refactored guts of pdb file association code

check for all http protocols

refactored to use SequenceI

JAL-730

more robust calculation of partition from possibly overlapping groups, and check to ensure minimum group size is honoured

inline submission of alignment with correct crlf

ensure group props are recalculated before alignment displayed

revised shmr service

todo and ensure old annotation/groups are removed before new ones loaded back

todo

exception reporting for bad URLs

JAL-727

JAL-727

propagated groups trimmed to correct region on viscontig

graphThreshold not being copied by constructor

first publicly accessible test of JAL-724

JAL-715 and JAL-724

JAL-715

refined modification test

refactored gap insert/visible view modification code from JPredThread

adjust start and end of intersecting group relative to selected region

1.1 compat

1.1 compat

refactored gap insert/visible view modification code from JPredThread

javadoc

incremental refinement of results parsing

allow client to check if the original alignment data was annotated by results from service

javadoc

update modification state flag according to parsing activity

getters and modification state flag

more accurate determination of annotation modification

refactored key calc for hash to separate function

1.1 compat

1.1 compat

more fixes and extension to allow return data types to be specified JAL-715

render of html job logs and link opening JAL-720

more efficient set/append

method to recover sources from packed stream

always provide reference to hashtable so feature settings can be stored

JAL-725 - show progress when opening URL in browser

JAL-724

refactored and patched for JAL-721
new view creation functions for JAL-715

refactored and patched for JAL-721

mime types and handler

additional dependencies for httpcleint

javadoc

remove implicit non-1.1 compatible call

fix case when groups overlap - ensure groups are non-empty and always add up to length of alignment

java 1.1 patches

java 1.1 patches

dependency for Rest client framework (JAL-715)

initial implementation of Rest client framework (JAL-715)

dataIn.ready()  is not a test of data source validity!

initial list of mime-type bindings to jalview data-file classes for JAL-719

initial implementation for JAL-718

refactored and added methods for getting richer AlignmentView object (JAL-716)

new methods and test code for JAL-716

new constructor and refactored methods for intersecting selection with alignment when constructing CigarArray (JAL-716)

new methods for testing for/storing selection/group membership re JAL-716

javadoc and additional convenience method for JAL-716

refactored visible contig/gap map array intersection code to alignmentView

2.6.1 update

refactored to decouple dependencies due to FileParse's derived classes

refactored protocol check to jalview.io.FileParse

import annotation file from datasource

refactored protocol parser and allow human readable datasource name to be modified

zero length operations are valid

flag indicating if results should be associated immediately

node rename for deuniquifying trees from web service transformations

2.6.1 release details

ignore

updated version to 2.6.1

patch for JAL-682 - copy over current display settings to the associated viewport if they are present in a distinct alignment viewport associated with the source of the feature settings being transferred.

patch for JAL-699 so conservation/consensus threads restart correctly

patch for JAL-700

revised logic to avoid NPE

improved logic for distinguishing amino acids and nucleic acids in structure (JAL-694)

potential non-threadsafe condition

patch for JAL-655

optional dialog to report any problematic web service URLs ( JAL-343 )

prevented URLs appearing in both the 'bad ' and the 'no services from' URL list.

made ws warning dialog optional, and fixed its wording (JAL-693)

report any problematic web service URLs ( JAL-343 )

remove name of progress bar when stopping ws refresh progress.

refactored so public interfaces take instances of WsParamSetI, and ensured that name of preset is logged in job output (JAL-667)

parallelised service endpoint discovery and ensured that old threads are destroyed before new discovery takes place (JAL-692)

more explicit menu entry text (JAL-675)

resolve some layout problems : JAL-685

patch primary issue causing JAL-664 re testing for properly formed PIR file entry

patch for secondary issue in JAL-664 re parsing empty fields in description line

2.6 release date change

remove overrides

update release branch to 2.6

typos and indicate 'legacy' service documentation

NPE race condition alert - see JAL-661

revised author list

Jalview 2.6 source licence

apply jalview code style

Jalview 2.6 source licence

2.6 highlights