From: tcofoegbu Date: Mon, 21 Sep 2015 15:30:09 +0000 (+0100) Subject: merge X-Git-Tag: Release_2_10_0~394 X-Git-Url: http://source.jalview.org/gitweb/?a=commitdiff_plain;h=85cb8c77b20b4bcca29ea106aaa20f252a969d34;hp=665d49f100089265efdeec7c4a7b500f6d55752d;p=jalview.git merge --- diff --git a/build.xml b/build.xml index 2b81b21..e1ca55f 100755 --- a/build.xml +++ b/build.xml @@ -268,7 +268,7 @@ - + diff --git a/doc/UnitTesting.html b/doc/UnitTesting.html index c4d63ff..801f064 100644 --- a/doc/UnitTesting.html +++ b/doc/UnitTesting.html @@ -83,7 +83,7 @@ The TestNG tests for Jalview can be executed in any of the following ways:
  • Ensure that you have TestNG plugin correctly install for eclipse
  • Ensure that your test classes are error free and properly annotated
    • -
  • Create a lunch configuration "Select the Run / Run... (or Run / Debug...) menu and create a new TestNG configuration"
    • +
  • Create a launch configuration "Select the Run / Run... (or Run / Debug...) menu and create a new TestNG configuration"
  • Run the tests by executing the configuration target created above
A more detailed guide for installing and executing TestNG in eclipse is available at testng.org/doc/eclipse.html
  diff --git a/help/html/io/export.html b/help/html/io/export.html index 1496376..46e7fe4 100755 --- a/help/html/io/export.html +++ b/help/html/io/export.html @@ -46,8 +46,7 @@
  • BioJS MSA - A JavaScript based multiple sequence alignment viewer.
    For interactive alignment data visualisation in a web browser.
    Get more info about the - BioJS MSA viewer at a - href="http://msa.biojs.net/">http://msa.biojs.net/ + BioJS MSA viewer at http://msa.biojs.net/
    • @@ -58,12 +57,12 @@

    In Jalview 2.9, new HTML exporting options were introduced. The standard HTML export option displays alignments as SVG documents - embedded as scollable panes. Exported pages can optionally also + embedded as scrollable panes. Exported pages can optionally also include BioJSON data, which allows Jalview to extract the original data used to create the page. Jalview can also generate HTML pages which embed BioJSON data and the BioJS MSA viewer, a pure javascript alignment viewer that - provides a range of interactive analysis capabiltiies. + provides a range of interactive analysis capabilities.

    diff --git a/resources/lang/Messages.properties b/resources/lang/Messages.properties index 05d6427..54370d8 100644 --- a/resources/lang/Messages.properties +++ b/resources/lang/Messages.properties @@ -1216,7 +1216,6 @@ label.no_colour_selection_warn = Error saving colour scheme label.open_split_window? = Would you like to open as a split window, with cDNA and protein linked? label.open_split_window = Open split window label.no_mappings = No mappings found -label.mapping_failed = No sequence mapping could be made between the alignments.
    A mapping requires sequence names to match, and equivalent sequence lengths. action.no = No action.yes = Yes label.for = for diff --git a/resources/lang/Messages_es.properties b/resources/lang/Messages_es.properties index 6db40cf..3535f4b 100644 --- a/resources/lang/Messages_es.properties +++ b/resources/lang/Messages_es.properties @@ -317,6 +317,7 @@ label.session_update = Actualizar sesi label.new_vamsas_session = Nueva sesión Vamsas label.load_vamsas_session = Cargar sesión Vamsas label.save_vamsas_session = Guardar sesión Vamsas +action.save_vamsas_session = Guardar Sesión Vamsas label.select_vamsas_session_opened_as_new_vamsas_session= Selecciones una sesión vamsas para abrirla como una nueva sesión. label.open_saved_vamsas_session = Abrir una sesión VAMSAS guardada label.groovy_console = Consola Groovy @@ -640,7 +641,7 @@ label.view_structure = Visualizar estructura label.clustalx_colours = Colores de Clustalx label.above_identity_percentage = Sobre % identidad label.create_sequence_details_report_annotation_for = Anotación para {0} -label.sequece_details_for = Detalles de la secuencia para {0} +label.sequence_details_for = Detalles de la secuencia para {0} label.sequence_name = Nombre de la secuencia label.sequence_description = Descripción de la secuencia label.edit_sequence_name_description = Editar el nombre/descripción de la secuencia @@ -805,7 +806,7 @@ label.invalid_name = Nombre no v label.set_proxy_settings = Por favor, configure su proxy en la pestaña 'Conexiones' de la ventana de Preferencia label.proxy_authorization_failed = Autorización del proxy fallida label.internal_jalview_error = Error interno de Jalview -label.secondary_structure_prediction_service_couldnt_be_located = No se ha podido encontrar el Servicio de Predicciónd de la Estructura Secudaria {0} en {1}. +label.secondary_structure_prediction_service_couldnt_be_located = No se ha podido encontrar el Servicio de Predicción de la Estructura Secundaria {0} en {1}. label.service_called_is_not_msa_service = El Servicio llamado \n{0}\nno es un \nServicio de Alineamiento M\u00FAltiple de Secuencias\! label.msa_service_is_unknown = El Servicio de Alineamiento Múltiple llamado {0} es desconocido label.service_called_is_not_seq_search_service = El Servicio llamando \n{0}\nno es un \nServicio de B\u00FAsqueda de Secuencias\! @@ -1133,4 +1134,150 @@ label.show_histogram = Mostrar histograma label.show_logo = Mostrar logo label.normalise_logo = Normalizar logo label.no_colour_selection_in_scheme = Por favor, seleccione un color antes de aplicar el esquema cromático -label.no_colour_selection_warn = Error guardando el esquema cromático \ No newline at end of file +label.no_colour_selection_warn = Error guardando el esquema cromático +label.start_jalview = Arrancar Jalview +warn.urls_no_jaba=URLs sin servicios JABA +label.structure_chooser_filter_time=Selector de Estructura - Tiempo de filtro ({0}) +action.back=Atras +action.choose_annotations=Escoja Anotaciones... +action.feature_settings=Ajustes de características... +info.invalid_msa_notenough=No suficientes datos de sequencia para alinear +label.result=resultado +label.results=resultados +label.no_mappings=No hay mapeados encontrados +label.struct_from_pdb=Procesar la estructura secundaria PDB +label.hide_selected_annotations=Ocultar anotaciones seleccionados +info.select_annotation_row=Seleccionar Fila de Anotaciones +label.delete_all=Borrar todas las secuencias +label.rnalifold_calculations=Predicción RNAAliFold +label.rnalifold_settings=Cambiar ajustes RNAAliFold... +label.sort_ann_by=Ordenar anotaciones por +info.enter_search_text_here=Introducir texto de búsqueda aquí +action.load_vamsas_session=Cargar Sesión Vamsas... +label.show_all_al_annotations=Mostrar anotaciones relacionadas con el alineamiento +label.hide_all_al_annotations=Ocultar anotaciones relacionadas con el alineamiento +label.show_all_seq_annotations=Mostrar anotaciones relacionadas con las secuencias +label.hide_all_seq_annotations=Ocultar anotaciones relacionadas con las secuencias +label.close_viewer=Cerrar Visualizador +label.all_views=Todas las Vistas +label.search_result=Resultado de búsqueda +action.fetch_sequences=Recuperar Secuencias... +label.hide_annotations=Ocultar anotaciones +action.export_groups=Exportar Grupos +action.no=No +action.yes=Sí +label.export_settings=Exportar Ajustes +label.linked_view_title=Vista vinculada de cDNA y proteína +label.view_protein_structure=Ver Estructura Proteica +label.couldnt_read_data=No se pudo leer los datos +status.opening_file=abriendo fichero +label.except_selected_sequences=Todo excepto secuencias seleccionadas +label.structure_chooser_no_of_structures=Selector de Estructuras - {0} Encontró ({1}) +label.search_filter=filtro de búsqueda +label.sort_annotations_by_label=Ordenar por etiqueta +label.sort_annotations_by_sequence=Ordenar por secuencia +label.biojs_html_export=BioJS +info.enter_search_text_to_enable=Introducir Texto de Búsqueda para Habilitar +label.autoadd_secstr=Añadir anotación de estructura secundaria al alineamiento +action.annotations=Anotaciones +label.nuc_alignment_colour=Color del Alineamiento Nucleotídico +label.copy_format_from=Copiar formato de +label.chimera=Chimera +label.open_split_window=Abrir ventana dividida +label.open_split_window?=¿Quieres abrir ventana dividida, con cDNA y proteína vinculadas? +status.searching_for_pdb_structures=Buscando Estructuras PDB +label.scale_as_cdna=Adaptar residuos proteicos a los codones +action.export_hidden_sequences=Exportar Secuencias Ocultas +action.export_hidden_columns=Exportar Columnas Ocultas +label.found_structures_summary=Resumen de Estructuras Encontradas +info.no_pdb_entry_found_for=No se ha encontrada entrada PDB para {0} +label.turn=Giro +label.beta_strand=Lámina Beta +label.show_first=Mostrar arriba +label.show_last=Mostrar por debajo +label.split_window=Ventana Dividida +label.invalid_search=Texto de búsqueda inválido +action.export_annotations=Exportar Anotaciones +action.set_as_reference=Marcar como Referencia +action.unmark_as_reference=Desmarcar como Referencia +action.set_text_colour=Color de Texto... +label.chimera_failed=Error al abrir Chimera - está instalado?\nCompruebe ruta en Preferencias, Estructura +label.find=Buscar +label.select_pdb_file=Seleccionar Fichero PDB +label.structures_filter=Filtro de Estructuras +label.scale_protein_to_cdna=Adaptar proteína a cDNA +status.loading_cached_pdb_entries=Cargando Entradas PDB en Caché +label.select=Seleccionar : +label.select_by_annotation=Seleccionar/Ocultar Columnas por Anotación +action.select_by_annotation=Seleccionar/Ocultar Columnas por Anotación... +action.export_features=Exportar Características +error.invalid_regex=Expresión regular inválida +label.autoadd_temp=Añadir anotación factor de temperatura al alineamiento +tooltip.rnalifold_settings=Modificar la configuración de la predicción RNAAlifold. Úselo para ocultar o mostrar resultados del cálculo de RNA, o cambiar parámetros de el plegado de RNA. +label.chimera_path_tip=Jalview intentará primero las rutas introducidas aquí, Y si no las rutas usuales de instalación +label.structure_chooser=Selector de Estructuras +label.structure_chooser_manual_association=Selector de Estructuras - asociación manual +label.threshold_filter=Filtro de Umbral +label.add_reference_annotations=Añadir anotaciones de referencia +label.hide_insertions=Ocultar Inserciones +info.change_threshold_mode_to_enable=Cambiar Modo de Umbral para Habilitar +label.separate_multiple_query_values=Introducir uno o mas {0}s separados por punto y coma ";" +label.let_chimera_manage_structure_colours=Deja que Chimera maneje colores de estructuras +label.view_rna_structure=Estructura 2D VARNA +label.scale_protein_to_cdna_tip=Hacer a los residuos de proteínas de la misma anchura que los codones en ventanas divididas +label.colour_with_chimera=Colorear con Chimera +label.show_pdbstruct_dialog=Datos de Estructura 3D... +label.hide_all=Ocultar todos +label.invert=Invertir +label.pdb_sequence_getcher=Buscador de Secuencias PDB +tooltip.aacon_settings=Cambiar ajustes para cálculos AACon +label.align=Alinear +label.mark_as_representative=Marcar como representativa +label.include_description=Incluir Descripción +label.for=para +label.invalid_chimera_path=Ruta de Chimera no encontrada o no ejecutable +info.search_in_annotation_label=Buscar en etiqueta de {0} +info.search_in_annotation_description=Buscar en descripción de {0} +label.select_many_views=Seleccionar múltiples vistas +label.add_annotations_for=Añadir anotaciones para +action.background_colour=Color de Fondo... +warn.urls_not_contacted=URLs que no pudieron ser contactados +label.prot_alignment_colour=Color del Alineamiento Proteico +info.associate_wit_sequence=Asociar con secuencia +label.protein=Proteína +warn.oneseq_msainput_selection=La selección actual sólo contiene una única secuencia. ¿Quieres enviar todas las secuencias para la alineación en su lugar? +label.use_rnaview=Usar RNAView para estructura secondaria +label.opens_the_jabaws_server_homepage=Abre la página de inicio del servidor JABAWS en navegador +label.search_all=Introducir uno o más valores de búsqueda separados por punto y coma ";" (Nota: buscará en toda la base de datos PDB) +label.confirm_close_chimera=Cerrará la conexión de Jalview a {0}.
    ¿Quieres cerrar la ventana Chimera también? +tooltip.rnalifold_calculations=Se calcularán predicciones de estructura secondaria de RNA para el alineaminento, y se actualizarán si se efectuan cambios +Calcular predicciónes de estructura secondaria para el alineamiento +label.show_selected_annotations=Mostrar anotaciones seleccionadas +status.colouring_chimera=Coloreando Chimera +label.configure_displayed_columns=Configurar Columnas Mostradas +exception.pdb_server_error=Error desde el servidor PDB +exception.resource_not_be_found=El recurso solicitado no se ha encontrado +label.aacon_calculations=cálculos AACon +label.pdb_web-service_error=Error de servicio web PDB +exception.unable_to_detect_internet_connection=Jalview no puede detectar una conexión a Internet +label.chimera_path=Ruta de acceso a programa Chimera +warn.delete_all=Borrar todas las secuencias cerrará la ventana del alineamiento.
    Confirmar o Cancelar. +label.select_all=Seleccionar Todos +label.alpha_helix=Hélice Alfa +label.sequence_details_for=Detalles de secuencia para {0} +label.chimera_help=Ayuda para Chimera +label.find_tip=Buscar alineamiento, selección o IDs de secuencia para una subsecuencia (sin huecos) +exception.pdb_server_unreachable=Jalview no puede conectar con el servidor PDBE Solr.\nPor favor, asegúrese de que está conectado a Internet y vuelva a intentarlo. +label.structure_viewer=Visualizador de estructura for defecto +label.embbed_biojson=Incrustar BioJSON al exportar HTML +label.transparency_tip=Ajustar la transparencia a "ver a través" los colores de las características. +label.choose_annotations=Escoja anotaciones +label.structure_options=Opciones Estructura +label.view_name_original=Original +label.aacon_settings=Cambiar Ajustes AACon... +tooltip.aacon_calculations=Actualizar cálculos AACon automáticamente. +info.select_filter_option=Escoger Opción de Filtro / Entrada Manual +info.invalid_msa_input_mininfo=Necesita por lo menos dos secuencias con al menos 3 residuos cada una, sin regiones ocultas entre ellas. +label.chimera_missing=Visualizador de estructura Chimera no encontrado.
    Por favor, introduzca la ruta de Chimera,
    o descargar e instalar la UCSF Chimera. +label.save_as_biojs_html=Guardar como HTML BioJs +exception.pdb_rest_service_no_longer_available=Servicios Rest PDB ya no están disponibles! diff --git a/src/com/stevesoft/pat/RegexWriter.java b/src/com/stevesoft/pat/RegexWriter.java index 61bcdf6..57e2170 100755 --- a/src/com/stevesoft/pat/RegexWriter.java +++ b/src/com/stevesoft/pat/RegexWriter.java @@ -8,6 +8,7 @@ package com.stevesoft.pat; import java.io.IOException; +import java.io.StringWriter; import java.io.Writer; import com.stevesoft.pat.wrap.WriterWrap; @@ -231,4 +232,51 @@ public class RegexWriter extends Writer { bufferSize = i; } + + static void test(String re, String inp, int n) throws Exception + { + StringWriter sw = new StringWriter(); + Regex rex = Regex.perlCode(re); + String res1 = rex.replaceAll(inp); + RegexWriter rw = new RegexWriter(rex, sw); + for (int i = 0; i < inp.length(); i++) + { + rw.write(inp.charAt(i)); + } + rw.close(); + String res2 = sw.toString(); + if (!res1.equals(res2)) + { + System.out.println("nmax=" + n); + System.out.println("re=" + re); + System.out.println("inp=" + inp); + System.out.println("res1=" + res1); + System.out.println("res2=" + res2); + System.exit(255); + } + } + + public static void main(String[] args) throws Exception + { + for (int n = 1; n <= 1; n++) + { + test("s/x/y/", "-----x123456789", n); + test("s/x/y/", "x123456789", n); + test("s/x/y/", "-----x", n); + test("s/x.*?x/y/", ".xx..x..x...x...x....x....x", n); + test("s/x.*x/[$&]/", "--x........x--xx", n); + test("s/x.*x/[$&]/", "--x........x------", n); + test("s/.$/a/m", "bb\nbbb\nbbbb\nbbbbb\nbbbbbb\nbbbbbbbbbbbb", n); + test("s/.$/a/", "123", n); + test("s/.$/a/", "bb\nbbb\nbbbb\nbbbbb\nbbbbbb\nbb", n); + test("s/^./a/", "bb\nbbb\nbbbb\nbbbbb\nbbbbbb\nbb", n); + test("s/$/a/", "bbb", n); + test("s/^/a/", "bbb", n); + test("s/^/a/", "", n); + test("s{.*}{N}", "xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx", n); + test("s/.{0,7}/y/", "AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA", n); + test("s/x/$&/", "xxx", n); + } + System.out.println("Success!!!"); + } } diff --git a/src/jalview/appletgui/AlignFrame.java b/src/jalview/appletgui/AlignFrame.java index 0d1fd35..e8ee82b 100644 --- a/src/jalview/appletgui/AlignFrame.java +++ b/src/jalview/appletgui/AlignFrame.java @@ -234,8 +234,10 @@ public class AlignFrame extends EmbmenuFrame implements ActionListener, normSequenceLogo.setState(viewport.isNormaliseSequenceLogo()); applyToAllGroups.setState(viewport.getColourAppliesToAllGroups()); annotationPanelMenuItem.setState(viewport.isShowAnnotation()); - showAlignmentAnnotations.setState(viewport.isShowAnnotation()); - showSequenceAnnotations.setState(viewport.isShowAnnotation()); + showAlignmentAnnotations.setEnabled(annotationPanelMenuItem.getState()); + showSequenceAnnotations.setEnabled(annotationPanelMenuItem.getState()); + showAlignmentAnnotations.setState(true); + showSequenceAnnotations.setState(false); seqLimits.setState(viewport.getShowJVSuffix()); @@ -816,8 +818,11 @@ public class AlignFrame extends EmbmenuFrame implements ActionListener, } else if (source == annotationPanelMenuItem) { - viewport.setShowAnnotation(annotationPanelMenuItem.getState()); - alignPanel.setAnnotationVisible(annotationPanelMenuItem.getState()); + boolean showAnnotations = annotationPanelMenuItem.getState(); + showAlignmentAnnotations.setEnabled(showAnnotations); + showSequenceAnnotations.setEnabled(showAnnotations); + viewport.setShowAnnotation(showAnnotations); + alignPanel.setAnnotationVisible(showAnnotations); } else if (source == sequenceFeatures) { diff --git a/src/jalview/bin/JalviewLite.java b/src/jalview/bin/JalviewLite.java index 3d59a12..efb77e7 100644 --- a/src/jalview/bin/JalviewLite.java +++ b/src/jalview/bin/JalviewLite.java @@ -2860,6 +2860,15 @@ public class JalviewLite extends Applet implements URL localref) { String resolvedPath = ""; + if (targetPath.startsWith("/")) + { + String codebase = localref.toString(); + String localfile = localref.getFile(); + resolvedPath = codebase.substring(0, + codebase.length() - localfile.length()) + + targetPath; + return resolvedPath; + } /* * get URL path and strip off any trailing file e.g. diff --git a/src/jalview/gui/AlignmentPanel.java b/src/jalview/gui/AlignmentPanel.java index ec83a5d..2c7dd3e 100644 --- a/src/jalview/gui/AlignmentPanel.java +++ b/src/jalview/gui/AlignmentPanel.java @@ -566,6 +566,9 @@ public class AlignmentPanel extends GAlignmentPanel implements annotationScroller.setPreferredSize(new Dimension(annotationScroller .getWidth(), annotationHeight)); + Dimension e = idPanel.getSize(); + alabels.setSize(new Dimension(e.width, annotationHeight)); + annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(new Dimension( annotationSpaceFillerHolder.getWidth(), annotationHeight)); annotationScroller.validate(); diff --git a/src/jalview/json/binding/biojson/v1/SequencePojo.java b/src/jalview/json/binding/biojson/v1/SequencePojo.java index 3b9e798..98fed15 100644 --- a/src/jalview/json/binding/biojson/v1/SequencePojo.java +++ b/src/jalview/json/binding/biojson/v1/SequencePojo.java @@ -28,7 +28,7 @@ public class SequencePojo required = true, minLength = 3, maxLength = 2147483647, - description = "Sequence residue characters. An aligned sequence may contain
    one of the following gap characters “.â€?, “-â€? or “ â€?") + description = "Sequence residue characters. An aligned sequence may contain
    one of the following gap characters “.”, “-” or “ ”") private String seq; @Attributes(required = true, description = "Sequence name") diff --git a/test/com/stevesoft/pat/RegexWriterTest.java b/test/com/stevesoft/pat/RegexWriterTest.java deleted file mode 100644 index 4c06f66..0000000 --- a/test/com/stevesoft/pat/RegexWriterTest.java +++ /dev/null @@ -1,114 +0,0 @@ -/* - * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$) - * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors - * - * This file is part of Jalview. - * - * Jalview is free software: you can redistribute it and/or - * modify it under the terms of the GNU General Public License - * as published by the Free Software Foundation, either version 3 - * of the License, or (at your option) any later version. - * - * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but - * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty - * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR - * PURPOSE. See the GNU General Public License for more details. - * - * You should have received a copy of the GNU General Public License - * along with Jalview. If not, see . - * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file. - */ -package com.stevesoft.pat; - -import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals; - -import java.io.IOException; -import java.io.StringWriter; - -import org.testng.annotations.DataProvider; -import org.testng.annotations.Test; - -/** - * Test class refactored from RegexWriter main method - */ -public class RegexWriterTest -{ - - /** - * Asserts that the result of performing 'replaceAll' on the input using the - * regular expression is the same as the output of a RegexWriter, constructed - * from the regular expression, writing out each character of the input - * string. - * - * @param re - * a regular expression - * @param inp - * an input string - * @throws Exception - */ - - @Test(groups = { "Functional" }, dataProvider = "testWriteParam") - void test(String re, String inp) throws IOException - { - StringWriter sw = new StringWriter(); - Regex rex = Regex.perlCode(re); - String res1 = rex.replaceAll(inp); - RegexWriter rw = new RegexWriter(rex, sw); - for (int i = 0; i < inp.length(); i++) - { - rw.write(inp.charAt(i)); - } - rw.close(); - String res2 = sw.toString(); - if (!res1.equals(res2)) - { - System.out.println("re=" + re); - System.out.println("inp=" + inp); - System.out.println("res1=" + res1); - System.out.println("res2=" + res2); - assertEquals(res1, res2); - } - } - - // @Test(groups ={ "Functional" }) - // public void testWrite() throws IOException - // { - // for (int n = 1; n <= 1; n++) - // { - // test("s/x/y/", "-----x123456789"); - // test("s/x/y/", "x123456789"); - // test("s/x/y/", "-----x"); - // test("s/x.*?x/y/", ".xx..x..x...x...x....x....x"); - // test("s/x.*x/[$&]/", "--x........x--xx"); - // test("s/x.*x/[$&]/", "--x........x------"); - // test("s/.$/a/m", "bb\nbbb\nbbbb\nbbbbb\nbbbbbb\nbbbbbbbbbbbb"); - // test("s/.$/a/", "123"); - // test("s/.$/a/", "bb\nbbb\nbbbb\nbbbbb\nbbbbbb\nbb"); - // test("s/^./a/", "bb\nbbb\nbbbb\nbbbbb\nbbbbbb\nbb"); - // test("s/$/a/", "bbb"); - // test("s/^/a/", "bbb"); - // test("s/^/a/", ""); - // test("s{.*}{N}", "xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx"); - // test("s/.{0,7}/y/", "AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA"); - // test("s/x/$&/", "xxx"); - // } - // } - - @DataProvider(name = "testWriteParam") - public Object[][] regexTestParams() - { - return new Object[][] { { "s/x/y/", "-----x123456789" }, - { "s/x/y/", "x123456789" }, { "s/x/y/", "-----x" }, - { "s/x.*?x/y/", ".xx..x..x...x...x....x....x" }, - { "s/x.*x/[$&]/", "--x........x--xx" }, - { "s/x.*x/[$&]/", "--x........x------" }, - { "s/.$/a/m", "bb\nbbb\nbbbb\nbbbbb\nbbbbbb\nbbbbbbbbbbbb" }, - { "s/.$/a/", "123" }, - { "s/.$/a/", "bb\nbbb\nbbbb\nbbbbb\nbbbbbb\nbb" }, - { "s/^./a/", "bb\nbbb\nbbbb\nbbbbb\nbbbbbb\nbb" }, - { "s/$/a/", "bbb" }, { "s/^/a/", "bbb" }, { "s/^/a/", "" }, - { "s{.*}{N}", "xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx" }, - { "s/.{0,7}/y/", "AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA" }, - { "s/x/$&/", "xxx" } }; - } -} diff --git a/test/jalview/gui/AnnotationChooserTest.java b/test/jalview/gui/AnnotationChooserTest.java index 4be4759..f08fa8d 100644 --- a/test/jalview/gui/AnnotationChooserTest.java +++ b/test/jalview/gui/AnnotationChooserTest.java @@ -78,12 +78,12 @@ public class AnnotationChooserTest // pin down annotation sort order for test Cache.applicationProperties.setProperty(Preferences.SORT_ANNOTATIONS, SequenceAnnotationOrder.NONE.name()); - final String True = Boolean.TRUE.toString(); + final String TRUE = Boolean.TRUE.toString(); Cache.applicationProperties.setProperty( - Preferences.SHOW_AUTOCALC_ABOVE, True); - Cache.applicationProperties.setProperty("SHOW_QUALITY", True); - Cache.applicationProperties.setProperty("SHOW_CONSERVATION", True); - Cache.applicationProperties.setProperty("SHOW_IDENTITY", True); + Preferences.SHOW_AUTOCALC_ABOVE, TRUE); + Cache.applicationProperties.setProperty("SHOW_QUALITY", TRUE); + Cache.applicationProperties.setProperty("SHOW_CONSERVATION", TRUE); + Cache.applicationProperties.setProperty("SHOW_IDENTITY", TRUE); AlignmentI al = new jalview.io.FormatAdapter().readFile(TEST_DATA, AppletFormatAdapter.PASTE, "FASTA"); @@ -759,6 +759,9 @@ public class AnnotationChooserTest assertTrue(i + "'th sequence not visible", anns[i].visible); } + /* + * check options to hide JMol and IUPRED annotations for all sequences + */ final Checkbox hideCheckbox = (Checkbox) getComponent(testee, 1, 0, 1); setSelected(hideCheckbox, true); @@ -772,8 +775,8 @@ public class AnnotationChooserTest assertTrue(anns[0].visible); // Conservation assertTrue(anns[1].visible); // Quality assertTrue(anns[2].visible); // Consensus - assertTrue(anns[3].visible); // Beauty (not seq-related) - assertFalse(anns[4].visible); // IUPRED + assertFalse(anns[3].visible); // IUPRED + assertTrue(anns[4].visible); // Beauty (not seq-related) assertFalse(anns[5].visible); // JMol assertFalse(anns[6].visible); // IUPRED assertFalse(anns[7].visible); // JMol diff --git a/test/jalview/gui/FontChooserTest.java b/test/jalview/gui/FontChooserTest.java index 29c7748..355fdc3 100644 --- a/test/jalview/gui/FontChooserTest.java +++ b/test/jalview/gui/FontChooserTest.java @@ -35,7 +35,7 @@ public class FontChooserTest * available, plain) fonts and point sizes that would be rejected by Jalview's * FontChooser as having an I-width of less than 1.0. */ - @Test(groups = { "Functional" }) + @Test(groups = { "Functional" }, enabled = false) public void dumpInvalidFonts() { String[] fonts = java.awt.GraphicsEnvironment