// package jalview.ext.archaeopteryx;
//
// import static org.testng.Assert.assertEquals;
// import static org.testng.Assert.assertTrue;
//
// import jalview.analysis.NJTree;
// import jalview.analysis.TreeBuilder;
// import jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels;
// import jalview.analysis.scoremodels.SimilarityParams;
// import jalview.api.analysis.ScoreModelI;
// import jalview.api.analysis.SimilarityParamsI;
// import jalview.bin.Jalview;
// import jalview.datamodel.Alignment;
// import jalview.datamodel.AlignmentI;
// import jalview.datamodel.Sequence;
// import jalview.datamodel.SequenceI;
// import jalview.gui.AlignViewport;
//
// import org.forester.archaeopteryx.MainFrame;
// import org.forester.archaeopteryx.TreePanel;
// import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
// import org.testng.annotations.BeforeClass;
// import org.testng.annotations.Test;
//
// public class AptxJalviewSequenceTreeTest extends TreeViewTest
// {
// TreeBuilder jalviewTree;
//
// TreePanel treePanel;
//
// Phylogeny tree;
//
// MainFrame aptx;
//
// Jalview jalview;
//
// @Override
// @BeforeClass(alwaysRun = true)
// public void setUpTree()
// {
// SequenceI seq1 = new Sequence("Seq1", "ABCDEFGHIJ");
// SequenceI seq2 = new Sequence("Seq2", "ABCDEFTHIJ");
// SequenceI seq3 = new Sequence("Seq3", "BCFWDHIJ");
// SequenceI seq4 = new Sequence("Seq4", "WTHISTHIS");
//
// AlignmentI al = new Alignment(
// new SequenceI[]
// { seq1, seq2, seq3, seq4 });
// AlignViewport alignViewport = new AlignViewport(al);
//
// ScoreModelI scoreModel = ScoreModels.getInstance().getBlosum62();
// SimilarityParamsI similarityParams = new SimilarityParams(true, true,
// true, false);
//
// jalviewTree = new NJTree(alignViewport, scoreModel,
// similarityParams);
// }
//
// @Override
// @BeforeClass(dependsOnMethods = { "setUpTree" })
// public void createTreeView()
// {
// treeView = AptxInit.createInstanceFromCalculation(jalviewTree);
// aptx = (MainFrame) treeView; // still pretty ugly
//
// treePanel = aptx.getMainPanel().getCurrentTreePanel();
// tree = treePanel.getPhylogeny();
//
// }
//
// @Override
// public void testTreeLoaded()
// {
// assertTrue(tree != null);
//
// }
//
// @Override
// public void testTreeTitle()
// {
// assertTrue(tree.getName().contains("Neighbour Joining Using BLOSUM62"));
//
// }
//
// @Override
// public void testChildNodesCount()
// {
// assertEquals(
// tree.getNode("Seq2").getParent().getNumberOfExternalNodes(), 2);
//
// }
//
// @Override
// public void testExistingBranchName()
// {
// tree.getNode("Seq4");
//
// }
//
// @Override
// public void testChildToParentBranchLength()
// {
// assertEquals(tree.getNode("Seq1").getDistanceToParent(), 5.25);
//
// }
//
// @Test(
// groups = "Functional",
// expectedExceptions = IllegalArgumentException.class)
// public void testInvalidBranchName()
// {
// tree.getNode("I shouldn't exist");
//
// }
//
// @Override
// public void testNodeToRootBranchLength()
// {
// assertEquals(tree.getNode("Seq3").calculateDistanceToRoot(), 19.13);
//
// }
//
// @Override
// public void testDistantNodeToRootBranchLength()
// {
// assertEquals(tree.getNode("Seq2").calculateDistanceToRoot(),
// 3.75 + 35.75 + 19.13);
//
// }
//
//
//
//
// }