2.1 updates
authoramwaterhouse <Andrew Waterhouse>
Fri, 11 Aug 2006 14:20:24 +0000 (14:20 +0000)
committeramwaterhouse <Andrew Waterhouse>
Fri, 11 Aug 2006 14:20:24 +0000 (14:20 +0000)
help/html/menus/alwedit.html

index 8e28a33..432cfcb 100755 (executable)
@@ -23,8 +23,7 @@
     also do this by pressing &lt;CTRL&gt; and C (&lt;APPLE&gt; and C on MacOSX). \r
     <br>\r
     If you try to paste the clipboard contents to a text editor, you will see \r
-    the format of the copied residues is a tab separated list</em><br>\r
-    NAME START_RES END_RES SEQUENCE </li>\r
+    the format of the copied residues FASTA.</em></li>\r
   <li><strong>Paste </strong> \r
     <ul>\r
       <li><strong>To New Alignment<br>\r
     window. All selected sequences, residues and marked columns will be deselected. \r
     </em><em> <br>\r
     Use &lt;ESCAPE&gt; to deselect all.</em></li>\r
-  <li><strong>Invert Selection<br>\r
+  <li><strong>Invert Sequence Selection<br>\r
     </strong><em>Any sequence ids currently not selected will replace the current \r
     selection. </em></li>\r
+  <li><strong>Invert Column Selection<br>\r
+    </strong><em>Any columns currently not selected will replace the current column \r
+    selection. </em></li>\r
   <li><strong>Undefine Groups<br>\r
     </strong><em>The alignment will be reset with no defined groups.<br>\r
     <strong>WARNING</strong>: This cannot be undone.</em></li>\r
     is discarded. Press the &quot;Apply&quot; button to remove redundant sequences. \r
     The &quot;Undo&quot; button will undo the last redundancy deletion.</em></li>\r
   <li><strong>Pad Gaps<br>\r
-    </strong><em>When selected, the alignment will be kept at minimal\r
-    width (so there no empty columns before or after the first or last aligned\r
-    residue) and all sequences will be padded with gap characters to\r
-    the before and after their terminating residues.<br>\r
-    This switch is useful when making a tree using unaligned\r
-    sequences and when working with alignment analysis programs which\r
-    require 'properly aligned sequences' to be all the same length.<br>\r
+    </strong><em>When selected, the alignment will be kept at minimal width (so \r
+    there no empty columns before or after the first or last aligned residue) \r
+    and all sequences will be padded with gap characters to the before and after \r
+    their terminating residues.<br>\r
+    This switch is useful when making a tree using unaligned sequences and when \r
+    working with alignment analysis programs which require 'properly aligned sequences' \r
+    to be all the same length.<br>\r
     You may set the default for <strong>Pad Gaps</strong> in the <a href="../features/preferences.html">preferences</a>. \r
     </em></li>\r
 </ul>\r
-  <blockquote>&nbsp;</blockquote>\r
-</body>\r
+  </body>\r
 </html>\r