Merge branch 'JAL-980_jmol_patch' into develop

(JAL-980) patch netbeans and installAnywhere builds

Merge branch 'JAL-980_jmol_patch' into develop

Conflicts:
.classpath
examples/appletParameters.html

(JAL-980) use proper release number for Jmol libs (ahem)

(JAL-980,JAL-982) - applet console only allows console to be popped up in own window

(JAL-980) update binding for refactored Jmol constants and new interface methods

(JAL-980) update Jmol library to 12.2.16452 (built from SVN)

(JAL-976) JABAWSv2 client for InstallAnywhere build

cleanup imports

Merge branch 'JAL-976_jabaws2supp' into develop

update build notes

(JAL-975) client for amino acid conservation service that allows dynamic recalculation if alignment is changed or service parameters reconfigured

(JAL-974,JAL-975) new handler for JABAWS sequence and alignment annotation services

(JAL-976) refactored common code for JABAWS v2 service clients

tidy imports

(JAL-978) discover JABA1 and JABA2 services and generate GUI elements for each service category

(JAL-978) refactored JABAWS2 service handle class to own package

(JAL-976) upgrade to jabaws-2.0 min-client library

(JAL-812,JAL-811) - generic test for 'calculation involving annotation' in progress and generic way of (re)starting alignment dependent calculations.

(JAL-811) - workers hold references to generated annotation rows

(JAL-812) javadoc and api method to relayout annotation panel after annotation is modified by a third party

(JAL-811) new 'annotation type' field for marking annotation rows generated by alignment calculations

ensure we have valid fontMetrics - (NPE was raised when wrap mode enabled on view in application otherwise)

Merge branch 'updaternasecstr_JAL-889' into develop

(JAL-885) RNA helix and purine pyrimidine colouring styles in applet

JAL-885 - catch race condition when rna structure width is different to alignment annotation width (may be a finesse here)

JAL-969 - refactor initialisation of automatic annotation rows to base class

JAL-885 more efficient calculation and robust for mismatch between WUSS and alignment data

(JAL-885 JAL-580) ignore invalid RNA structure lines

JAL-902 structure conservation row for applet

(JAL-970) interactive editing of RNA helix annotation in applet

(JAL-966) efficiency

(JAL-889) ensure annotation row is revalidated after an edit occurs

(JAL-885,JAL-580) structure consensus should only be calculated for valid RNA structure annotation

(JAL-889) ensure latest version of RNA pairlist is used to generate helical colouring

JAL-580 - display position where wuss parsing error occured

JAL-580 ensure WUSS annotation string is up to date, pair list regenerated if necessary and cope with parse errors

use stack rather than vector and throw parse exceptions

JAL-580 ensure WUSS annotation is reparsed if necessary and cope with parse errors

NPE exception if annotation manually edited

extend API

refactor to use model API

(JAL-963) refactor RNA helix helper class to schemes

Merge branch 'refactor_aligcalcs' into develop

(JAL-969) efficiency

(JAL-969) fix logic bug introduced during refactoring

(JAL-969) removed TODOs

renamed menu entry to avoid field name clash

(JAL-969) todo test re refactoring and possible change in semantics

(JAL-969) refactored alignmentViewport base class to own package and pulled up most base attributes for a jalview alignment viewport

(JAL-961) refactored consensus and rna structure consensus workers from alignViewport(s)

(JAL-961) use simplified notification logic to test if calculation can start

(JAL-961) methods for checking calculation status

(JAL-961) more calculation annotation and result object getters

(JAL-967) ensure annotation panel is rendered with current scroll offset

Refactored alignment viewport to use common base, extended viewport API with getters for calculation manager and calc parameters, and refactored conservation to use AlignWorker interface.

new base class to hold core visualization settings for a jalview alignment view

todo

static convenience methods for constructing and calculating conservation

use List rather than Vector

extend alignPanel api with OOMHandler call to raise OOM events appropriately in GUI

remove unnecessary import

Introduced new AlignCalcWorker/manager interface.

Merge branch 'Release_2_7_Branch_hotfix_JAL-962' into develop

Merge branch 'Release_2_7_Branch_hotfix_JAL-962' into Release_2_7_Branch

(JAL-965) new api methods to allow features to be loaded without automatically enabling feature display.

(JAL-962) rejig parameter processing order so groups are hidden/shown before features are loaded on to alignment.

(JAL-962) allow group visibility to be specified before features in those groups are loaded on to the alignment. TODO re JAL-964

(JAL-963) jalviewLite RNA alignment example (reusing Paul Gardner's example file)

Merge branch 'logo_feature_JAL-958' into develop

backout parts of the interface from another development branch

Merge branch 'logo_feature_JAL-958' into develop

(Jalview 3) refactored Graphics2D annotation rendering to package shared by applet and application

Merge branch 'logo_feature_JAL-958' into develop

(ahem) new renderer package containing api and rendering code

Merge branch 'logo_feature_JAL-958' into develop

(JAL-958) documented normalised sequence logo parameter
(JAL-826) documented introduction of WUSS annotation vis'n

(JAL-958) - normalised sequence logo for applet
(JAL-826) - RNA stem annotation visualization for applet
(Jalview 3) refactored Graphics2D annotation rendering to package shared by applet and application

normalised logo rendering (JAL-958)

(JAL-957) change splash screen and about to HTML text, and author list now stored in resources/authors.props

update author list in license for (JAL-826)

merge Jan and Lauren's RNA GUI changes into develop (JAL-826)

Merge remote-tracking branch 'remotes/origin/2_5_1_rna_merge' into develop (JAL-826)

Conflicts:
.classpath
help/html/menus/alignmentMenu.html
help/html/whatsNew.html
src/jalview/gui/PopupMenu.java

Merge branch 'Release_2_7_Branch'

redact previous commit - fileassociation tag not allowed in jnlp file. Will add an xslt task later on to add in fileassocs

removed unnecessary parameters and changed alignment upload to use file upload parameter (JAL-949)

compile swingreader component for java 1.5 (JAL-948)

Merge branch 'Release_2_7_Branch'

jnlps with and without file associations for default,1G and 2G memory.

broken link. rearranged opening pg

typo

switch to git release building

patch name, reference and URL for Multi-Harmony : JAL-724

ensure server errors return a URL and response document (JAL-715,JAL-724)

use jalview properties preference to enable RSBS editor JAL-715

same overzeaolous logic (JAL-915)

start of Release 2.7

JAL-944 - replaced stale PFAM links for 2.7 release. others will require more work

backout overzealous logic disabling feature links in original JAL-915 patch

NPE fix