JAL-2624 additional tests for FeatureColour.getColour(),
filterFeaturesForDisplay

Merge branch 'develop' into features/JAL-2446NCList

Merge branch 'documentation/JAL-2418_release2102' into develop

JAL-2481 JAL-2624 test for render feature below score feature outwith
threshold

Merge branch 'develop' into features/JAL-2446NCList

Conflicts:
src/jalview/renderer/seqfeatures/FeatureRenderer.java
src/jalview/viewmodel/seqfeatures/FeatureRendererModel.java

JAL-2624 check feature colour threshold when colouring structure

JAL-2623 initialise colour threshold slider correctly

Merge branch 'develop' into features/JAL-2446NCList

Conflicts:
src/jalview/gui/AlignmentPanel.java
src/jalview/gui/SeqCanvas.java
src/jalview/gui/SeqPanel.java

JAL-2432 updated documentation for select/hide by annotation to include As Percentage checkbox

JAL-147 don't scroll up beyond startRes = 0

JAL-147 corrected calculation of vertical scroll position and max

JAL-147 draw up to last position of wrapped alignment!

Merge branch 'develop' into bug/JAL-147scrollWrappedView

JAL-1648 JAL-2447 Spanish translations

JAL-1858 fast paint wrapped highlights unless view was scrolled

JAL-1858 scrollToWrappedVisible preserve any horizontal offset of view

JAL-147 prevent vertical Overview box movement in wrapped mode

JAL-147 unit test for hide/show sequences update ViewportRanges

JAL-2605 ensure correct scale width calculation

JAL-1858 fastpaint highlights on wrapped alignment

JAL-147 don't update overview for column selection (applet)

JAL-147 additions to unit test, check for negative array index

JAL-147 prevent overview box move up over hidden first sequence

JAL-147 revised update of startSeq, endSeq on unhide sequences

JAL-147 unit tests added, unused setEndRes removed

JAL-147 corrected update of ViewportRanges for show/hide sequences

JAL-147 update ViewportRanges height after show/hide sequences

JAL-147 remove redundant calls to update overview panel

JAL-2608 tidy up OverviewPanel when closed

JAL-147 call method that sets visible width when drawing wrapped panel

JAL-147 extract local variable for ease of debugging

Merge branch 'develop' into bug/JAL-147scrollWrappedView

JAL-147 correct width out-by-one drawing ids

JAL-147 don't scroll Overview box outside panel dimensions

JAL-147 ViewportRanges calculate wrapped vertical scroll position

JAL-147 don't draw ScalePanel when in wrapped mode

JAL-2034 don't refresh Overview for selection in id panel

JAL-2505 correct handling of change of feature type

JAL-2483 corrected finding feature groups

Merge branch 'develop' into features/JAL-2446NCList

JAL-2602 unit test added

JAL-147 don't page up above origin, repaint ids for scroll in wrapped
mode

Merge branch 'bug/JAL-2597' into develop

JAL-2602 pulled up identical methods to base class

JAL-2602 same fix for applet

JAL-2526 correct treatment of contact features only partly visible

Merge branch 'bugs/JAL-2606_broken_jabaws22_IADependency' into develop

JAL-2606 updated IA build for changed dependency due to JAL-2549

Merge branch 'develop' into features/JAL-2446NCList

JAL-147 improved wrapped scrolling (including Overview) with
ViewportRanges

JAL-2597 Fix and unit test

JAL-2605 exclude left/right scale in sequence column calculation

Merge branch 'bug/JAL-2600resizeflicker' into develop

JAL-2600 Tidies

JAL-2600 updates following review

JAL-1858 repaint after Amend Features dialog

Merge branch 'develop' into features/JAL-2446NCList

Conflicts:
src/jalview/appletgui/SeqPanel.java
src/jalview/renderer/seqfeatures/FeatureRenderer.java

JAL-2600 Tidies

JAL-2600 Abandoned fastpaint for resize; now full repaint, single call

JAL-2602 check for null or empty description when copying consensus

JAL-1858 highlights on wrapped panel - work in progress

JAL-147 scroll wrapped panel by one width's worth at a time

JAL-2600 Add in IdCanvas and checks for 0 size images

JAL-2600 vertical fast paint too

JAL-2600 fast painting on resize

JAL-2600 reinstate original behaviour

JAL-1858 ensure full redraw on 'remove all selections'

JAL-2589 unit test updated

JAL-2547 fix case of gap followed by enclosing contact feature position

JAL-1858 null img when doing full repaint of wrapped alignment

JAL-1858 don't fastpaint highlights if wrapped format

JAL-1858 refactored method to redraw previous/new highlighted positions

JAL-1858 handle hidden columns when computing region to redraw

JAL-1858 'fastPaint' of minimal region for highlights; todo: hidden
columns

JAL-2481 JAL-2593 JAL-2526 further optimisation of feature/index finding

JAL-2480 simpler and safer test to avoid adding duplicates

JAL-2480 tidy generic initialisations, SequenceFeatures.varargToTypes

JAL-2524 don't render up to a hidden marker beyond the visible region

JAL-2526 don't retain lastColumnPosition from an invalidated cursor

JAL-2563 test updated for fix

Merge branch 'bug/JAL-2386groupConservationColouring' into develop

Merge remote-tracking branch 'origin/develop' into bug/JAL-2591

JAL-2418 typos

Merge branch 'bug/JAL-2589gapColour' into develop

JAL-2598 Sequence.getSequence return a copy of the char array

Merge branch 'develop' into features/JAL-2446NCList

JAL-2577 mirror select/hide by annotation in split frame applet, and on
Cancel

JAL-2591 Updates following code review

JAL-2577 mirror hide/select columns by annotation across split frame

JAL-2418 updated release branch/version and release date before forking release branch

JAL-2589 render colour scheme gap colour in overview

JAL-2594 avoid stack trace creating feature on gapped region

JAL-2480 tidy javadoc

JAL-2593 avoid redundant rendering of co-located features

JAL-2526 correct boundary conditions for sequence left/right of cursor

JAL-2386 JAL-2570 use ResidueShader copy constructor in SequenceGroup
copy constructor for 'like but yet unlike' colouring of new group

Merge branch 'bug/JAL-2586' into develop

JAL-2586 Clarification to URL link code

JAL-2591 made redraw volatile

JAL-2591 Refactor HiddenColumns to use ArrayList instead of Vector