########################################################################################### # # # THIS IS JABAWS EXECUTABLE CONFIGURATION FILE # # # ########################################################################################### ### Properties supported by executables. ### is one of the available applications: ### [clustalw, mafft, muscle, propcons, tcoffee, iupred, jronn, globplot, disembl, aacon, jpred] ### Path to the native executable on Windows must be either absolute, ### or relative to JABAWS web application # local..bin.windows = binaries/windows/clustalw2.exe ### Path to the native executable not on Windows (e.g. Linux, Mac) ### must be either absolute, or relative to JABAWS web application # local..bin = binaries/src/clustalw/src/clustalw2 ### Path to the native executable on the Cluster (must be accessible from all ### Cluster nodes which will run JABAWS jobs). The path must be absolute. # cluster..bin = /home/jabaws/binaries/src/clustalw/src/clustalw2 ### At least one of the path to the native executable should be defined. ### If an application supports presets, the preset file can have either ### absolute or relative to the JABAWS web application path to the file. ### The file is optional. # .presets.file = conf/settings/ClustalPresets.xml ### If an application supports parameters, the parameter file can have either ### absolute or relative to the JABAWS web application path to the file. ### The file is optional. # .parameters.file = conf/settings/ClustalParameters.xml ## Application limits, absolute or relative to ## the JABAWS web application path to the file. Optional. ## Use this if you want to limit the size of the job to be accepted by a ## Webservice. The limits files we use in Dundee are provided with JABAWS. # .limits.file=conf/settings/ClustalLimits.xml ## Flags passed to the Cluster batch manager for the application. Optional. ## This example sets a maximum execution time to 24 hours and maximum amount of ## memory per task to 6Gb for SGE and OGE Cluster batch managers. ## Please note that all the examples of this parameter below are correct for ## Sun Grid Engine or Open Grid Engine (untested) only! If you use a different ## batch manager you would need to specify different flags. # .cluster.settings = -l h_cpu=24:00:00 -l h_vmem=6000M -l ram=6000M ## Environmental variables required by native executables. Optional. ## Format: VARIABLE_NAME1#VARIABLE_VALUE1;VARIABLE_NAME2#VARIABLE_VALUE2; # .bin.env = MAFFT_BINARIES#binaries/src/mafft/binaries;FASTA_4_MAFFT#binaries/src/fasta34/fasta34; ## Parameter supported by the executable Jar files, such as jronn and aacon, ## point to the location of the jar file. Also, local..bin, ## local..bin.windows properties are optional for these, if not ## provided they will be replaced to the java executable path from JAVA_HOME ## environmental variable. #.jar.file = binaries/windows/bj3.0.4p-jronn.jar ########################################################################################### # CLUSTAL W CONFIGURATION # ########################################################################################### local.clustalw.bin.windows = binaries/windows/clustalw2.exe local.clustalw.bin = binaries/src/clustalw/src/clustalw2 ### This parameters specifies the directory where the matrices files are stored clustalw.-matrix.path = binaries/matrices clustalw.presets.file = conf/settings/ClustalPresets.xml clustalw.parameters.file = conf/settings/ClustalParameters.xml clustalw.limits.file = conf/settings/ClustalLimits.xml ########################################################################################### # CLUSTAL OMEGA CONFIGURATION # ########################################################################################### local.clustalo.bin.windows = binaries/windows/clustalo/clustalo.exe local.clustalo.bin = binaries/src/clustalo/src/clustalo ### This parameters specifies the directory where the matrices files are stored #clustalo.presets.file = conf/settings/ClustaloPresets.xml clustalo.parameters.file = conf/settings/ClustaloParameters.xml clustalo.limits.file = conf/settings/ClustaloLimits.xml ########################################################################################### # MUSCLE CONFIGURATION # ########################################################################################### local.muscle.bin.windows = binaries/windows/muscle.exe local.muscle.bin = binaries/src/muscle/muscle ### This parameters specifies the directory where the matrices files are stored muscle.-matrix.path = binaries/matrices muscle.presets.file = conf/settings/MusclePresets.xml muscle.parameters.file = conf/settings/MuscleParameters.xml muscle.limits.file = conf/settings/MuscleLimits.xml ########################################################################################### # MAFFT CONFIGURATION # ########################################################################################### local.mafft.bin = binaries/src/mafft/scripts/mafft # These paths will be converted to absolute if relative. mafft.bin.env = MAFFT_BINARIES#binaries/src/mafft/binaries;FASTA_4_MAFFT#binaries/src/fasta34/fasta34; ### This parameters specifies the directory where the matrices files are stored mafft.--aamatrix.path = binaries/matrices mafft.presets.file = conf/settings/MafftPresets.xml mafft.parameters.file = conf/settings/MafftParameters.xml mafft.limits.file = conf/settings/MafftLimits.xml ########################################################################################### # TCOFFEE CONFIGURATION # ########################################################################################### local.tcoffee.bin = binaries/src/tcoffee/t_coffee_source/t_coffee.sh # This variable is required by tcoffee tcoffee.bin.env = HOME_4_TCOFFEE#jobsout; tcoffee.presets.file = conf/settings/TcoffeePresets.xml tcoffee.parameters.file = conf/settings/TcoffeeParameters.xml tcoffee.limits.file = conf/settings/TcoffeeLimits.xml ########################################################################################### # PROBCONS CONFIGURATION # ########################################################################################### local.probcons.bin = binaries/src/probcons/probcons probcons.parameters.file = conf/settings/ProbconsParameters.xml probcons.limits.file = conf/settings/ProbconsLimits.xml ########################################################################################### # JRONN CONFIGURATION # ########################################################################################### ### If no local path is specified, Java is loaded from JAVA_HOME variable for local execution ### However, cluster.jronn.bin MUST be specified for running Jronn on the Cluster. #local.jronn.bin.windows = D:\\Java\\jdk1.6.0_24\\bin\\java.exe local.jronn.bin = /usr/bin/java jronn.jar.file = binaries/windows/bj3.0.4p-jronn.jar jronn.limits.file = conf/settings/JronnLimits.xml ########################################################################################### # DISEMBL CONFIGURATION # ########################################################################################### local.disembl.bin = binaries/src/disembl/DisEMBL.py disembl.limits.file = conf/settings/DisemblLimits.xml ########################################################################################### # GLOBPLOT CONFIGURATION # ########################################################################################### local.globplot.bin = binaries/src/globplot/GlobPlot.py globplot.bin.env = PYTHONPATH#/usr/local/tomcat/webapps/jabaws/binaries/src/globplot/biopython-1.50 globplot.limits.file = conf/settings/GlobPlotLimits.xml ########################################################################################### # IUPRED CONFIGURATION # ########################################################################################### #local.iupred.bin.windows = binaries/windows/iupred/iupred.exe local.iupred.bin = binaries/src/iupred/iupred ### This must point to the directory where iupred binary is, with other files it ### depends on. This path will be converted to absolute if relative at runtime. iupred.bin.env = IUPred_PATH#binaries/src/iupred iupred.parameters.file = conf/settings/IUPredParameters.xml iupred.limits.file = conf/settings/IUPredLimits.xml ########################################################################################### # AACON CONFIGURATION # ########################################################################################### ### This is just a path to the standard java executable local.aacon.bin = /usr/bin/java ### Path to the AACon library aacon.jar.file = binaries/windows/compbio-conservation-1.1.jar aacon.parameters.file = conf/settings/AAConParameters.xml aacon.presets.file = conf/settings/AAConPresets.xml aacon.limits.file = conf/settings/AAConLimits.xml ########################################################################################### # RNAALIFOLD CONFIGURATION # ########################################################################################### local.rnaalifold.bin.windows = binaries/windows/ViennaRNA/RNAalifold.exe local.rnaalifold.bin = binaries/src/ViennaRNA/Progs/RNAalifold rnaalifold.parameters.file = conf/settings/RNAalifoldParameters.xml rnaalifold.limits.file = conf/settings/RNAalifoldLimits.xml ########################################################################################### # MSAProbs CONFIGURATION # ########################################################################################### local.msaprobs.bin = binaries/src/MSAProbs-0.9.7/MSAProbs/msaprobs msaprobs.parameters.file = conf/settings/MSAprobsParameters.xml msaprobs.limits.file = conf/settings/MSAprobsLimits.xml ########################################################################################### # GLprobs CONFIGURATION # ########################################################################################### local.glprobs.bin = binaries/src/GLProbs-1.0/glprobs glprobs.parameters.file = conf/settings/GLprobsParameters.xml glprobs.limits.file = conf/settings/GLprobsLimits.xml