JAL-2426 Checks on conservation thread in case we are shutting down

JAL-2426 Removal of NPE in conservation thread when closing Jalview

JAL-2388 Minor fix for annotation graph, removed unit test dep on gui

JAL-2430 colour columns hidden in alignment gray on structure

JAL-2295 avoid quotes breaking attribute value parsing

JAL-2388 Fixed inherited&new out-by-one errors; further unit tests

JAL-2295 status messages for Chimera attributes set and for failed
superposition

JAL-2388 Additional unit tests

JAL-2388 Missed commit

Merge remote-tracking branch 'origin/develop' into features/JAL-2388OverviewWindow

JAL-2429 Messed something up, merged conflicts

JAL-2429 findColumnPosition returns 0 for cols in region starting at 0

JAL-2429 Additional fix to ColumnSelection when hidden cols start at 0

JAL-2388 Dependency tidy

JAL-2388 Remove OverviewDimensions dependency on gui classes

JAL-2388 Corrected overview panel behaviour, updated tests

Merge branch 'merges/develop_JAL2295setChimeraAttributes' into features/JAL-1933_occupancy
update occupancy branch for other changes - will merge in with JAL-2295 and JAL-1933

JAL-2429 Fix to ColumnSelection::findColumnPosition

JAL-2388 Initial removal of hidden cols/seqs out of overview

JAL-2295 tweak order and wording of Superpose menu items and tooltip

JAL-2295 make 'Jmol' menu appear; enable/disable Superpose option for
Chimera

JAL-2388 Reverted to previous

JAL-1264 smarter way to skip autocalc'd annotations in asserts

Merge branch 'features/JAL-2295setChimeraAttributes' into
merges/develop_JAL2295setChimeraAttributes

Conflicts:
src/jalview/ext/rbvi/chimera/ChimeraCommands.java
src/jalview/ext/rbvi/chimera/JalviewChimeraBinding.java
src/jalview/gui/ChimeraViewFrame.java
test/jalview/ext/rbvi/chimera/ChimeraCommandsTest.java

JAL-2388 Preliminary refactor check-in, does not compile

JAL-2426 Removal of NPE in conservation thread when closing Jalview

JAL-2388 Removing sources of non-determinism in unit tests

JAL-2388 First move of endRes etc out of AlignmentViewport (in progress)

JAL-2426 Checks on conservation thread in case we are shutting down

JAL-2388 Make startRes,startSeq,endRes,endSeq private with get/setters

JAL-2388 Minor refactoring

JAL-2388 Unit tests take 2

JAL-2388 Unit tests for columns, take 1

JAL-2388 Unit tests in progress

Merge branch 'bug/JAL-2421overviewboxflicker' into
features/JAL-2388OverviewWindow

Conflicts:
src/jalview/gui/AlignmentPanel.java

Merge branch 'develop' into features/JAL-2388OverviewWindow

JAL-2421 Unit test

Merge branch 'features/JAL-2379pcaMemory' into develop

JAL-2388 Incomplete unit tests

JAL-2421 incomplete unit test

JAL-2421 Fix to alignment panel scroll values, and start of unit test.

Merge branch 'bug/JAL-2374_JAL-2419_overlappinggroups_currentselection_popupmenu' into develop

JAL-2374 JAL-2419 - TODO suspiciously redundant nested if clauses probably need a cleanup

fix for JAL-2419 - don’t trash the current selection

JAL-2374 don’t search twice for containing group to assign to stretchGroup

JAL-2374 tests for SequenceGroup.contains

JAL-2374 JAL-1270 assign SequenceGroup tests to ‘Functional’

JAL-2374 new contains methods for seq and seq,apos

JAL-2374 javadoc - qualify that sequence argument to findGroup must be in the Alignment, not share the same dataset sequence

JAL-2346 disable 'threshold min/max' when 'use original colours'
selected

JAL-2346 remove refactored fields, fix test for above threshold

JAL-2388 Removed unnecessary CommandListener interface from Viewports

Merge branch 'develop' into bug/JAL-2346annotationChoice

Conflicts:
src/jalview/appletgui/AnnotationColourChooser.java
src/jalview/gui/AnnotationRowFilter.java
src/jalview/gui/Jalview2XML.java
src/jalview/gui/PopupMenu.java
src/jalview/schemes/AnnotationColourGradient.java

JAL-2371 small move of code, typo correction

Merge remote-tracking branch 'origin/develop' into features/JAL-2388OverviewWindow

JAL-1608 menu entry text; enable/disable Create/Remove Group option

JAL-2388 Initial refactor of OverviewPanel

Merge branch 'features/JAL-2316' into develop

Merge branch 'develop' into features/JAL-2316

JAL-2401 tweaked button text, added Spanish

JAL-2401 change 'Lower Case Colour' to checkbox with tooltip

JAL-2371 no test for lower case consensus as not expected or handled

JAL-2371 ensure some colour scheme (may be None) is set on startup

Merge branch 'develop' into features/JAL-2379pcaMemory

JAL-2371 skip upper-casing consensus as it already is

JAL-2405 check for circular reference in SequenceGroup.context

JAL-2405 set initial selection group alignment context

JAL-2405 enable nucleotide/peptide colour schemes in applet menus

JAL-2316 tidying preferences help page

JAL-2316 tidied up documentation for Links tab

JAL-2405 set context on selection group for tailored colour options

JAL-2401 fix for NPE on selectedButtons, tweak for button appearance

JAL-2399 JAL-2400 tidy Text Colour wording, behaviour including Cancel

Merge remote-tracking branch 'origin/develop' into features/JAL-2316

JAL-2366 updated default URL to jalview.org/services/identifiers

Merge branch 'features/JAL-2371collectionColourScheme' into develop

JAL-2401 Lower Case Colour toggleable, help text added

JAL-2379 removed unused commented code

JAL-2397 flag provided for 2.10.1 PCA gap calculation treatment

JAL-2398 include 'compatibility mode' for C->R score correction

JAL-2397 scripts to toggle 2.10.1 / 2.10.2 PCA calculation mode

JAL-2397 PCA gap cost uses last column of score matrix

JAL-2398 corrected entry for C->R in Blosum62 matrix

JAL-2379 computePairwiseScores() moved to ScoreMatrix

JAL-2379 'direct' pairwise score calculation for PCA (no encoding)

JAL-2371 (slight!) simplification of isApplicableTo()

JAL-2383 and Spanish!

JAL-2371 commented code removed only

JAL-2371 rename global/viewportColourScheme to residueShading

JAL-2385 more tests/bug fixes mostly for gui.SliderPanel and some
JAL-2371 tidying

JAL-2379 commented out code removed

JAL-2371 CollectionColourScheme renamed ResidueShader and moved to
jalview.renderer

JAL-2099 belated unit test

JAL-2360 JAL-2371 updates from review CR-JAL-1

JAL-2366 Removed unneeded setEnabled calls

JAL-2360 corrected comment

JAL-2360 C is Pink with consensus > 85% (not 100%)

Merge remote-tracking branch 'origin/develop' into features/JAL-2316

Merge branch 'features/JAL-2360colourSchemeApplicability' into features/JAL-2371collectionColourScheme

Merge branch 'develop' into features/JAL-2360colourSchemeApplicability

Conflicts:
src/jalview/gui/UserDefinedColours.java