// package jalview.ext.archaeopteryx;
//
// import static org.testng.Assert.assertEquals;
// import static org.testng.Assert.assertTrue;
//
// import jalview.gui.Desktop;
//
// import org.forester.archaeopteryx.Archaeopteryx;
// import org.forester.archaeopteryx.MainFrame;
// import org.forester.archaeopteryx.TreePanel;
// import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
// import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
// import org.testng.annotations.BeforeClass;
// import org.testng.annotations.Test;
//
// public class AptxPhylogenyTreeTest extends TreeViewTest
// {
// final Phylogeny inputTree = new Phylogeny();
//
// final PhylogenyNode rootNode = new PhylogenyNode("root");
//
// final PhylogenyNode ancestor1Node = new PhylogenyNode("ancestor 1");
//
// final PhylogenyNode ancestor2Node = new PhylogenyNode("leaf 2");
//
// final PhylogenyNode leaf1aNode = new PhylogenyNode("leaf 1a");
//
// final PhylogenyNode leaf1bNode = new PhylogenyNode("leaf 1b");
//
// final PhylogenyNode leaf1cNode = new PhylogenyNode("leaf 1c");
//
// Phylogeny tree;
//
// TreePanel treePanel;
//
// MainFrame aptx;
//
//
// @Override
// @BeforeClass(alwaysRun = true)
// public void setUpTree()
// {
// ancestor1Node.addAsChild(leaf1aNode);
// ancestor1Node.addAsChild(leaf1bNode);
// ancestor1Node.addAsChild(leaf1cNode);
//
// rootNode.addAsChild(ancestor1Node);
// rootNode.addAsChild(ancestor2Node);
//
// leaf1aNode.setDistanceToParent(2);
// leaf1bNode.setDistanceToParent(3);
// leaf1cNode.setDistanceToParent(4);
//
// ancestor1Node.setDistanceToParent(36);
// ancestor2Node.setDistanceToParent(42);
//
// inputTree.setName("test");
// inputTree.setRoot(rootNode);
// inputTree.setRooted(true);
//
// }
//
// @Override
// @BeforeClass(dependsOnMethods = { "setUpJalview", "setUpTree" })
// public void createTreeView()
// {
// treeView = Archaeopteryx.createApplication(inputTree);
// aptx = (MainFrame) treeView; // pretty ugly
// treePanel = aptx.getMainPanel().getCurrentTreePanel();
// tree = treePanel.getPhylogeny();
//
// Desktop.addInternalFrame(aptx, "Archaeopteryx", 500, 500);
//
// }
//
//
//
// @Test(groups = "Functional")
// public void testMainPanelExists()
// {
// assertTrue(aptx.getMainPanel() != null);
// }
//
// @Test(groups = "Functional")
// public void testTreePanelExists()
// {
// assertTrue(treePanel != null);
// }
//
// @Override
// public void testTreeTitle()
// {
// assertTrue(tree.getName().equals("test"));
//
// }
//
// @Test(
// groups = "Functional",
// expectedExceptions = IllegalArgumentException.class)
// public void testInvalidBranchName()
// {
// tree.getNode("I shouldn't exist");
//
// }
//
// @Override
// public void testExistingBranchName()
// {
// tree.getNode("leaf 2");
//
// }
//
// @Override
// public void testTreeLoaded()
// {
// assertTrue(tree != null);
// }
//
// @Override
// public void testChildNodesCount()
// {
// assertEquals(tree.getNode("ancestor 1").getNumberOfExternalNodes(), 3);
//
// }
//
// @Override
// public void testChildToParentBranchLength()
// {
// assertEquals(tree.getNode("leaf 1a").getDistanceToParent(), 2.0);
//
// }
//
// @Override
// public void testNodeToRootBranchLength()
// {
// assertEquals(tree.getNode("leaf 2").getDistanceToParent(), 42.0);
//
// }
//
// @Override
// public void testDistantNodeToRootBranchLength()
// {
// assertEquals(tree.getNode("leaf 1c").calculateDistanceToRoot(),
// 4.0 + 36.0);
//
// }
//
//
//
//
//
//
//
// }