JAL-535 - refactored core PCA viewer code to viewmodel
JAL-1013 - port protein/nucleotide settings to applet PCA viewer

JAL-535 refactored core code from PCA viewer to viewmodel.

JAL-1120 patch for desktop

patch for JAL-1121 - reset button and slightly wider default window size

JAL-535 refactoring todo

Extended IProgressIndicator with method to check if any progress bars are currently displayed.

Merge branch 'JAL-1013_pca_rna_dna' into develop

JAL-975 JAL-1002 ensure custom parameters are actually passed to service

JAL-1115 - synchronized access to group list

JAL-976 - make sure annotation panel is updated to grey out any stale annotation rows

JAL-961 JAL-976 kill any existing AACon job if a new AACon worker is started due to an alignment edit or change in parameters

JAL-1003 visual delay when running a sequence or alignment annotation job

JAL-961 JAL-976 tweaked way that AACons client is registered and started.

formatting

formatting

JAL-1118 - hack to try and get rid of flicker. consider moving greyed out image rendering to after we call the panel renderer.

JAL-1118 WIP - flag to mark if image buffer has just been cleared ready for a redraw

JAL-1115 trap exception arising from race condition when alignment edited during calculation

JAL-968 javadoc and return flag indicating if any of the annotation rows were being worked on whilst the panel was rendered.

JAL-961 ensure we only add one instance of a worker to the registered list of workers for an alignment.

JAL-961 potentially helpful println statements when debugging alignment calculation queue

JAL-1115 refactor base collection for Alignment from Vector to locally synchronized List<SequenceI>
(missed this one from d6509fcf3a8cc90616e18cb22cec97f85c722bb8)

JAL-1116 - location where vamsas sync failure occurs

javatidy

JAL-1115 refactor reordering code operating directly on Sequence collection as AlignmentI method

JAL-1115 refactor base collection for Alignment from Vector to locally synchronized List<SequenceI>

JAL-1115 - use local reference for annotation row

JAL-961, JAL-1115 - pending test to ensure only one worker waits around for another one for the same type to complete.

javatidy

JAL-967, JAL-1114, JAL-1115 more concurrent access hacks

javatidy

fix for bug introduced with commit:b81d4d7d46ea8b1c89df086fb847baab6b69d427

javatidy

JAL-967, JAL-1114, JAL-1115 - modified render and calculation api to work on bare array reference for current instance of data rather than via reference to container object, so as to minimise errors arising from race between rendering code and calculations triggered by alignment data edits which create new data arrays.

JAL-976 ensure job id gets written out if there's an exception

javatidy

javatidy

formatting

JAL-969 - refactor colourscheme machinery from GUI code to core alignment view model

JAL-1109 JAL-1065 resolve t-coffee score scheme by name

updated schema to store and recover belowAlignment and calcId for JAL-1109 and JAL-1110

JAL-1114 - refactor methods handling Vectors and Hashtables to Lists and Maps, and use SequenceCollectionI and AnnotationCollectionI where possible to simplify code.

formatting

formatting

TODO: JAL-1108

JAL-1078 - removed 'Load Score File' menu item and extended annotation file loader to recognise and load T-COFFEE files.

JAL-1065 per sequence and per-alignment scores added to annotation

JAL-1065 - ensure null entries in annotation row so T-COFFEE annotation can be relocated as alignment is edited.

todo: JAL-1105

todo: JAL-1108

ensure annotation isn't added twice - note - this could cause efficiency problems

JAL-1107 - documentation explaining '*' and '+' in the conservation histogram.

patch for occasional NPE when applet is quit

JAL-1078 - extend applet cut'n'paste features/annotation to support t-coffee file
JAL-1102 - feedback for successful or unsuccessful parsing of annotation files

JAL-1067 report any warning messages to user

TODO for JAL-976

todo for JAL-1106

JAL-1066,JAL-1068,JAL-961 - use alignment annotation query api to get t-coffee annotation

JAL-1067, JAL-1105 - refactor parser to fit Jalview's data parsing architecture

JAL-961 - annotatable datamodel objects can be queried to obtain annotation with a particular calculation ID

JAL-1102 todos and status updates when data is added

todo JAL-1104 : functions to refactor

todo: blocked by JAL-1104

JAL-958 - ensure logo is rendered even if consensus for column is at zero

update the copy constructor

JAL-1065,JAL-1066 propagated notification of colourscheme when alignment changed to refactored code (SHA:677878508a8006cbf7e94e4d4e129ddcf3e3f2c2)

JAL-1065,JAL-1066 - propagated 863467bf6c59c0bc5368c8f3a03d9d5a4f10700d to refactored renderer code.

Merge remote-tracking branch 'origin/Tcoffee_JAL-1065' into develop
conflicts due to refactoring according to JAL-972, JAL-968, JAL-968
Conflicts:
.classpath
examples/appletParameters.html
src/jalview/appletgui/AlignFrame.java
src/jalview/appletgui/AlignViewport.java
src/jalview/datamodel/SequenceGroup.java
src/jalview/gui/AlignFrame.java
src/jalview/gui/AlignViewport.java
src/jalview/jbgui/GAlignFrame.java

warning dialog - fixes JAL-1099

fixed JAL-1086: pass column index so colourscheme profile data is used to calculate symbol colour

JAL-958 - don't try to draw all zero profiles

JAL-958 JAL-1086 formatting and remove old code

pack before displaying splashscreen to ensure its preferred size is correctly calculated

formatting

JAL-1097 - ensure replace comma for semicolon always disabled for das sources

Merge branch 'JAL-972-jdas' into develop

JAL-1075
 - introduce flag to disable ability to select multiple sources (for v2.8 release).
 - currently selected database source information panel
 - cancel/ok reverts to last selection or accepts new selection
 - key handlers for escape (cancel) and return (ok).

JAL-1061,JAL-1075 - first pass at implementing sequence record fetching across multiple sources.

 Multiple source fetching not yet ready for production use (disabled for v2.8 release)

clean up old commented code

JAL-1095 - todo

javadoc

JAL-972 workaround for working out source URL for pre DAS 1.6 sources.
note - certain sources currently in registry have invalid URLs in their capability elements (missing '/' between URL and command)

formatting

JAL-972 migration from dasobert to jdas registry URLs

JAL-972 local do not have a coordsys element with source metadata (JAL-424 would resolve this!)

JAL-424 TODO: new method signature for local source creation

JAL-1085 - ensure sequence fetching client waits around until feature retrieval has finished before returning sequences for display.

JAL-972 JAL-1084 propagate reference to local authentication provider so it can be passed to JDAS clients when querying sources.

JAL-1083 - graceful failover to single ID query mode for fetching features

formatting

JAL-1083 graceful failover to one ID per sequences query for sources that fail for multiple ID queries

JAL-1075 better layout and info box for source browser

JAL-1075 tweak layout and test display for tree based sequence source browser

JAL-1075, JAL-1061, JAL-1064 - introduced second tier of 'fetch database' menu hierarchy for source groups like Ensembl (fetch all or submenu for individual fetch). Also shortened width of menu entries so that user can browse the hierarchy more easily.

JAL-1064 sequence database sources are stored and retrieved as lists associated with each canonical database name rather than assuming 1:1 mapping between string and source instance

JAL-972 correct das registry default URL (JDAS automatically adds the sources command to the URL)

JAL-972 - test to distinguish sources based on age - used to select one of duplicate sources in registry

JAL-1074 fix - missing tag indicating alignments are retrieved from RFAM.

JAL-972, JAL-1072  new default dasregistry.org registry URL for JDAS

JAL-1064 JAL-671 - add tree based database dialog as button in sequence fetcher