Merge branch 'patch/JAL-3750_JAL-3741_https_patch' into releases/Release_2_11_1_Branch
[jalview.git] / src / jalview / gui /
drwxr-xr-x   ..
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-rw-r--r-- 3080 AlignExportSettings.java
-rw-r--r-- 170776 AlignFrame.java
-rw-r--r-- 31377 AlignViewport.java
-rw-r--r-- 49742 AlignmentPanel.java
-rw-r--r-- 17879 AnnotationChooser.java
-rw-r--r-- 13461 AnnotationColourChooser.java
-rw-r--r-- 24606 AnnotationColumnChooser.java
-rw-r--r-- 12077 AnnotationExporter.java
-rwxr-xr-x 34617 AnnotationLabels.java
-rwxr-xr-x 34397 AnnotationPanel.java
-rw-r--r-- 14508 AnnotationRowFilter.java
-rw-r--r-- 19825 AppJmol.java
-rw-r--r-- 5159 AppJmolBinding.java
-rw-r--r-- 20079 AppVarna.java
-rw-r--r-- 13976 AppVarnaBinding.java
-rw-r--r-- 7096 AquaInternalFrameManager.java
-rw-r--r-- 2788 AssociatePdbFileWithSeq.java
-rw-r--r-- 23288 BlogReader.java
-rw-r--r-- 18837 CalculationChooser.java
-rw-r--r-- 23227 ChimeraViewFrame.java
-rw-r--r-- 10068 ColourMenuHelper.java
-rw-r--r-- 1871 ComboBoxTooltipRenderer.java
-rw-r--r-- 22077 Console.java
-rw-r--r-- 17400 CrossRefAction.java
-rw-r--r-- 6241 CutAndPasteHtmlTransfer.java
-rw-r--r-- 10751 CutAndPasteTransfer.java
-rw-r--r-- 93966 Desktop.java
-rw-r--r-- 4256 EPSOptions.java
-rw-r--r-- 2811 EditNameDialog.java
-rw-r--r-- 18279 FeatureRenderer.java
-rw-r--r-- 62031 FeatureSettings.java
-rw-r--r-- 50660 FeatureTypeSettings.java
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-rw-r--r-- 4217 HTMLOptions.java
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-rw-r--r-- 1795 IProgressIndicator.java
-rw-r--r-- 1218 IProgressIndicatorHandler.java
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-rw-r--r-- 14420 JDatabaseTree.java
-rw-r--r-- 1940 JalviewAppender.java
-rw-r--r-- 3134 JalviewBooleanRadioButtons.java
-rw-r--r-- 2992 JalviewChangeSupport.java
-rw-r--r-- 3690 JalviewChimeraBindingModel.java
-rw-r--r-- 3729 JalviewDialog.java
-rw-r--r-- 9976 JvOptionPane.java
-rw-r--r-- 10449 JvSwingUtils.java
-rw-r--r-- 2891 MenuChooser.java
-rw-r--r-- 2575 OOMWarning.java
-rw-r--r-- 23921 OptsAndParamsPage.java
-rw-r--r-- 1023 OptsParametersContainerI.java
-rw-r--r-- 7655 OverviewCanvas.java
-rwxr-xr-x 11581 OverviewPanel.java
-rw-r--r-- 20927 PCAPanel.java
-rwxr-xr-x 6129 PaintRefresher.java
-rwxr-xr-x 5237 PairwiseAlignPanel.java
-rw-r--r-- 66952 PopupMenu.java
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-rw-r--r-- 7324 ProgressBar.java
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-rw-r--r-- 7630 RestInputParamEditDialog.java
-rw-r--r-- 15515 RestServiceEditorPane.java
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-rw-r--r-- 4211 SVGOptions.java
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-rwxr-xr-x 61819 SeqCanvas.java
-rw-r--r-- 74955 SeqPanel.java
-rwxr-xr-x 30568 SequenceFetcher.java
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-rw-r--r-- 2739 Slider.java
-rwxr-xr-x 12165 SliderPanel.java
-rwxr-xr-x 9308 SplashScreen.java
-rw-r--r-- 33413 SplitFrame.java
-rw-r--r-- 42700 StructureChooser.java
-rw-r--r-- 10388 StructureViewer.java
-rw-r--r-- 27292 StructureViewerBase.java
-rw-r--r-- 7698 TextColourChooser.java
-rwxr-xr-x 26415 TreeCanvas.java
-rwxr-xr-x 24111 TreePanel.java
-rwxr-xr-x 25804 UserDefinedColours.java
-rw-r--r-- 5195 UserQuestionnaireCheck.java
-rw-r--r-- 35354 VamsasApplication.java
-rw-r--r-- 8153 ViewSelectionMenu.java
-rw-r--r-- 22982 WebserviceInfo.java
-rw-r--r-- 43554 WsJobParameters.java
-rw-r--r-- 10371 WsParamSetManager.java
-rw-r--r-- 17315 WsPreferences.java