JAL-629 DON'T use quotation marks in argfiles as they are not interpreted (or needed)

JAL-629 Tests for FileUtils. Tidying counter substitutions. Fixing PAE opening.

JAL-629 more info in usage statement

JAL-629 Start of Usage statement

JAL-629 More consistent printing of --arguments. Example nf-core argfile

JAL-629 Remove debugging comment

JAL-629 --initsubstitutions as a bootstrap arg, new tests

JAL-629 sort files from java glob for predictability. reduce maxdepth of walkfiletree

JAL-629 Removed --headless to fix CommandsTest

JAL-629 added setprop. More filename based substitutions enabled.  Test for these.

JAL-629 More extensive tests with real files being opened

JAL-629 fix bug for opening single named file with no args

JAL-629 Don't use new ArgParser if there are no --args and some -args

JAL-629 fix SubVals npe

JAL-629 extensive tests for ArgParser features

JAL-629 Added --opennew --nonews --nosplash. Added java globbing for = e.g. --open=**/*.fa. General debugging of argparser features for tests

JAL-629 Opening files in new windows. not working yet

JAL-629 open initial non-Arg arguments as files in separate alignment frames

JAL-629 improvements to argparser toString. Improvements to cli paeFile structure selection. Allow label subval for paefile

Merge branch 'develop' into features/r2_11_2_alphafold/JAL-629

JAL-629 Test tidyup

Merge branch 'patch/JAL-4153_flakyJvCacheableInputBoxTest' into develop

JAL-629 don't clear appProps in tests

JAL-629 refactor ArgParser and helper classes all to jalview.bin.argparser to remove static classes.  Clear properties after tests.

JAL-629 null checks for Desktop.instance.closeAll(). Props re-loaded after CommandsTest.

JAL-4153 longer Thread.sleep() calls in the hope that the test might pass on Bamboo

JAL-4150 test and quick patch copying code from AlignFrame.paste() to Desktop.paste() so internal paste works from popup menu

JAL-629 restore original tests memory settings

JAL-629 restore original tests memory settings

JAL-629 Check for new commandsSuccess before quit

JAL-629 move getdown update to earlier stage

JAL-629 Back to forking tests

JAL-629 All applications System.exits going through Jalview.exit

JAL-629 whittling down options for successful tests

JAL-629 whittling down options for successful tests

JAL-629 whittling down options for successful tests

JAL-629 whittling down options for successful tests

JAL-629 more memory to tests task

JAL-629 add in jvmArgs for memory for tests and keep increased clover memory

JAL-629 remove jvmArgs for memory for tests. Increase clover memory

JAL-629 Add in jvmArgs for memory for tests

JAL-629 closer to normal gradle settings with just increased test memory

JAL-629 increase test JVM size

JAL-629 failFast and new threads for each test

JAL-629 increased memory for clover

Merge branch 'features/r2_11_2_alphafold/JAL-629' into features/r2_11_2_alphafold/JAL-629-new_temp_test_branch

JAL-629 revert metal laf

JAL-629 Set Metal as default LAF for build server tests

JAL-629 fixed a test failing when run without a Jalview.main() having been started in another task

JAL-3833 fixed HiDPI test for macOS

JAL-629 Commands more objecty, less classy. FileLoader with sync option (or rather default async flag).  Tests adjusted.

JAL-629 teardown in CommandsTest

JAL-629 Allow substitutions of {} = defaultCounter, {n} = autoCounter, {++n} = incremented autoCounter on args involving an output filename.

JAL-629 --substitutions --nosubstitutions flags, --nil[{++n}] just in case needed

JAL-629 Auto and Default count incrementer args. Flags for output filename replacements.

JAL-629 start of CommandsTest. More ArgParserTests.

JAL-629 start of tests and more examples

JAL-629 start of tests

JAL-629 --argfile=glob implemented. Remove reference seq from pAE Matrix annotation label

JAL-629 --close individually for each AlignFrame opened now allows batch processing of jobs in one jalview instance

JAL-629 improved comment and return speed of StringUtils.replaceLast()

JAL-629 --quiet [no stdout], --quiet --quiet [no stderr]. Tidied up BootstrapArgs. Multiple --argfile=... can be used.

JAL-629 Fix --headless for new args. Fix progressbar for non-headless commands. Add an --argfile=... feature

JAL-629 stash some TFType and PAEFile info into a PDBEntry

JAL-629 Fix null AlignPanel. More descriptive label of pAE Matrix allows 'Add reference annotation' to be enabled for subsequent PDB+PAE files.

JAL-629 Improved consistency of ArgParser classes (use of ArgValuesMap). Added setting, checking and fetching ID value for ArgValues to allow easier linking of arguments.  Added argIndex for boolean Args.  Made noDuplicates (no duplicate values) an Arg Option.

JAL-629 slight tidy up

JAL-629 Removal of unnecessary methods. Set pLTTD tempfac for EBIAlfafold. Simplify adding cmannot.

JAL-629 Some refactoring to allow more flexible use of PAE files. Not working as desired yet

JAL-629 Firm up bootstrapArgs. Correct '-colour' in test. Separate --headless and -headless for now to avoid premature exit for -headless (fixes tests).

JAL-629 add AF examples for FER1_SPIOL. Link and display PAE matrix annotation

JAL-629 Fix Exceptions when running with CLI not headless

JAL-629 Guesstimate whether to set pLDDT with PDB file

JAL-629 JAL-4124 JAL-3855 remove deleted debugging test file from tests

Merge branch 'develop' into features/r2_11_2_alphafold/JAL-629

JAL-629 removed debug prints. added .cif. added some comments/code-markers

JAL-629 PAE matrix file guesstimate from filename

JAL-629 Position GUI widgets for PDF file options. Remove icon from StructureChooser frame.

JAL-629 JAL-4124 JAL-3855 test to check we can import PAE matrices in a variety of formats - additional test case

JAL-629 JAL-4124 JAL-3855 test to check we can import PAE matrices in a variety of formats - and fix up a casting issue (again?)

Merge branch 'develop' into features/r2_11_2_alphafold/JAL-629

JAL-629 add widgets to StructureChooser for tempfac choice and pae matrix file

Merge branch 'features/JAL-3858_PAEsInProjects' into develop

Merge branch 'features/r2_11_2_alphafold/JAL-629' into features/JAL-3858_PAEsInProjects

 Conflicts:
src/jalview/bin/Jalview.java

JAL-629 helper function for getting sensible structure (or other arg value)

JAL-629 better test fixes. --props=... instead of --debug

JAL-629 Made ArgValuesMap helper class, simplifies readability/writing of the code and will allow arg position lookups

JAL-629 test fixing

JAL-629 Add debug messages for more failing tests

JAL-629 fixed a Log4j test by adding --debug arg

JAL-629 bootstrap args and properties. Remember index of args for 'previous structure' defaulting of other args

JAL-629 nf-core sample alignment files and a2m versions

JAL-629 fix a PAEMatrix casting error

JAL-3858 new MatrixType JAX-RI POJO

JAL-4133 update validChar width when font is changed so characters are suppressed for small widths

JAL-4133 store/restore alignment view’s charWidth and charHeight in Jalview project

JAL-3858 persist PAE matrix (only so far) as serialised floats in element on dataset sequence annotation. Rudimentary tests.

JAL-1551 source formatting

JAL-3858 simple test for PAE matrix recovery

JAL-3858 construct a PAE direct from float array