JAL-3063 Castor removed from codebase

Merge branch 'feature/JAL-3063JAXB' into feature/JAL-3063jaxbNoCastor

JAL-2420 don't offer Reveal All over alignment panel

JAL-3166 catch NPE if all sequences are hidden

JAL-3140 updated IntervalStore jar

JAL-3140 named tagged version of intervalstore.jar

JAL-3140 NCList now via IntervalStore library

JAL-3164 redraw complement overview on hide columns

JAL-3158 additional calls to reset 'selection changed' flag after update

JAL-3161 limit tooltip and status updates to visible columns

.gitignore changes

JAL-3127 Sequence ID Colour and nominal spanish translation

JAL-3127 javadoc, don’t darken white when shading residues, and don’t need to hold reference to group

JAL-3156 JAL-3127 code tidy

JAL-3156 javadoc re JAL-3127 and FIXME to make AlignmentI.getSequences(hidden representatives) behave like SequenceGroup.getSequences(…).

JAL-3127 drop redundant hidden representative sequences hash as parameter in ColourSchemeI.getInstance

JAL-3127 JAL-2773 don’t need to call paintAlignment here

JAL-3127 tidier tree group colour -> view propagation

JAL-3154 disable drag to reorder JTable columns

JAL-3127 polished setColor after review

JAL-1889 ignore Clover instrumentation in test (second attempt)

JAL-1889 unit test tweaks for running on server

JAL-3141 Slightly improved message and more thorough tests

JAL-3141 couple of minor fixes for example files being displayed in the Preferences tab

JAL-3141 Tests now available and working, bringing to light a problem with the classInit flag (now removed). Added some more dodgy Spanish translations.

JAL-3141 Preferences 'Backups' tab now fits.  Moved initial option setting into Preferences with all the other preference initial setting.

JAL-3141 Preferences 'Backups' tab now working. Doesn't fit in default space though -- needs adjusting

JAL-3143 unit tests updated for code changes!

JAL-3141 Ostensibly all backups working for alignment and project saves. Need to add a preferences tab and some tests.

JAL-3143 comma-delimited feature attributes for alleles,
clinical_significance

JAL-3143 fetch Ensembl(Genomes) features as JSON not GFF

JAL-3141 Code checkout.  Not compiling.

JAL-3141 Code checkout.  Not compiling.

BackupFilter and other unfinished business

JAL-3139 check group visibility when removing 'redundant' features

JAL-3141 Taken the backing up code out of FileChooser into its own class for more generic usage, and extra data safe-guarding functionality

JAL-3141 Taken the backing up code out of FileChooser into its own class for more generic usage, and extra data safe-guarding functionality

JAL-3141 Tidying

JAL-3141 Backup files being created with default suffix up to 10 backups. Configurable in .jalview_properties but no GUI for this yet.

JAL-3127 always look up sequence ID colour from view when colouring by Sequence ID

JAL-3127 tidy up terminology in colour schemes help text

JAL-3127 updated colours menu and tree view documentation

JAL-3127 reinstate ability to set sequence ID colour directly by right-clicking a node

JAL-3127 use AlignViewportI.addGroup to create & propagate groups to complement view and update structure views accordingly

JAL-3127 use AlignViewportI.addGroup() to add group and propagate to complement view. also updates sequence ID colours from group’s idColour attribute

viewport flag to indicate when structure view needs updating
JAL-3127 fix regression on JAL-868 due to JAL-2773

JAL-3127 Colour sequences by ID - need to check that group colours are properly propagated to structure view independently of shading by linked alignment by selecting from Structure Views colour menu.

JAL-3127 TODO - resolve reference to Viewport for group colour schemes instantiated before the viewport has been created.

JAL-3127 pass reference to AlignViewportI when creating an instance of ColourSchemeI

JAL-1244 comments, javadoc, method signature tweaks

JAL-1244 editSequence extract method refactoring

JAL-1244 improved status message for insert/delete gap

JAL-3132 status message for sequence and/or graph group annotation

JAL-1244 no status message (yet) for locked edit of single sequence

JAL-1244 status message for insert/delete gaps on single sequence

JAL-1244 status message while dragging a stretch group

JAL-3132 set status message when over sequence id or annotation label

JAL-3093 unit tests, no mouse action over left/right wrapped scale

JAL-3093 tweaks to code and test for 3px gap above annotations in
wrapped mode

JAL-3093 unit tests for SeqPanel.findMousePosition

JAL-3093 limited Consensus popup menu when in wrapped mode

JAL-3093 added MousePos.isOverAnnotation() for extra clarity of
intention

JAL-3093 'read-only' annotations when in wrapped mode

JAL-3093 refactor (+test) Annotation Labels tooltip ready for reuse

JAL-3093 unit tests for finding annotation row index for mouse pos

JAL-3093 show annotation tooltips and status message in wrapped mode

JAL-3063 service param files read/saved using JAXB not Castor binding

JAL-3063 top level element added to JalviewWsParamSet.xsd

JAL-3063 comments re use of xjc to generate Java binding classes

JAL-2791 refactored Export Features to apply all visibility tests

JAL-2791 new method to test if feature fails colour threshold test

JAL-2791 method that tests all conditions for feature visibility

JAL-3125 tidy up

JAL-3125 avoid slider 'rounding' threshold field value

JAL-3063 tidy commented out code

JAL-3063 wrappers with check for null getting optional Integer, Float,
Boolean XML attributes

JAL-3120 preserve feature colour/mincolour/maxcolour while modifying,
rationalise FeatureColour constructors

JAL-2843 tweaks to help text for filters

JAL-2843 help text for colour by attribute, feature filters

Merge branch 'bug/JAL-3120restoreFeatureColour' into develop

JAL-3120 preserve plain colour value when changing to Colour by Label

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

Merge branch 'cherrypick/JAL-2808_notabs' into develop

JAL-2808 JAL-3026 deleted all commented out tab code from the dialog
Omitted dialog refactoring from JAL-3058

JAL-2808 JAL-3032 drop tabbed layout for Colours and Filters

JAL-3063 use JAXB for 'Save as Project' and load project from parameter

JAL-3063 unit test for save/load project switched to JAXB

JAL-3063 Save/Load user defined colours using JAXB

JAL-3063 Save/Load user colour scheme using JAXB

JAL-3063 top level element added to colours schema, JAXB classes regen'd

JAL-3063 New View via JAXB

JAL-3063 temporary extra menu option to save/load project as JAXB

JAL-3063 first version of Jalview2XML using JAXB to (un)marshal

JAL-3063 JAXB binding classes generated by xjc from jalview.xsd

JAL-3063 tweak schema so JAXB tool xjc recognises XML root element

JAL-3063 tweak schema so JAXB generates enums for enumerated values

JAL-3035 more dedasification

JAL-2865 release notes

JAL-3116 test method renamed to match code

JAL-3116 unit tests adapted to EMBL over JAXB