JAL-629 don’t trash user’s system property file when adjusting settings to process CL args

JAL-629 don’t complain for Unary args

JAL-629 labelled breaks are frowned upon by everyone

Merge branch 'features/r2_11_2_alphafold/JAL-2349_JAL-3855' into features/r2_11_2_alphafold/JAL-629

Merge branch 'develop' (JAL-4102 2.11.2.6 patch release) into features/r2_11_2_alphafold/JAL-2349_JAL-3855

JAL-629 Attempts to add PAE to structure. --headless working. Make HTML output single threaded in headless mode. Delete an editor temp file.

JAL-4104 JAL-4102 update help docs with script to add jalview command line tool to osx path

JAL-4102 whatsNew for 2.11.2.6

Merge branch 'patch/JAL-4114_updated_3dbeacons_api' into develop

JAL-4114 model_page_url not required in v2.0 response

JAL-4102 update date and release notes for 2.11.2.6

Merge branch 'patch/JAL-4114_updated_3dbeacons_api' into develop

Merge branch 'patch/Release_2_11_2_6_Branch' into develop

JAL-2353 primary ref candidates that should be promoted should preserve original version string

JAL-4114 missing mock server response

JAL-4114 only rank model qualities that are computed with the same method, and uprank models with pLDDT over other types of models in the same model type category

JAL-4114 alphafold now marked as AB-INITIO so adjust ranking in categories

JAL-4114 additional warnings when PDBe doesn’t return as many responses as queries made to it when adding in additional metadata

JAL-4114 patch REST client for changed JSON schema in 3D beacons v2 API

JAL-4114 formatting

JAL-4114 updated mock tests and responses for v2.0 api

JAL-629 make sequence id key 'seqid'

JAL-629 added Alphafold cif, pdb and PAE json files to examples/AlphaFold

JAL-629 refactoring TFType.  Remove i18n identification of annotation.

JAL-629 Add image output and quit

JAL-629 move SubId to more logical place. Attempt removal of annotations in a better way (commented out).

JAL-629 Open Structure Viewer from cmdline

JAL-629 null check, fixed tests!

JAL-629 fix opening files

JAL-629 stray code deleted

JAL-629 Allow attachment of pAE file to a particular sequence

JAL-629 implementation of --tempfac options

JAL-4102 bump version number

JAL-4102 2.11.2.6 hotfix release notes - JAL-4101 JAL-2353

JAL-4101 Updated Rfam* tests

JAL-4101 Updated DEFAULT_RFAM_BASEURL

JAL-2353 patch for Ensembl refs from uniprot - needs test and checking !

JAL-4101 Updated Rfam* tests

JAL-4101 Updated DEFAULT_RFAM_BASEURL

JAL-629 Doing things with the command line arguments

JAL-3855 JAL-4095 simple picking of ranges adjacent to a clicked region of the pAE that score less than the max pAE observed under the mouse

JAL-2349 JAL-3855 bizarre resizing exception when resizing protein alignment for a linked CDS protein alignment

JAL-4091 lines to associate rows sharing same sequence ref - needs some work still ! (And would be great to have more interactivity!)

JAL-2353 patch for Ensembl refs from uniprot - needs test and checking !

JAL-4094 shift+click drag up/down to resize all annotation rows with matching calcId and label.


JAL-4091 - noodling about including the names for sequences associated with annotation rows in the annotation row label area

JAL-4090 bump version and set up release notes for 2.11.3

Merge branch 'features/JAL-4061_and_JAL-4062_findselectfeatures' into features/r2_11_2_alphafold/JAL-2349_JAL-3855

Merge branch 'bug/JAL-4083_exceptions_for_multiple_residue_highlights_in_jmol' into features/r2_11_2_alphafold/JAL-2349_JAL-3855

JAL-2349 allow contact matrix to provide labels for its annotation row

JAL-4086 commented out attempt to create measurement lines between aligned residues in different chains

JAL-4089 use column selection to superpose if 4 or more selected

JAL-2961 centerViewOn command for structure viewers - called after superposition

Merge branch 'features/r2_11_2_alphafold/JAL-2349_JAL-3855' into bug/JAL-4083_exceptions_for_multiple_residue_highlights_in_jmol

JAL-4083 don't need globalUseScriptWait after all, just a couple of calls to jmolHistory need the flag too

JAL-4083 only set globalUseScriptWait if needed

JAL-4083 Use jmolViewer.scriptWait instead of jmolViewer.evalStringQuiet whilst highlightingt more than one residue

JAL-4086 quick and dirty mouseovers on ruler highlighting all positions highlighted on a particular column..

Merge branch 'features/r2_11_2_alphafold/JAL-2349_JAL-3855' into bug/JAL-4083_exceptions_for_multiple_residue_highlights_in_jmol

JAL-3416 (and others) increasing number of STDERR lines used for jalview.bin.CommandLineOperations tests for increased robustness

JAL-3416 Making FlatLaF default for macs due to a problem with VAqua not starting on macs

JAL-2349 JAL-3855 highlight residues associated with elements under mouse - Jmol doesn’t like highlighting many residues at once this way.

JAL-2349 JAL-3855 fix failing tests

JAL-2349 JAL-3855 experiment masking hidden columns in contact matrix

JAL-4033 - heuristic threshold for pAE matrix - mark any column where pAE values for column+8..  lie outside threshold - definitely better to do a watershed or other type of clustering

JAL-2349 formatting/pick correct exception

JAL-2349 JAL-3855 off by one and daft return

JAL-2349 avoid div-by-zero when annotation height is zero (though poss better to simply avoid rendering contact at all)

JAL-2349 JAL-3855 adapt renderer for AlignmentI.getContactList(..) mapping to sequence associated reference frame

JAL-2349 JAL-3855 ContactListI.getPosition() to recover original position passed to ContactMatrixI.getContactListFor(..)


JAL-2349 JAL-3855 experimenting with filtering columns based on mean of contact map range

JAL-3855 JAL-2349 AlignmentI.getContactList takes care of mapping columns to sequence positions for sequence associated contact matrices. Need to map selected positions back for drag selects

JAL-4033 fix drag selections and distinguish row/columnwise highlights from intersections on matrix

JAL-2349 (still buggy) interactive selection  - time to write tests!

JAL-2349 tooltip reports value from contact range

JAL-2349 adjusted range calculation to be inclusive rather than inclusive, exclusive of bounds

JAL-2349 debugged click/drag and added yellow rubber banding (like Alphafold)

JAL-2349 JAL-3855 - interactive point-wise row/column selection, and first attempt at alt-drag for region selections (not yet working!)

JAL-3855 RGB colours from the alphafold paE scale.

JAL-2349 JAL-4033 refactored contact matrix geom calc to allow reporting of mapped positions in tooltip

JAL-2349 JAL-3855 column selection highlighting

JAL-3855 bump AF version to 3 - keep contact renderer happy by filling out maxcols and maxrows attribute in PAE

JAL-1551 formatting

JAL-2349 JAL-3855 tests that probably should be part of Functional..

JAL-3855 report download errors as errors!

JAL-2349 JAL-3855 Integrate pAE retrieval in StructureFile so it can be transferred as reference annotation

JAL-2349 reusable contact map holder for SequenceI and AnnotatedCollectionI

JAL-3855 2349 TODO

JAL-3855 import pAE when StructureSelectionManager parses an alphaFold structure. Works but AlignmentI holding the contact matrices prevents transfer.

JAL-3855 pAE v2 import

JAL-3855 refactor the pAE retrieval code so it can be called via structureselectionmanager

Merge branch 'features/JAL-3895_alphafoldcolours' into features/r2_11_2_alphafold/JAL-2349_JAL-3855

Merge branch 'develop' into features/JAL-3895_alphafoldcolours

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_2_Branch

JAL-4065 final fix for 2.11.2.5 - 5pm BST release

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_2_Branch

JAL-4065 revised to avoid a visit from the apostrophe police

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_2_Branch

JAL-4073 update tests

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_2_Branch