JAL-629 Test tidyup

Merge branch 'patch/JAL-4153_flakyJvCacheableInputBoxTest' into develop

JAL-629 don't clear appProps in tests

JAL-629 refactor ArgParser and helper classes all to jalview.bin.argparser to remove static classes.  Clear properties after tests.

JAL-629 null checks for Desktop.instance.closeAll(). Props re-loaded after CommandsTest.

JAL-4134 override default hasTree so PAE tree is saved!

JAL-4153 longer Thread.sleep() calls in the hope that the test might pass on Bamboo

JAL-4134 - missing Jalview project JAXB class - st. patricks day commit curse

Merge branch 'develop' into features/JAL-4134_treeviewerforcolumns

JAL-4150 test and quick patch copying code from AlignFrame.paste() to Desktop.paste() so internal paste works from popup menu

JAL-2349 JAL-4134 Console log messages for contact matrix selection

JAL-4134 propagate column selection changes in tree and alignment views

JAL-4134 fix off-by-one in selection

JAL-4134 fix NPEs when matrix not resolved or alignment view is closed

JAL-4134 better popup menu name ‘Tree for Contact Matrix’

JAL-2349 test TODOs

JAL-2349 fix off by one when resolving columns for sequence associated contact matrix

JAL-629 restore original tests memory settings

JAL-629 restore original tests memory settings

JAL-629 Check for new commandsSuccess before quit

JAL-629 move getdown update to earlier stage

JAL-629 Back to forking tests

JAL-629 All applications System.exits going through Jalview.exit

JAL-629 whittling down options for successful tests

JAL-629 whittling down options for successful tests

JAL-4134 fix up column selection when hidden regions are present. Needs tests!

JAL-4134 store/restore Newick tree for PAE annotation row

JAL-629 whittling down options for successful tests

JAL-629 whittling down options for successful tests

JAL-629 more memory to tests task

JAL-629 add in jvmArgs for memory for tests and keep increased clover memory

JAL-629 remove jvmArgs for memory for tests. Increase clover memory

JAL-629 Add in jvmArgs for memory for tests

JAL-629 closer to normal gradle settings with just increased test memory

JAL-629 increase test JVM size

JAL-629 failFast and new threads for each test

JAL-629 increased memory for clover

Merge branch 'features/r2_11_2_alphafold/JAL-629' into features/r2_11_2_alphafold/JAL-629-new_temp_test_branch

JAL-629 revert metal laf

JAL-629 Set Metal as default LAF for build server tests

JAL-629 fixed a test failing when run without a Jalview.main() having been started in another task

JAL-4091 JAL-4147 - revised annotation label display so consecutive runs of rows with the same label have their description shown instead of the bare label

JAL-4091 JAL-629 ‘Add Reference Annotations’ takes description into account when looking for potential addees - reverts change in 8fce85002e6f6a5957dc95662c6a3d80fcce8e82 so PAEContactMatrix annotation labels are consistent.

JAL-2349  don’t clobber existing label/description for an annotation when associating it with a contact matrix

JAL-4134 JAL-3855 store/restore groups, tree and threshold used to cluster a PAE matrix

JAL-3833 fixed HiDPI test for macOS

JAL-629 Commands more objecty, less classy. FileLoader with sync option (or rather default async flag).  Tests adjusted.

JAL-629 teardown in CommandsTest

JAL-629 Allow substitutions of {} = defaultCounter, {n} = autoCounter, {++n} = incremented autoCounter on args involving an output filename.

JAL-629 --substitutions --nosubstitutions flags, --nil[{++n}] just in case needed

JAL-629 Auto and Default count incrementer args. Flags for output filename replacements.

JAL-629 start of CommandsTest. More ArgParserTests.

JAL-629 start of tests and more examples

JAL-629 start of tests

JAL-629 --argfile=glob implemented. Remove reference seq from pAE Matrix annotation label

JAL-629 --close individually for each AlignFrame opened now allows batch processing of jobs in one jalview instance

JAL-629 improved comment and return speed of StringUtils.replaceLast()

JAL-2349 handle matrix_clicked on mouse_release rather than mouse_pressed so click-drag to resize the annotation row doesn’t trigger a selection event as well.

JAL-629 --quiet [no stdout], --quiet --quiet [no stderr]. Tidied up BootstrapArgs. Multiple --argfile=... can be used.

Merge branch 'features/r2_11_2_alphafold/JAL-629' into features/JAL-4134_treeviewerforcolumns

JAL-629 Fix --headless for new args. Fix progressbar for non-headless commands. Add an --argfile=... feature

JAL-629 stash some TFType and PAEFile info into a PDBEntry

JAL-629 Fix null AlignPanel. More descriptive label of pAE Matrix allows 'Add reference annotation' to be enabled for subsequent PDB+PAE files.

JAL-629 Improved consistency of ArgParser classes (use of ArgValuesMap). Added setting, checking and fetching ID value for ArgValues to allow easier linking of arguments.  Added argIndex for boolean Args.  Made noDuplicates (no duplicate values) an Arg Option.

JAL-629 slight tidy up

JAL-629 Removal of unnecessary methods. Set pLTTD tempfac for EBIAlfafold. Simplify adding cmannot.

JAL-629 Some refactoring to allow more flexible use of PAE files. Not working as desired yet

JAL-4134 hold ctrl to select groups containing rows and columns under mouse over a PAE

JAL-629 Firm up bootstrapArgs. Correct '-colour' in test. Separate --headless and -headless for now to avoid premature exit for -headless (fixes tests).

JAL-629 add AF examples for FER1_SPIOL. Link and display PAE matrix annotation

JAL-2349 TODO consider caching contactRanges from getContactRange to improve efficiency

JAL-4134 tree panel shouldn’t try to redraw before tree is calculated..

JAL-4134 fix more of the egregious SeqNode/BinaryNode casting

JAL-4134 leaves marked when columns are selected - doesn’t refresh automatically from alignment yet (only when tree panel repainted)

JAL-4134 TODO: alternative way of performing interactive picking using threshold

JAL-4134 use average distance between PAE elements as distance for tree calculation

JAL-4134 display tree for columns - selecting an internal node selects column in alignment

JAL-4134 compute normalised dot product for contact matrix similarities

JAL-4134 allow tree groups to be stored/recovered on contact matrix for groupwise column selection

JAL-629 Fix Exceptions when running with CLI not headless

JAL-629 Guesstimate whether to set pLDDT with PDB file

JAL-629 JAL-4124 JAL-3855 remove deleted debugging test file from tests

Merge branch 'develop' into features/r2_11_2_alphafold/JAL-629

JAL-629 removed debug prints. added .cif. added some comments/code-markers

Merge branch 'develop' into features/JAL-4134_treeviewerforcolumns

JAL-629 PAE matrix file guesstimate from filename

JAL-629 Position GUI widgets for PDF file options. Remove icon from StructureChooser frame.

JAL-629 JAL-4124 JAL-3855 test to check we can import PAE matrices in a variety of formats - additional test case

JAL-629 JAL-4124 JAL-3855 test to check we can import PAE matrices in a variety of formats - and fix up a casting issue (again?)

Merge branch 'develop' into features/r2_11_2_alphafold/JAL-629

JAL-629 add widgets to StructureChooser for tempfac choice and pae matrix file

Merge branch 'features/JAL-3858_PAEsInProjects' into develop

Merge branch 'features/r2_11_2_alphafold/JAL-629' into features/JAL-3858_PAEsInProjects

 Conflicts:
src/jalview/bin/Jalview.java

JAL-629 helper function for getting sensible structure (or other arg value)

JAL-629 better test fixes. --props=... instead of --debug

JAL-629 Made ArgValuesMap helper class, simplifies readability/writing of the code and will allow arg position lookups

JAL-629 test fixing

JAL-4134 group columns using a tree cut - seems to work after more egregiousness

JAL-629 Add debug messages for more failing tests

JAL-4134 - brutal hack to build a tree clustering columns of PAE Matrix