/* * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$) * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors * * This file is part of Jalview. * * Jalview is free software: you can redistribute it and/or * modify it under the terms of the GNU General Public License * as published by the Free Software Foundation, either version 3 * of the License, or (at your option) any later version. * * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR * PURPOSE. See the GNU General Public License for more details. * * You should have received a copy of the GNU General Public License * along with Jalview. If not, see . * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file. */ uniprot_data_columns # _group.id _group.name _group.sort_order g3;Names & Taxonomy;1 g6;Miscellaneous;6 g7;Sequences;7 g8;Function;8 g9;Interaction;9 g10;Expression;10 g11;Gene Ontology (GO);11 g12;Pathology & Biotech;12 g13;Subcellular location;13 g14;PTM / Processing;14 g15;Structure;15 g16;Publications;16 g17;Date of;17 g18;Family & Domains;18 g19;2D Gel Databases;1000 g20;3D Structure Databases;1000 g21;Chemistry Databases;1000 g22;Enzyme And Pathway Databases;1000 g23;Family And Domain Databases;1000 g24;Gene Expression Databases;1000 g25;Genetic Variation Databases;1000 g26;Genome Annotation Databases;1000 g27;Miscellaneous Databases;1000 g28;Organism-Specific Databases;1000 g29;Phylogenomic Databases;1000 g30;Protein Family/Group Databases;1000 g31;Protein-Protein Interaction Databases;1000 g32;Proteomic Databases;1000 g33;Protocols And Materials Databases;1000 g34;Ptm Databases;1000 g35;Sequence Databases;1000 # _data_column.primary_key;id _data_column.default_response_page_size;500 # _data_column.name _data_column.code|_data_column.alt_code (optional: used for specifying search code when different from original code) _data_column.group_id _data_column.data_type _data_column.min_col_width _data_column.max_col_width _data_column.preferred_col_width _data_column.is_shown_by_default _data_column.is_searchable ALL;Search All;String;g7;50;1000;95;false;true Entry;accession;String;g3;80;150;85;true;true Entry name;id|accession_id;String;g3;100;150;105;true;true Gene names;gene_names|gene;String;g3;100;1000;145;true;true Gene names (primary);gene_primary;String;g3;50;1000;95;false;false Gene names (synonym);gene_synonym;String;g3;50;1000;95;false;false Gene names (ordered locus);gene_oln;String;g3;50;1000;95;false;false Gene names (ORF);gene_orf;String;g3;50;1000;95;false;false Organism;organism_name;String;g3;100;1000;200;true;true Organism ID;organism_id;int;g3;60;100;80;false;true Protein names;protein_name;String;g3;300;1500;500;true;true Proteomes;xref_proteomes;String;g3;50;1000;95;false;false Taxonomic lineage;lineage|taxonomy_name;String;g3;50;400;95;false;false Taxonomic lineage (IDs);lineage_ids|taxonomy_id;String;g3;50;400;95;false;false Virus hosts;virus_hosts|virus_host_id;String;g3;50;1000;95;false;true Annotation;annotation_score;String;g6;50;1000;95;false;false Caution;cc_caution;String;g6;50;1000;95;false;false Comment Count;comment_count;String;g6;50;1000;95;false;false Features;feature_count;String;g6;50;1000;95;false;false Keyword ID;keywordid;String;g6;50;1000;95;false;false Keywords;keyword;String;g6;50;1000;95;false;true Miscellaneous [CC];cc_miscellaneous;String;g6;50;1000;95;false;false Protein existence;protein_existence|existence;String;g6;50;1000;95;false;true Reviewed;reviewed;String;g6;50;100;95;true;true Tools;tools;String;g6;50;1000;95;false;false UniParc;uniparc_id;String;g6;50;1000;95;false;false Alternative products;cc_alternative_products;String;g7;50;1000;95;false;false Alternative sequence;ft_var_seq;String;g7;50;1000;95;false;false Erroneous gene model prediction;error_gmodel_pred;String;g7;50;1000;95;false;false Fragment;fragment;String;g7;50;1000;95;false;false Gene encoded by;organelle;String;g7;50;1000;95;false;false Length;length;int|T|0;g7;50;100;65;true;true Mass;mass;int|T|0;g7;50;100;80;false;true Mass spectrometry;cc_mass_spectrometry;String;g7;50;1000;95;false;false Natural variant;ft_variant;String;g7;50;1000;95;false;false Non-adjacent residues;ft_non_cons;String;g7;50;1000;95;false;false Non-standard residue;ft_non_std;String;g7;50;1000;95;false;false Non-terminal residue;ft_non_ter;String;g7;50;1000;95;false;false Polymorphism;cc_polymorphism;String;g7;50;1000;95;false;false RNA editing;cc_rna_editing;String;g7;50;1000;95;false;false Sequence;sequence;String;g7;50;1000;95;false;false Sequence caution;cc_sequence_caution;String;g7;50;1000;95;false;false Sequence conflict;ft_conflict;String;g7;50;1000;95;false;false Sequence uncertainty;ft_unsure;String;g7;50;1000;95;false;false Sequence version;sequence_version;String;g7;50;1000;95;false;false Absorption;absorption;String;g8;50;1000;95;false;false Active site;ft_act_site;String;g8;50;1000;95;false;false Activity regulation;cc_activity_regulation;String;g8;50;1000;95;false;false Binding site;ft_binding;String;g8;50;1000;95;false;false Calcium binding;ft_ca_bind;String;g8;50;1000;95;false;false Catalytic activity;cc_catalytic_activity;String;g8;50;1000;95;false;false Cofactor;cc_cofactor;String;g8;50;1000;95;false;false DNA binding;ft_dna_bind;String;g8;50;1000;95;false;false EC number;ec;String;g8;50;1000;95;false;true Function [CC];cc_function;String;g8;50;1000;95;false;false Kinetics;kinetics;String;g8;50;1000;95;false;false Metal binding;ft_metal;String;g8;50;1000;95;false;false Nucleotide binding;ft_np_bind;String;g8;50;1000;95;false;false Pathway;cc_pathway;String;g8;50;1000;95;false;false pH dependence;ph_dependence;String;g8;50;1000;95;false;false Redox potential;redox_potential;String;g8;50;1000;95;false;false Rhea ID;rhea;String;g8;50;1000;95;false;false Site;ft_site;String;g8;50;1000;95;false;false Temperature dependence;temp_dependence;String;g8;50;1000;95;false;false Interacts with;cc_interaction;String;g9;50;1000;95;false;false Subunit structure[CC];cc_subunit;String;g9;50;1000;95;false;false Developmental stage;cc_developmental_stage;String;g10;50;1000;95;false;false Induction;cc_induction;String;g10;50;1000;95;false;false Tissue specificity;cc_tissue_specificity;String;g10;50;1000;95;false;false Gene ontology (biological process);go_p;String;g11;50;1000;95;false;false Gene ontology (cellular component);go_c;String;g11;50;1000;95;false;false Gene ontology (GO);go;String;g11;50;1000;95;false;true Gene ontology (molecular function);go_f;String;g11;50;1000;95;false;false Gene ontology IDs;go_id;String;g11;50;1000;95;false;false Allergenic properties;cc_allergen;String;g12;50;1000;95;false;false Biotechnological use;cc_biotechnology;String;g12;50;1000;95;false;false Disruption phenotype;cc_disruption_phenotype;String;g12;50;1000;95;false;false Involvement in disease;cc_disease;String;g12;50;1000;95;false;false Mutagenesis;ft_mutagen;String;g12;50;1000;95;false;false Pharmaceutical use;cc_pharmaceutical;String;g12;50;1000;95;false;false Toxic dose;cc_toxic_dose;String;g12;50;1000;95;false;false Intramembrane;ft_intramem;String;g13;50;1000;95;false;false Subcellular location[CC];cc_subcellular_location;String;g13;50;1000;95;false;false Topological domain;ft_topo_dom;String;g13;50;1000;95;false;false Transmembrane;ft_transmem;String;g13;50;1000;95;false;false Chain;ft_chain;String;g14;50;1000;95;false;false Cross-link;ft_crosslnk;String;g14;50;1000;95;false;false Disulfide bond;ft_disulfid;String;g14;50;1000;95;false;false Glycosylation;ft_carbohyd;String;g14;50;1000;95;false;false Initiator methionine;ft_init_met;String;g14;50;1000;95;false;false Lipidation;ft_lipid;String;g14;50;1000;95;false;false Modified residue;ft_mod_res;String;g14;50;1000;95;false;false Peptide;ft_peptide;String;g14;50;1000;95;false;false Post-translational modification;cc_ptm;String;g14;50;1000;95;false;false Propeptide;ft_propep;String;g14;50;1000;95;false;false Signal peptide;ft_signal;String;g14;50;1000;95;false;false Transit peptide;ft_transit;String;g14;50;1000;95;false;false 3D;structure_3d;String;g15;50;1000;95;false;false Beta strand;ft_strand;String;g15;50;1000;95;false;false Helix;ft_helix;String;g15;50;1000;95;false;false Turn;ft_turn;String;g15;50;1000;95;false;false PubMed ID;lit_pubmed_id;String;g16;50;1000;95;false;false Date of creation;date_created;String;g17;80;150;100;false;true Date of last modification;date_modified;String;g17;80;150;100;false;true Date of last sequence modification;date_sequence_modified;String;g17;80;150;100;false;true Entry version;version;int;g17;80;100;80;false;false Coiled coil;ft_coiled;String;g18;50;1000;95;false;false Compositional bias;ft_compbias;String;g18;50;1000;95;false;false Domain[CC];cc_domain;String;g18;80;1000;95;false;false Domain[FT];ft_domain;String;g18;50;1000;95;false;false Motif;ft_motif;String;g18;50;1000;95;false;false Protein families;protein_families|family;String;g18;50;1000;95;false;true Region;ft_region;String;g18;50;1000;95;false;false Repeat;ft_repeat;String;g18;50;1000;95;false;false Zinc finger;ft_zn_fing;String;g18;50;1000;95;false;false COMPLUYEAST-2DPAGE;xref_compluyeast-2dpage;String;g19;50;1000;95;false;false DOSAC-COBS-2DPAGE;xref_dosac-cobs-2dpage;String;g19;50;1000;95;false;false OGP;xref_ogp;String;g19;50;1000;95;false;false REPRODUCTION-2DPAGE;xref_reproduction-2dpage;String;g19;50;1000;95;false;false SWISS-2DPAGE;xref_swiss-2dpage;String;g19;50;1000;95;false;false UCD-2DPAGE;xref_ucd-2dpage;String;g19;50;1000;95;false;false World-2DPAGE;xref_world-2dpage;String;g19;50;1000;95;false;false AlphaFoldDB;xref_alphafolddb;String;g20;50;1000;95;false;false BMRB;xref_bmrb;String;g20;50;1000;95;false;false PCDDB;xref_pcddb;String;g20;50;1000;95;false;false PDB;xref_pdb;String;g20;50;1000;95;false;false PDBsum;xref_pdbsum;String;g20;50;1000;95;false;false SASBDB;xref_sasbdb;String;g20;50;1000;95;false;false SMR;xref_smr;String;g20;50;1000;95;false;false BindingDB;xref_bindingdb;String;g21;50;1000;95;false;false ChEMBL;xref_chembl;String;g21;50;1000;95;false;false DrugBank;xref_drugbank;String;g21;50;1000;95;false;false DrugCentral;xref_drugcentral;String;g21;50;1000;95;false;false GuidetoPHARMACOLOGY;xref_guidetopharmacology;String;g21;50;1000;95;false;false SwissLipids;xref_swisslipids;String;g21;50;1000;95;false;false BRENDA;xref_brenda;String;g22;50;1000;95;false;false BioCyc;xref_biocyc;String;g22;50;1000;95;false;false PathwayCommons;xref_pathwaycommons;String;g22;50;1000;95;false;false PlantReactome;xref_plantreactome;String;g22;50;1000;95;false;false Reactome;xref_reactome;String;g22;50;1000;95;false;false SABIO-RK;xref_sabio-rk;String;g22;50;1000;95;false;false SIGNOR;xref_signor;String;g22;50;1000;95;false;false SignaLink;xref_signalink;String;g22;50;1000;95;false;false UniPathway;xref_unipathway;String;g22;50;1000;95;false;false CDD;xref_cdd;String;g23;50;1000;95;false;false DisProt;xref_disprot;String;g23;50;1000;95;false;false Gene3D;xref_gene3d;String;g23;50;1000;95;false;false HAMAP;xref_hamap;String;g23;50;1000;95;false;false IDEAL;xref_ideal;String;g23;50;1000;95;false;false InterPro;xref_interpro;String;g23;50;1000;95;false;false PANTHER;xref_panther;String;g23;50;1000;95;false;false PIRSF;xref_pirsf;String;g23;50;1000;95;false;false PRINTS;xref_prints;String;g23;50;1000;95;false;false PROSITE;xref_prosite;String;g23;50;1000;95;false;false Pfam;xref_pfam;String;g23;50;1000;95;false;false ProDom;xref_prodom;String;g23;50;1000;95;false;false SFLD;xref_sfld;String;g23;50;1000;95;false;false SMART;xref_smart;String;g23;50;1000;95;false;false SUPFAM;xref_supfam;String;g23;50;1000;95;false;false TIGRFAMs;xref_tigrfams;String;g23;50;1000;95;false;false Bgee;xref_bgee;String;g24;50;1000;95;false;false CleanEx;xref_cleanex;String;g24;50;1000;95;false;false CollecTF;xref_collectf;String;g24;50;1000;95;false;false ExpressionAtlas;xref_expressionatlas;String;g24;50;1000;95;false;false Genevisible;xref_genevisible;String;g24;50;1000;95;false;false BioMuta;xref_biomuta;String;g25;50;1000;95;false;false DMDM;xref_dmdm;String;g25;50;1000;95;false;false dbSNP;xref_dbsnp;String;g25;50;1000;95;false;false Ensembl;xref_ensembl;String;g26;50;1000;95;false;false EnsemblBacteria;xref_ensemblbacteria;String;g26;50;1000;95;false;false EnsemblFungi;xref_ensemblfungi;String;g26;50;1000;95;false;false EnsemblMetazoa;xref_ensemblmetazoa;String;g26;50;1000;95;false;false EnsemblPlants;xref_ensemblplants;String;g26;50;1000;95;false;false EnsemblProtists;xref_ensemblprotists;String;g26;50;1000;95;false;false GeneID;xref_geneid;String;g26;50;1000;95;false;false Gramene;xref_gramene;String;g26;50;1000;95;false;false KEGG;xref_kegg;String;g26;50;1000;95;false;false MANE-Select;xref_mane-select;String;g26;50;1000;95;false;false PATRIC;xref_patric;String;g26;50;1000;95;false;false UCSC;xref_ucsc;String;g26;50;1000;95;false;false VectorBase;xref_vectorbase;String;g26;50;1000;95;false;false WBParaSite;xref_wbparasite;String;g26;50;1000;95;false;false WBParaSiteTranscriptProtein;xref_wbparasitetranscriptprotein;String;g26;50;1000;95;false;false BioGRID-ORCS;xref_biogrid-orcs;String;g27;50;1000;95;false;false ChiTaRS;xref_chitars;String;g27;50;1000;95;false;false EvolutionaryTrace;xref_evolutionarytrace;String;g27;50;1000;95;false;false GeneWiki;xref_genewiki;String;g27;50;1000;95;false;false GenomeRNAi;xref_genomernai;String;g27;50;1000;95;false;false PHI-base;xref_phi-base;String;g27;50;1000;95;false;false 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