clear out 2.8.0b1 what's new and add JAL-1445 to list of new features
authorJim Procter <jprocter@compbio.dundee.ac.uk>
Tue, 18 Feb 2014 16:30:34 +0000 (16:30 +0000)
committerJim Procter <jprocter@compbio.dundee.ac.uk>
Tue, 18 Feb 2014 16:30:34 +0000 (16:30 +0000)
help/helpTOC.xml
help/html/whatsNew.html

index aa10130..c0e9b66 100755 (executable)
@@ -24,6 +24,7 @@
  <tocitem text="Protein Disorder Prediction" target="disorder"/>
    <tocitem text="Alignment Conservation Analysis" target="aacon"/>
   <tocitem text="RNAalifold RNA Secondary Structure Prediction" target="rnaalifold"/>
+ <tocitem text="Select columns containing sequence features" target="seqfeatures.settings"/>
   </tocitem>
   <tocitem text="Editing Alignments" target ="edit"/>  
   <tocitem text="Cursor Mode" target="cursor"/>
index 79cf7c9..55e94ef 100755 (executable)
 </head>
 <body>
        <p>
-               <strong>What's new ?</strong><br /> Jalview 2.8.0b1 is a bugfix
-               release for Jalview version 2.8. <br /> As usual you can find the
+               <strong>What's new ?</strong><br /> Jalview 2.8.1 includes a range of new features developed in the last 12 months. <br /> As usual you can find the
                highlights below, and the comprehensive list is given in the <a
-                       href="releases.html#Jalview2.8.0b1">Jalview 2.8.0b1 Release Notes</a>.
+                       href="releases.html#Jalview2.8.1">Jalview 2.8.1 Release Notes</a>.
        </p>
-  <p>
-    This bug fix release includes numerous minor enhancements made over
-    the last 12 months. Importantly, it is also the first release that
-    provides Jalview as a trusted application, signed with a certificate
-    donated to us by <a href="certum.eu">Certum</a>.
-  </p>
   <strong>Enhancements and new features</strong>
        <ul>
-               <li>Allow disorder predictions to be made on the current
-                       selection (or visible selection) in the same way that JPred works</li>
-               <li>allow import of data from gzipped files</li>
-    <li>Improved per-sequence 'colour-by-annotation' performance</li>
-               <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick files</li>
-               <li>group options for JABAWS service by command line name</li>
-               <li>Select primary source when selecting authority in database
-                       fetcher GUI</li>
-    <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and GROUP_REF
-      scope to group annotation rows</li>
-               <li>add .mfa to FASTA file extensions recognised by Jalview</li>
-               <li>groovy scripting for headless jalview operation</li>
-               <li>Output in Stockholm format</li>
+  <li>Extended the <a href="features/featuresettings.html">feature settings dialog</a> to allow columns to be selected containing particular sequence features.</li>
        </ul>
        <strong>Bug fixes</strong>
        <ul>
-               <li>Uniprot and PDB database cross-reference fetching works
-                       properly</li>
-               <li>'View all structures' in the desktop is more reliable</li>
-               <li>Web services parameter dialog box shows the options enabled
-                       for different presets</li>
-               <li>Interactive creation of RNA secondary structure works more
-                       smoothly</li>
-               <li>Keyboard mode 'P' command jumps to the right place</li>
-               <li>Improved support for parsing database cross-references via
-                       Stockholm and Rfam database</li>
-               <li>Improved semantics in annotation files for grouping
-                       annotation rows associated with particular sequences and groups</li>
-               <li>More robust DNA->Amino acid translation</li>
-               <li>Improved Headless-mode operation for DAS annotation
-                       retrieval, groovy script execution and alignment figure generation</li>
-    <li>annotation label tooltip text needs to be wrapped</li>
        </ul>
 </body>
 </html>