rough JPredService client copied from WebServices project.

null point bug fixed

various loadTree bits for loading and saving trees.

merged Loadtree and EPSfile and changed crlf.

Save tree.

Load and Save trees.

Tree io modifications, including support for polytomous trees by the
generation of dummy nodes.

New constructors for turning NewickFile objects into renderable trees
mapped onto the current set of sequences by matching leafnames to
sequence names (where one string must contain the other, rather than
direct equivalence).

add all suffixes to file open

png and eps

updated with all schemes in 1 table

dont' use index at the moment

eps output facility

 filefilter added

make eps, png files, filefilter added

remove unused constants

use new file filter

align suffix updated

acknowledge source and modify to take filter

new class

png and eps output added

hide image with mouse released

add a border

relocation of images

moved to resources

Newick/New Hampshire tree format parser and generator.

version and last modified added

checks for last update

new image

idspacefillerpanel has borderlayout

fullid is optional

takes into account fullid display

new class

idwidth is calculated in alignpanel, not idcanvas

idwidth is calculated in this panel, not idcanvas

view full id name optional

uses jalviewfilechooser

smaller splashscreen

scale bug fixed

selection area search bugs fixed

New class, allows sorting

Saves screen size on exit

setbackground white

initial label width bug might be fixed at last

stick with cross platform look and feel!!!

set groups visible(false)

new hscrollfillpanel

use the fileview

new class

try system look and feel for a change

selection removed, now SelectionGroup does same job as id select and residue select

new file image

fonts added to properties

actionlisteners added

search and font frames are now internalframes

resized scale panel

fonts changed as selection made

Scale canvas not needed

clear selection once group defined

clear selection

delete chars added

clear selection with escape key

font chooser added

allows deletion of chars, font chooser added

allows deletion of chars

dont perform blast search at present

add lower case residue props

fixed interface for PID method.

fixed so that alignment percentage ID is used for distance calculation

fixed signing bug (also updated to latest javahelp library)

more precise methods information in help description.

fixed some of the jar/wsdl deployment problems.

removed conservation calculation from calculations.

Tree fits to window by default

getCharwidth directly

Dont set paintFlags

dont set seqPanel paint flag

only set graphics black once at beginning of text

dont color gaps in sequence features

if resIndex > 19 return color.white

Obsolete. Explanation within the conservation colourscheme entry.

added uniquify sequence id assertion.

partial implementation of JNet server prediction.

first stab at a JPredClient.

basic jpred concise prediction reader.

new resources location.

rearranged project structure

making Jemboss client more configurable.

bug fix for unaligned sequence sets and clustal colours (obviated by
'aligned' test).

rearranged project structure

new ant build for Jalview.

add titles

add history for cut and paste

updated help files

images moved

note of user_defined_colours added

image moved

Sets USER_DEFINED_COLOUR as property

images in image folder

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