be coloured using \r
-        the selected background colour. Useful if used in conjunction with &quot;Colour \r
+        If this is selected the background of a residue will be coloured using\r
+        the selected background colour. Useful if used in conjunction with &quot;Colour\r
         Text.&quot; </em></li>\r
       <li><strong>Text<br>\r
-        </strong><em>If this is selected the residues will be displayed using \r
+        </strong><em>If this is selected the residues will be displayed using\r
         the standard 1 character amino acid alphabet.</em></li>\r
       <li><strong>Colour Text<br>\r
-        </strong><em>If this is selected the residues will be coloured according \r
-        to the background colour associated with that residue. The colour is slightly \r
+        </strong><em>If this is selected the residues will be coloured according\r
+        to the background colour associated with that residue. The colour is slightly\r
         darker than background so the amino acid symbol remains visible. </em></li>\r
       <li><strong>Show Gaps<br>\r
-        </strong><em>When this is selected, gap characters will be displayed as \r
-        &quot;.&quot; or &quot;-&quot;. If unselected, then gap characters will \r
+        </strong><em>When this is selected, gap characters will be displayed as\r
+        &quot;.&quot; or &quot;-&quot;. If unselected, then gap characters will\r
         appear as blank spaces. <br>\r
         You may set the default gap character in <a href="../features/preferences.html">preferences</a>.</em></li>\r
       <li><strong>Show Annotations<br>\r
-        </strong><em>If this is selected the &quot;Annotation Panel&quot; will \r
-        be displayed below the alignment. The default setting is to display the \r
-        conservation calculation, quality calculation and consensus values as \r
+        </strong><em>If this is selected the &quot;Annotation Panel&quot; will\r
+        be displayed below the alignment. The default setting is to display the\r
+        conservation calculation, quality calculation and consensus values as\r
         bar charts. </em></li>\r
       <li><strong>Fetch Sequence Features<br>\r
-        </strong><em>If the sequence names are Swissprot entries Jalview will \r
-        use the names to retrieve <a href="../features/seqfeatures.html">sequence \r
-        features</a> from the EBI. Features which are 1 residue in length are \r
-        coloured red, sequences longer than 1 residue are coloured blue. Move \r
-        the mouse over a coloured feature to display the details of the feature. \r
+        </strong><em>If the sequence names are Swissprot entries Jalview will\r
+        use the names to retrieve <a href="../features/seqfeatures.html">sequence\r
+        features</a> from the EBI. Features which are 1 residue in length are\r
+        coloured red, sequences longer than 1 residue are coloured blue. Move\r
+        the mouse over a coloured feature to display the details of the feature.\r
         <br>\r
-        Note: The retrieved information will update the sequence start and end \r
+        Note: The retrieved information will update the sequence start and end\r
         labels if they are incorrect. </em></li>\r
         <li><strong>Show Sequence Features</strong><br><em>Show or\r
         hide sequence features on this alignment.</em></li>\r
       href="../features/featuresettings.html">Sequence Feature Settings</a>.</em><br>\r
       </em></li>\r
       <li><strong><a href="../features/overview.html">Overview Window</a><br>\r
-        </strong><em>A scaled version of the alignment will be displayed in a \r
-        small window. A red box will indicate the currently visible area of the \r
+        </strong><em>A scaled version of the alignment will be displayed in a\r
+        small window. A red box will indicate the currently visible area of the\r
         alignment. Move the visible region using the mouse. </em><strong> </strong></li>\r
     </ul>\r
   </li>\r
-  <li><strong>Colour</strong> \r
+  <li><strong>Colour</strong>\r
     <ul>\r
       <li><strong>Apply Colour To All Groups<br>\r
-        </strong><em>If this is selected, any changes made to the background colour \r
+        </strong><em>If this is selected, any changes made to the background colour\r
         will be applied to all currently defined groups.</em></li>\r
-      <li>Colour Scheme options: <strong>None, ClustalX, Blosum62 Score, Percentage \r
-        Identity, Zappo, Taylor, Hydrophobicity, Helix Propensity, Strand Propensity, \r
+      <li>Colour Scheme options: <strong>None, ClustalX, Blosum62 Score, Percentage\r
+        Identity, Zappo, Taylor, Hydrophobicity, Helix Propensity, Strand Propensity,\r
         Turn Propensity, Buried Index, Nucleotide, User Defined<br>\r
-        </strong> <em>See <a href="../colourSchemes/index.html">colours</a> for \r
+        </strong> <em>See <a href="../colourSchemes/index.html">colours</a> for\r
         a description of all colour schemes.</em></li>\r
       <li><strong>By Conservation<br>\r
-        </strong><em>See <a href="../colourSchemes/conservation.html">Colouring \r
+        </strong><em>See <a href="../colourSchemes/conservation.html">Colouring\r
         by Conservation</a>.</em></li>\r
       <li><strong>Modify Conservation Threshold<br>\r
-        </strong><em>Use this to display the conservation threshold slider window. \r
-        Useful if the window has been closed, or if the 'by conservation' option \r
+        </strong><em>Use this to display the conservation threshold slider window.\r
+        Useful if the window has been closed, or if the 'by conservation' option\r
         appears to be doing nothing!</em></li>\r
       <li><strong>Above Identity Threshold<br>\r
-        </strong><em>See <a href="../colourSchemes/abovePID.html">Above Percentage \r
+        </strong><em>See <a href="../colourSchemes/abovePID.html">Above Percentage\r
         Identity</a></em><strong>.</strong></li>\r
       <li><strong>Modify Identity Threshold<br>\r
-        </strong><em>Use this to set the threshold value for colouring above Identity. \r
+        </strong><em>Use this to set the threshold value for colouring above Identity.\r
         Useful if the window has been closed. <br>\r
         </em></li>\r
     <li><strong>By Annotation</strong><br>\r
-      <em>Colours the alignment on a per-column value from a specified annotation. \r
+      <em>Colours the alignment on a per-column value from a specified annotation.\r
       See <a href="../colourSchemes/annotationColouring.html">Annotation Colouring</a>.</em><br>\r
     </li>\r
     </ul>\r
   </li>\r
-  <li><strong>Calculate</strong> \r
+  <li><strong>Calculate</strong>\r
     <ul>\r
-      <li>Sort \r
+      <li>Sort\r
         <ul>\r
           <li><strong>by ID</strong><em><br>\r
-            This will sort the sequences according to sequence name. If the sort \r
+            This will sort the sequences according to sequence name. If the sort\r
             is repeated, the order of the sorted sequences will be inverted. </em></li>\r
           <li><strong>by Group</strong><strong><br>\r
-            </strong><em>This will sort the sequences according to sequence name. \r
-            If the sort is repeated, the order of the sorted sequences will be \r
+            </strong><em>This will sort the sequences according to sequence name.\r
+            If the sort is repeated, the order of the sorted sequences will be\r
             inverted. </em><strong></strong></li>\r
           <li><strong>by Pairwise Identity<br>\r
-            </strong><em>This will sort the selected sequences by their percentage \r
-            identity to the consensus sequence. The most similar sequence is put \r
+            </strong><em>This will sort the selected sequences by their percentage\r
+            identity to the consensus sequence. The most similar sequence is put\r
             at the top. </em></li>\r
-          <li><em>The <a href="../calculations/sorting.html">Sort menu</a> will \r
-            have some additional options if you have just done a multiple alignment \r
+          <li><em>The <a href="../calculations/sorting.html">Sort menu</a> will\r
+            have some additional options if you have just done a multiple alignment\r
             calculation, or opened a tree viewer window.</em></li>\r
         </ul>\r
       </li>\r
       <li><strong>Calculate Tree </strong> <br>\r
-        <em>Functions for calculating trees on the alignment or the currently \r
+        <em>Functions for calculating trees on the alignment or the currently\r
         selected region. See <a\r
-    href="../calculations/tree.html">calculating trees</a>.</em> \r
+    href="../calculations/tree.html">calculating trees</a>.</em>\r
         <ul>\r
           <li><strong>Average Distance Using % Identity</strong></li>\r
           <li><strong>Neighbour Joining Using % Identity</strong></li>\r
         </ul>\r
       </li>\r
       <li><strong>Pairwise Alignments</strong><br>\r
-        <em>Applies Smith and Waterman algorithm to selected sequences. See <a href="../calculations/pairwise.html">pairwise \r
+        <em>Applies Smith and Waterman algorithm to selected sequences. See <a href="../calculations/pairwise.html">pairwise\r
         alignments</a>.</em></li>\r
       <li><strong>Principal Component Analysis</strong><br>\r
-        <em>Shows a spatial clustering of the sequences based on the BLOSUM62 \r
-        scores in the alignment. See <a href="../calculations/pca.html">Principal \r
+        <em>Shows a spatial clustering of the sequences based on the BLOSUM62\r
+        scores in the alignment. See <a href="../calculations/pca.html">Principal\r
         Component Analysis</a>.</em> </li>\r
       <li><strong>Translate cDNA</strong><br>\r
-        <em>If you are viewing a cDNA alignment a very simple translation service \r
-        is available. The translation ignores all gaps in the cDNA sequences. \r
+        <em>If you are viewing a cDNA alignment a very simple translation service\r
+        is available. The translation ignores all gaps in the cDNA sequences.\r
         </em> <br>\r
       </li>\r
     </ul>\r
   </li>\r
   <li><strong>Web Service<br>\r
-    </strong> <em>Selecting one of the following menu items starts a remote service \r
-    on compute facilities at the University of Dundee. You need a continuous network \r
-    connection in order to use these services through Jalview. </em> \r
+    </strong> <em>Selecting one of the following menu items starts a remote service\r
+    on compute facilities at the University of Dundee. You need a continuous network\r
+    connection in order to use these services through Jalview. </em>\r
     <ul>\r
-      <li><strong>Alignment </strong> \r
+      <li><strong>Alignment </strong>\r
         <ul>\r
           <li><strong>ClustalW Multiple Sequence Alignment</strong><br>\r
-            <em> Submits all, or just the currently selected sequences for alignment \r
+            <em> Submits all, or just the currently selected sequences for alignment\r
             with clustal W.</em></li>\r
           <li><strong>ClustalW Multiple Sequence Alignment Realign</strong><br>\r
-            <em> Submits the alignment or currently selected region for re-alignment \r
-            with clustal W. Use this if you have added some new sequences to an \r
+            <em> Submits the alignment or currently selected region for re-alignment\r
+            with clustal W. Use this if you have added some new sequences to an\r
             existing alignment.</em></li>\r
           <li><strong>Muscle Multiple Protein Sequence Alignment</strong><br>\r
-            <em> Submits all, or jut the currently selected sequences for alignment \r
-            using Muscle. Do not use this if you are working with nucleic acid \r
+            <em> Submits all, or jut the currently selected sequences for alignment\r
+            using Muscle. Do not use this if you are working with nucleic acid\r
             sequences.</em></li>\r
         </ul>\r
       </li>\r
-      <li><strong>Secondary Structure Prediction</strong> \r
+      <li><strong>Secondary Structure Prediction</strong>\r
         <ul>\r
           <li><strong>JPred Secondary Structure Prediction</strong><br>\r
-            <em>Secondary structure prediction by network consensus. The behaviour \r
+            <em>Secondary structure prediction by network consensus. The behaviour\r
             of this calculation depends on the current selection: </em></li>\r
-          <li><em>If nothing is selected, and the displayed sequences appear to \r
-            be aligned, then a JNet prediction will be run for the first sequence \r
-            in the alignment, using the current alignment. Otherwise the first \r
+          <li><em>If nothing is selected, and the displayed sequences appear to\r
+            be aligned, then a JNet prediction will be run for the first sequence\r
+            in the alignment, using the current alignment. Otherwise the first\r
             sequence will be submitted for prediction. </em></li>\r
-          <li><em>If just one sequence (or a region on one sequence) has been \r
-            selected, it will be submitted to the automatic JNet prediction server \r
+          <li><em>If just one sequence (or a region on one sequence) has been\r
+            selected, it will be submitted to the automatic JNet prediction server\r
             for homolog detection and prediction. </em></li>\r
-          <li><em>If a set of sequences are selected, and they appear to be aligned, \r
-            then the alignment will be used for a Jnet prediction on the <strong>first</strong> \r
-            sequence selected in the set (that is, the one that was first clicked \r
+          <li><em>If a set of sequences are selected, and they appear to be aligned,\r
+            then the alignment will be used for a Jnet prediction on the <strong>first</strong>\r
+            sequence selected in the set (that is, the one that was first clicked\r
             on). </em> </li>\r
         </ul>\r
       </li>\r
index 0214eed..e545ab2 100755 (executable)
@@ -7,8 +7,8 @@
   <li><strong>File</strong><br>\r
   </li>\r
   <li><strong>Fetch Sequence</strong><br>\r
-    <em>Shows a dialog window in which you can select known ids from Uniprot, \r
-    EMBL, EMBLCDS or PDB database using Web Services provided by the European \r
+    <em>Shows a dialog window in which you can select known ids from Uniprot,\r
+    EMBL, EMBLCDS or PDB database using Web Services provided by the European\r
     Bioinformatics Institute. See <a href="features/seqfetch.html">Sequence Fetcher</a>.</em></li>\r
 </ul>\r
 <ul>\r
       alignment background colours and group colours. If the alignment is <a\r
       href="../features/wrap.html">wrapped</a>, the output will also\r
       be wrapped and will have the same visible residue width as the\r
-      open alignment. \r
+      open alignment.\r
       </em>\r
       <ul>\r
         <li><strong>HTML<br>\r
-          </strong><em>Create a <a href="../io/index.html#export">web page</a>\r
+          </strong><em>Create a <a href="../io/export.html">web page</a>\r
           from your alignment.</em></li>\r
         <li><strong>EPS<br>\r
-          </strong><em>Create an <a href="../io/index.html#export">Encapsulated\r
+          </strong><em>Create an <a href="../io/export.html">Encapsulated\r
           Postscript</a> file from your alignment.</em></li>\r
         <li><strong>PNG<br>\r
-          </strong><em>Create a <a href="../io/index.html#export">Portable Network\r
+          </strong><em>Create a <a href="../io/export.html">Portable Network\r
           Graphics</a> file from your alignment.<br>\r
           </em></li>\r
       </ul>\r
@@ -66,8 +66,8 @@
       MUST be the same.<br>\r
       </em></li>\r
       <li><strong>Load Features / Annotations<br>\r
-        </strong><em>Load files describing precalculated <a href="../features/featuresFormat.html">sequence \r
-        features</a> or <a href="../features/annotationsFormat.html">alignment \r
+        </strong><em>Load files describing precalculated <a href="../features/featuresFormat.html">sequence\r
+        features</a> or <a href="../features/annotationsFormat.html">alignment\r
         annotations</a>.</em></li>\r
     <li><strong>Close<br>\r
       </strong><em>Close the alignment window. Make sure you have\r