trimmed down

Key listener works!!

Cut and paste implemented

check that we're not off the end of a sequence

check that mouse is over sequence if unaligned

edit sequence name method

remove try catch loop

isAligned method added, check before making tree

isAligned method added

removed

Start the thread

Display tooltip updated

Correct number of ids is drawn

Fixed display bugs when feature is off the screen

Blasts asynchronously

Set property returns key

Looks for missing ids using BlastClient

new class

formatting imports.

Properties bug fixed

New class

Use Cache.getProperty

Settooltip for sequence feature

load properties on startup

Properties added

Now displays sequence features

New class for fetching sequence features

SequenceFeature display added

Modified for wrapAlignement

Remove test image

Modified for wrappingAlignment

Apply to all groups method added

Update PID or conservationSlider if necessary

Bugs in column selection fixed

Conservation and PID colouring methods updated, also remove group added

Conservation and PID colouring methods updated

Secondary panel is hidden for the moment

Enable wrap menu item

Ability to apply to all groups added

No need for drawableSequence

Clustal colours now work

New layout, works 1.4 and 1.5

correct border width

JavaHelp files added

ColourSchemeKey now in documentation

system.exit or destroy if applet or app

change order of menuitems

don't system.ext

now has key listener

clustalColour bug fixed, clear selection

extends Applet

Adds regex.jar to classpath

warning! this is obfuscated

bug in compare fixed

returns color.white if the underlying colourscheme is null

creates new groups when selecting branches of the tree

now uses 1.1 friendly regex

Clear selection when deleting all groups

Allow removal of colour when deleting groups

remove a few imports

Nucleotide colours added

New colourScheme

Create group from search added

Delete groups added, nucleotide color added

ForegroundColor is darker.darker.darker

if stretchGroup is null, set avRubberbandGroup new group

<= y2 is now < y2

Commented out code removed

Fill rect white

Check if graphics is null in labelSize

False changed to true

SuperGroup added

System.out removed

SuperGroups added

new images

Clustal align DNA spinner added

Fix overviewPanel bugs

RefreshPanels after a colour change

Dont use addToDesktop for splashscreen

ClustalX added to ColourProperties

SetSecondaryPanel

SetSecondaryPanel visible

Works out exisiting colur of a group

New class

JBuilder Project file update

Jemboss(emboss 2.9.0) classes to provide client functionality to
Jalview.

first jemboss clustalw client for jalview.

support for jemboss server interaction.

bugfix for writing fasta file without gap characters.

Implemented clustal alignment via jemboss.

Spaces

Various color bugs sorted out

Dispalys rule along top of output

Hscrollbar is shortened

Return color.white if a gap char is detected

getValue method added

Maintain PID or conservation status when changing colour

SequenceGroup is now an array

Send array of groups to renderer

Initial selection bug fixed