git://source.jalview.org / jalview.git / blobdiff
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Merge branch 'improvement/JAL-4014_gecos_colour_schemes' into develop
[jalview.git] / help / help / html / colourSchemes / gecos-blossom.html
diff --git a/help/help/html/colourSchemes/gecos-blossom.html b/help/help/html/colourSchemes/gecos-blossom.html
new file mode 100755 (executable)
index 0000000..08ca8a6
--- /dev/null
+++ b/help/help/html/colourSchemes/gecos-blossom.html
@@ -0,0 +1,83 @@
+<html>
+<!--
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ -->
+<head>
+<title>Blossom Colour Scheme</title>
+<style type="text/css">
+<!--
+td {
+       text-align: center;
+}
+-->
+</style>
+</head>
+
+<body>
+  <p>
+    <strong><a name="gecos-blossom">Blossom</a></strong>
+  </p>
+  <p>
+  This colour scheme was generated by the gecos software. See<br/>
+  Kunzmann, P., Mayer, B.E. & Hamacher, K. Substitution matrix based color schemes for sequence alignment visualization. <em>BMC Bioinformatics</em> <strong>21</strong>, 209 (2020). https://doi.org/10.1186/s12859-020-3526-6<br/>
+  and https://gecos.biotite-python.org/ .<br/>
+  Gecos sets perceptual differences in the colour scheme according to differences in the substitution matrix.
+  </p>
+  <p>
+    blossom is a light color scheme with high contrast, based on BLOSUM62.
+  </p>
+  <div align="center">
+    <table width="400" border="1">
+
+<tr>
+    <td bgcolor="#8bc4b4">A</td>
+    <td bgcolor="#0893fe">C</td>
+    <td bgcolor="#5fa505">D</td>
+    <td bgcolor="#dbb501">E</td>
+</tr>
+<tr>
+    <td bgcolor="#f74fa8">F</td>
+    <td bgcolor="#00d382">G</td>
+    <td bgcolor="#ff5701">H</td>
+    <td bgcolor="#9abaf3">I</td>
+</tr>
+<tr>
+    <td bgcolor="#fea527">K</td>
+    <td bgcolor="#cda5dc">L</td>
+    <td bgcolor="#f5a1b8">M</td>
+    <td bgcolor="#b5c206">N</td>
+</tr>
+<tr>
+    <td bgcolor="#10d631">P</td>
+    <td bgcolor="#bf8527">Q</td>
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+    <td bgcolor="#7e9d59">S</td>
+</tr>
+<tr>
+    <td bgcolor="#00a29c">T</td>
+    <td bgcolor="#87c0e4">V</td>
+    <td bgcolor="#fe08fb">W</td>
+    <td bgcolor="#ff4e7a">Y</td>
+</tr>
+
+    </table>
+  </div>
+</body>
+</html>