// package jalview.ext.archaeopteryx;
//
// import jalview.analysis.TreeBuilder;
// import jalview.datamodel.SequenceI;
// import jalview.ext.forester.ForesterMatrix;
// import jalview.ext.treeviewer.TreeBuilderI;
// import jalview.ext.treeviewer.TreeI;
// import jalview.ext.treeviewer.TreeNodeI;
// import jalview.util.MappingUtils;
// import jalview.util.MessageManager;
//
// import java.util.HashMap;
// import java.util.Map;
//
// import org.forester.evoinference.matrix.distance.DistanceMatrix;
// import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
// import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
//
/// **
// * Class for converting trees made in Jalview (through TreeBuilder) to trees
// * compatible with Forester (Phylogeny objects).
// *
// * Note that this currently demands a 1:1 relationship between tree nodes and
// * the sequences used for generating them.
// *
// * @author kjvanderheide
// *
// */
// public class AptxTreeBuilder
// implements TreeBuilderI
// {
// protected final SequenceI[] sequences;
//
// protected final DistanceMatrix distances;
//
// protected final TreeBuilder jalviewTree;
//
// public String treeTitle;
//
// private final TreeI aptxTree;
//
// private TreeNodeI rootNode;
//
// private final Map<SequenceI, TreeNodeI> alignmentWithNodes;
//
// private final Map<TreeNodeI, SequenceI> nodesWithAlignment;
//
// public AptxTreeBuilder(final TreeBuilder calculatedTree)
// {
// jalviewTree = calculatedTree;
// sequences = jalviewTree.getSequences();
// distances = ForesterMatrix.convertJalviewToForester(
// jalviewTree.getDistances(), sequences);
//
// aptxTree = new Tree(new Phylogeny());
// rootNode = TreeNode.getUniqueWrapper(new PhylogenyNode());
//
// int amountOfSequences = distances.getSize();
// alignmentWithNodes = new HashMap<>(amountOfSequences);
// nodesWithAlignment = new HashMap<>(amountOfSequences);
//
//
// }
//
// @Override
// public TreeI buildTree(final TreeNodeI treeRoot)
// {
//
// if (treeRoot != null)
// {
// rootNode = treeRoot;
// }
//
// buildTree();
//
// return aptxTree;
//
// }
//
//
// @Override
// public TreeI buildTree()
// {
//
// for (SequenceI sequence : sequences)
// {
//
// TreeNodeI sequenceNode = TreeNode
// .getUniqueWrapper(
// new PhylogenyNode(sequence.getName()));
//
// sequenceNode.setSequence(sequence);
//
// MappingUtils.putWithDuplicationCheck(nodesWithAlignment,
// sequenceNode, sequence);
// MappingUtils.putWithDuplicationCheck(alignmentWithNodes,
// sequence, sequenceNode);
// rootNode.addAsChild(sequenceNode);
// }
//
//
// aptxTree.setRoot(rootNode);
//
// treeTitle = generateTreeName();
// aptxTree.setTreeName(treeTitle);
//
// return aptxTree;
//
// }
//
// @Override
// public Map<SequenceI, TreeNodeI> getAlignmentBoundNodes()
// {
// return alignmentWithNodes;
// }
//
// @Override
// public Map<TreeNodeI, SequenceI> getNodesBoundAlignment()
// {
// return nodesWithAlignment;
// }
//
//
// /**
// * Formats a localised title for the tree panel, like
// * <p>
// * Neighbour Joining Using BLOSUM62
// * <p>
// * For a tree loaded from file, just uses the file name
// *
// * @return
// */
// @Override
// public String generateTreeName() // Move this and add selection region to the
// // title when applicable
// {
// if (treeTitle != null) // will currently never happen, loaded tree file will
// // take a different path
// {
// return treeTitle;
// }
// else
// {
// /*
// * i18n description of Neighbour Joining or Average Distance method
// */
// String treecalcnm = MessageManager
// .getString("label.tree_calc_" + jalviewTree.getClass()
// .getSimpleName().substring(0, 2).toLowerCase());
// /*
// * short score model name (long description can be too long)
// */
// String smn = jalviewTree.getScoreModel().getName();
//
// /*
// * put them together as <method> Using <model>
// */
// final String ttl = MessageManager
// .formatMessage("label.treecalc_title", treecalcnm, smn);
// return ttl;
// }
// }
//
//
//
//
// }