JAL-1858 scrollToWrappedVisible preserve any horizontal offset of view

JAL-1858 fastpaint highlights on wrapped alignment

JAL-2505 correct handling of change of feature type

JAL-2483 corrected finding feature groups

Merge branch 'develop' into features/JAL-2446NCList

JAL-2602 unit test added

Merge branch 'bug/JAL-2597' into develop

JAL-2602 pulled up identical methods to base class

JAL-2602 same fix for applet

JAL-2526 correct treatment of contact features only partly visible

Merge branch 'bugs/JAL-2606_broken_jabaws22_IADependency' into develop

JAL-2606 updated IA build for changed dependency due to JAL-2549

Merge branch 'develop' into features/JAL-2446NCList

JAL-2597 Fix and unit test

Merge branch 'bug/JAL-2600resizeflicker' into develop

JAL-2600 Tidies

JAL-2600 updates following review

JAL-1858 repaint after Amend Features dialog

Merge branch 'develop' into features/JAL-2446NCList

Conflicts:
src/jalview/appletgui/SeqPanel.java
src/jalview/renderer/seqfeatures/FeatureRenderer.java

JAL-2600 Tidies

JAL-2600 Abandoned fastpaint for resize; now full repaint, single call

JAL-2602 check for null or empty description when copying consensus

JAL-1858 highlights on wrapped panel - work in progress

JAL-147 scroll wrapped panel by one width's worth at a time

JAL-2600 Add in IdCanvas and checks for 0 size images

JAL-2600 vertical fast paint too

JAL-2600 fast painting on resize

JAL-2600 reinstate original behaviour

JAL-1858 ensure full redraw on 'remove all selections'

JAL-2589 unit test updated

JAL-2547 fix case of gap followed by enclosing contact feature position

JAL-1858 null img when doing full repaint of wrapped alignment

JAL-1858 don't fastpaint highlights if wrapped format

JAL-1858 refactored method to redraw previous/new highlighted positions

JAL-1858 handle hidden columns when computing region to redraw

JAL-1858 'fastPaint' of minimal region for highlights; todo: hidden
columns

JAL-2481 JAL-2593 JAL-2526 further optimisation of feature/index finding

JAL-2480 simpler and safer test to avoid adding duplicates

JAL-2480 tidy generic initialisations, SequenceFeatures.varargToTypes

JAL-2524 don't render up to a hidden marker beyond the visible region

JAL-2526 don't retain lastColumnPosition from an invalidated cursor

JAL-2563 test updated for fix

Merge branch 'bug/JAL-2386groupConservationColouring' into develop

Merge remote-tracking branch 'origin/develop' into bug/JAL-2591

JAL-2418 typos

Merge branch 'bug/JAL-2589gapColour' into develop

JAL-2598 Sequence.getSequence return a copy of the char array

Merge branch 'develop' into features/JAL-2446NCList

JAL-2577 mirror select/hide by annotation in split frame applet, and on
Cancel

JAL-2591 Updates following code review

JAL-2577 mirror hide/select columns by annotation across split frame

JAL-2418 updated release branch/version and release date before forking release branch

JAL-2589 render colour scheme gap colour in overview

JAL-2594 avoid stack trace creating feature on gapped region

JAL-2480 tidy javadoc

JAL-2593 avoid redundant rendering of co-located features

JAL-2526 correct boundary conditions for sequence left/right of cursor

JAL-2386 JAL-2570 use ResidueShader copy constructor in SequenceGroup
copy constructor for 'like but yet unlike' colouring of new group

Merge branch 'bug/JAL-2586' into develop

JAL-2586 Clarification to URL link code

JAL-2591 made redraw volatile

JAL-2591 Refactor HiddenColumns to use ArrayList instead of Vector

JAL-2591 More HiddenColumns refactoring. Tests passing.

JAL-2526 cache first/last residue column positions in cursor

JAL-2526 setStatusMessage avoid redundant findPosition from
SearchResults

JAL-2526 reuse findIndex result if start==end

JAL-2591 Further refactoring (still incomplete)

JAL-2591 More refactoring (incomplete)

JAL-2591 Hidden columns regions can be output to string + test

Merge branch 'develop' into features/JAL-2446NCList

JAL-2591 updated HiddenColumns::findHiddenRegionPositions + test

JAL-2591 Overview changes ported to applet

JAL-2591 More rationalising of hiddencols

JAL-2386 ensure group conservation shading is applied from slider

JAL-2591 Increased granularity of overview panel update checks

JAL-2591 simplifying hidden columns usage

JAL-2591 Removed getHiddenRegions()==null checks which are always false

JAL-2591 Added readwrite locking on HiddenColumns

JAL-2589 correct colour for Gap in Score and User Defined schemes

JAL-2526 less stringent test for invalid cursor

Merge remote-tracking branch 'origin/bug/JAL-2576' into bug/JAL-2591

Merge branch 'documentation/JAL-2418_release2102' into develop

JAL-2590 release notes

Merge branch 'bug/JAL-2590' into develop

JAL-2590 patch for rendering eggnog trees with polytomies (also see

Merge branch 'documentation/JAL-2418_release2102' into develop

JAL-2576 release notes

Merge branch 'bug/JAL-2576' into develop

Merge branch 'bug/JAL-2586' into develop

JAL-2586 Checkstyle flagged fix of unintended fall through

JAL-2505 comments updated

JAL-2480 remove redundant method, further test coverage

JAL-2505 explicit (and final) contactFeature property

Merge branch 'features/JAL-2526sequenceCursor' into
features/JAL-2446NCList

Conflicts:
src/jalview/datamodel/Sequence.java
src/jalview/datamodel/SequenceI.java

Merge branch 'features/JAL-2446NCList' into
features/JAL-2574findFeaturesByColumn

Conflicts:
src/jalview/datamodel/SequenceI.java

Merge branch 'features/JAL-2446NCList' into
features/JAL-2526sequenceCursor

Conflicts:
src/jalview/datamodel/SequenceI.java

Merge branch 'develop' into features/JAL-2446NCList

Conflicts:
src/jalview/datamodel/SequenceI.java

JAL-2571 Missed (alwaysRun=true) for @BeforeMethod

JAL-2228 java 1.7 compliance

JAL-2291 updated docs