examples/groovy/alignLoadedFile.groovy

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 // run an alignment on the current alignFrame
  22 import jalview.ws.jws2.*;
  23 import jalview.ws.jws2.jabaws2.Jws2Instance;
  24 import jalview.datamodel.*;
  25
  26 // First get the JABA service discoverer and see if there are any services.
  27 jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer disc = jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer.getDiscoverer();
  28 while (disc.isRunning()) {
  29 Thread.sleep(50);
  30 }
  31 if (!disc.isRunning() && !disc.hasServices())
  32 {
  33   // discoverer is not running, and has no services - so run it again.
  34   disc.run();
  35 }
  36
  37 for (jalview.ws.jws2.jabaws2.Jws2Instance service: disc.getServices()) {
  38
  39 if (service.serviceType.indexOf("uscle")>-1) {
  40   // now - go through the services if any, and find a Muscle service
  41   def msaf;
  42   try {
  43         msaf = currentAlFrame;
  44   } catch (q) {
  45         // currentAlFrame is not defined - so we were run as an interactive script from the Groovy console
  46         // in that case, just pick the first alignmentFrame in the stack.
  47         msaf = Jalview.getAlignFrames()[0]
  48   };
  49   // Finally start Jalview's JabaWS MSA Client with the alignment from msaf
  50   new MsaWSClient(service, msaf.getTitle(), msaf.gatherSequencesForAlignment(), false,
  51                 true, msaf.getViewport().getAlignment()
  52                 .getDataset(), msaf);
  53   break;
  54 }
  55 }