Recently loaded files, urls, append sequences to Alignment

sequenceRef added to annotation

Correction for sequences with start not equal to 1

Copy and paste of annotations with seqrefs

implements ClipboardOwner

saves and loads annotations with seqrefs

Draw an offscreen Image

Annotations must createSequenceMapping if seqRef not null

Create sequence mapping for annotations

addAnnotation with seqRef

Changes case to end of alignment

remove import

Save seqref with annotations

spelling err

2.08.1

Make nullFrame only once

Remove unnecessary panel, also nullFrame created only once

Middle mouse to compress alignment

Check that fontsize > 0

Toggle Case added

Toggle case added to popup menu

Remove edit menu if no group defined

Maintain original transparency setting

Change name to editMenu

If Mac, use the fillRoundRect method

Forces init of alignPanel if annotations added

Fixes redraw top of group bug

If no group, hide menu

If mac, use the fillRoundRect

java 1.1 compatibility

Helix sizes

Make sure end is less than sequence width

Group width -1

Watch for exceeding width limit

If autoCalculate selected, recalculate immediately

Back to gray line

Back to gray line

validCharWidth moved to viewport

Annoying little line at end of wrapped alignment

validCharWidth checks

Edit menu added

Add to palette layer

Helix glyphs fixed

Case sensitive

changeCase

Helix glyphs drawn correctly

Dont select groups on ids

Case shifter

Alignment compression on middle mouse button

Modified sequence selection

Multiple views, alignpanels not being used

Alignment might not have any annotations

-1 from east scale, wrapped alignment

showInternalMessage jdk1.5 bug

add back in again

old image

old images

New images

2.08, not 2.07

To export page

Links

load features/annotations typo.

added note about cursor mode disabling the popup menu.

typo and explanation for ignore gaps in consensus

reworded pad gaps

reworded pad gaps.

2.08 update

put modellerpir in correct place!

updated menus and rearranged seqfeatures (again)

Displays error line on error

fix links to complex html (that don't display) by quoting them
verbatim.

Just removing new line character

moved Modeller/PIR description to its own home.

moved modellerpir to io

describing the Modeller/PIR output.

Fixed table border and updated restrictions

Editing tab

added bit about modeller/pir

added annotationColouring to whats new and updated IO and cursorMode
(mac os and backspace==delete)

del and backspace do the same thing

Release Date width

extended preamble and added new heading for user defined annotation
instructions.

tab name is editing

doco

doco changes.

added 2.08 application version dialog box.

feature settings dialog box for jalview 2.08 application

Protein desc bug fixed

dont need to set - to -

Fixed protein desc bug

doco writing.

Takes popup away from mouseevent, prevents immediate copy

No need for vetoablechange

Set all gaps to - symbol

padGaps set in preferences

Padgaps pref set

ModellerOutput set in preferences

Autocalculate consensus set in preferences

Scroll cursor wrapped alignment

+1 error in group edit all sequences